单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-05-02	Supervised analysis of alternative polyadenylation from single-cell and spatial transcriptomics data with spvAPA 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae720 PMID:39799000	research paper	提出了一种名为spvAPA的监督分析框架，专门用于从单细胞和空间转录组数据中分析选择性多聚腺苷酸化(APA)	spvAPA框架整合了基因表达和APA模态，设计了基于加权最近邻的迭代插补方法来恢复缺失的APA特征，并采用基于稀疏偏最小二乘判别分析的监督特征选择方法识别区分细胞类型或空间形态的APA特征	未明确提及具体局限性	开发专门用于APA分析的监督分析框架，以发现传统基因表达分析中不可见的细胞亚群	单细胞和空间转录组数据中的选择性多聚腺苷酸化(APA)	生物信息学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组测序	稀疏偏最小二乘判别分析	基因表达数据、APA数据	九个单细胞和空间转录组数据集
562	2025-05-02	Integrating scRNA-seq and scATAC-seq with inter-type attention heterogeneous graph neural networks 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae711 PMID:39800872	研究论文	本文提出了一种名为scMI的异构图嵌入方法，用于整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据，通过跨模态关系学习将细胞和模态特征编码到共享潜在空间	设计了跨类型注意力机制，有效捕捉基因和峰之间的长程跨模态相互作用，不依赖motif数据库	未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制	开发单细胞多组学数据整合方法以提高下游任务性能	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	异构图神经网络	单细胞多组学数据	未明确说明具体样本量
563	2025-05-02	Deep learning in integrating spatial transcriptomics with other modalities 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae719 PMID:39800876	综述	本文系统回顾了深度学习在整合空间转录组学与其他模态数据中的应用	首次全面综述了深度学习在整合空间转录组学与其他模态数据中的方法与应用	未提及具体方法的性能比较或实验验证	促进开发更全面的多模态信息计算方法	空间转录组学数据与其他模态数据的整合方法	生物信息学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、深度学习	深度学习(DL)	空间转录组学数据、组织学图像、染色质图像、scRNA-seq数据	NA
564	2025-05-02	CellMsg: graph convolutional networks for ligand-receptor-mediated cell-cell communication analysis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae716 PMID:39800874	研究论文	提出了一种名为CellMsg的计算框架，用于基于图卷积网络分析配体-受体介导的细胞间通讯	结合多模态特征和图卷积网络识别高置信度配体-受体相互作用，并采用三点估计法评估通讯强度	未提及具体样本量限制或数据类型的局限性	开发计算工具以解析细胞间通讯，特别是在肿瘤组织中的作用	配体-受体相互作用及细胞间通讯	生物信息学	黑色素瘤	单细胞RNA测序，分子对接	图卷积网络(GCN)	单细胞RNA-seq数据	NA
565	2025-05-02	Single-cell transcriptional analysis of murine norovirus infection in a human intestinal cell line 2024-Nov-19, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01617-24 PMID:39475272	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠诺如病毒在人类肠道细胞系中的感染情况	建立了表达小鼠诺如病毒受体的人类肠道细胞系，并首次在单细胞水平上解析了感染过程中的宿主反应	研究使用的是小鼠诺如病毒而非人类诺如病毒，结果可能不完全适用于人类病毒	探索诺如病毒感染的宿主细胞要求和复制机制	表达小鼠CD300lf受体的人类肠道细胞系(mCD300lf-hCaco2)和小鼠诺如病毒(MNV)	病毒学	急性胃肠炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	工程化的人类肠道细胞系
566	2025-05-02	Spatial Transcriptomics of IPMN Reveals Divergent Indolent and Malignant Lineages 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.29.620810 PMID:39554015	research paper	该研究通过空间转录组学技术揭示了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）中惰性和恶性谱系的差异	利用数字空间RNA分析（DSP-RNA）技术，首次定义了IPMN的三种转录组状态，并与胰腺导管腺癌（PDAC）的风险相关联	样本量较小（仅10个IPMN标本），可能影响结果的普遍性	提高IPMN风险分类的准确性，改善患者管理策略	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）	digital pathology	pancreatic cancer	digital spatial RNA profiling (DSP-RNA), Illumina sequencing	NA	RNA-seq数据	10个IPMN标本
567	2025-05-02	Robust single nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588525 PMID:38645263	研究论文	本文提出了一种稳健的单核RNA测序技术，用于研究肥胖期间脂肪组织重塑中的细胞群动态变化	开发了一种适用于多种组织类型的核分离技术，显著提高了snRNA-seq数据质量，并首次全面描述了肥胖期间脂肪组织重塑的细胞动态变化	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有可能的脂肪组织亚型	研究肥胖期间脂肪组织重塑的细胞机制	脂肪组织中的各种细胞类型	单细胞组学	肥胖	单核RNA测序(snRNA-seq), 批量核RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种脂肪组织类型
568	2025-05-02	Caveats in Interpretation of Molecular Diagnostics in Heart Allografts 2024-07-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004895 PMID:38294835	review	本文对使用分子诊断（MDX）区分心脏移植活检中的损伤、T细胞介导的排斥反应或抗体介导的排斥反应的注意事项进行了批判性回顾	指出了分子诊断在心脏移植活检中的局限性，并提出了改进方法，如分析所有可用的活检片段以减少采样问题，以及将空间转录组学纳入工作流程	分子诊断与组织学诊断的一致性较低（低至40%），且存在重叠的模型评分，治疗意义尚未探索	评估分子诊断在心脏移植活检中的应用及其局限性	心脏移植活检中的损伤、T细胞介导的排斥反应或抗体介导的排斥反应	分子诊断	心血管疾病	分子诊断（MDX）、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
569	2025-05-02	MEK1/2-PKM2 Pathway Modulates the Immunometabolic Reprogramming of Proinflammatory Allograft-infiltrating Macrophages During Heart Transplant Rejection 2024-05-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004899 PMID:38238904	研究论文	本研究探讨了MEK1/2-PKM2通路在心脏移植排斥反应中促炎性移植物浸润巨噬细胞的免疫代谢重编程中的作用	首次揭示了MEK1/2-PKM2通路在心脏移植排斥反应中调控巨噬细胞免疫代谢表型的分子机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究心脏移植排斥反应中巨噬细胞免疫代谢调控的分子机制	心脏移植排斥反应中的移植物浸润巨噬细胞	免疫代谢	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、基因敲除	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据	未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠和药物处理模型
570	2025-05-02	Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung 2024-Feb-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3576483/v2 PMID:38077002	research paper	该研究揭示了成人肺中存在功能性造血祖细胞，这些细胞具有增殖和移植能力，且其基因特征与骨髓中的造血祖细胞不同	首次在人类肺中鉴定出功能性造血祖细胞，并发现其具有独特的基因特征和造血潜力	研究未涉及这些肺源性造血祖细胞在疾病状态下的功能变化	探索成人肺中是否存在功能性造血祖细胞及其特征	成人肺组织中的CD34阳性造血祖细胞	NA	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
571	2025-05-02	Recruitment and Maintenance of CX3CR1+CD4+ T Cells during Helminth Infection 2024-02-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300451 PMID:38180236	研究论文	本研究通过命运映射小鼠模型和单细胞RNA测序分析，揭示了CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的招募、维持及其异质性	首次详细描述了CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的动态变化及其维持机制，并发现BCL6在维持这些细胞中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的招募、维持机制及其功能特性	CX3CR1+CD4+ T细胞	免疫学	蠕虫感染	命运映射小鼠模型、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型（急性Nippostrongylus brasiliensis和慢性Schistosoma mansoni感染模型）
572	2025-05-02	GNTD: reconstructing spatial transcriptomes with graph-guided neural tensor decomposition informed by spatial and functional relations 2023-12-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44017-0 PMID:38092776	研究论文	本文提出了一种图引导的神经张量分解模型（GNTD），用于重建组织中的全空间转录组	GNTD模型通过分层张量结构和非线性分解，结合空间和功能关系，提高了从高度稀疏的空间分析数据中重建转录组的准确性	未明确提及具体限制，但可能受限于数据稀疏性和技术局限性	重建组织中的全空间转录组，以更好地理解细胞的结构组织和功能角色	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组学技术	GNTD（图引导的神经张量分解模型）	空间基因表达数据	22个Visium空间转录组数据集和3个高分辨率Stereo-seq数据集以及模拟数据
573	2025-05-02	Geometric constraint-triggered collagen expression mediates bacterial-host adhesion 2023-12-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43827-6 PMID:38071397	研究论文	研究几何约束对宿主细胞与细菌相互作用的影响及其机制	揭示了空间几何约束如何通过胶原蛋白IV的异质性表达调控细菌与宿主细胞的粘附	研究仅限于体外细胞单层和动物实验，未涉及更复杂的体内环境	探究几何约束对细菌-宿主相互作用的调控机制	细菌与几何约束下的宿主细胞单层	细胞生物学	细菌感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
574	2025-05-02	STalign: Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping 2023-12-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43915-7 PMID:38065970	research paper	开发STalign工具，用于对齐空间转录组数据，考虑部分匹配的组织切片和其他局部非线性畸变	使用微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）技术对齐空间转录组数据，显著提高了基因表达和细胞类型在匹配空间位置的对应性	未明确提及具体限制	解决空间转录组数据在不同切片、样本和技术之间比较的挑战	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术（ST）	微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
575	2025-05-02	Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping 2023-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.11.534630 PMID:37090640	research paper	开发了一种名为STalign的方法，用于对齐空间转录组学数据，考虑了部分匹配的组织切片和其他局部非线性畸变	使用微分同胚度量映射（diffeomorphic metric mapping）技术对齐空间转录组学数据，显著提高了基因表达和细胞类型在匹配空间位置上的对应性	未明确提及具体局限性	解决空间转录组学数据在不同切片、样本和技术之间比较的挑战	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学（ST）技术	diffeomorphic metric mapping	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠脑部数据集
576	2025-05-02	CD38 Mediates Lung Fibrosis by Promoting Alveolar Epithelial Cell Aging 2022-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202109-2151OC PMID:35687485	研究论文	该研究揭示了CD38在促进肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的关键作用	首次发现CD38作为NAD水解酶在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的核心作用，并验证了靶向CD38的治疗潜力	研究主要基于动物模型，人体治疗效果需要进一步验证	探究肺泡上皮细胞CD38在细胞衰老和肺纤维化中的作用机制	特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织和纤维化小鼠模型	呼吸系统疾病研究	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、实时PCR、流式细胞术、Western blotting	小鼠肺纤维化模型	基因表达数据、蛋白质数据	IPF患者肺组织和纤维化小鼠模型
577	2025-05-01	The mechanism by which MALAT1/CREG1 regulates premature rupture of fetal membrane through autophagy mediated differentiation of amniotic fibroblasts 2025-Aug, Non-coding RNA research IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.ncrna.2025.04.004 PMID:40297152	研究论文	探讨MALAT1/CREG1通过自噬介导的羊膜成纤维细胞分化调节胎膜早破的机制	首次揭示MALAT1通过与CREG1相互作用调节自噬相关分子表达，进而影响羊膜成纤维细胞分化的机制	研究主要基于体外实验和部分临床组织验证，缺乏大规模临床试验验证	探索通过干预成纤维细胞解决羊膜修复相关的科学问题，为临床治疗胎膜早破提供依据	胎膜组织和原代羊膜成纤维细胞	分子生物学	产科疾病	单细胞测序、Sirius染色、荧光染色、拉曼光谱、WB、PCR、RNA Pulldown、RIP、分子对接	NA	分子生物学数据	未明确说明样本数量，涉及临床组织和原代细胞
578	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing reveals tissue-specific transcriptomic changes induced by perfluorooctanesulfonic acid (PFOS) in larval zebrafish (Danio rerio) 2025-Jun-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137515 PMID:39947082	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究全氟辛烷磺酸（PFOS）对斑马鱼幼虫组织特异性转录组变化的影响	首次在斑马鱼幼虫中应用单细胞RNA测序技术揭示PFOS诱导的组织特异性转录组变化	仅研究了16μM PFOS单一浓度下的效应，未涵盖剂量反应关系	探究PFOS对斑马鱼幼虫发育毒性的分子机制	斑马鱼（Danio rerio）幼虫	基因组学	发育毒性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	受精后3-72小时的斑马鱼幼虫（暴露组与对照组）
579	2025-05-01	Uncovering differences in cadmium accumulation capacity of different Ipomoea aquatica cultivars at the level of root cell types 2025-Jun, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhaf077 PMID:40297020	research paper	研究不同品种空心菜在根部细胞类型水平上对镉积累能力的差异	首次在单细胞水平揭示了不同品种空心菜根部细胞类型对镉固定和运输的机制差异	研究仅针对两种特定品种的空心菜，结果可能不适用于其他品种	探究空心菜根部细胞类型在镉积累中的作用机制	QLQ(低镉积累)和T308(高镉积累)两种空心菜品种	植物生理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两种空心菜品种的根部细胞
580	2025-05-01	NEUROD1 efficiently converts peripheral blood cells into neurons with partial reprogramming by pluripotency factors 2025-May-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401387122 PMID:40299704	研究论文	该研究提出了一种优化的方法，利用外周血细胞通过非手术方式转化为神经元，避免了诱导多能干细胞(iPSC)中间步骤	首次展示了NEUROD1与四种Yamanaka重编程因子(OCT3/4, SOX2, KLF4, c-MYC)的独特组合能在3周内高效生成谷氨酸能神经元	未明确说明转化效率和神经元功能的长期稳定性	开发一种微创、高效、快速且便捷的细胞直接重编程方法用于神经系统研究	外周血细胞	细胞重编程	神经系统疾病	单细胞RNA测序、全基因组亚硫酸氢盐测序、Cre-LoxP系统谱系追踪	NA	基因表达数据、甲基化数据	未明确说明具体样本数量