单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-05-12	Topical TYK2 inhibitor ameliorates psoriasis-like dermatitis via the AKT-SP1-NGFR-AP1 pathway in keratinocytes 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70256 PMID:40038877	研究论文	研究探讨了局部应用TYK2抑制剂对银屑病的治疗效果及其作用机制	揭示了TYK2抑制剂通过AKT-SP1-NGFR-AP1通路调节角质形成细胞炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外角质形成细胞实验，人体应用效果尚需进一步验证	评估局部TYK2抑制剂治疗银屑病的疗效并阐明其作用机制	咪喹莫特诱导的银屑病小鼠模型和人类角质形成细胞	皮肤病学	银屑病	scRNA-seq, 流式细胞术, RNA-seq, 双荧光素酶报告基因检测, ChIP-qPCR	小鼠银屑病模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
562	2025-05-12	Immunomodulatory effects of traditional chinese medicine on cancer: insights from network pharmacology and single-cell RNA sequencing data on the treatment of lung adenocarcinoma with shenling baizhu powder 2025-Feb-28, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01550-z PMID:40019596	研究论文	本研究通过网络药理学和单细胞RNA测序数据探讨了参苓白术散对肺腺癌的免疫调节作用	结合网络药理学和单细胞RNA测序技术揭示了参苓白术散通过调节巨噬细胞相关基因增强免疫功能的机制	研究机制尚未完全明确，需要进一步临床验证	探究参苓白术散对肺腺癌的免疫调节作用机制	肺腺癌患者免疫细胞及参苓白术散活性成分	数字病理学	肺腺癌	网络药理学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分子对接	机器学习	基因表达数据	未明确说明样本数量
563	2025-05-12	Immunogenic cell death signature predicts survival and reveals the role of VEGFA + Mast cells in lung adenocarcinoma 2025-Feb-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91401-5 PMID:40021802	研究论文	本研究通过分析免疫原性细胞死亡（ICD）相关基因，开发了一个免疫原性评分（IRS），用于预测肺腺癌患者的生存和免疫治疗效果，并揭示了肥大细胞在肿瘤微环境中的作用	开发了免疫原性评分（IRS）作为独立的预后因素，并揭示了肥大细胞在肿瘤微环境中促进肿瘤进展的机制	研究主要基于已有数据集，未进行实验验证	探索免疫原性细胞死亡（ICD）在肺腺癌中的作用及其与免疫治疗的关系	肺腺癌患者及其肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	七个独立数据集
564	2025-05-12	Complex regulation of cardiac fibrosis: insights from immune cells and signaling pathways 2025-Feb-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06260-5 PMID:40022104	review	本文综述了心脏纤维化中免疫细胞的作用及其调控机制	探讨了免疫细胞在心脏纤维化中的多面性作用及其异质性，提出了抗纤维化治疗策略的新见解	免疫细胞调控纤维化的具体机制尚不明确，不同亚群的作用有待进一步研究	理解免疫细胞在心脏纤维化中的角色及其调控机制	心脏纤维化过程中的免疫细胞和信号通路	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞测序、多组学分析	NA	NA	NA
565	2025-05-12	Myelin-reactive CD8+ T cells influence conventional dendritic cell subsets towards a mature and regulatory phenotype in experimental autoimmune encephalomyelitis 2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03377-8 PMID:40022134	研究论文	本文研究了髓鞘反应性CD8+ T细胞如何通过影响常规树突状细胞亚群，使其呈现成熟和调节表型，从而抑制实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发病机制	揭示了髓鞘反应性CD8+ T细胞通过直接与cDC1相互作用和通过旁分泌机制调节CD11b cDC的新机制，诱导成熟、调节性树突状细胞，从而抑制CD4 T细胞反应和减少EAE发病	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类多发性硬化症（MS）的情况	探讨髓鞘反应性CD8+ T细胞在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的功能及其对树突状细胞亚群的影响	髓鞘反应性CD8+ T细胞和常规树突状细胞亚群（cDC1和CD11b cDC）	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型	基因表达数据	NA
566	2025-05-12	Reawakening inflammation in the chronically injured spinal cord using lipopolysaccharide induces diverse microglial states 2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03379-6 PMID:40022205	研究论文	该研究探讨了在慢性脊髓损伤中通过脂多糖（LPS）重新激活炎症以诱导不同小胶质细胞状态的方法	首次使用单细胞RNA测序技术分析了亚急性和慢性脊髓损伤中小胶质细胞对LPS注射的反应，揭示了小胶质细胞状态的动态变化及其与神经可塑性的潜在关联	研究未完全阐明慢性损伤中炎症刺激后小胶质细胞状态与亚急性损伤环境的差异机制	探究小胶质细胞和LPS诱导的神经炎症如何促进脊髓损伤后的神经可塑性	脊髓损伤（SCI）后的小胶质细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及亚急性和慢性脊髓损伤模型
567	2025-05-12	LETSmix: a spatially informed and learning-based domain adaptation method for cell-type deconvolution in spatial transcriptomics 2025-Feb-28, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01442-8 PMID:40022231	研究论文	介绍了一种名为LETSmix的空间感知和学习驱动的领域自适应方法，用于空间转录组学中的细胞类型去卷积	通过定制的LETS滤波器整合空间相关性，利用层注释、表达相似性、图像纹理特征和空间坐标来优化ST数据，并采用混合增强的领域自适应策略解决ST与参考单细胞RNA测序数据之间的差异	未明确提及具体限制	提高空间转录组学中细胞类型去卷积的准确性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序	LETS滤波器	基因表达数据、空间坐标数据	NA
568	2025-05-12	TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes 2025-Feb-28, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf012 PMID:40036846	research paper	介绍了一个名为TcEVdb的数据库，用于从单细胞转录组数据中研究T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的表达和聚类	构建了首个全面的TcEV数据库，整合了来自多种T细胞类型、组织和疾病状态的单细胞RNA测序数据	数据库依赖于SEVtras方法的分析结果，可能存在技术偏差	研究T细胞来源的细胞外囊泡（TcEVs）在免疫调节和肿瘤微环境中的作用	T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）	生物信息学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	包含来自21个项目的221个样本中的277,265个EV液滴，涵盖51种T细胞类型、9种组织来源和23种疾病状态
569	2025-05-12	LOX+ iCAFs in HNSCC have the potential to predict prognosis and immunotherapy responses revealed by single cell RNA sequencing analysis 2025-Feb-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91036-6 PMID:40016474	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示了LOX+ iCAFs在头颈鳞状细胞癌(HNSCC)中预测预后和免疫治疗反应的潜力	鉴定了LOX-myCAFs和LOX+ iCAFs两种CAF亚型，并验证了LOX+ iCAF相关特征在预后和免疫治疗反应预测中的稳健性	研究仅基于公开数据集和有限的患者样本，需要进一步实验验证	探索CAFs在HNSCC中的功能作用及其对预后和免疫治疗反应的影响	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者	数字病理	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Seurat	RNA测序数据	102名HNSCC患者(GSE159067数据集)
570	2025-05-12	Bioinformatics analysis of shared biomarkers and immune pathways of preeclampsia and periodontitis 2025-Feb-27, BMC pregnancy and childbirth IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s12884-025-07277-w PMID:40016711	research paper	通过生物信息学分析探讨先兆子痫（PE）和牙周炎（PD）共有的生物标志物和免疫通路	首次通过生物信息学方法识别PE和PD共有的关键交叉基因和免疫通路，并构建诊断模型	研究依赖于公共数据库的转录组数据，未进行实验验证	揭示PE和PD共有的病理机制	先兆子痫（PE）和牙周炎（PD）患者	生物信息学	先兆子痫和牙周炎	转录组分析、WGCNA、单细胞RNA测序	XG-Boost	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的多个转录组数据集
571	2025-05-12	Integration and functionality of human iPSC-derived microglia in a chimeric mouse retinal model 2025-Feb-27, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03393-8 PMID:40016767	research paper	研究通过创建一种新型的体外嵌合模型，探讨了人类诱导多能干细胞来源的小胶质细胞在小鼠视网膜模型中的整合与功能	开发了一种包含异种移植小胶质细胞的体外嵌合模型，实现了人类小胶质细胞在小鼠视网膜中的高比例整合，并展示了其关键功能	研究仅观察了14天培养期内的人类小胶质细胞功能，长期整合与功能表现尚不明确	研究人类小胶质细胞在视网膜环境中的整合与功能，为视网膜退行性疾病研究提供新平台	人类诱导多能干细胞来源的小胶质细胞和小鼠视网膜模型	digital pathology	retinal degenerative diseases	scRNA-seq, immunostaining	chimeric mouse retinal model	RNA-seq data, image	未明确提及具体样本数量
572	2025-05-12	A novel stemness-related lncRNA signature predicts prognosis, immune infiltration and drug sensitivity of clear cell renal cell carcinoma 2025-Feb-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06251-6 PMID:40016772	研究论文	本研究探讨了干细胞相关长链非编码RNA（SRlncRNAs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后作用，并开发了一个用于风险分层和预后预测的签名	首次构建了一个基于SRlncRNAs的预后签名，并通过单细胞RNA测序和体内外实验验证了SRlncRNAs在ccRCC中的功能	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索SRlncRNAs在ccRCC预后中的作用，并开发一个风险分层和预后预测工具	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	生物信息学	肾细胞癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）	LASSO回归、多变量Cox回归	基因表达数据、临床数据	来自TCGA-KIRC和GSE29609队列的样本
573	2025-05-12	Anti-inflammatory actions of ripasudil ameliorate experimental autoimmune uveoretinitis in the acute phase 2025-Feb-27, BMJ open ophthalmology IF:2.0Q2 DOI:10.1136/bmjophth-2024-001981 PMID:40021201	研究论文	研究ripasudil（一种ROCK抑制剂）在实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎（EAU）急性期对眼部炎症的抑制作用及其机制	首次评估ripasudil在EAU发病初期给药时的抑制效果，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示其抑制T细胞活化和Th1细胞分化的机制	研究仅使用C57BL/6小鼠模型，未涉及其他动物模型或人类样本	评估ripasudil对EAU的抑制作用并阐明其机制	野生型C57BL/6小鼠	免疫学	自身免疫性葡萄膜视网膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	动物模型（小鼠EAU模型）	基因表达数据	未明确说明具体数量，仅提到使用C57BL/6小鼠
574	2025-05-12	Deep learning-based cell-specific gene regulatory networks inferred from single-cell multiome data 2025-Feb-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf138 PMID:40037709	研究论文	本研究开发了一个名为scMultiomeGRN的深度学习框架，用于从单细胞多组学数据推断细胞特异性基因调控网络	通过独特的单细胞基因组学（scRNA-seq）和表观基因组学（scATAC-seq）数据整合，构建了模态特定的邻居聚合器和跨模态注意力模块，以学习转录因子的潜在表示	单细胞测序数据的高丢失率可能导致单组学图谱不足，影响基因调控网络的推断	开发深度学习框架以从单细胞多组学数据推断细胞特异性基因调控网络	转录因子调控网络	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	深度学习框架（scMultiomeGRN）	单细胞多组学数据	多个基准数据集
575	2025-05-12	Application of scRNA-seq in Dental Research: Seeking Regenerative Clues From the Structure of Tooth and Periodontium in Physical or Pathological States 2025-Feb-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/FBL26200 PMID:40018926	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在牙齿和牙周组织研究中的应用	揭示了牙齿和牙周组织的复杂细胞组成，识别了新细胞类型并追踪了每种细胞类型的谱系	NA	研究牙齿和牙周组织的形成、稳态及再生机制	牙齿和牙周组织	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
576	2025-05-12	Characterization of T-bet expressing B cells in lupus patients indicates a putative prognostic and therapeutic value of these cells for the disease 2025-Jan-21, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxaf008 PMID:39918986	研究论文	研究系统性红斑狼疮(SLE)患者中T-bet+ B细胞作为预后和/或治疗工具的潜力	首次提出T-bet+ B细胞可作为SLE严重程度的预后生物标志物，并可能成为新的治疗靶点	样本量较小(10名健康供体和22名活动性SLE患者)，需要更大规模研究验证	探索T-bet+ B细胞在SLE中的预后和治疗价值	系统性红斑狼疮患者和健康供体的外周血B细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	流式细胞术、全血培养实验、scRNA-seq数据分析	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	10名健康供体和22名活动性SLE患者
577	2025-05-12	Multiomics analysis provides insights into musk secretion in muskrat and musk deer 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf006 PMID:40036429	研究论文	通过多组学分析探讨麝鼠和麝香鹿麝香分泌的分子机制	首次为麝鼠和麝香鹿生成了染色体级别的基因组组装，并构建了首个麝香分泌哺乳动物的多组学数据库平台MuskDB	研究仅针对两种麝香分泌哺乳动物，可能无法完全代表所有相关物种的麝香分泌机制	揭示麝香分泌的分子机制及其进化驱动因素	麝鼠(Ondatra zibethicus Linnaeus)和中华林麝(Moschus berezovskii Flerov)	基因组学	NA	多组学分析(基因组学、转录组学、单细胞RNA测序)	NA	基因组数据、转录组数据	2个物种的染色体级别基因组组装和168个麝鼠组织转录组
578	2025-05-12	A novel classification method for LUAD that guides personalized immunotherapy on the basis of the cross-talk of coagulation- and macrophage-related genes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518102 PMID:40018029	研究论文	本研究提出了一种基于凝血和巨噬细胞相关基因的新型分类方法，用于指导肺腺癌（LUAD）患者的个性化免疫治疗	通过交叉分析凝血相关基因和巨噬细胞相关基因，定义了COMAR基因，并基于这些基因构建了预测模型，为LUAD患者的精准治疗提供了新方法	研究依赖于外部数据队列和临床样本的验证，样本来源和数量可能影响模型的普遍适用性	探索基于凝血和巨噬细胞的LUAD新型分类方法，以指导精准治疗	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	WGCNA, scRNA-seq分析, MSigDB和KEGG数据库分析	预后风险评分模型	基因表达数据	涉及多个外部数据队列和临床样本，具体数量未明确说明
579	2025-05-12	Modulation of double-negative T cells by Huang-Lian-Jie-Du Decoction attenuates neuroinflammation in ischemic stroke: insights from single-cell transcriptomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1537277 PMID:40018035	研究论文	本研究通过单细胞转录组学探讨了黄连解毒汤对双阴性T细胞的调节作用及其在缺血性中风中的神经保护机制	首次揭示了黄连解毒汤通过调节双阴性T细胞的亚型平衡来减轻缺血性中风的神经炎症	需要进一步研究阐明双阴性T细胞介导的免疫反应机制及黄连解毒汤在其他神经炎症疾病中的潜在应用	探讨黄连解毒汤对缺血性中风神经炎症的调节作用及其机制	双阴性T细胞（DNTs）	神经免疫学	缺血性中风	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
580	2025-05-12	Elevated levels of IRF1 and CASP1 as pyroptosis-related biomarkers for intestinal epithelial cells in Crohn's disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1551547 PMID:40018047	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，确定了克罗恩病中与细胞焦亡相关的关键生物标志物IRF1和CASP1	首次将IRF1和CASP1鉴定为克罗恩病肠道上皮细胞中与细胞焦亡相关的特异性生物标志物	研究样本量有限，且未探讨这些生物标志物在疾病治疗中的潜在应用	探索克罗恩病中肠道上皮细胞焦亡的分子机制	克罗恩病患者样本和TNBS诱导的结肠炎大鼠模型	生物信息学	克罗恩病	基因表达差异分析、机器学习算法、单细胞测序分析	NA	基因表达数据	临床样本和动物模型（具体数量未明确说明）