单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-07-23	Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2025-May-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558 PMID:39961646	研究论文	本研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	揭示了SCT主要通过影响肠道髓系细胞谱系，恢复支持黏膜愈合的巨噬细胞功能，并发现CD患者造血干细胞（HSCs）亚群的功能异质性	样本量较小（n=19），且机制研究依赖小鼠异种移植模型	阐明SCT后免疫系统重建机制，评估其作为细胞疗法恢复免疫细胞功能的潜力	难治性克罗恩病成年患者（n=19）的血液、肠道样本及HSCs	细胞治疗	克罗恩病	CyTOF（质谱流式细胞术）、scRNA-seq（单细胞RNA测序）、小鼠异种移植模型	NA	单细胞转录组数据、质谱流式数据	19例难治性CD患者
562	2025-07-23	Citrullination of NF-κB p65 by PAD2 as a Novel Therapeutic Target for Modulating Macrophage Polarization in Acute Lung Injury 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413253 PMID:40087815	研究论文	本文探讨了PAD2通过瓜氨酸化NF-κB p65调控巨噬细胞极化在急性肺损伤中的新治疗靶点	发现NF-κB p65上的新瓜氨酸化位点R171，并开发了一种基于金纳米颗粒的靶向治疗策略	研究主要聚焦于PA诱导的急性肺损伤，其他类型的肺损伤是否适用尚不明确	探索PAD2介导的瓜氨酸化在巨噬细胞极化中的作用及其在急性肺损伤治疗中的应用	巨噬细胞极化和急性肺损伤	生物医学	急性肺损伤	单细胞RNA测序、质谱蛋白质组学	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	NA
563	2025-07-23	Histological signatures map anti-fibrotic factors in mouse and human lungs 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08727-3 PMID:40108456	研究论文	该研究通过分析小鼠和人类肺部的组织学特征，绘制了抗纤维化因子的图谱	通过高维组织学纤维特征和单细胞测序技术，识别了与纤维化进程和消退相关的成纤维细胞亚型及其生物分子环境	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类数据的验证仍需进一步扩展	探索肺纤维化进程中促纤维化和抗纤维化因子的作用机制	小鼠和人类肺组织	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序, Visium空间分析	NA	组织学图像, 转录组数据	NA
564	2025-07-23	Integrated analysis of molecular atlases unveils modules driving developmental cell subtype specification in the human cortex 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01933-2 PMID:40259073	研究论文	通过整合分析人类大脑皮层发育和成年期的单细胞转录组数据，揭示了驱动皮层发育细胞亚型分化的基因共表达网络模块	首次通过平行元分析生成500多个基因共表达网络，揭示了皮层发育的动态细胞亚型特异性，并验证了特定模块在细胞命运决定中的作用	研究主要基于转录组数据，未涉及蛋白质水平或其他分子层面的验证	探索人类大脑皮层发育过程中细胞亚型分化的分子机制	人类大脑皮层发育期和成年期的单细胞转录组数据	生物信息学	神经发育障碍	单细胞转录组测序	基因共表达网络分析	转录组数据	7个发育期数据集和16个成年期数据集
565	2025-07-23	Single cell RNA sequencing of haematopoietic cells in fresh and frozen human atheroma tissue 2025-Apr-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf014 PMID:39907372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了新鲜和冷冻保存的人类动脉粥样硬化组织中造血细胞的活性和转录组特征	首次评估了冷冻保存对脆弱和坏死动脉粥样硬化组织中造血细胞转录组分析的影响，证明了冷冻保存样本可用于大规模生物样本库	研究中观察到颈动脉样本中LYVE1+巨噬细胞的缺失，可能是由于动脉内膜切除术中丢失了外膜层	评估冷冻保存对人类动脉粥样硬化组织中造血细胞单细胞RNA测序结果的影响	人类动脉粥样硬化组织中的造血细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 10× Genomics工作流程	NA	RNA测序数据	5对新鲜和冷冻保存的动脉粥样硬化样本(3个来自冠状动脉，2个来自颈动脉)
566	2025-07-23	Investigative needle core biopsies support multimodal deep-data generation in glioblastoma 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58452-8 PMID:40295505	研究论文	本研究探讨了在胶质母细胞瘤（GBM）中，利用常规立体定向针芯活检进行多组学分析的可行性和效用	展示了从常规立体定向针芯活检中生成深度数据的可能性，并进行了高分辨率的多组学分析，包括单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、T细胞克隆型分析和MHC I类免疫肽组学	研究样本量未明确说明，且立体定向活检用于监测治疗反应的效用仍需进一步验证	评估立体定向活检在胶质母细胞瘤治疗反应监测中的可行性和数据生成潜力	胶质母细胞瘤（GBM）患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、T细胞克隆型分析、MHC I类免疫肽组学	NA	多组学数据	NA
567	2025-07-23	Single-cell and spatial detection of senescent cells using DeepScence 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.21.568150 PMID:38045252	研究论文	开发了一种基于深度神经网络的DeepScence方法，用于在单细胞和空间转录组数据中准确识别衰老细胞	提出了DeepScence方法，结合了CoreScence基因集，能够准确识别单细胞和空间转录组数据中的衰老细胞，性能优于现有方法	NA	研究衰老细胞的空间和分子特征	衰老细胞	生物信息学	NA	单细胞转录组测序，空间转录组测序	深度神经网络	单细胞基因表达数据，空间转录组数据	NA
568	2025-07-23	Activated polyreactive B cells are clonally expanded in autoantibody positive and patients with recent-onset type 1 diabetes 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115425 PMID:40117290	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和BCR测序分析了自身反应性B细胞在1型糖尿病（T1D）中的作用	揭示了自身抗体阳性和新发T1D患者中胰岛抗原反应性B细胞的基因表达和BCR库变化，并发现这些细胞具有多反应性	样本来源仅限于外周血，未直接分析胰腺组织中的B细胞	探索自身反应性B细胞在1型糖尿病发病机制中的作用	非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发T1D供体的外周血胰岛抗原反应性B细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序，BCR测序	NA	RNA序列数据，BCR序列数据	未明确说明具体数量，包括三类供体（非糖尿病自身抗体阴性一级亲属、自身抗体阳性和新发T1D患者）
569	2025-07-23	Single cell RNA sequencing after moderate traumatic brain injury: effects of therapeutic hypothermia 2025-Apr-18, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03430-6 PMID:40251570	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了中度创伤性脑损伤后治疗性低温对多种细胞类型特异性转录反应的影响	首次在中度创伤性脑损伤模型中应用单细胞RNA测序技术，全面评估治疗性低温对不同细胞亚型的转录调控作用	研究仅观察了损伤后24小时的短期效应，缺乏长期疗效评估	探究治疗性低温对创伤性脑损伤后细胞特异性分子机制的影响	C57BL/6小鼠的脑皮质组织	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	使用C57BL/6小鼠建立的中度控制性皮质冲击损伤模型
570	2025-07-23	An atlas of single-cell eQTLs dissects autoimmune disease genes and identifies novel drug classes for treatment 2025-Apr-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100820 PMID:40154479	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和GWAS数据，构建了一个单细胞eQTL图谱，用于解析自身免疫疾病基因并识别新的治疗药物类别	提出了一个联合模型JOBS，将批量组织eQTLs作为组成细胞类型sc-eQTLs的加权和，显著提高了eQTL的检测能力，并开发了一个药物再利用流程	sc-eQTL数据集规模相对较小，可能影响模型的全面性和准确性	提高eQTL检测能力并解析自身免疫疾病基因，识别新的治疗药物	单细胞RNA测序数据和GWAS数据	基因组学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), GWAS	JOBS模型	基因组数据	OneK1K和eQTLGen数据集
571	2025-07-23	Comparison of Lean, Obese, and Weight-Loss Models Reveals TREM2 Deficiency Attenuates Breast Cancer Growth Uniquely in Lean Mice and Alters Clonal T-cell Populations 2025-Apr-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3511 PMID:39841585	研究论文	本研究通过比较瘦、肥胖和减重小鼠模型，探讨了TREM2缺陷在不同体重历史条件下对绝经后乳腺癌生长的影响	揭示了TREM2缺陷在瘦小鼠中独特地抑制乳腺癌生长，并改变了克隆T细胞群，同时发现体重历史影响TREM2抑制和抗PD-1治疗的效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探讨肥胖与乳腺癌关联的机制以及减重的潜在益处，为治疗策略提供信息	瘦、肥胖和减重小鼠模型中的绝经后乳腺癌	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、可变-多样性-连接测序（VDJ测序）	小鼠模型	基因表达数据、免疫细胞数据	不同体重历史条件的小鼠模型
572	2025-07-23	Transmembrane Serine Protease TMPRSS11B promotes an acidified tumor microenvironment and immune suppression in lung squamous cell carcinoma 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646727 PMID:40235980	研究论文	本文研究了跨膜丝氨酸蛋白酶TMPRSS11B在肺鳞状细胞癌（LUSC）中如何促进酸性肿瘤微环境和免疫抑制	揭示了TMPRSS11B在促进酸性肿瘤微环境和免疫抑制中的作用，并提出了其作为LUSC治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索TMPRSS11B在肺鳞状细胞癌肿瘤微环境和免疫系统中的作用	肺鳞状细胞癌（LUSC）	肿瘤学	肺癌	RNA FISH分析、空间转录组学、超pH敏感纳米颗粒成像和代谢物分析	NA	基因表达数据、代谢物数据、成像数据	免疫活性小鼠模型和SNL模型
573	2025-07-23	EcDNA-borne PVT1 fusion stabilizes oncogenic mRNAs 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646515 PMID:40236070	research paper	该研究揭示了ecDNA扩增通过结构变异产生致癌基因融合转录本的机制，特别是PVT1基因的5'区域作为致癌基因mRNA稳定剂的作用	首次发现ecDNA的结构变异导致基因融合，特别是PVT1基因5'区域与致癌基因的融合，并通过与SRSF1蛋白的相互作用增强RNA稳定性	研究主要关注PVT1基因的融合机制，可能未涵盖其他ecDNA介导的致癌机制	探究ecDNA扩增在癌症中的驱动机制及其对致癌基因表达的影响	人类癌症中的ecDNA扩增及其产生的基因融合	癌症基因组学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
574	2025-07-23	Excitatory synaptic transmission is differentially modulated by opioid receptors along the claustro-cingulate pathway 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646444 PMID:40236172	research paper	该研究探讨了阿片受体如何调节CLA-ACC回路中的谷氨酸能信号传导	揭示了KOR、MOR和DOR阿片受体在CLA-ACC通路中对兴奋性突触传递的差异化调节作用，特别是KOR的独特作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	研究阿片受体对CLA-ACC神经回路中兴奋性突触传递的调节机制	小鼠的CLA-ACC神经回路	神经科学	NA	空间转录组学、切片电生理学、光遗传学、药理学方法	NA	电生理数据	小鼠样本（具体数量未提及）
575	2025-07-23	Evidence of off-target probe binding in the 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel compromises accuracy of spatial transcriptomic profiling 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646342 PMID:40236200	研究论文	本文研究了10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中的脱靶探针结合问题，并开发了OPT软件工具来识别脱靶结合	开发了Off-target Probe Tracker (OPT)软件工具来识别脱靶探针结合，并验证了其对空间转录组数据准确性的影响	研究仅针对10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中的280个基因，可能不适用于其他基因面板	评估空间转录组技术中探针特异性对基因表达谱准确性的影响	10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中的探针	空间转录组学	乳腺癌	空间转录组技术，单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	280个基因的面板，使用先前发表的Xenium乳腺癌数据集进行验证
576	2025-07-23	Crosstalk Signaling Between the Epithelial and Non-Epithelial Compartments of the Mouse Inner Ear 2025-Apr, Journal of the Association for Research in Otolaryngology : JARO DOI:10.1007/s10162-025-00980-7 PMID:40080263	research paper	本研究探讨了小鼠内耳中上皮和非上皮间充质细胞之间的信号传导及其在耳石器发育中的作用	揭示了新生小鼠耳石器中上皮和非上皮细胞群之间通过TGFβ和多效蛋白途径的定量信号传导	研究仅聚焦于出生后第4天和第6天的小鼠耳石器，可能无法完全代表整个发育过程	探索内耳非上皮间充质细胞与感觉上皮的相互作用及其在耳石器发育中的角色	新生小鼠耳石器中的上皮和非上皮细胞群	neuroscience	NA	Smart-seq2单细胞RNA测序、免疫组织化学、定量多重原位杂交	NA	单细胞RNA测序数据、图像数据	955个细胞（来自出生后第4天和第6天的小鼠耳石器）
577	2025-07-23	The dynamic and diverse nature of parenchyma cells in the Arabidopsis root during secondary growth 2025-04, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-01938-6 PMID:40140531	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和谱系追踪技术，揭示了拟南芥根在次生生长过程中薄壁细胞的多样性和功能	首次结合单细胞RNA测序与谱系追踪技术，重建了拟南芥根次生生长过程中细胞类型的发育轨迹，发现了20种不同的细胞类型或状态，其中许多是先前未被描述的	研究仅针对拟南芥根，可能不适用于其他植物或组织	探究拟南芥根在次生生长过程中薄壁细胞的多样性和功能	拟南芥根的薄壁细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序分析、谱系追踪	NA	RNA测序数据	93个报告基因系
578	2025-07-23	Transcriptional profiles of mouse oligodendrocyte precursor cells across the lifespan 2025-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00840-2 PMID:40164771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探究了小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）在整个生命周期中的转录组变化	创建了Matn4-mEGFP转基因小鼠品系，并首次在单细胞水平上揭示了OPCs在不同状态下的转录组变化，特别是HIF-1α和WNT通路的激活	研究主要集中在小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究衰老如何影响少突胶质前体细胞（OPCs）的增殖和分化能力	小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	Matn4-mEGFP转基因小鼠品系在不同年龄阶段的OPCs
579	2025-07-23	MYB74 transcription factor guides de novo specification of epidermal cells in the abscission zone of Arabidopsis 2025-04, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-01976-0 PMID:40181105	研究论文	本文揭示了MYB74转录因子在拟南芥脱落区表皮细胞新生过程中的关键作用	首次发现非表皮残留细胞(RECs)通过转分化形成表皮细胞的三个阶段，并鉴定出转录因子MYB74在该过程中的核心调控作用	未明确比较这种新生表皮机制与伤口愈合途径的具体优势差异	探究植物脱落区表皮细胞新生的分子机制及其生物学意义	拟南芥脱落区的非表皮残留细胞(RECs)	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，研究对象为拟南芥脱落区细胞
580	2025-07-23	Integrated single-cell and spatial analysis identifies context-dependent myeloid-T cell interactions in head and neck cancer immune checkpoint blockade response 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.24.644582 PMID:40196610	研究论文	通过整合单细胞和空间分析，识别头颈癌免疫检查点阻断反应中依赖于上下文的髓系-T细胞相互作用	结合10X Visium和Nanostring CosMx空间组学技术，首次系统评估了头颈癌免疫检查点阻断治疗中免疫细胞类型的空间相互作用	研究样本量相对有限（26名患者的单细胞数据和8名患者的空间RNA-Seq数据）	阐明头颈癌免疫检查点阻断治疗反应的免疫细胞空间相互作用机制	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者肿瘤微环境中的免疫细胞	空间组学	头颈癌	scRNA-Seq, 空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间RNA测序数据	26名患者的522,399个单细胞数据，8名接受ICB治疗患者的空间RNA-Seq数据