单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-04-24	Fibroblast Activation Protein (FAP)+ cancer-associated fibroblasts induce macrophage M2-like polarization via the Fibronectin 1-Integrin α5β1 axis in breast cancer 2025-Apr-22, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03359-3 PMID:40263422	研究论文	该研究揭示了表达成纤维细胞活化蛋白（FAP）的癌症相关成纤维细胞（FAP CAFs）通过Fibronectin 1-Integrin α5β1轴诱导巨噬细胞M2样极化，从而促进乳腺癌免疫抑制的机制	首次发现FAP CAFs通过分泌FN1激活巨噬细胞的integrin α5β1-FAK-AKT-STAT3信号通路，驱动其向免疫抑制性M2样表型极化	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	探究FAP CAFs在乳腺癌微环境中的免疫调节机制	FAP阳性癌症相关成纤维细胞和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、体内外实验	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、临床标本数据	未明确说明样本量（包含临床标本和实验动物）
562	2025-04-24	Unraveling the Therapeutic Potential of Scutellarin for Clear Cell Renal Cell Carcinoma: A Comprehensive Molecular Analysis 2025-Apr-22, Current pharmaceutical design IF:2.6Q2 DOI:10.2174/0113816128340451241224055536 PMID:40265430	研究论文	本研究通过综合分子分析探讨了黄芩素对透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的治疗潜力	首次系统性地鉴定了黄芩素在ccRCC中的潜在靶基因和作用通路，并通过分子对接和动力学模拟验证了其稳定性	需要进一步的临床前和临床研究来验证黄芩素的确切分子机制和治疗优势	探索黄芩素作为ccRCC新型治疗方案的潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	分子生物学与癌症治疗	肾细胞癌	蛋白互作网络分析、分子对接、分子动力学模拟、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞数据	TCGA-KIRC和GSE53757数据集中的ccRCC样本
563	2025-04-24	Single-cell transcriptomics reveals the interaction between fibroblasts and activated immune cells: an exploratory bioinformatics study of pro-inflammatory mechanisms in slow transit constipation 2025-Apr-22, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002415 PMID:40265474	研究论文	通过单细胞转录组学揭示成纤维细胞与活化免疫细胞之间的相互作用，探索慢传输型便秘的促炎机制	首次识别了STC特异性的XCL2+CD8+ T细胞，并揭示了其通过IFNG和TNFSF14信号通路增强成纤维细胞促炎细胞因子分泌的机制	样本量较小（6例STC患者和6例对照），且未进行功能验证实验	阐明慢传输型便秘患者免疫微环境特征及特定免疫细胞类型的潜在作用机制	慢传输型便秘患者的肠道组织和免疫细胞	生物信息学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	6例STC患者和6例对照
564	2025-04-24	Machine learning integration of single-cell and bulk transcriptomics identifies fibroblast-driven prognostic markers in colorectal cancer 2025-Apr-22, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2025.12038 PMID:40266079	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组学数据，利用机器学习方法识别了结直肠癌中成纤维细胞驱动的预后标志物	首次通过整合单细胞和批量转录组学数据，构建了一个七基因成纤维细胞相关预后特征，并在独立数据集中验证了其预测性能	研究样本量相对有限，且仅在两个数据集中进行了验证	识别结直肠癌中具有临床意义的预后生物标志物和潜在治疗策略	结直肠癌肿瘤微环境中的成纤维细胞	机器学习	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习集成方法	转录组数据	306个CRC样本(448,255个细胞)，TCGA-COAD训练队列(n=351)，GSE17536验证数据集(n=177)
565	2025-04-24	Inferring gene regulatory networks by hypergraph generative model 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101026 PMID:40220759	研究论文	提出了一种基于超图变分自编码器（HyperG-VAE）的贝叶斯深度生成模型，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的分析和基因调控网络（GRN）的构建	利用超图表示和结构方程模型处理细胞异质性，通过超图自注意力机制识别基因模块，协同优化编码器以提高GRN推断、单细胞聚类和数据可视化的性能	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序数据的分析和基因调控网络的构建	单细胞RNA测序数据和基因调控网络	机器学习	NA	scRNA-seq	HyperG-VAE（超图变分自编码器）	单细胞RNA测序数据	NA
566	2025-04-24	A Multi-omics approach to identify and validate shared genetic architecture in rheumatoid arthritis, multiple sclerosis, and type 1 diabetes: integrating GWAS, GEO, MSigDB, and scRNA-seq data 2025-Apr-21, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01598-x PMID:40254686	研究论文	通过多组学方法识别并验证类风湿性关节炎、多发性硬化症和1型糖尿病之间的共享遗传结构	首次发现ROMO1是这三种自身免疫疾病的共享遗传因素，并通过多种分析方法验证其在疾病发展中的机制	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索自身免疫疾病之间的共享遗传结构	类风湿性关节炎(RA)、多发性硬化症(MS)和1型糖尿病(T1D)	生物信息学	自身免疫疾病	GWAS、RNA-seq、scRNA-seq、GSEA、Mendelian randomization	LASSO回归	基因组数据、转录组数据	未明确说明样本数量，使用了GEO数据库中的多组数据和GWAS数据
567	2025-04-24	Unlocking plant regeneration: The role for glutathione 2025-Apr-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.03.012 PMID:40262524	research paper	本文探讨了谷胱甘肽（GSH）在植物再生中的关键作用	揭示了GSH通过加速细胞周期转换（特别是缩短G1期）促进植物器官再生的新机制	NA	研究植物再生过程中的分子机制	植物再生过程中的细胞周期调控	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 活体成像	NA	RNA测序数据, 影像数据	NA
568	2025-04-24	A cost- and time-efficient method for high-throughput cryoprocessing and tissue analysis using multiplexed tissue molds 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101023 PMID:40262526	research paper	介绍了一种高效、低成本的高通量冷冻处理和组织分析方法，使用多路复用组织模具（MTMs）	提出了多路复用组织模具（MTMs），显著降低了成本和工作量（高达96%），同时能处理不同大小和来源的组织	未提及具体的技术限制或潜在问题	开发一种更高效、更经济的组织处理方法，以促进常规和诊断应用	小鼠组织和神经类器官	digital pathology	NA	cryosectioning, multiplexed tissue molds (MTMs)	NA	tissue sections	19种不同的小鼠组织和约110个不同年龄和大小的神经类器官
569	2025-04-24	Single-cell analysis unveils immune dysregulation and EBV-driven lymphoproliferative disorder in pediatric liver transplant recipients 2025-Apr-21, Human immunology IF:3.1Q3 DOI:10.1016/j.humimm.2025.111309 PMID:40263002	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小儿肝移植受者中EBV驱动的淋巴增殖性疾病的免疫失调情况	首次使用scRNA-seq技术详细描述了小儿肝移植后淋巴增殖性疾病(PTLD)的免疫微环境变化，特别是与EBV感染相关的细胞和分子改变	研究样本仅限于小儿肝移植受者，结果可能不适用于成人患者或其他器官移植受者	阐明小儿肝移植后EBV相关淋巴增殖性疾病的免疫失调机制	小儿肝移植受者的外周血单个核细胞(PBMC)	免疫学	淋巴增殖性疾病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	四组研究对象：EBV感染的PTLD患者、EBV阳性非PTLD移植受者、EBV阴性移植受者和健康儿童
570	2025-04-24	Next-generation sequencing in cancer diagnosis and treatment: clinical applications and future directions 2025-Apr-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01816-9 PMID:40253661	综述	本文全面概述了下一代测序（NGS）在肿瘤诊断和治疗中的临床应用及其未来发展方向	强调了NGS在精准医疗中的重要作用，包括肿瘤基因组分析、遗传性癌症综合征检测、微小残留病监测以及免疫治疗指导	讨论了数据解释的复杂性、生物信息学支持的需求、成本考虑以及与基因检测相关的伦理问题	探讨NGS在肿瘤诊断和治疗中的临床应用及其未来发展方向	肿瘤患者及其基因组数据	数字病理学	癌症	NGS, 单细胞测序, 液体活检	NA	基因组数据	NA
571	2025-04-24	Reversible downregulation of HLA class I in adenoid cystic carcinoma 2025-Apr-20, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011380 PMID:40254393	研究论文	本研究探讨了腺样囊性癌（ACC）中HLA I类分子的可逆性下调及其对免疫治疗反应的影响	发现ACC肿瘤中B2M/HLA I类分子表达极低，揭示了其免疫冷肿瘤特性，并证实通过干扰素-γ或STING激动剂可恢复HLA I类分子表达	临床样本量较小，仅包含1例接受STING激动剂联合治疗的病例	阐明ACC对免疫检查点抑制剂反应低下的机制并探索潜在治疗策略	腺样囊性癌肿瘤组织、转移灶及正常唾液腺/乳腺组织	肿瘤免疫学	腺样囊性癌	多重免疫荧光（mIF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组分析	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、空间转录组数据	包含原发ACC组织、转移灶及正常组织的多组学分析，1例临床治疗病例
572	2025-04-24	NR2F2 and its contribution to lymph node metastasis in oral squamous cell carcinoma 2025-Apr-20, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111814 PMID:40262715	研究论文	研究NR2F2在口腔鳞状细胞癌(OSCC)淋巴结转移(LNM)中的作用及其生物学意义	首次将NR2F2与OSCC中的癌症干细胞(CSCs)及其在淋巴结转移中的作用联系起来，并验证了NR2F2通过促进肿瘤细胞增殖和迁移影响LNM的机制	研究主要基于细胞和动物实验，临床样本验证相对有限	探究NR2F2在OSCC淋巴结转移中的分子机制	口腔鳞状细胞癌(OSCC)及其淋巴结转移灶	肿瘤生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光、Western blot、功能实验、体内实验、批量RNA测序	CytoTRACE算法、irGSEA和GSVA R包	RNA测序数据、免疫组化数据、免疫荧光数据、功能实验数据	未明确说明具体样本数量，但包括OSCC患者样本、细胞系和动物模型
573	2025-04-24	Single-cell RNA Sequencing of Pig Lung Transplantation Reveals Macrophage Ferroptosis in Lung IschemiaReperfusion Injury 2025-Apr-20, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.04.011 PMID:40262727	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究猪肺移植中的巨噬细胞铁死亡现象，揭示其在肺缺血再灌注损伤中的作用	首次在猪肺移植模型中应用单细胞RNA测序技术，发现巨噬细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的关键作用	研究仅针对猪模型，尚未在人体中进行验证	探究肺移植后缺血再灌注损伤的机制及潜在治疗策略	猪肺移植模型中的巨噬细胞	数字病理学	肺疾病	scRNA-seq, TEM	猪原位左肺移植模型	RNA测序数据, 电子显微镜图像	未明确说明样本数量（猪肺移植模型）
574	2025-04-24	CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data 2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.12.632553 PMID:39868198	研究论文	介绍了一个名为CellSP的计算框架，用于识别、可视化和表征mRNA的亚细胞空间模式	提出了'基因-细胞模块'的概念，能够识别多个细胞中协调的亚细胞转录分布基因集	NA	解决亚细胞空间转录组数据中功能相关空间模式的识别和解释问题	亚细胞空间转录组数据	空间转录组学	阿尔茨海默病、肾癌	空间转录组学	NA	mRNA分布数据	多种组织和小鼠模型
575	2025-04-24	Systemic inflammation impairs myelopoiesis and interferon type I responses in humans 2025-Apr-18, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02136-4 PMID:40251340	research paper	该研究通过LPS诱导的系统性炎症模型，揭示了急性高炎症期和晚期免疫抑制期的机制，并提出了IFNβ治疗的潜在应用	发现了一个炎症性单核细胞样亚群(infMono)，并揭示了其在系统性炎症中的作用，以及IFNβ治疗对恢复免疫反应的潜力	研究主要基于LPS诱导的炎症模型，可能无法完全反映所有系统性炎症条件的复杂性	理解系统性炎症的急性高炎症期和晚期免疫抑制期的机制	人类系统性炎症模型及患者队列（细菌性败血症和冠状病毒病患者）	免疫学	细菌性败血症, 冠状病毒病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类LPS诱导炎症模型及患者队列
576	2025-04-24	Asian diversity in human immune cells 2025-Apr-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.02.017 PMID:40112801	research paper	该研究构建了亚洲免疫多样性图谱（AIDA），一个多国单细胞RNA测序健康参考图谱，用于研究人类免疫细胞的多样性	首次在单细胞基因组学背景下系统研究亚洲人群免疫细胞的多样性，并发现亚大陆多样性、年龄和性别对免疫细胞特性的广泛影响	研究主要关注亚洲人群，可能无法完全代表全球其他人群的免疫多样性	研究人类免疫细胞的多样性及其与生物医学表型的关系	619名健康捐赠者的1,265,624个循环免疫细胞	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	619名捐赠者，涵盖5个亚洲国家的7个人群组和6个对照组
577	2025-04-24	Epidemiological characteristics of thyroid cancer worldwide and construction of a machine learning diagnostic model 2025-04-16, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University IF:2.1Q3 DOI:10.17219/acem/199327 PMID:40237525	研究论文	本研究分析了全球甲状腺癌的流行病学特征，并构建了一个基于机器学习的诊断模型	结合全球疾病负担数据和机器学习算法开发高精度诊断模型，并通过单细胞RNA测序探索肿瘤微环境	NA	分析甲状腺癌的全球发病趋势并开发诊断工具	全球甲状腺癌患者	机器学习	甲状腺癌	单细胞RNA测序	LASSO, Ridge回归	流行病学数据, 基因表达数据	1990-2021年全球疾病负担数据库数据
578	2025-04-24	Dual states of murine Bmi1-expressing intestinal stem cells drive epithelial development utilizing non-canonical Wnt signaling 2025-Apr-16, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.03.014 PMID:40262610	research paper	该研究揭示了小鼠肠道发育中Bmi1表达肠道干细胞的功能及其通过非经典Wnt信号调控增殖状态的动态变化	首次发现Bmi1细胞作为功能性干细胞存在于早期小鼠肠道发育阶段，并揭示其通过非经典Wnt信号调控增殖状态的动态转换机制	研究局限于小鼠模型，人类肠道发育中的类似机制仍需验证	探究肠道干细胞在发育过程中的调控机制及其对组织稳态的影响	小鼠肠道Bmi1表达干细胞	发育生物学	NA	谱系追踪、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
579	2025-04-24	Integration of Single-Cell and Bulk RNA-seq Data to Identify the Cancer-Associated Fibroblast Subtypes and Risk Model in Glioma 2025-Apr, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10751-3 PMID:38536568	research paper	该研究通过整合单细胞和批量RNA-seq数据，识别了胶质瘤中与癌症相关成纤维细胞（CAFs）相关的亚型和风险模型	结合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，开发了一个新的CAF相关特征（CRS）模型，用于预测胶质瘤患者的预后和治疗反应	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	识别胶质瘤中CAFs的预后标志物，并开发个体化治疗策略	胶质瘤患者和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	digital pathology	glioma	RNA-seq, RT-qPCR	LASSO回归模型	RNA-seq数据	1333个胶质瘤样本（来自TCGA和CGGA数据集）
580	2025-04-24	Single-Cell Analysis Reveals Histone Deacetylation Factor Guide Intercellular Communication of Tumor Microenvironment that Contribute to Colorectal Cancer Progression and Immunotherapy 2025-Apr, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10730-8 PMID:38637426	research paper	通过单细胞RNA-seq数据分析组蛋白去乙酰化因子（HDF）在结直肠癌（CRC）肿瘤微环境（TME）中的作用及其对免疫治疗的贡献	揭示了HDF相关基因在TME细胞亚群中的表达特征及其对肿瘤上皮细胞异质性的分子调控机制，并提出了HDF-TME评分对CRC患者预后和免疫治疗效果的预测能力	研究依赖于公开数据库的数据，可能受限于数据的质量和完整性	探索HDF在CRC肿瘤微环境中的调控作用及其对免疫治疗的影响	结直肠癌肿瘤微环境中的基质细胞、巨噬细胞、T淋巴细胞和B淋巴细胞	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	公共数据库中的CRC组织转录组和免疫治疗队列数据