单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-07-19	Single-cell and spatial transcriptome analysis revealed cellular heterogeneity of glycosyltransferases in cervical cancer, and identified GALNT3-negative epithelial cells as a protective factor: a retrospective cohort study based on public database 2025-07-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002520 PMID:40387729	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了糖基转移酶在宫颈癌中的异质性及其作用	首次揭示了糖基转移酶相关基因在宫颈癌上皮细胞中的富集情况，并发现GALNT3阴性上皮细胞可作为宫颈癌患者的保护因素	研究基于公共数据库进行回顾性分析，缺乏前瞻性临床验证	探究糖基转移酶在宫颈癌发展中的作用机制	宫颈癌组织中的上皮细胞及相关免疫细胞	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, stRNA-seq	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	基于公共数据库的回顾性队列研究（具体样本量未明确说明）
562	2025-07-19	Asperosaponin VI Promotes Osteoporotic Fracture Healing by Targeting Piezo1 to Enhance the Coupling of LEPR+ BMSCs and PODXL+ ECs 2025-Jul, Phytotherapy research : PTR IF:6.1Q1 DOI:10.1002/ptr.8523 PMID:40393465	研究论文	本研究探讨了Asperosaponin VI (ASP)通过靶向Piezo1增强LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，促进骨质疏松性骨折愈合的机制	首次揭示了ASP通过激活Piezo1/ERK1/2/YAP/VEGF信号通路促进LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，为骨质疏松性骨折治疗提供了新策略	研究主要基于动物模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	阐明骨质疏松性骨折的分子发病机制并探索新的治疗方法	LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs	骨生物学	骨质疏松性骨折	单细胞RNA测序、分子对接、CETSA、DARTS、三维培养、划痕愈合实验、管形成实验	OVX模型结合股骨骨折	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，使用了OVX模型小鼠和体外培养的细胞
563	2025-07-19	Evaluation of tumor pseudocapsule using computed tomography-based radiomics in pancreatic neuroendocrine tumors to predict prognosis and guide surgical strategy: a cohort study 2025-07-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002511 PMID:40395025	研究论文	本研究通过基于计算机断层扫描的放射组学评估胰腺神经内分泌肿瘤的假包膜状态，以预测预后并指导手术策略	结合放射组学和机器学习技术，术前识别假包膜状态，为小肿瘤的手术决策提供依据	研究样本来自单一医疗中心，可能存在选择偏差	评估胰腺神经内分泌肿瘤假包膜状态对手术策略和预后的影响	胰腺神经内分泌肿瘤患者	数字病理学	胰腺神经内分泌肿瘤	scRNA-seq, 放射组学分析	机器学习模型	影像数据, 临床病理数据	475例胰腺神经内分泌肿瘤患者
564	2025-07-19	Potential of SPHK1 as a prognostic marker and therapeutic target in colorectal cancer: insights from bioinformatics and experimental analysis 2025-07-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002506 PMID:40434736	研究论文	本研究通过生物信息学和实验分析探讨了SPHK1在结直肠癌(CRC)进展中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次系统评估SPHK1在CRC中的预后价值，并通过多组学分析和实验验证揭示其通过调控上皮-间质转化促进肿瘤转移的分子机制	样本量相对有限(90例CRC组织)，且需要更多体内实验验证SPHK1作为治疗靶点的可行性	探究SPHK1在结直肠癌进展中的分子机制及其临床转化价值	结直肠癌组织样本(90例)和细胞系	数字病理学	结直肠癌	多组学分析(TCGA/GEPIA2数据库)、单细胞RNA测序、孟德尔随机化(MR)分析、多重荧光免疫组化	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、组织图像数据	90对CRC和正常组织样本+公共数据库数据
565	2025-07-19	Role of Defense/Immunity Proteins in Non-Obstructive Azoospermia: Insights from Gene Expression and Single-Cell RNA Sequencing Analyses 2025-Jul, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-025-01916-5 PMID:40537735	研究论文	本研究探讨了防御/免疫蛋白在非梗阻性无精子症（NOA）中的作用，通过基因表达和单细胞RNA测序分析揭示了免疫失调与NOA发病机制的关联	首次通过单细胞RNA测序技术确认了免疫相关基因在NOA患者不同睾丸细胞群体中的差异表达，为NOA的免疫病理机制提供了新见解	研究主要基于基因表达数据分析，缺乏直接的蛋白质水平验证和功能实验	探索免疫相关基因在非梗阻性无精子症发病机制中的作用	非梗阻性无精子症患者	生殖医学	男性不育症	基因表达分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个数据集（具体数量未明确说明）
566	2025-07-19	Single-cell mutational burden distributions in birth-death processes 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013241 PMID:40623094	研究论文	本文通过引入动态矩阵分析和统一SFS、DD和MBD三种分布，推导了这些分布的期望递推关系，并揭示了单细胞MBD主要由DD中的随机性驱动	引入了动态矩阵来分析和统一SFS、DD和MBD三种分布，推导了新的MBD表达式，并揭示了单细胞MBD主要由DD中的随机性驱动	在引入死亡的情况下，所有三种分布都是近似推导的，可能存在一定的误差	研究肿瘤细胞群体中突变积累的统计分布，以更好地理解肿瘤的生态和进化动态	肿瘤细胞群体中的突变积累	肿瘤进化	癌症	单细胞测序	动态矩阵	基因组数据	NA
567	2025-07-19	Age-dependent accumulation of mitochondrial tRNA mutations in mouse kidneys linked to mitochondrial kidney diseases 2025-Jul, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00909-y PMID:40579478	研究论文	研究探讨了小鼠肾脏中与线粒体肾病相关的线粒体tRNA突变随年龄积累的模式及其病理机制	使用DddA衍生的胞嘧啶碱基编辑器技术创建携带不同致病性线粒体tRNA突变的小鼠模型，揭示了肾脏细胞类型中独特的异质性动态	研究主要基于小鼠模型，人类线粒体肾病的确切机制可能需要进一步验证	探究线粒体DNA突变在衰老过程中的组织特异性积累及其与线粒体肾病的关联	携带致病性线粒体tRNA突变的小鼠模型	分子生物学	线粒体肾病	DddA-derived cytosine base editor, mtscATAC-seq, 单细胞RNA测序, 空间增强分辨率组学测序	小鼠模型	基因组数据, 转录组数据	三种携带不同线粒体tRNA突变的小鼠模型
568	2025-07-19	Bidirectional mendelian randomization and single-cell sequencing reveal T cell-mediated causal links between COPD and lung adenocarcinoma 2025-Jul-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002448 PMID:40676822	研究论文	通过双向孟德尔随机化和单细胞测序技术，研究T细胞介导的慢性阻塞性肺病（COPD）与肺腺癌（LA）之间的因果关系	首次结合孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术，揭示了CXCR4基因在CD4+T细胞中对肺腺癌的保护作用及其与免疫细胞的相互作用	研究样本量有限，且仅关注了CD4+T细胞亚群，未涵盖其他可能的免疫细胞类型	探索COPD与肺腺癌之间的潜在关系及其分子机制	COPD和肺腺癌患者的CD4+T细胞	生物医学	肺腺癌和慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）分析、表达数量性状位点（eQTL）和全基因组关联研究（GWAS）	NA	单细胞RNA测序数据	COPD和肺腺癌患者的外周血单细胞RNA测序数据
569	2025-07-19	Chikungunya virus persists in joint associated macrophages and promotes chronic disease 2025-Jun-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6917990/v1 PMID:40678223	research paper	该研究探讨了基孔肯雅病毒在关节相关巨噬细胞中的持续存在及其对慢性疾病的促进作用	通过scRNA-seq、空间转录组学和流式细胞术，发现了关节相关组织中炎症性巨噬细胞的积累及其与慢性疾病的关联	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证尚需进一步研究	探究基孔肯雅病毒等关节致病性甲病毒导致慢性疾病的机制	感染甲病毒的小鼠关节相关组织	病毒学	基孔肯雅病毒感染	scRNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术	NA	RNA-seq数据, 流式细胞数据	感染甲病毒的小鼠关节相关组织样本
570	2025-07-19	Compromised efferocytosis during aging is related to COVID-19 severity in mice 2025-Jun, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2025.05.008 PMID:40419113	research paper	该研究通过建立衰老小鼠的COVID-19模型，揭示了衰老个体中SARS-CoV-2感染后免疫细胞景观的变化及炎症反应加剧的机制	首次在衰老小鼠模型中复制了COVID-19的严重病程，并揭示了efferocytosis（凋亡细胞清除）功能受损与老年个体高炎症反应的关系	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究衰老个体COVID-19病情加重的免疫学机制	衰老小鼠模型	免疫学	COVID-19	单细胞转录组分析	小鼠疾病模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
571	2025-07-19	Identification of Prognostic Biomarkers in Gene Expression Profile of Neuroblastoma Via Machine Learning 2025-Jun, Pediatric discovery DOI:10.1002/pdi3.70009 PMID:40666234	research paper	该研究通过机器学习方法识别神经母细胞瘤的预后生物标志物，并探索其与肿瘤微环境和化疗药物的关联	提出了一种基于网络的机器学习方法，整合了批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，发现了11个与神经母细胞瘤预后相关的核心生物标志物	未提及样本量大小，可能影响结果的普遍性	识别神经母细胞瘤的预后生物标志物，探索潜在治疗靶点	神经母细胞瘤的基因表达谱和肿瘤微环境	machine learning	neuroblastoma	RNA-seq, single-cell RNA sequencing	support vector machine	gene expression data	NA
572	2025-07-19	Cross-expression meta-analysis of 695 brain samples reveals coordinated gene expression across spatially adjacent cells 2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.17.613579 PMID:39345494	研究论文	该研究通过跨表达元分析揭示了大脑样本中相邻细胞间基因表达的协调性	提出跨表达概念，避免基因列表筛选或细胞类型注释，整合多个数据集构建跨表达网络	研究主要基于小鼠大脑数据，人类大脑的适用性有待验证	探究相邻细胞间基因表达的协调机制及其在组织功能中的作用	695个小鼠大脑样本中的基因表达数据	空间转录组学	帕金森病	空间转录组学技术	NA	基因表达数据	约2500万个细胞，695个样本，8种技术
573	2025-07-19	Trajectories of macrophage ontogeny and reprogramming in cancer 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112498 PMID:40475851	研究论文	本文探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的发育轨迹及其在癌症中的重编程机制	揭示了干扰素-γ（IFNγ）依赖的免疫刺激编程在肿瘤微环境中的作用，并发现D基因失活可阻止TAMs向免疫抑制和促肿瘤状态的转变	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，人类癌症中的验证仍需进一步研究	探究肿瘤相关巨噬细胞的发育轨迹及其在免疫治疗中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠癌症模型和部分癌症患者的肿瘤样本
574	2025-07-19	Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways 2025-Apr-16, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010 PMID:40293382	研究论文	本研究探讨了急性肺移植功能障碍（ALAD）与小气道细胞组成和转录变化之间的关系	首次将ALAD的进展与小气道细胞组成和转录变化联系起来，并提出了分子表型分析作为识别高风险患者的潜在工具	样本量较小（总样本数20例），属于初步研究	开发新的诊断工具以识别可能进展为慢性肺移植功能障碍（CLAD）的ALAD患者	肺移植受者（包括ALAD患者和功能稳定的对照组）	呼吸系统疾病研究	肺移植相关并发症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PERMANOVA统计模型	转录组数据	20例（8例对照，4例恢复型ALAD，5例持续型ALAD，3例进展型ALAD）
575	2025-07-19	Integration of mass cytometry and single-cell RNA-sequencing of cells in bronchoalveolar lavage 2025-Apr, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.1080/07366205.2025.2505347 PMID:40384395	研究论文	该研究结合了质谱流式细胞技术（CyTOF）和单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）来分析支气管肺泡灌洗液（BAL）中的细胞群体和基因/蛋白表达	首次在同一BAL样本中同时应用sc-RNA-seq和CyTOF技术，比较两种平台在细胞亚群分析中的相关性	研究仅针对健康参与者的BAL样本，未涉及疾病状态	评估sc-RNA-seq和CyTOF在细胞群体和基因/蛋白表达分析中的互补性	健康参与者的支气管肺泡灌洗液（BAL）细胞	单细胞组学	NA	sc-RNA-seq, CyTOF	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据	健康参与者的BAL样本（具体数量未明确说明）
576	2025-07-19	Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase provides protection from experimental acute kidney injury 2025-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639065 PMID:40027701	研究论文	研究甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）抑制在急性肾损伤（AKI）中的潜在保护作用	首次提出MTAP抑制作为一种新型的肾脏保护策略，并通过RNA测序揭示了其调控炎症、氧化磷酸化和细胞存活相关通路的作用机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	探索MTAP抑制作为急性肾损伤治疗策略的潜力	急性肾损伤小鼠模型及人类单细胞RNA测序数据	代谢调控	急性肾损伤	RNA测序、单细胞RNA测序	小鼠AKI模型	RNA测序数据	小鼠模型及人类单细胞RNA测序数据（具体数量未提及）
577	2025-07-19	Stratifin Is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521 PMID:40280276	研究论文	研究Stratifin (SFN)在胃急性损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生(SPEM)过程中的作用	首次揭示SFN通过调节EGFR/ERK信号通路促进主细胞转分化为SPEM	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究SFN在胃黏膜损伤后主细胞转分化和SPEM形成中的作用机制	Mist1CreERT2; LSL-tdTomato和Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型	分子生物学	胃疾病	单细胞RNA测序, 免疫组化	小鼠基因敲除模型	RNA测序数据, 组织学图像	基因工程小鼠模型
578	2025-07-19	Topologically associating domains of chromatin on single-cell Hi-C data: a survey of bioinformatic tools and applications in the light of artificial intelligence 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1602234 PMID:40666074	综述	本文综述了在单细胞Hi-C数据上分析拓扑关联域（TADs）的生物信息学工具及其在人工智能视角下的应用	结合人工智能技术，尤其是深度神经网络，探索单细胞Hi-C数据中TAD结构的复杂模式	单细胞Hi-C数据的超稀疏性、噪声、实验伪影、丢失事件以及细胞异质性带来的分析挑战	探讨单细胞水平TAD结构的计算分析方法及其在基因表达调控中的作用	单细胞Hi-C数据中的拓扑关联域（TADs）	生物信息学	NA	单细胞Hi-C（scHi-C）	深度神经网络	单细胞Hi-C数据	涉及大量细胞的数据分析
579	2025-07-19	SPP1+ tumor-associated macrophages define a high-risk subgroup and inform personalized therapy in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1606195 PMID:40666097	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序数据，建立了一种基于SPP1和FOLR2特征的肿瘤相关巨噬细胞分类系统，并探索了其在肝细胞癌患者分层和个性化治疗中的应用	重新定义了肿瘤相关巨噬细胞的异质性，超越了传统的M1/M2范式，并将TAMs轨迹基因与HCC患者分层联系起来	研究主要基于RNA测序数据，可能未涵盖所有临床相关因素，且需要进一步实验验证SPP1阻断策略的临床效果	探索肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌中的临床和治疗意义	肝细胞癌患者和肿瘤相关巨噬细胞	digital pathology	hepatocellular carcinoma	sc-RNA seq, bulk RNA-seq, multiple immunofluorescence	unsupervised clustering	RNA-seq data	大规模sc-RNA seq数据集
580	2025-07-19	Integration of single-cell RNA and bulk RNA sequencing revealed malignant ductal cell heterogeneity and prognosis signatures in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1579184 PMID:40666516	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了胰腺癌中恶性导管细胞的异质性及其预后标志物	发现了ANLN、NT5E和CTSV三个新的预后生物标志物，并揭示了恶性导管细胞与巨噬细胞之间的促肿瘤相互作用	样本量相对较小（74个单细胞RNA测序样本），且需要更多独立队列验证	识别胰腺癌的早期诊断标志物并改善对肿瘤-微环境相互作用的理解	胰腺癌中的恶性导管细胞和巨噬细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、非负矩阵分解（NMF）、机器学习特征选择	NMF、pySCENIC、CellPhoneDB	RNA测序数据	74个单细胞RNA测序样本，TCGA批量RNA数据，两个独立验证队列