单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-05-31	Fibroblast reprogramming in the dura mater of NTG-induced migraine-related chronic hypersensitivity model drives monocyte infiltration via Angptl1-dependent stromal signaling 2025-May-26, The journal of headache and pain IF:7.3Q1 DOI:10.1186/s10194-025-02058-4 PMID:40419944	research paper	该研究揭示了NTG通过重编程脑膜成纤维细胞，扩增促炎性成纤维细胞亚型，通过TNF-α/NF-κB信号和Angptl1介导的单核细胞串扰驱动偏头痛相关慢性超敏反应	发现了NTG诱导的脑膜成纤维细胞重编程及其通过Angptl1介导的基质-免疫串扰驱动单核细胞浸润的新机制，并确定了Mafk-Angptl1轴作为潜在治疗靶点	需要进一步的人类验证	探究偏头痛慢性超敏反应的机制	NTG诱导的偏头痛相关慢性超敏反应模型	神经科学	偏头痛	scRNA-seq, GWAS, 细胞-细胞相互作用网络分析, 转录调控分析	NTG诱导的偏头痛相关慢性超敏反应模型	单细胞RNA测序数据, 基因组关联研究数据	NA
562	2025-05-31	Revealing a novel Decorin-expressing tumor stromal subset in hepatocellular carcinoma via integrative analysis single-cell RNA sequencing 2025-May-26, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03811-0 PMID:40420150	研究论文	通过整合分析单细胞RNA测序数据，揭示了肝细胞癌中一种新型表达Decorin的肿瘤基质亚群	发现了一种独特的肿瘤基质亚群，该亚群高表达Decorin（DCN）及相关的硫酸软骨素（CS）合成酶，并揭示了其在肝细胞癌微环境中的保护性作用	研究主要基于RNA测序数据，需要进一步的实验验证Decorin在肿瘤微环境中的具体作用机制	探索Decorin在肝细胞癌及其肿瘤微环境中的角色和潜在治疗价值	肝细胞癌（HCC）组织及肿瘤微环境中的基质细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，Western blot分析	NA	RNA测序数据，蛋白质表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及肝细胞癌组织及周边基质组织的分析
563	2025-05-31	Anti-tumor effects on tumor-infiltrating natural killer cells by localized ablative immunotherapy and immune checkpoint inhibitors: An integrated and comparative study using scRNAseq analysis 2025-May-26, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217825 PMID:40436260	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNAseq）分析了局部消融免疫疗法（LAIT）和免疫检查点抑制剂（ICI）对肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK）的转录和功能调控，并评估了这些变化在乳腺癌治疗中的临床意义	首次使用scRNAseq技术全面解析LAIT和ICI对TINK细胞的调控机制，并发现两者在NK细胞介导的细胞毒性和趋化因子信号传导中的共享通路	研究主要基于小鼠乳腺癌模型，临床相关性需进一步验证	探究LAIT和ICI对肿瘤微环境中NK细胞的调控机制及其在癌症治疗中的潜在协同效应	肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK）	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNAseq	NA	单细胞转录组数据	小鼠乳腺癌模型及TCGA数据库中的乳腺癌患者数据
564	2025-05-31	Targeting of the IL-33/Wnt axis restricts breast cancer stemness and metastasis 2025-May-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03260-9 PMID:40414980	研究论文	本文研究了IL-33/Wnt轴在乳腺癌干性和转移中的作用，并提出了AAV介导的ST2沉默作为一种新的治疗策略	揭示了IL-33通过Wnt/β-catenin信号通路促进乳腺癌干性的新机制，并首次提出AAV介导的ST2沉默作为治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在临床患者中进行验证	探究IL-33/ST2轴在乳腺癌干性和转移中的作用机制	乳腺癌细胞(4T1和MDA-MB-231)和小鼠模型(orthotopic 4T1和spontaneous MMTV-PyMT)	肿瘤生物学	乳腺癌	CRISPR/Cas9，单细胞RNA测序，AAV基因沉默	小鼠肿瘤模型	基因表达数据，单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，使用了两种乳腺癌细胞系和两种小鼠模型
565	2025-05-31	The antioxidant stress effect of granulin precursor in vitiligo 2025-May-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03486-7 PMID:40415096	research paper	该研究探讨了颗粒体前体在白癜风中的抗氧化应激作用及其通过颗粒体-sortilin 1配体-受体调节皮肤微环境稳态的机制	首次发现颗粒体-sortilin 1配体-受体在黑色素细胞与其他皮肤细胞间通讯中的关键作用，并揭示其在白癜风病变中的下调及其与氧化应激调控的关联	研究主要基于体外实验，尚未在体内模型中验证颗粒体-sortilin 1配体-受体的保护作用	探究白癜风中黑色素细胞丢失的分子机制及颗粒体前体的抗氧化应激作用	黑色素细胞及颗粒体-sortilin 1配体-受体	分子生物学	白癜风	单细胞测序、微阵列数据分析、体外实验	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
566	2025-05-31	Targeting PIK3CB/YAP1 improves the sensitivity of paclitaxel by suppressing aging in head and neck squamous tumor cells 2025-May-24, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03818-7 PMID:40413541	研究论文	本研究探讨了PIK3CB/YAP1在头颈部鳞状肿瘤细胞中对紫杉醇敏感性的影响及其与细胞衰老的关系	揭示了PIK3CB通过YAP1通路促进细胞增殖并减少衰老的机制，并提出了navitoclax与紫杉醇联合应用的新策略	研究主要基于体外实验和公共数据集分析，缺乏大规模临床验证	提高头颈部鳞状细胞癌对化疗药物的敏感性	头颈部鳞状肿瘤细胞	肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	免疫组化、细胞增殖实验、转录组学和蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞数据	公共数据集（GEO、TCGA、HPA）及实验细胞样本
567	2025-05-31	Genetically supported causality between gut microbiota, prefrontal cortex and depression: insights from multiple Mendelian randomization, multi-omics analysis, and network pharmacology 2025-May-24, Journal of affective disorders IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.jad.2025.119458 PMID:40419156	研究论文	本研究通过多种孟德尔随机化、多组学分析和网络药理学方法，探索了肠道菌群与前额叶皮层及抑郁症之间的遗传支持因果关系	结合多种孟德尔随机化方法、多组学分析和网络药理学，首次系统性地揭示了肠道菌群通过前额叶皮层结构影响抑郁症的潜在生物学机制，并鉴定了新的治疗靶点和潜在药物	研究主要基于欧洲人群的GWAS数据，结果可能不适用于其他人群；动物模型验证仅限于小鼠，需要进一步人类研究验证	探究肠道菌群与前额叶皮层及抑郁症之间的因果关系和潜在生物学机制	肠道菌群、前额叶皮层结构和抑郁症患者	生物医学研究	抑郁症	GWAS、孟德尔随机化(MR)、多变量MR(MVMR)、基于汇总数据的MR(SMR)、单细胞RNA测序、批量RNA数据分析、分子对接	小鼠抑郁模型(CUMS诱导)	基因组数据、脑成像数据、RNA测序数据	肠道菌群GWAS(n=5959)、抑郁症GWAS(43,280病例/329,192对照)、脑成像表型(n=33,224)
568	2025-05-31	HL-BscPF: Hybrid learning facilitates brain cell auto-identification in multiple pathologies 2025-May-23, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123751 PMID:40414555	研究论文	介绍了一种名为HL-BscPF的混合学习框架，用于自动识别脑细胞类型并揭示疾病相关通路	HL-BscPF整合了ItClust和TOSICA模型，结合了基于自动编码器的降维和transformer架构，提高了预测准确性	NA	开发一种能够自动分类脑细胞类型并揭示疾病相关通路的框架	脑单细胞转录组数据	数字病理学	阿尔茨海默病、术后认知功能障碍、中风	scRNA-seq	ItClust、TOSICA、autoencoder、transformer	单细胞转录组数据	四个脑特异性单细胞数据集
569	2025-05-31	Identification of key genes and diagnostic biomarkers for peripheral atherosclerosis: A multi-omics approach 2025-May-23, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042437 PMID:40419934	research paper	本研究通过多组学方法识别外周动脉粥样硬化的关键基因和诊断生物标志物	整合基因表达、单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，发现6个新的PAS相关基因并建立高精度的诊断模型	研究主要基于公开数据集，需要进一步实验验证	识别外周动脉粥样硬化的分子生物标志物并阐明其进展机制	外周动脉粥样硬化患者	生物信息学	心血管疾病	基因表达分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化	诊断列线图	基因表达数据	2个GEO数据集(GSE28829, GSE100927)
570	2025-05-31	Kinesin family member 4 a drives Cancer stem cell characteristics in breast Cancer: Insights from scRNA-Seq and experimental validation 2025-May-16, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144308 PMID:40383330	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了乳腺癌中的癌症干细胞标记基因，并验证了其功能	发现了驱动蛋白家族成员4A（KIF4A）作为乳腺癌癌症干细胞特性的关键调控因子，并通过实验验证了其功能	研究主要基于特定数据集（GSE180286和TCGA乳腺癌数据集），可能无法涵盖所有乳腺癌亚型	识别乳腺癌中癌症干细胞的标记基因并探索其功能	乳腺癌细胞系和裸鼠模型	癌症生物学	乳腺癌	scRNA-Seq, 批量RNA测序, 加权基因共表达网络分析(WGCNA)	NA	RNA测序数据	来自GSE180286和TCGA乳腺癌数据集的样本
571	2025-05-31	PerturbSeq.db: An Integrated Repository for Comprehensive Analysis of Single-cell Perturbation Data 2025-May-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169209 PMID:40381983	research paper	介绍了一个名为PerturbSeq.db的综合数据库，用于整合和分析单细胞扰动数据	提供了一个统一处理和整合多种来源单细胞扰动数据的数据库，并配有交互式用户界面	未提及具体的技术或分析方法的局限性	解决单细胞扰动研究中的数据可访问性和整合问题	单细胞扰动数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	189个数据集，来自77项研究，包括165个scRNA-seq和24个scATAC-seq数据集，涵盖约50种不同的细胞系或组织
572	2025-05-31	Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421421122 PMID:40339128	研究论文	研究探讨了小鼠舌上皮细胞类型随昼夜节律的变化及其对味觉敏感性的影响	揭示了昼夜节律调控的细胞周期进程如何通过新生细胞的供应影响味觉细胞群的时间依赖性变化	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究昼夜节律如何调控舌上皮细胞更新及其对味觉敏感性的影响	小鼠舌上皮细胞，特别是II型味觉细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠舌上皮细胞
573	2025-05-31	AI-Driven Analysis Unveils Functional Dynamics of Müller Cells in Retinal Autoimmune Inflammation 2025-May-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640907 PMID:40093069	研究论文	利用AI驱动的单细胞RNA-seq分析揭示视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能动态	首次在Aire-/-小鼠模型中识别出9个Müller细胞亚群和5个T细胞亚群，并发现激活的Müller细胞表现出巨噬细胞样表型	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究视网膜自身免疫炎症中Müller细胞的功能特性	Aire-/-小鼠视网膜中的Müller细胞和T细胞	数字病理学	视网膜自身免疫炎症	scRNA-seq, AI分析流程SCassist	NA	单细胞转录组数据	Aire-/-小鼠视网膜scRNA-seq数据集
574	2025-05-31	Identification of Prognostic Biomarkers of Ovarian High-Grade Serous Carcinoma: A Preliminary Study Using Spatial Transcriptome Analysis and Multispectral Imaging 2025-05-08, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14100681 PMID:40422184	研究论文	本研究利用空间转录组分析和多光谱成像技术，识别与高级别浆液性卵巢癌（HGSC）疾病进展相关的生物标志物	首次结合空间转录组学（GeoMx平台）和多光谱免疫细胞免疫荧光技术，全面分析HGSC的肿瘤微环境，发现与无复发相关的空间生物标志物	初步研究，样本量可能有限，需要更大规模的验证	识别可用于预测HGSC复发的生物标志物	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）患者	数字病理学	卵巢癌	空间转录组学（GeoMx平台）、多光谱免疫细胞免疫荧光（IF）	NA	空间转录组数据、多光谱图像数据	未明确提及具体样本数量
575	2025-05-31	m2ST: dual multi-scale graph clustering for spatially resolved transcriptomics 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf221 PMID:40272889	research paper	提出了一种名为m2ST的双重多尺度图聚类方法，用于空间转录组数据的空间聚类分析	引入了多尺度掩码图自编码器提取不同尺度的表示，并采用随机掩码机制和缩放余弦误差作为损失函数，同时设计了专门的多尺度聚类框架整合尺度共性和特性信息	NA	提高空间转录组数据空间聚类的准确性和鲁棒性	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	图神经网络(GNN), 自编码器	空间转录组数据	多个空间转录组数据集(具体数量未提及)
576	2025-05-31	A 3D Self-Assembly Platform Integrating Decellularized Matrix Recapitulates In Vivo Tumor Phenotypes and Heterogeneity 2025-May-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1954 PMID:39888317	research paper	开发了一种无水凝胶的自组装平台，用于建立富含细胞外基质（ECM）的3D 'MatriSpheres'，以解析癌细胞与ECM的相互作用	提出了一种无水凝胶的自组装平台，能够模拟体内肿瘤表型和异质性，并通过单细胞RNA测序验证了其优于传统ECM贫乏球体的相关性	未提及具体样本量的限制或实验的局限性	研究肿瘤微环境中细胞外基质（ECM）对肿瘤生物学的影响	小鼠和人类结直肠癌细胞的3D培养模型	digital pathology	colorectal cancer	单细胞RNA测序	3D细胞培养模型	RNA测序数据	NA
577	2025-05-31	Multi-Omics Biomarkers for Predicting Efficacy of Biologic and Small-Molecule Therapies in Adults With Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review 2025-May, United European gastroenterology journal IF:5.8Q1 DOI:10.1002/ueg2.12720 PMID:39656426	系统综述	本文系统综述了用于预测成人炎症性肠病生物制剂和小分子药物治疗效果的多组学生物标志物	整合多组学数据（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学和代谢组学）来预测治疗效果，特别关注多组学数据集整合模型的影响	NA	促进精准医学领域发展，评估可能对多种治疗干预措施反应具有不同影响的特定生物标志物	成人炎症性肠病患者	精准医学	炎症性肠病	基因组学、转录组学（包括bulk RNA和单细胞RNA测序）、蛋白质组学、微生物组学、代谢组学	多组学数据集整合模型	多组学数据	NA
578	2025-05-31	Improving Spatial Transcriptomics with Membrane-Based Boundary Definition and Enhanced Single-Cell Resolution 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401056 PMID:39871658	research paper	提出了一种基于细胞膜荧光标记的新方法，用于提高空间转录组学中细胞边界的定义精度和单细胞分辨率	使用遗传编码的荧光蛋白标记细胞膜，精确索引切片中的测序点和细胞内转录本，相比基于细胞核的方法显著提高了基因捕获数量	NA	改进空间转录组学技术，提高细胞边界定义精度和单细胞分辨率	小鼠和蝾螈的肝脏、脑和肠道组织	空间转录组学	NA	遗传编码荧光蛋白标记、空间转录组学	NA	基因表达数据、荧光图像	小鼠和蝾螈的肝脏、脑和肠道组织样本
579	2025-05-31	Exploring the co-morbid relationship between Alzheimer's disease and lung cancer in the 5xFAD transgenic mouse model 2025-May, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12527 PMID:39930922	研究论文	本研究探讨了阿尔茨海默病（AD）与肺癌在5xFAD转基因小鼠模型中的共病关系	揭示了AD通过铁稳态失衡和氧化应激增加抑制肺癌进展的机制，并发现CD8+ T细胞和自然杀伤细胞的浸润增强是抑制肺癌生长的关键因素	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	阐明AD抑制肺癌进展的精确机制	5xFAD转基因小鼠和野生型小鼠	数字病理学	阿尔茨海默病和肺癌	单细胞测序和分子病理学分析	5xFAD转基因小鼠模型	病理图像和分子数据	未明确说明具体数量，但涉及5xFAD转基因小鼠和野生型小鼠
580	2025-05-31	Transcriptional Heterogeneity and Differential Response of Rod Photoreceptor Pathway Uncovered by Single-Cell RNA Sequencing of the Aging Mouse Retina 2025-May, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70001 PMID:39954235	research paper	通过单细胞RNA测序技术研究衰老小鼠视网膜中杆状光感受器通路的转录异质性和差异反应	揭示了视网膜中不同细胞类型在衰老过程中的转录失调动态，并识别了受影响的通路，特别是发现了杆状光感受器和双极细胞的转录异质性亚群	研究仅基于小鼠模型，结果在人类视网膜衰老中的适用性需要进一步验证	探究视网膜衰老的分子机制，寻找与衰老相关视力障碍的生物标志物	小鼠视网膜	生物医学	老年性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	3、12、18和24个月大的小鼠视网膜