单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-07-23	CRISPRi screens in human iPSC-derived astrocytes elucidate regulators of distinct inflammatory reactive states 2022-11, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01180-9 PMID:36303069	研究论文	通过CRISPRi筛选和单细胞转录组学技术，研究人类iPSC衍生的星形胶质细胞中炎症反应状态的调控机制	首次在人类iPSC衍生的星形胶质细胞中应用CRISPR干扰筛选技术，结合单细胞转录组学，系统性地研究了炎症反应状态的分子机制	研究主要基于体外培养的星形胶质细胞，可能无法完全反映体内复杂的微环境	阐明星形胶质细胞在不同炎症反应状态下的分子调控机制	人类iPSC衍生的星形胶质细胞	细胞生物学	阿尔茨海默病, 缺氧缺血性脑病	CRISPRi, 单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
562	2025-07-23	Identifying phenotype-associated subpopulations by integrating bulk and single-cell sequencing data 2022-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01091-3 PMID:34764492	研究论文	介绍了一种名为Scissor的方法，通过整合单细胞和批量表达数据来识别与特定表型相关的细胞亚群	Scissor方法首次实现了通过整合单细胞和批量表达数据直接关联细胞簇与特定表型	未提及方法在更大规模数据集上的验证情况	开发一种能够识别与表型相关细胞亚群的计算方法	单细胞RNA测序数据和批量表达数据	生物信息学	肺癌、黑色素瘤、面肩肱型肌营养不良症、阿尔茨海默病	scRNA-seq	回归模型	基因表达数据	NA
563	2025-07-23	Loss of Mir146b with aging contributes to inflammation and mitochondrial dysfunction in thioglycollate-elicited peritoneal macrophages 2021-08-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.66703 PMID:34423778	研究论文	本文探讨了随着年龄增长，巨噬细胞中Mir146b的缺失如何导致炎症和线粒体功能障碍	首次发现Mir146b在巨噬细胞老化过程中的表达下降及其对炎症和线粒体功能的影响	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	揭示巨噬细胞老化的分子机制	硫乙醇酸盐诱导的小鼠腹腔巨噬细胞	免疫学	老年疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，使用小鼠巨噬细胞
564	2025-07-23	Deficiency of histone lysine methyltransferase SETDB2 in hematopoietic cells promotes vascular inflammation and accelerates atherosclerosis 2021-06-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.147984 PMID:34003795	research paper	该研究探讨了组蛋白赖氨酸甲基转移酶SETDB2在造血细胞中的缺失如何促进血管炎症并加速动脉粥样硬化	首次发现SETDB2在动脉粥样硬化病变中表达上调，并揭示其在调控巨噬细胞活化和炎症反应中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究SETDB2在动脉粥样硬化发展中的分子机制	人类和小鼠的动脉粥样硬化病变及造血细胞	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	Ldlr敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型及人类动脉粥样硬化病变样本
565	2025-07-23	TWO-SIGMA: A novel two-component single cell model-based association method for single-cell RNA-seq data 2021-03, Genetic epidemiology IF:1.7Q3 DOI:10.1002/gepi.22361 PMID:32989764	研究论文	本文开发了一种名为TWO-SIGMA的新型双组分单细胞模型关联方法，用于单细胞RNA测序数据中的差异表达分析	TWO-SIGMA是首个能够同时实现多项特性的scRNA-seq数据分析方法，包括不要求对数转换结果、允许过度分散和零膨胀计数、通过随机效应项适应同一样本细胞间的相关性结构等	未明确提及具体局限性，但可能包括对特定数据结构的依赖或计算复杂度	开发一种灵活且功能全面的单细胞RNA测序数据分析方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	混合效应逻辑回归模型和混合效应负二项回归模型	单细胞RNA测序数据	NA
566	2025-07-22	Single-cell transcriptomic profiling uncovers cellular complexity and microenvironment in gastric tumorigenesis associated with Helicobacter pylori 2025-Aug, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.10.012 PMID:39414226	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了幽门螺杆菌相关胃癌发生过程中的细胞复杂性和微环境变化	首次构建了涵盖胃炎、肠上皮化生和胃癌的单细胞图谱，揭示了幽门螺杆菌阳性样本中特异的细胞间通讯网络	样本量相对较小(18例)，验证队列需要进一步扩大	阐明幽门螺杆菌驱动的胃癌发生过程中的细胞异质性和分子机制	人类胃组织样本(胃炎、肠上皮化生和胃癌)	单细胞组学	胃癌	scRNA-seq, 免疫荧光, 免疫组化, qRT-PCR, 生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据	18例胃组织标本(胃炎/肠上皮化生/胃癌)
567	2025-07-22	Derlin-3 manipulates the endoplasmic reticulum stress and IgG4 secretion of plasma cells in lung adenocarcinoma 2025-Aug, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03435-8 PMID:40369338	研究论文	本研究探讨了Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中通过内质网应激调控浆细胞IgG4分泌的机制	首次揭示了Derlin-3通过Hrd1/p38/PRDM1通路调控浆细胞内质网应激和IgG4分泌的分子机制，并发现其与M2型巨噬细胞极化的关联	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中的免疫调控功能	肺腺癌组织、B淋巴细胞（特别是浆细胞）和巨噬细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据、组织样本	NA（文中未明确说明具体样本数量）
568	2025-07-22	TREM-1 as a potential biomarker for malignant transformation risk in oral leukoplakia: Insights from bioinformatics and dual immunofluorescence analysis 2025-Aug, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156088 PMID:40555060	研究论文	本研究通过生物信息学和双重免疫荧光分析探讨TREM-1在口腔白斑(OLK)恶性转化中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	首次将TREM-1与OLK恶性转化风险联系起来，并通过单细胞RNA测序确定巨噬细胞是主要的TREM-1表达细胞	虽然TREM-1表达与恶性转化显著相关，但Cox回归未能确认这一关联	探索TREM-1在OLK恶性转化中的作用机制并评估其作为预后生物标志物的潜力	口腔白斑(OLK)患者组织样本(69例OLK和63例对照组织)	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 双重免疫荧光分析	Cox回归模型, Kaplan-Meier分析	基因表达数据, 组织图像数据	69例OLK组织和63例对照组织
569	2025-07-22	Heterogeneity of lymphoid cells in PBMCs in the acute phase of SFTS: single-cell transcriptome profiling 2025-Jul-25, Journal of biomedical research IF:2.2Q3 DOI:10.7555/JBR.39.20250250 PMID:40685857	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了严重发热伴血小板减少综合征（SFTS）急性期淋巴细胞功能异常的机制及糖皮质激素对淋巴细胞的调节作用	首次在单细胞水平解析SFTS急性期淋巴细胞异质性，揭示糖皮质激素治疗对炎症反应和病毒特异性抗体产生的双重影响	样本量较小（13例患者+3例健康对照），未进行长期随访验证临床结局	阐明SFTS急性期免疫功能障碍机制及糖皮质激素治疗对淋巴细胞的影响	外周血单个核细胞（PBMCs）中的淋巴细胞亚群	免疫学	病毒感染（严重发热伴血小板减少综合征）	单细胞RNA测序（scRNA-seq），生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据	16例（13例急性期SFTS患者+3例健康志愿者）
570	2025-07-22	A Deep Learning Approach to Assessing Cell Identity in Stem Cell-Based Embryo Models 2025-Jul-22, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2025_654 PMID:40690128	research paper	使用深度学习评估干细胞胚胎模型中细胞身份的研究	开发了一个集成模型，利用单细胞RNA测序数据对体外细胞类型进行分类并评估分类可靠性	未提及具体样本量或模型验证的详细结果	评估干细胞胚胎模型与真实胚胎发育的相似性	胚胎干细胞（ESCs）和体外培养的细胞类型	digital pathology	NA	scRNA-seq, scvi-tools	DL	RNA-seq数据	NA
571	2025-07-22	Lung Single-Cell Transcriptomics Reveal Diverging Pathobiology and Opportunities for Precision Targeting in Scleroderma-Associated Versus Idiopathic Pulmonary Arterial Hypertension 2025-Jul-21, Circulation. Genomic and precision medicine DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004936 PMID:40686216	研究论文	通过单细胞转录组学分析，揭示了硬皮病相关肺动脉高压（SSc-PAH）与特发性肺动脉高压（IPAH）在肺组织中的基因表达差异，为精准靶向治疗提供新思路	首次在单细胞水平比较SSc-PAH与IPAH的基因表达模式，发现独特的致病机制和潜在治疗靶点	样本量较小（每组仅4例），需要在更大队列中验证结果	探究SSc-PAH与IPAH的分子病理差异，寻找精准治疗靶点	SSc-PAH、IPAH患者及失败供体的肺组织样本	单细胞转录组学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（10X Genomics Chromium Flex平台）	Seurat分析流程	单细胞转录组数据	4例SSc-PAH、4例IPAH和4例失败供体肺组织
572	2025-07-22	Defining the Ovarian Cancer Precancerous Landscape through Modeling Fallopian Tube Epithelium Reprogramming Driven by Extracellular Vesicles 2025-Jul-21, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0064 PMID:40689422	研究论文	通过模拟细胞外囊泡驱动的输卵管上皮重编程，定义卵巢癌前病变的分子景观	开发了一种结合空间转录组学和蛋白质组学读数的微流体组织培养平台，用于研究小细胞外囊泡（sEVs）对输卵管上皮组织的影响	研究仅关注了短期和长期暴露于sEVs后的转录组和蛋白质组变化，未涉及其他可能的分子机制	探索卵巢癌前病变的分子机制，特别是sEVs在其中的作用	人类输卵管上皮组织（hFTE）和卵巢癌来源的小细胞外囊泡（sEVs）	癌症研究	卵巢癌	空间转录组学、蛋白质组学、微流体组织培养	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
573	2025-07-22	IGCLAPS: an interpretable graph contrastive learning method with adaptive positive sampling for scRNA-seq data analysis 2025-Jul-21, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf411 PMID:40689508	研究论文	提出了一种名为IGCLAPS的可解释图对比学习方法，用于单细胞RNA测序数据分析	结合图变换器和双头图对比学习模块，同时进行降维和细胞聚类，并设计了自适应正采样模块动态识别真实正样本对	NA	提高单细胞RNA测序数据中的细胞聚类性能并生成可解释的基因表达模式	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	图变换器, 对比学习	基因表达数据	一系列真实数据集
574	2025-07-22	Epithelial Lining Fluid Cystatin SN is a Noninvasive Biomarker for Predicting Type 2 Chronic Rhinosinusitis 2025-Jul-21, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16652 PMID:40689541	research paper	本研究旨在鉴定一种非侵入性上皮衬液（ELF）生物标志物，用于预测2型慢性鼻窦炎（T2 CRS）	首次发现CST1在T2 CRS上皮细胞中特异性表达，并通过免疫荧光染色证实，同时发现ELF中的cystatin SN水平与T2炎症显著相关	研究样本量未明确说明，且未提及多中心验证	鉴定T2 CRS的非侵入性生物标志物以实现个体化治疗	慢性鼻窦炎患者和对照个体的鼻组织和ELF样本	生物标志物研究	慢性鼻窦炎	scRNA-seq、Luminex多重检测、酶联免疫吸附试验	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据	NA
575	2025-07-22	Cellular-resolution spatial transcriptomics of skin remodelling after fractional CO2 laser treatment 2025-Jul-21, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.20870 PMID:40689597	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
576	2025-07-22	GraphCellNet: A deep learning method for integrated single-cell and spatial transcriptomic analysis with applications in development and disease 2025-Jul-21, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-025-02575-4 PMID:40690004	研究论文	提出了一种名为GraphCellNet的深度学习方法，用于整合单细胞和空间转录组分析，应用于发育和疾病研究	结合了细胞类型去卷积和空间域识别的模型，采用Kolmogorov-Arnold Network层（KAN）增强非线性特征表示和上下文整合	NA	提高空间转录组分析的精确度，解决细胞边界模糊和高异质性问题	心肌梗死、果蝇发育、人类心脏发育	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学（ST）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	GraphCellNet、KAN	基因表达数据、空间位置数据	NA
577	2025-07-22	Integrating scRNA-seq and spatial transcriptomics to explore the implication of G6PD on immune microenvironment in lymphatic metastasis of breast cancer 2025-Jul-21, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02943-7 PMID:40690087	研究论文	本研究通过整合scRNA-seq和空间转录组学技术，探讨了G6PD在乳腺癌淋巴转移免疫微环境中的作用	发现了G6PD在乳腺癌淋巴转移过程中的高表达及其与Treg细胞介导的免疫抑制微环境的关联	样本量相对较小（8名患者），需要在更大队列中验证结果	探索G6PD在乳腺癌淋巴转移免疫微环境中的作用机制	乳腺癌患者及其转移性腋窝淋巴结	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞测序数据, 空间转录组数据	8名患者的118,127个细胞
578	2025-07-22	Single-cell RNA sequencing in tuberculosis: Application and future perspectives 2025-Jul-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003095 PMID:39111829	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在结核病（TB）研究中的应用及其未来前景	强调了scRNA-seq在结核病临床生物标志物探索、宿主导向治疗和精准治疗研究中的潜力	讨论了scRNA-seq在结核病相关研究中广泛应用需要克服的瓶颈	探讨scRNA-seq在结核病研究中的应用及未来发展方向	结核病（TB）及其免疫反应机制	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
579	2025-07-22	The Icarian flight of antibody-drug conjugates: target selection amidst complexity and tackling adverse impacts 2025-Jul-19, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwaf002 PMID:39813112	综述	本文综述了抗体药物偶联物（ADCs）在癌症治疗中的发展现状、挑战及优化策略	探讨了多靶点策略、pH依赖性抗体和掩蔽肽技术等提高ADC疗效和安全性的新方法，以及单细胞测序和人工智能在靶点选择优化中的应用	未提及具体临床数据或实验验证结果	优化抗体药物偶联物的靶点选择和抗体工程，提高其疗效和安全性	抗体药物偶联物（ADCs）	生物医学	癌症	单细胞测序、人工智能	NA	NA	NA
580	2025-07-22	Identification of biomarkers for Laryngeal squamous cell carcinoma through Mendelian randomization and integrated bioinformatics analysis 2025-Jul-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03114-w PMID:40679719	研究论文	通过孟德尔随机化和整合生物信息学分析，识别喉鳞状细胞癌的生物标志物	整合多组学数据，全面分析泛凋亡相关基因在喉鳞状细胞癌预后中的作用，并构建了一个具有临床预测价值的风险模型	样本量相对较小，且仅基于公开数据库的数据，未进行大规模临床验证	探索泛凋亡相关基因在喉鳞状细胞癌预后中的作用，并构建预测模型	喉鳞状细胞癌患者样本和正常样本	生物信息学	喉鳞状细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, CNV分析, 差异表达分析, GO/KEGG/Metascape富集分析, Lasso-Cox方法, CIBERSORT算法, qRT-PCR	Lasso-Cox模型	RNA-seq数据, scRNA-seq数据, CNV数据	训练集: 114例喉鳞状细胞癌样本和12例正常样本；验证集: 270例喉鳞状细胞癌样本；scRNA-seq数据: 2例喉鳞状细胞癌样本