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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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5781 | 2025-10-06 |
Enhancer Extrachromosomal Circular DNA ANKRD28 Elicits Drug Resistance via POU2F2-Mediated Transcriptional Network in Multiple Myeloma
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202415695
PMID:40167268
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研究论文 | 本研究揭示了增强子型染色体外环状DNA ANKRD28通过POU2F2介导的转录网络在多发性骨髓瘤中引发耐药性的新机制 | 首次发现非编码区eccDNA作为增强子参与肿瘤耐药,阐明了eccANKRD28-POU2F2转录网络在MM耐药中的关键作用 | 研究样本量有限,机制研究主要基于细胞系和动物模型,临床转化价值需进一步验证 | 探索多发性骨髓瘤耐药机制,特别关注增强子型eccDNA在其中的作用 | 多发性骨髓瘤患者血清样本、VRd耐药MM细胞系 | 表观遗传学 | 多发性骨髓瘤 | 全基因组测序, H3K27ac ChIP-seq, scRNA-seq, scATAC-seq, CUT&Tag, CRISPR/Cas9 | NA | 基因组数据, 表观基因组数据, 单细胞转录组数据 | 供体和MM患者血清样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 染色质免疫沉淀测序 | NA | NA |
5782 | 2025-10-06 |
Glycolysis-Derived Lactate Induces ACSL4 Expression and Lactylation to Activate Ferroptosis during Intervertebral Disc Degeneration
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202416149
PMID:40171826
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研究论文 | 本研究揭示糖酵解来源的乳酸通过促进组蛋白H3K18乳酰化和ACSL4蛋白乳酰化激活铁死亡,导致椎间盘退变 | 首次发现乳酸通过组蛋白乳酰化和蛋白乳酰化双重机制调控ACSL4表达并激活铁死亡的新通路 | NA | 探究椎间盘退变过程中代谢重编程与髓核细胞功能异常的关系 | 髓核细胞 | 细胞生物学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5783 | 2025-10-06 |
Inhibiting the Histone Demethylase Kdm4a Restrains Cardiac Fibrosis After Myocardial Infarction by Promoting Autophagy in Premature Senescent Fibroblasts
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202414830
PMID:40231733
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白去甲基化酶Kdm4a通过调控Trim44表达影响早衰成纤维细胞自噬,从而促进心肌梗死后心脏纤维化的机制 | 首次发现Kdm4a在心肌梗死后早衰成纤维细胞中的关键作用,阐明其通过表观遗传调控Trim44表达影响自噬的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未在临床患者中验证 | 探究早衰成纤维细胞在心肌梗死后心脏纤维化中的作用及Kdm4a的调控机制 | 心肌梗死后早衰成纤维细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | scRNA-seq, ChIP-seq, ChIP-PCR, 免疫染色, 功能获得和缺失实验 | NA | 单细胞RNA测序数据, 染色质免疫沉淀数据, 分子生物学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5784 | 2025-10-06 |
Exploring the Latent Information in Spatial Transcriptomics Data via Multi-View Graph Convolutional Network Based on Implicit Contrastive Learning
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413545
PMID:40304359
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研究论文 | 提出基于隐式对比学习的多视图图卷积网络框架STMIGCL,用于提升空间转录组数据的空间域识别精度 | 结合多视图图卷积网络与隐式对比学习,通过潜在空间对比增强和注意力机制自适应整合不同视图 | 未明确说明方法在处理极复杂组织微环境时的适用性限制 | 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性 | 空间转录组数据中的基因表达和空间坐标信息 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 图卷积网络, 对比学习, 注意力机制 | 基因表达数据, 空间坐标数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5785 | 2025-10-06 |
MRAS: Master Regulator Analysis of Alternative Splicing
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202414493
PMID:40323145
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研究论文 | 介绍了一种名为MRAS的计算方法,用于识别在剪接调控网络中起关键作用的剪接因子 | 开发了首个专门用于识别剪接调控网络中顶层主调控因子的计算方法 | 未提及方法的具体验证过程和性能评估指标 | 识别导致剪接紊乱和表型变异的关键剪接调控因子 | 剪接调控网络和剪接因子 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 计算分析方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5786 | 2025-10-06 |
Immune-epithelial-stromal networks define the cellular ecosystem of the small intestine in celiac disease
2025-Jun, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02146-2
PMID:40328997
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示乳糜泻小肠中免疫-上皮-基质细胞网络的改变 | 首次整合单细胞转录组学和空间转录组学系统描绘乳糜泻的细胞生态系统,发现持续存在的免疫-上皮'疤痕'和特异性淋巴聚集结构 | 样本量相对有限(35名参与者),组织来源仅限于活检样本 | 阐明乳糜泻中驱动肠道损伤的免疫-上皮-基质细胞相互作用机制 | 乳糜泻患者小肠活检样本中的免疫细胞、实质细胞和上皮细胞 | 空间转录组学 | 乳糜泻 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 35名参与者,86,442个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
5787 | 2025-10-06 |
Efficacy and biomarker analysis of neoadjuvant disitamab vedotin (RC48-ADC) combined immunotherapy in patients with muscle-invasive bladder cancer: A multi-center real-world study
2025-Jun, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70033
PMID:40469503
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研究论文 | 评估新辅助抗体偶联药物disitamab vedotin联合免疫治疗在肌层浸润性膀胱癌患者中的疗效并探索预测生物标志物 | 首次在真实世界研究中评估RC48-ADC联合免疫治疗的疗效,并通过单细胞RNA测序识别出HER2和HSPA1A联合检测作为潜在疗效预测策略 | 样本量有限,特别是单细胞测序仅包含11个样本,且为真实世界研究缺乏随机对照 | 评估新辅助RC48-ADC联合免疫治疗的疗效并探索预测生物标志物 | 肌层浸润性膀胱癌患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、单细胞RNA测序数据 | 102例患者(疗效评估),11例样本(单细胞测序) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5788 | 2025-10-06 |
A multi-centered prospective birth cohort study in Western China
2025-Jun, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70049
PMID:40469506
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研究论文 | 介绍中国西部出生队列研究的设计、实施和初步数据收集情况 | 在中国西部多民族、多海拔地区建立的大规模前瞻性出生队列,整合了多种先进的多组学测量技术 | NA | 探索基因-环境相互作用、生命早期健康决定因素和长期疾病风险 | 中国西部五个省份的15,093名孕妇及其后代 | 队列研究 | 母婴健康 | 多组学测量,包括基因组学、蛋白质组学、外泌体分析、代谢组学、空间转录组学、单细胞RNA测序、培养组学、宏基因组学和病毒组学分析 | NA | 医疗记录、问卷、生物样本 | 15,093名孕妇,收集了超过220,000份医疗记录、80,000份问卷和12种不同类型的生物样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5789 | 2025-10-06 |
Peripheral blood immune landscape and NXPE3 as a novel biomarker for hypertensive intracerebral hemorrhage risk prediction and targeted therapy
2025-Jun, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70030
PMID:40469509
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研究论文 | 通过多组学技术分析脑出血患者的免疫失调机制,并发现NXPE3作为新型生物标志物和潜在治疗靶点 | 首次将NXPE3鉴定为高血压性脑出血的风险预测生物标志物和潜在治疗靶点,并验证了二氢麦角胺对其的结合作用 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 探索脑出血的免疫失调机制并开发风险预测模型和治疗策略 | 脑出血患者和高血压患者 | 生物信息学 | 脑出血 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 分子对接, 模拟计算 | 多机器学习框架 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
5790 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of multi-omics single-cell data using the single-cell analyst
2025-Jun, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70038
PMID:40469516
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研究论文 | 介绍了一个用于多组学单细胞数据分析的网页平台single-cell analyst | 开发了用户友好的网页平台,支持六种单细胞组学数据类型,无需编程技能即可进行综合分析 | NA | 为计算能力有限的研究人员提供易于使用的多组学单细胞数据分析工具 | 多组学单细胞数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞免疫分析, 单细胞拷贝数变异分析, 飞行时间质谱流式细胞术, 流式细胞术, 空间转录组学 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞免疫分析, 单细胞拷贝数变异分析, 飞行时间质谱流式细胞术, 流式细胞术, 空间转录组学 | single-cell analyst | 基于网页的分析平台,支持在线和离线模式,包含20多种交互式分析工具 |
5791 | 2025-10-06 |
Inhaled PAMAM-based nano-formulation prolonged lung retention for alleviating pulmonary inflammation of COPD
2025-Jun, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2025.101845
PMID:40469693
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研究论文 | 本研究开发了一种基于PAMAM树状大分子的纳米复合物G4-IAA,通过吸入给药延长药物在肺部的滞留时间,用于缓解COPD的肺部炎症 | 创新性地将吲哚乙酸与第四代PAMAM树状大分子通过主客体相互作用形成纳米复合物,显著提高了药物溶解度和肺部滞留时间 | 研究仅在COPD小鼠模型中进行,尚未进行人体临床试验 | 开发一种能够延长肺部药物滞留时间的纳米制剂,用于治疗慢性阻塞性肺疾病 | COPD小鼠模型和呼吸道上皮细胞 | 纳米医学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞测序,纳米制剂技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5792 | 2025-10-06 |
Macrophage-derived IL-15 imprints peritoneal TRM-like CD8 T cells in cirrhosis and spontaneous bacterial peritonitis
2025-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101381
PMID:40470117
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研究论文 | 本研究探讨肝硬化患者腹膜CD8 T细胞的组织驻留记忆样特征及其在自发性细菌性腹膜炎中的免疫调控机制 | 首次揭示巨噬细胞来源的IL-15通过旁观者激活方式塑造腹膜TRM样CD8 T细胞,并在富含可溶性检查点的腹水环境中维持细胞毒性功能 | 样本来源仅限于肝硬化患者,未纳入其他疾病对照;研究主要关注CD8 T细胞,其他免疫细胞亚群的作用未深入探讨 | 阐明肝硬化患者腹膜CD8 T细胞的TRM样特征及其在腹膜免疫中的作用机制 | 87例失代偿期肝硬化患者的腹膜CD8 T细胞,其中30例伴发自发性细菌性腹膜炎 | 免疫学 | 肝硬化 | 质谱流式细胞术,流式细胞术,RT-qPCR,单细胞RNA测序,体外培养,细胞因子分析 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,细胞因子浓度数据 | 87例患者(30例SBP患者),80例患者腹水样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5793 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq analysis reveals the multi-step process of cellular senescence
2025-Jun, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102042
PMID:40476058
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示细胞衰老的多步骤过程 | 整合单细胞轨迹分析和转录因子动态变化,解码复制性衰老过程中阶段特异性分子特征 | 仅使用公开可用的HUVEC细胞数据,未在其他细胞类型或体内环境中验证 | 阐明细胞衰老的渐进转变机制 | 人脐静脉内皮细胞(HUVEC) | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | Seurat, Monocle 3, SCENIC | 单细胞转录组数据 | 公开可用的HUVEC复制性衰老数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5794 | 2025-10-06 |
Neurodegeneration Promotes Tumorigenesis in Colorectal Cancer: Insights From Single-Cell and Spatial Multiomics
2025-Jun, JCO precision oncology
IF:5.3Q1
DOI:10.1200/PO-24-00744
PMID:40479626
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间多组学技术揭示了神经退行性变通过增强神经元-肿瘤相互作用和EGFR信号通路促进结直肠癌进展的机制 | 首次系统揭示神经退行性变在结直肠癌进展中的作用机制,发现MAPK9阳性神经元通过EGFR信号促进肿瘤生长 | 机制研究仍需进一步实验验证,样本来源和数量可能存在限制 | 探究神经退行性变在结直肠癌发生发展中的作用机制 | 结直肠癌组织中的神经元和上皮细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单核RNA测序,单细胞RNA测序,空间转录组学,多重免疫荧光 | DeepSurv | 转录组数据,空间位置数据,图像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量转录组学 | NA | NA |
5795 | 2025-10-06 |
DRUG AND SINGLE-CELL GENE EXPRESSION INTEGRATION IDENTIFIES SENSITIVE AND RESISTANT GLIOBLASTOMA CELL POPULATIONS
2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.15.654044
PMID:40462892
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研究论文 | 开发了一种整合单细胞基因表达和药物数据库的新框架ISOSCELES,用于识别胶质母细胞瘤中对治疗敏感和耐药的不同细胞群体 | 提出了首个整合单细胞RNA测序数据和L1000药物数据库的计算框架ISOSCELES,能够量化细胞药物敏感性和耐药性景观 | NA | 识别胶质母细胞瘤中对靶向治疗敏感和耐药的不同细胞群体,并发现新的协同药物组合 | 胶质母细胞瘤肿瘤细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | ISOSCELES计算框架 | 基因表达数据 | 新诊断和复发性胶质母细胞瘤肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5796 | 2025-10-06 |
Multi-Omics Biomarkers for Predicting Efficacy of Biologic and Small-Molecule Therapies in Adults With Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review
2025-05, United European gastroenterology journal
IF:5.8Q1
DOI:10.1002/ueg2.12720
PMID:39656426
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综述 | 系统评估预测炎症性肠病患者对生物制剂和小分子药物疗效的多组学生物标志物 | 重点关注整合多组学数据集的模型影响,并评估对多种治疗干预反应具有特异性影响的生物标志物 | 基于PubMed文献的系统综述,可能存在发表偏倚和文献覆盖不全的限制 | 推进精准医学领域,通过生物标志物预测炎症性肠病治疗疗效 | 成人炎症性肠病患者 | 生物医学 | 炎症性肠病 | 多组学方法包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学、代谢组学 | 多组学整合模型 | 多组学数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
5797 | 2025-10-06 |
IL-12-producing cytokine factories induce precursor exhausted T cells and elimination of primary and metastatic tumors
2025-Apr-01, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010685
PMID:40169286
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研究论文 | 本研究开发了一种IL-12细胞因子工厂平台,通过局部给药诱导前体耗竭T细胞,有效治疗多种实体瘤并产生系统性免疫 | 利用临床可转化的细胞因子递送平台局部递送IL-12,避免了系统性给药的毒性问题,同时有效诱导Tpex细胞分化 | 研究主要基于动物模型,非人灵长类安全性数据有限,临床疗效尚待验证 | 评估局部给予IL-12细胞因子工厂的安全性和抗肿瘤疗效 | 结直肠癌小鼠模型、黑色素瘤小鼠模型和非人灵长类动物 | 免疫治疗 | 结直肠癌, 黑色素瘤, 实体瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9只结直肠癌小鼠和黑色素瘤小鼠模型,以及非人灵长类动物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5798 | 2025-10-06 |
Ferroptosis in idiopathic pulmonary fibrosis: mechanisms, impact, and therapeutic opportunities
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1567994
PMID:40469306
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综述 | 本文系统阐述了铁死亡在特发性肺纤维化中的机制、影响及治疗机遇 | 首次整合单细胞RNA测序定义的细胞异质性与铁死亡机制,提出精准抗纤维化治疗新框架 | 铁死亡在IPF中的具体分子调控网络仍需进一步实验验证 | 探讨铁死亡在特发性肺纤维化发病机制中的作用及靶向治疗策略 | 肺泡上皮细胞、巨噬细胞、成纤维细胞亚群 | 病理机制研究 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、分子谱分析 | NA | 文献数据、分子机制数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5799 | 2025-10-06 |
Toward precision oncology in LUAD: a prognostic model using single-cell sequencing and WGCNA based on a disulfidptosis relative gene signature
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1581915
PMID:40469299
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研究论文 | 本研究基于双硫死亡相关基因构建了肺腺癌预后模型,并探讨了KCNK1的致癌作用 | 首次结合单细胞测序和WGCNA分析双硫死亡相关基因在肺腺癌中的预后价值,并发现KCNK1作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 开发肺腺癌预后预测模型并探索新的治疗靶点 | 肺腺癌患者和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO回归, Cox回归, ssGSEA | 预后风险模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TCGA肺腺癌数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5800 | 2025-10-06 |
Exploring the landscape of Parkinson's disease transcriptomics: a quantitative review of research progress and future directions
2025, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2025.1505374
PMID:40469842
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综述 | 本研究通过文献计量分析揭示了帕金森病转录组学领域的研究格局和新兴趋势 | 首次对2011-2025年帕金森病转录组学研究进行全面文献计量分析,识别了单细胞和空间转录组学技术进步驱动的研究热潮 | 存在数据异质性和生物标志物验证高失败率等挑战 | 探索帕金森病转录组学领域的研究进展和未来方向 | 帕金森病转录组学研究文献 | 生物信息学 | 帕金森病 | 文献计量分析 | NA | 文献数据 | 208篇研究文章 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |