单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 39345 篇文献，本页显示第 561 - 580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2026-05-08 |
Diffusion-based generation of gene regulatory networks from scRNA-seq data with DigNet
2025-02-14, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279551.124
PMID:39694856
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研究论文 | 提出一种名为DigNet的离散扩散生成模型，用于从单细胞RNA测序数据中生成基因调控网络 | 利用多步马尔可夫扩散过程重建细胞特异性基因调控网络，结合iMetacell整合和非欧几里得离散空间建模，对数据噪声和网络稀疏性具有鲁棒性 | 未明确提及局限性，但可能受限于scRNA-seq数据的稀疏性和基因调控网络的复杂性 | 开发一种从scRNA-seq数据生成细胞特异性基因调控网络的有效方法 | 来自scRNA-seq数据的基因调控网络，以及乳腺癌免疫反应中的T细胞差异基因调控 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 离散扩散生成模型 | 基因表达数据 | 未明确提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 562 | 2026-05-08 |
Kernel-bounded clustering for spatial transcriptomics enables scalable discovery of complex spatial domains
2025-02-14, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278983.124
PMID:39909714
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研究论文 | 提出一种名为核边界聚类（KBC）的新算法，用于空间转录组数据中复杂空间区域的可扩展发现 | 首次在聚类算法中采用分布核来招募聚类成员，能够发现不同密度、大小和形状的聚类，并且是线性时间复杂度算法 | 当前结果仅基于Weisfeiler-Lehman方案，可能在其他数据变换下的表现未验证 | 开发一种高效且适应性强的聚类算法，解决空间转录组数据中复杂空间区域的识别问题 | 空间转录组数据中的组织基因表达和空间信息 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 核边界聚类（KBC） | 基因表达数据、空间坐标 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 563 | 2026-05-08 |
SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data
2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637514
PMID:39990434
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研究论文 | 提出SpaceBar细胞条形码策略，实现在空间转录组数据中同时追踪克隆和进行空间转录组分析 | 首次实现将克隆追踪与成像型空间转录组技术（seqFISH）相结合，开发了基因评分指标区分内在细胞信号与外在环境信号对基因表达的影响 | NA | 开发一种能够在空间转录组数据中进行克隆追踪的方法 | 黑色素瘤异种移植模型中的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 成像型空间转录组学（seqFISH） | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | seqFISH | 成像型空间转录组学（seqFISH）结合96种合成条形码文库 |
| 564 | 2026-05-08 |
A deconvolution framework that uses single-cell sequencing plus a small benchmark data set for accurate analysis of cell type ratios in complex tissue samples
2025-01-22, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278822.123
PMID:39586714
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研究论文 | 提出一种利用单细胞测序和小型基准数据集进行复杂组织样本细胞类型比例准确分析的解卷积框架 | 利用实验设计匹配跨平台生物信号以揭示技术差异，并开发基于加权非负最小二乘法的DeMixSC框架，通过识别和调整高技术差异基因，将基准数据与大规模患者队列对齐，大幅提高解卷积准确性 | 依赖组织特异性基准数据集的可用性，未讨论数据规模对框架泛化能力的影响 | 解决单细胞/细胞核RNA-seq数据与批量数据间平台技术差异导致的解卷积不准问题 | 健康视网膜组织和卵巢癌组织的细胞类型比例，以及年龄相关黄斑变性患者和卵巢癌患者队列 | 机器学习 | 年龄相关黄斑变性、卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | 加权非负最小二乘法 | 基因表达数据 | 两个基准数据集（健康视网膜和卵巢癌组织）及453名年龄相关黄斑变性患者、30名卵巢癌患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 565 | 2026-05-08 |
Inferring disease progression stages in single-cell transcriptomics using a weakly supervised deep learning approach
2025-01-22, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278812.123
PMID:39622637
|
研究论文 | 提出一种弱监督深度学习方法scIDST，用于从单细胞转录组学数据推断疾病进展阶段 | 首次利用弱监督框架推断单个细胞的疾病进展水平，能检测到患者与健康供体比较分析无法发现的差异表达基因 | NA | 开发一种新方法解决患者组织中细胞异质性导致的差异基因表达分析困难 | 患者来源组织中的单细胞/单细胞核基因组测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 566 | 2026-05-08 |
Single cell atlas of canine natural killer cells identifies distinct circulating and tissue resident gene profiles
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1571085
PMID:40443661
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建犬自然杀伤细胞图谱，识别循环和组织驻留基因特征，并与人类NK细胞进行比较 | 首次利用单细胞RNA测序全面分析犬在不同器官（血液、肺、肝、脾、胎盘）中NK细胞的异质性，并与人类对应组织进行跨物种比较，发现显著的同源性和组织特异性特征 | 未说明具体局限性 | 表征犬和人类NK细胞在发育、异质性、活化、抑制和组织驻留方面的差异基因表达，以优化跨物种NK免疫疗法 | 犬和人类自然杀伤细胞，涉及血液、肺、肝、脾和胎盘组织 | 单细胞基因组学 | 癌症免疫学 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 未明确样本数量，涉及犬和人类多个组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'基因表达方案 |
| 567 | 2026-05-08 |
Definition of regulatory elements and transcription factors controlling porcine immune cell gene expression at single cell resolution using single nucleus ATAC-seq
2024-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110944
PMID:39326643
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研究论文 | 使用单核ATAC-seq技术解析猪外周血单个核细胞在单细胞分辨率下的调控元件和转录因子 | 首次通过snATAC-seq全面绘制猪PBMC的开放染色质图谱，揭示了顺式调控元件及其对转录的贡献机制，并预测了控制差异表达基因的转录因子 | 未提及 | 揭示猪PBMC基因表达的顺式调控机制和转录因子调控网络 | 猪外周血单个核细胞 | 机器学习和深度学习（通过聚类分析、TFBM分析和CCAN构建） | NA | snATAC-seq | NA（文中未明确指定具体模型类型，但涉及聚类分析和调控网络构建） | 染色质开放区域测序数据 | 猪外周血单个核细胞样本，具体数量未说明 | 未明确说明，但可能涉及Illumina（文库测序常见平台） | snATAC-seq | NA（未提及具体产品） | NA（未提及具体配置细节） |
| 568 | 2026-05-08 |
Methionine restriction reduced growth performance and exacerbated lipid deposition in hybrid grouper (Epinephelus fuscoguttatus ♀ × E. lanceolatus ♂) under high-lipid diets by suppressing the lipid degradation pathways with the single-cell RNA-seq analysis
2024-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110960
PMID:39536957
|
研究论文 | 通过单细胞RNA-seq分析，研究低蛋氨酸水平对高脂饲料下杂交石斑鱼肝脏脂质代谢的影响 | 首次利用单细胞RNA-seq技术解析蛋氨酸限制如何通过抑制肝脏实质细胞中的脂质降解途径导致杂交石斑鱼在高脂饲料下脂质沉积加剧 | 未提及具体局限性 | 探究蛋氨酸限制在高脂饲料条件下对杂交石斑鱼生长性能和肝脏脂质代谢的影响机制 | 杂交石斑鱼（棕点石斑鱼♀×鞍带石斑鱼♂）的肝脏细胞 | 机器学习和数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 杂交石斑鱼肝脏组织样本，具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 569 | 2026-05-08 |
Deciphering cellular heterogeneity in Spodoptera frugiperda midgut cell line through single cell RNA sequencing
2024-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110898
PMID:39047877
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示草地贪夜蛾中肠细胞系的细胞异质性 | 首次在非模式生物中肠细胞系中应用单细胞RNA测序技术，发现并分类了十种独特的细胞群，包括干细胞、成肠细胞、肠细胞和肠内分泌细胞，并鉴定其特异性标记基因 | 未明确提及，可能包括细胞系与体内环境的差异、样本量有限以及缺乏功能验证等 | 探讨草地贪夜蛾中肠细胞系的细胞异质性，并研究呼吸和中肠膜杀虫剂靶标基因的表达 | 草地贪夜蛾中肠细胞系SfMG-0617细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 18,794个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 570 | 2026-05-08 |
Genetic structure analysis of yak breeds and their response to adaptive evolution
2024-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110933
PMID:39218165
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研究论文 | 通过全基因组重测序和单细胞RNA测序，研究牦牛品种的遗传结构及其对高海拔环境的适应性进化 | 首次结合全基因组重测序和单细胞RNA测序方法，系统分析牦牛肺和皮肤组织的转录图谱，揭示高海拔适应相关基因在不同细胞类型中的表达特征 | 未对牦牛的其他组织进行系统细胞分析，样本量可能有限 | 研究牦牛品种的遗传结构、遗传多样性及其对高海拔环境的适应性分子机制 | 不同牦牛品种（如TZ_牦牛、PL_牦牛、SB_牦牛等）及其肺组织和皮肤组织 | 机器学习和基因组学 | 高海拔适应 | 全基因组重测序（WGRS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组测序数据、单细胞转录组数据 | 八个牦牛群体 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 571 | 2026-05-08 |
Characterizing dysregulations via cell-cell communications in Alzheimer's brains using single-cell transcriptomes
2024-05-13, BMC neuroscience
IF:2.4Q3
DOI:10.1186/s12868-024-00867-y
PMID:38741048
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研究论文 | 利用单细胞转录组数据表征阿尔茨海默病大脑中细胞间通讯的失调 | 通过大规模单核RNA测序数据构建高置信度细胞间通讯网络，揭示了阿尔茨海默病中细胞类型特异性信号通路失调，并连接了细胞外风险基因与细胞内风险基因的关联 | NA | 研究阿尔茨海默病大脑中细胞间通讯的失调及其机制 | 人类前额叶皮层中的细胞类型（包括兴奋性神经元、抑制性神经元、小胶质细胞、星形胶质细胞等） | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大规模公开数据，具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 572 | 2026-05-08 |
Integrative analysis of COL6A3 in lupus nephritis: insights from single-cell transcriptomics and proteomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1309447
PMID:38855105
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研究论文 | 结合单细胞转录组学和蛋白质组学分析，发现COL6A3是狼疮性肾炎的关键生物标志物和治疗靶点 | 首次通过整合单细胞转录组和蛋白质组数据揭示COL6A3在狼疮性肾炎发病机制中的核心作用，并验证其在系膜细胞中的特异性表达 | 样本量有限（单细胞数据21例LN和3例对照，蛋白质组数据9例LN和11例对照），且未提及外部验证队列的多样性和长期随访结果 | 识别狼疮性肾炎的新型生物标志物和治疗靶点 | 狼疮性肾炎患者和健康对照的肾脏单细胞及血液蛋白质样本 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 免疫组化, qPCR | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 单细胞数据：21例LN患者和3例健康对照；蛋白质组数据：9例LN患者和11例无LN的SLE患者 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 573 | 2026-05-08 |
Single-cell RNA-seq reveals MIF-(CD74 + CXCR4) dependent inhibition of macrophages in metastatic papillary thyroid carcinoma
2024-01, Oral oncology
IF:4.0Q2
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示MIF-(CD74+CXCR4)通路在转移性甲状腺乳头状癌中抑制巨噬细胞的作用 | 首次在单细胞分辨率下揭示甲状腺乳头状癌通过MIF信号通路抑制巨噬细胞活性从而促进淋巴结转移的机制 | 样本量较小（仅1例用于scRNA-seq，61例用于验证），需要更大样本和功能实验进一步验证 | 探究甲状腺乳头状癌转移的潜在分子机制 | 甲状腺乳头状癌患者肿瘤组织、癌旁正常甲状腺组织和淋巴结转移灶 | 单细胞转录组学 | 甲状腺乳头状癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例用于单细胞RNA测序（28,839个细胞），61例（31例有转移，30例无转移）用于验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 574 | 2026-05-08 |
Revealing molecular and cellular heterogeneity in hypopharyngeal carcinogenesis through single-cell RNA and TCR/BCR sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1310376
PMID:38720887
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研究论文 | 通过单细胞RNA和TCR/BCR测序揭示下咽癌发生过程中的分子和细胞异质性 | 首次构建了下咽癌发生过程中不同疾病阶段组织微环境内细胞的动态转录组图谱，并鉴定了与癌变密切相关的特定细胞亚群及关键分子MAGEA3和MMP3 | 样本量有限，仅涉及9个组织样本，可能无法完全代表下咽癌发生过程中的全部细胞异质性 | 探究下咽癌发生过程中组织微环境内不同细胞簇的变化及其对癌症发展的影响 | 下咽鳞状细胞癌（HSCC）及其癌前病变组织中的肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 下咽癌 | 单细胞RNA测序，TCR/BCR测序 | NA | 单细胞转录组数据，免疫组库数据 | 9个组织样本，共60,854个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞TCR/BCR测序 | NA | NA |
| 575 | 2026-05-08 |
Identification of a distinct cluster of GDF15high macrophages induced by in vitro differentiation exhibiting anti-inflammatory activities
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1309739
PMID:38655264
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研究论文 | 通过体外分化鉴定具有抗炎活性的GDF15高表达巨噬细胞独特亚群 | 首次通过体外分化鉴定出GDF15high巨噬细胞独特亚群，并揭示其非典型M1/M2表型及抗炎功能 | 体内GDF15high巨噬细胞的抗炎功能尚未确定，体外诱导方案可能决定性影响抗炎表型 | 阐明GDF15高表达巨噬细胞的特性及其抗炎功能 | 人体外周血单核细胞、大鼠骨髓单核细胞来源的巨噬细胞，以及人体和大鼠组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术 | NA | scRNA-seq数据 | 来自人类外周血单核细胞和大鼠骨髓单核细胞的体外分化巨噬细胞（包含少量约1%的GDF15high细胞），以及大鼠肺巨噬细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 576 | 2026-05-08 |
Corrigendum: Integrative analysis of COL6A3 in lupus nephritis: insights from single-cell transcriptomics and proteomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1508292
PMID:39497818
|
更正 | 对一篇关于COL6A3在狼疮性肾炎中作用的研究进行更正，该研究基于单细胞转录组学和蛋白质组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 577 | 2026-05-08 |
Comprehensive analysis of skin growth-related hub genes and microenvironment characterization in a mouse expanded skin model
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1306353
PMID:39703504
|
研究论文 | 通过综合分析小鼠皮肤扩张模型中的测序数据，鉴定了与皮肤生长相关的关键枢纽基因和微环境特征 | 首次整合芯片测序和单细胞测序数据，识别出五个预测皮肤再生准确度最高的枢纽基因，并揭示了肥大细胞浸润在扩张皮肤中的潜在免疫作用 | 需进一步研究肥大细胞活化和浸润对扩张皮肤免疫反应的具体机制 | 阐明机械拉伸介导的组织扩张中皮肤再生的细胞和分子机制 | 小鼠皮肤扩张模型中的基因表达数据和细胞亚群 | 机器学习 | NA | 芯片测序, 单细胞测序 | 随机森林, 蛋白质互作网络 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 来自基因表达综合数据库的小鼠芯片测序数据和单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 578 | 2026-05-08 |
Transcriptomes and metabolism define mouse and human MAIT cell populations
2023-11-10, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abn8531
PMID:37948512
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序和代谢分析，定义了小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的群体特征及发育途径 | 首次揭示了小鼠MAIT17和MAIT1亚群不仅在转录组上差异显著，其代谢状态也截然不同，并比较了人类与小鼠MAIT细胞的组织特异性转录组和代谢特性 | 结果主要基于动物模型和人体样本，环境因素（如宠物店小鼠）的影响需进一步验证，且人类MAIT细胞的代谢特征与小鼠存在差异，机制尚未完全阐明 | 阐明MAIT细胞在不同器官中的群体组成、发育途径以及跨物种的转录组和代谢差异 | 小鼠和人类的MAIT细胞群体，包括胸腺、肺、血液等器官的细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠多个器官（胸腺、肺等）及人类肺和血液样本中的MAIT细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 579 | 2026-05-08 |
Clinical characterization of EFHD2 (swiprosin-1) in Glioma-associated macrophages and its role in regulation of immunosuppression
2023-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110702
PMID:37673235
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研究论文 | 本研究探讨了EFHD2（swiprosin-1）在胶质瘤相关巨噬细胞中的临床特征及其在免疫抑制调控中的作用 | 首次利用多民族社区的大规模临床数据研究EFHD2在胶质瘤中的作用，并通过单细胞测序和敲除小鼠模型验证其免疫调节功能 | 未提及具体局限性，但样本来源主要为数据库回顾性分析，且实验验证仅限于小鼠模型，缺乏临床样本直接验证 | 阐明EFHD2在胶质瘤相关巨噬细胞中的表达特征及其对肿瘤微环境免疫抑制的调控机制 | 来自CGGA和TCGA数据库的胶质瘤患者样本，以及小鼠胶质瘤细胞系和巨噬细胞 | 机器学习 | 胶质瘤 | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 313或657例CGGA胶质瘤患者和603例TCGA胶质瘤患者 | Illumina, 10x Genomics | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq, 10x Chromium | CGGA数据库和GSE131928数据集中的单细胞测序数据 |
| 580 | 2026-05-08 |
Innate-like functions of natural killer T cell subsets result from highly divergent gene programs
2016-06, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/ni.3437
PMID:27089380
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研究论文 | 通过转录组和表观基因组分析及单细胞RNA测序，揭示自然杀伤T细胞亚群具有高度差异的基因程序，从而产生类似先天性的功能 | 首次对胸腺NKT细胞亚群进行全面的转录组和表观基因组分析以及单细胞RNA测序，揭示其基因表达和表观遗传的高度差异性，表明胸腺对这些先天样细胞亚群进行了不同的基因程序印记 | 未提及具体的局限性 | 阐明自然杀伤T细胞亚群的功能多样性背后的分子机制 | 纯化的胸腺NKT细胞亚群 | 单细胞组学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 表观基因组分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | 未提及具体样本量 | NA | 单细胞RNA-seq, 表观基因组测序 | NA | NA |