单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-07-20	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2025-May-08, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf045 PMID:40036847	研究论文	本文报道了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊中分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	首次构建了小鼠精囊的单细胞转录组图谱，定义了负责产生精液的上皮细胞和免疫细胞群体	研究仅基于小鼠模型，结果向人类转化的适用性有待验证	理解精囊这一研究不足的生殖器官的细胞组成及其功能	小鼠精囊组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
562	2025-07-20	Emerging Techniques in Spatial Multiomics: Fundamental Principles and Applications to Dermatology 2025-May, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.006 PMID:39503694	review	本文综述了空间多组学技术在皮肤学研究中的基本原理、优势、局限性和应用潜力	空间多组学技术能够同时捕获DNA、基因组可及性、组蛋白修饰和蛋白质，具有空间分辨的单细胞分辨率	技术尚处于早期阶段，可能存在数据解析和整合的挑战	探讨空间多组学技术在皮肤学研究中的应用	皮肤组织的分子病理学	digital pathology	dermatology	spatial multi-omic technologies	NA	genomic, proteomic, epigenomic data	NA
563	2025-07-20	Single cell RNA sequencing of haematopoietic cells in fresh and frozen human atheroma tissue 2025-Apr-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf014 PMID:39907372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了新鲜和冷冻保存的人类动脉粥样硬化组织中造血细胞的活性和转录组特征	首次评估了冷冻保存对动脉粥样硬化组织中造血细胞单细胞RNA测序结果的影响，证明了冷冻保存的可行性	样本量较小（仅5对样本），且颈动脉样本中LYVE1+巨噬细胞缺失可能影响结果	评估冷冻保存对人类动脉粥样硬化组织单细胞RNA测序结果的影响	人类动脉粥样硬化组织中的造血细胞	单细胞测序	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	RNA测序数据	5对新鲜和冷冻保存的动脉粥样硬化样本（3例冠状动脉和2例颈动脉）
564	2025-07-20	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的技术可重复性、数据标准化方法和检测灵敏度	比较了数字空间分析和单分子成像两种空间转录组学平台的性能，并探讨了标准化方法对数据生物学解释的影响	研究主要集中在一项广泛使用的空间转录组学方法上，可能无法代表所有相关技术	评估空间转录组学技术在临床研究和诊断中的适用性	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学分析，数字空间分析，单分子成像	NA	基因表达数据	临床来源的人类肾脏组织和活检样本（具体数量未提及）
565	2025-07-20	Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis 2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj0430 PMID:40273250	research paper	该研究揭示了中年时期内脏脂肪中脂肪祖细胞（APCs）的显著脂肪生成活动及其与年龄相关代谢疾病的关联	发现了一种独特的脂肪祖细胞群体CP-A，其在中年时期出现并表现出高脂肪生成能力，揭示了白血病抑制因子受体信号在此过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类中的类似机制尚需进一步验证	探究年龄依赖性脂肪重塑的分子机制及其与代谢疾病的关系	小鼠内脏脂肪中的脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型
566	2025-07-20	A cohort of highly activated CD99- CD72+ B cells promoting autoimmune progression in juvenile systemic lupus erythematosus 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114466 PMID:40090085	研究论文	本文发现了一类在青少年系统性红斑狼疮中高度活化的CD99- CD72+ B细胞亚群，该亚群通过表达高水平的TLR7促进自身免疫反应	首次鉴定出CD72 BCs这一关键过渡细胞群体，其在系统性红斑狼疮中连接初始B细胞和浆细胞分化过程	未明确CD72 BCs的具体分子调控机制及其在疾病不同阶段的动态变化	探究青少年系统性红斑狼疮中B细胞亚群的致病机制	CD99- CD72+ B细胞亚群	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(RNA-seq)、多组学整合分析	NA	基因表达数据	未明确样本数量（青少年SLE患者）
567	2025-07-20	Integrating short-read and long-read single-cell RNA sequencing for comprehensive transcriptome profiling in mouse retina 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279167.124 PMID:40050124	研究论文	本研究通过整合短读长和长读长单细胞RNA测序技术，全面分析了小鼠视网膜的转录组	首次系统比较了单细胞长读长和短读长RNA测序技术，发现了大量未表征的转录本异构体	研究仅限于小鼠视网膜细胞，未涉及其他组织或物种	建立一种高效的方法来表征组织样本中的转录本异构体	小鼠视网膜细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（短读长Illumina和长读长ONT）	NA	RNA测序数据	约30,000个小鼠视网膜细胞，包含15.4亿Illumina短读长和14.0亿ONT长读长
568	2025-07-20	A Spatial Multi-Omic Framework Identifies Gliomas Permissive to TIL Expansion 2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645566 PMID:40236001	研究论文	该研究通过多模态分析识别了允许肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）扩增的胶质瘤的基因组和空间决定因素	整合了光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq、Xenium原位转录组学和CODEX空间蛋白质组学等多种技术，揭示了TIL扩增成功的相关因素	研究主要聚焦于高级别胶质瘤，可能不适用于其他类型的免疫排斥性肿瘤	识别TIL扩增的基因组和空间决定因素，为细胞免疫治疗提供选择平台	高级别胶质瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	光谱流式细胞术, TCR测序, 单细胞RNA-seq, Xenium原位转录组学, CODEX空间蛋白质组学	NA	基因组数据, 空间蛋白质组数据, 转录组数据	NA
569	2025-07-20	Evidence of off-target probe binding in the 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel compromises accuracy of spatial transcriptomic profiling 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646342 PMID:40236200	研究论文	本文研究了10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中探针的脱靶结合问题，并开发了一个名为Off-target Probe Tracker (OPT)的软件工具来识别潜在的脱靶结合	开发了OPT工具来识别探针脱靶结合，并通过与Visium CytAssist和单细胞RNA-seq数据的比较验证了脱靶结合的存在	研究仅针对10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板，可能不适用于其他基因面板或技术	提高空间转录组学数据的生物学可解释性和研究可重复性	10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中的探针	空间转录组学	乳腺癌	空间转录组学技术、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	280个基因中的21个受脱靶结合影响
570	2025-07-20	eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis 2025-Mar-24, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC PMID:40126452	研究论文	该研究探讨了eNAMPT作为人类和临床前IPF治疗靶点的潜力，并评估了ALT-100单克隆抗体的治疗效果	首次将eNAMPT鉴定为肺纤维化的新型DAMP和治疗靶点，并验证了ALT-100单抗的治疗效果	研究主要基于动物模型和小样本人类数据，需要更大规模的临床试验验证	探索肺纤维化的新型治疗靶点和策略	人类IPF患者和实验性博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	肺部疾病研究	肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNAseq)、批量RNA测序	NA	血液、PBMCs、肺组织样本的生化、组织学和基因表达数据	人类IPF患者样本和C57Bl6小鼠模型
571	2025-07-20	Population dynamics modeling reveals that myeloid bias involves both HSC differentiation and progenitor proliferation biases 2025-Mar-20, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025598 PMID:39791596	研究论文	通过群体动力学建模揭示髓系偏倚涉及造血干细胞分化和祖细胞增殖偏倚	研究发现髓系偏倚不仅由造血干细胞分化偏倚引起，还包括早期髓系祖细胞的增殖增加，这一发现在不同髓系偏倚模型中均得到验证	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更广泛的人类样本中进一步验证	探究髓系偏倚的细胞机制	造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	细胞生物学	髓系肿瘤	scRNA-seq, 微分方程建模	微分方程模型	单细胞RNA测序数据	IκB-小鼠模型、野生型小鼠、老年小鼠和人类髓系肿瘤患者的HSPCs
572	2025-07-20	DNTT-mediated DNA damage response drives inotuzumab ozogamicin resistance in B-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Mar-13, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026085 PMID:39791601	研究论文	本文探讨了DNTT介导的DNA损伤反应在B细胞急性淋巴细胞白血病中对inotuzumab ozogamicin（InO）耐药性的驱动作用	通过全基因组CRISPR筛选发现DNTT缺失是InO耐药的主要驱动因素，并揭示了DNTT在白血病细胞中对InO反应的调控机制	研究主要基于体外和动物模型，临床样本量有限，需要进一步验证	探索B细胞急性淋巴细胞白血病患者对InO治疗反应差异的遗传基础	B细胞急性淋巴细胞白血病细胞	肿瘤学	B细胞急性淋巴细胞白血病	全基因组CRISPR筛选、单细胞RNA测序	患者来源异种移植模型	基因表达数据	参与儿童肿瘤学组试验AALL1621的B-ALL患者样本
573	2025-07-20	Tracking HIV persistence across T cell lineages during early ART-treated HIV-1-infection using a reservoir-marking humanized mouse model 2025-Mar-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57368-7 PMID:40044684	研究论文	本文介绍了一种名为HILT的系统，用于在人类化小鼠模型中追踪HIV-1感染早期ART治疗期间病毒在不同T细胞谱系中的持久性	开发了HIV-1诱导的谱系追踪（HILT）系统，能够不可逆地标记感染细胞，检测罕见的潜伏感染细胞	研究基于人类化小鼠模型，可能无法完全反映人类免疫系统的复杂性	研究HIV-1在ART治疗期间在不同T细胞谱系中的持久性机制	HIV-1感染的人类化小鼠模型中的CD4 T细胞	病毒学	HIV感染	单细胞RNA测序	人类化小鼠模型	基因表达数据	免疫缺陷小鼠移植基因修饰造血干细胞后形成的人类免疫系统
574	2025-07-20	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2025-Mar-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.016 PMID:39814010	研究论文	该研究开发了一种名为iAssembloids的3D共培养系统，用于研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其对神经元存活的影响	利用CRISPRi筛选技术在iAssembloids系统中揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的机制，并研究了APOE-ε4对神经元存活的影响	研究基于体外培养系统，可能与体内环境存在差异	阐明神经元与胶质细胞相互作用的分子机制	iPSC衍生的神经元和胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学	iAssembloids 3D共培养系统	基因表达数据	NA
575	2025-07-20	A single-cell atlas of circulating immune cells over the first 2 months of age in extremely premature infants 2025-Mar-05, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr0942 PMID:40043141	研究论文	该研究通过单细胞多组学分析，描绘了极早产婴儿出生后头两个月循环免疫细胞的动态变化	首次对极早产婴儿外周免疫细胞进行纵向单细胞多组学分析，揭示了与足月婴儿不同的免疫发育轨迹	样本量较小(仅10例极早产婴儿)，且未评估临床感染结局与免疫特征的关联	阐明极早产婴儿早期外周免疫系统的发育特征	极早产婴儿(孕周<30周)的外周血免疫细胞	免疫学	早产儿疾病	单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序、磷酸化蛋白质质谱流式技术	NA	单细胞多组学数据(转录组、蛋白质组、免疫组库)	10例极早产婴儿+健康成人对照+早产/足月脐带血样本
576	2025-07-20	Molecular and cellular neurocardiology in heart disease 2025-Mar, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP284739 PMID:38778747	研究论文	本文更新并扩展了先前关于心脏神经生物学分子和细胞基础的白皮书，重点关注心脏自主神经发育、新的细胞内通路和神经可塑性的最新发现	讨论了利用患者特异性干细胞研究交感神经功能障碍的新方法，以及新型成像技术和空间转录组学在治疗心脏自主神经功能障碍中的潜在应用	文中提到了未解决的问题和争议领域，表明研究仍存在局限性	探讨心脏疾病的分子和细胞神经心脏病学基础	心脏自主神经系统、细胞内通路和神经可塑性	心脏病学	心血管疾病	患者特异性干细胞、新型成像技术、空间转录组学	NA	分子和细胞数据	NA
577	2025-07-20	Mixed exposure to PFOA and PFOS induces oocyte apoptosis and subfertility in mice by activating the Hippo signaling pathway 2025-Mar, Reproductive toxicology (Elmsford, N.Y.) DOI:10.1016/j.reprotox.2024.108829 PMID:39746460	研究论文	研究PFOA和PFOS混合物通过激活Hippo信号通路诱导小鼠卵母细胞凋亡和生育力下降的机制	首次揭示了PFOA和PFOS混合物通过激活Hippo信号通路导致卵母细胞凋亡和生育力下降的具体机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究PFOA和PFOS混合物对卵母细胞质量和雌性生育力的影响机制	雌性小鼠及其卵母细胞	生殖毒理学	生育障碍	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
578	2025-07-20	A single-cell sequencing-based analysis of a 13-year-old with maxillary sinus NUT carcinoma 2025-Mar, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2025.107185 PMID:39862476	研究论文	通过对一名13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织进行单细胞RNA测序，揭示了肿瘤微环境中的细胞异质性和潜在治疗靶点	首次在NUT癌中应用单细胞RNA测序技术，揭示了肿瘤上皮细胞的亚群特征和免疫微环境特点	仅分析了一例患者样本，结果可能不具备广泛代表性	探索NUT癌的肿瘤生物学特性和潜在治疗靶点	13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织	数字病理	NUT癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	1例患者肿瘤组织样本
579	2025-07-20	Biophysical modelling of intrinsic cardiac nervous system neuronal electrophysiology based on single-cell transcriptomics 2025-Mar, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287595 PMID:40077928	研究论文	基于单细胞转录组数据开发心脏内在神经系统神经元电生理的计算模型库	首次基于单细胞转录组数据开发心脏内在神经系统神经元的电生理计算模型库，填补了分子水平基因表达与细胞水平电生理功能之间的研究空白	模型依赖于转录组数据的阈值选择，可能影响离子通道组合的准确性	研究心脏内在神经系统在心脏调节和病理中的功能作用	心脏内在神经系统神经元	计算生物学	心血管疾病	单细胞转录组测序	神经元电生理计算模型	转录组数据	NA
580	2025-07-20	SELP+ TEC:CD8+ T cell crosstalk associates with improved radiotherapy efficacy in cervical cancer 2025-Feb-03, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02244-7 PMID:39901166	研究论文	本研究探讨了P-选择素（SELP）在宫颈癌（CC）内皮细胞中的表达及其通过ACKR1-CCL5轴与CD8 T细胞的相互作用如何增强放疗效果	首次揭示了SELP在肿瘤内皮细胞（TECs）中的表达与放疗疗效的关联，并发现了SELP TECs通过ACKR1-CCL5轴与CD8 T细胞进行交互的新机制	研究样本量有限，且机制研究仍需进一步实验验证	探究SELP在宫颈癌抗肿瘤免疫及放疗反应中的作用机制	宫颈癌患者肿瘤组织样本及单细胞RNA测序数据	肿瘤免疫学	宫颈癌	scRNA-seq, bulk RNA-sequencing	NA	RNA测序数据	205例宫颈癌患者肿瘤组织样本，42,159个细胞的scRNA-seq数据（来自8例患者），187例接受放疗患者的bulk RNA测序数据