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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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561 | 2025-09-28 |
Single-cell analysis of heterogeneity and molecular changes in cultured corneal epithelial stem cells during serial passage
2025-Sep-17, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxaf041
PMID:40574692
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研究论文 | 利用单细胞转录组学分析长期传代培养中角膜上皮干细胞群体的异质性和分子变化 | 首次通过单细胞分辨率揭示角膜缘干细胞在长期培养中存在三个功能各异的祖细胞亚群,并发现小分子RepSox可部分维持干细胞特性 | 研究仅限于体外培养模型,未验证体内功能;分子机制有待深入解析 | 探究长期传代培养中角膜缘干细胞特性丧失的分子机制 | 体外培养的人角膜缘干细胞 | 单细胞组学 | 角膜疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 22,708个细胞 | NA | NA | NA | NA |
562 | 2025-09-28 |
Consistent self-organized emergence of hyaline cartilage in human induced pluripotent stem cell-derived multi-tissue organoids
2025-Sep-17, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxaf043
PMID:40577622
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研究论文 | 开发了一种利用人多能干细胞生成透明软骨的简化多组织类器官方案 | 建立了无需异源成分和饲养层的简单培养方案,通过多组织类器官实现透明软骨的稳定生成 | NA | 建立稳定生成透明软骨的标准化培养方案 | 人诱导多能干细胞衍生的多组织类器官 | 组织工程 | 软骨相关疾病 | RNA测序、生物信息学分析、组织学检测、免疫组化、单细胞RNA测序 | 多组织类器官模型 | 基因表达数据、组织学图像数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
563 | 2025-09-28 |
A TLR4-dependent fibroblast-monocyte axis in tumor-draining lymph nodes contributes to metastasis in triple-negative breast cancer
2025-Sep-15, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.08.015
PMID:40957419
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研究论文 | 本研究揭示了三阴性乳腺癌中肿瘤引流淋巴结通过TLR4依赖的成纤维细胞-单核细胞轴促进转移的免疫抑制机制 | 首次发现TLR4依赖的FRC-单核细胞轴在TDLNs中形成免疫抑制微环境,并证明局部TLR4抑制联合αPD-1疗法可增强抗肿瘤免疫 | 机制研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需扩展 | 探究三阴性乳腺癌肿瘤引流淋巴结的免疫微环境重组及其在转移中的作用 | 三阴性乳腺癌小鼠模型和人类TNBC样本 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 空间转录组学、体外共培养实验 | 小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据、免疫组织化学数据 | 小鼠模型和人类TNBC样本(具体数量未明确说明) | NA | NA | NA | NA |
564 | 2025-09-28 |
Human-mouse cross-species comparison identifies common and unique aspects of intestinal mesenchyme development
2025-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.03.674033
PMID:40950081
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和组学方法比较小鼠与人类肠道间质发育的异同 | 首次开展跨物种单细胞水平肠道间质细胞发育的系统性对比研究 | 未探讨物种特异性基因功能差异的生物学机制 | 解析哺乳动物肠道间质细胞发育的进化保守性与物种特异性 | 小鼠和人类胚胎期肠道间质细胞 | 发育生物学 | NA | scRNA-seq, FISH, 免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 小鼠和人类胚胎肠道组织样本(具体数量未明确) | NA | NA | NA | NA |
565 | 2025-09-28 |
Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials
2025-Sep, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 开发了一种导电心脏芯片模型,用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子响应 | 首次将导电水凝胶支架与微流控芯片结合,构建具有原生心肌电导特性的3D心脏芯片模型 | 未明确说明模型在长期稳定性和药物测试验证方面的局限性 | 开发仿生心脏组织模型并研究电传导对心脏发育的影响 | 人诱导多能干细胞来源的心肌细胞和心脏成纤维细胞 | 组织工程 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微流控技术 | 3D心脏芯片模型 | 基因表达数据、功能分析数据 | 使用hiPSC来源的细胞构建工程化心脏组织,并与已发表成人心脏数据集进行比较 | NA | NA | NA | NA |
566 | 2025-09-28 |
FemXpress: Systematic Analysis of X Chromosome Inactivation Heterogeneity in Female Single-Cell RNA-Seq Samples
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504754
PMID:40583143
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研究论文 | 开发了一种名为FemXpress的计算工具,用于分析女性单细胞RNA测序数据中的X染色体失活异质性 | 首次提出不依赖亲本基因组信息即可基于X连锁SNPs对单细胞进行X染色体失活起源分类的计算方法 | NA | 开发分析X染色体失活异质性的计算工具 | 女性单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 食蟹猴多组织样本、胚胎和结肠肿瘤数据集 | NA | NA | NA | NA |
567 | 2025-09-28 |
Tracing and Capturing the Epiblast Pluripotency of Sheep Preimplantation Embryos
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202417764
PMID:40586282
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析建立了绵羊形成态和始发态多能干细胞,并揭示了绵羊胚胎发育过程中的多能性调控机制 | 首次在绵羊中成功捕获形成态和始发态多能干细胞,并进行了跨物种(小鼠、猪、绵羊)早期胚胎发育比较分析 | NA | 研究绵羊着床前胚胎上胚层多能性的变化规律和调控机制 | 绵羊着床前胚胎(E1-E14天) | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 绵羊胚胎发育E1至E14天的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
568 | 2025-09-28 |
Integrated Transcriptome and Metabolomics Analyses Show MYC as a Potential Therapeutic Target for Behçet's Uveitis
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202417843
PMID:40586758
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研究论文 | 本研究通过整合转录组和代谢组学分析,揭示MYC作为贝赫切特葡萄膜炎潜在治疗靶点 | 首次结合代谢组学和单细胞RNA测序技术揭示MYC通过调控糖酵解通路驱动T细胞异常反应的机制 | 研究样本量有限,机制验证主要依赖小鼠模型 | 探索贝赫切特葡萄膜炎的代谢特征并寻找潜在治疗靶点 | 贝赫切特葡萄膜炎患者和实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型 | 生物医学研究 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 非靶向代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 代谢组数据、单细胞转录组数据 | 贝赫切特葡萄膜炎患者与健康对照组的临床样本及EAU小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
569 | 2025-09-28 |
Choroid Plexus Fibroblast-ILC2 Niche Promotes Adult Hippocampal Neurogenesis after Traumatic Brain Injury
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202415984
PMID:40605604
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研究论文 | 本研究揭示创伤性脑损伤后脉络丛中ILC2细胞的积累及其通过调节免疫微环境和促进海马神经发生改善神经功能的机制 | 首次发现脉络丛成纤维细胞-ILC2生态位在TBI后促进成年海马神经发生的作用机制 | NA | 探究创伤性脑损伤后脉络丛的结构变化和免疫细胞浸润特征及其对神经再生的影响 | 创伤性脑损伤小鼠模型、脉络丛组织、海马组织 | 神经科学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序、单核RNA测序、组织学分析 | NA | 基因表达数据、组织学图像数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
570 | 2025-09-28 |
Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues
2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000961
PMID:40626838
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综述 | 本文概述了空间转录组学平台及其在HIV组织持久性研究中的应用工作流程 | 提出将空间转录组学技术应用于HIV组织持久性机制研究的路线图,实现HIV感染细胞与微环境的高分辨率分析 | 靶向捕获中目标数量增加会降低灵敏度,需避免报告生物学意义不明的特征 | 探讨空间转录组学在揭示HIV组织持久性机制及指导治疗策略中的应用 | HIV感染的组织细胞及其微环境 | 空间转录组学 | HIV/艾滋病 | 空间转录组学、ATAC-seq、蛋白质捕获、T细胞受体测序 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
571 | 2025-09-28 |
The Evolutionary Trajectory and Prognostic Value of GITR+ Tregs Reprogramed by Tumor-Intrinsic PD-1/c-MET Signaling in Pancreatic Cancer
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500806
PMID:40673866
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研究论文 | 本研究揭示了胰腺癌中肿瘤内在PD-1/c-MET信号通路通过驱动GITR⁺ Tregs的积累促进免疫逃逸的新机制 | 首次发现MET-IL-23-STAT4轴调控GITR⁺ Tregs介导的免疫逃逸,并证实MET抑制剂与GITR激动剂的协同抗肿瘤作用 | 研究主要基于胰腺导管腺癌模型,在其他癌症类型中的普适性需进一步验证 | 探究肿瘤内在PD-1/c-MET信号通路的免疫调控功能及其在胰腺癌免疫逃逸中的作用机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤微环境中的T细胞亚群,特别是GITR⁺调节性T细胞 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、磷酸化蛋白检测、原位肿瘤模型 | NA | 基因表达数据、蛋白质磷酸化数据、临床预后数据 | 胰腺癌患者组织样本及原位PDAC小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
572 | 2025-09-28 |
Enhanced Media Optimize Bovine Myogenesis in 2D and 3D Models for Cultivated Meat Applications
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413998
PMID:40720723
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研究论文 | 通过多组学分析和小分子调控开发优化培养基,增强牛肌源性祖细胞在2D和3D模型中的肌源性分化能力 | 首次通过多组学方法系统表征牛MPC分化分子图谱,并开发出能同时促进肌细胞分化和维持祖细胞特性的增强培养基 | 未提及具体样本规模和研究局限性 | 优化培养肉生产技术中肌源性祖细胞的分化效率 | 牛肌源性祖细胞(MPCs) | 组织工程 | NA | 多组学分析(批量转录组、单细胞转录组、蛋白质组学)、组织工程 | NA | 分子组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
573 | 2025-09-28 |
Neuro-immuno-stromal context in colorectal cancer: An enteric glial cell-driven prognostic model via machine learning predicts survival, recurrence, and therapy response
2025-Sep-01, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114733
PMID:40914542
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研究论文 | 基于肠道胶质细胞相关基因构建机器学习预后模型,用于预测结直肠癌患者的生存、复发和治疗反应 | 首次整合肠道胶质细胞和结直肠癌相关基因表达构建预后模型,并系统评估其与肿瘤微环境、免疫调节和治疗反应的关系 | 需要进一步验证临床适用性 | 开发结直肠癌预后预测模型 | 结直肠癌患者 | 机器学习 | 结直肠癌 | RNA测序(包括bulk和单细胞RNA测序) | RSF随机森林算法 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
574 | 2025-09-28 |
Role of Tunneling Nanotubes in Arachidonic Acid Transfer and Macrophage Function Reprogramming in Intrahepatic Cholangiocarcinoma
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500148
PMID:40552574
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研究论文 | 本研究揭示了隧道纳米管通过转移花生四烯酸重编程巨噬细胞功能促进肝内胆管癌进展的机制 | 首次阐明TNTs介导的肿瘤源性脂肪酸转移在巨噬细胞表型重编程中的关键作用,发现AA通过PI3K-AKT通路驱动TAMs向促瘤表型转化 | 研究主要基于异种移植模型,人类临床样本验证尚待完善 | 探究隧道纳米管在肿瘤微环境中调控巨噬细胞功能的分子机制 | 肝内胆管癌肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序、脂质组学、代谢组学、转录组分析、体外和体内实验 | NA | 基因组数据、代谢物数据、实验观测数据 | 未明确说明具体样本数量,但包含体外细胞实验和异种移植模型 | NA | NA | NA | NA |
575 | 2025-09-28 |
Maximizing Efficacy of Cancer Nanovaccines and Immune Cells Landscape in Responders and Non-Responders to Immunotherapy
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202416756
PMID:40574416
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研究论文 | 本研究通过优化纳米疫苗尺寸和配方开发高效癌症疫苗,并利用单细胞测序分析免疫细胞特征 | 确定≤400纳米和2.5微米为纳米/微米疫苗最佳尺寸,发现治愈小鼠的TCR/BCR多样性更高,并鉴定出可区分免疫疗法应答者的生物标志物 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果需进一步验证 | 最大化癌症疫苗疗效并揭示免疫治疗应答差异的细胞机制 | 荷瘤小鼠(黑色素瘤、肺癌、胰腺癌模型)及癌症患者样本 | 免疫治疗 | 癌症(多癌种) | 单细胞测序、纳米疫苗制备技术 | NA | 单细胞测序数据、免疫细胞受体数据 | 21个样本(包含小鼠和人类样本) | NA | NA | NA | NA |
576 | 2025-09-28 |
Integrative Single-Cell and Machine Learning Analysis Reveals Immune Microenvironment Remodelling in Lymph Node Metastasis of Lung Adenocarcinoma
2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70859
PMID:40988131
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习分析揭示了肺腺癌淋巴结转移中的免疫微环境重塑机制 | 首次整合单细胞测序与多组学特征开发了LNRScore风险预测模型,并鉴定出HMGA1作为转移进展的核心基因 | 研究样本量有限,需要更大规模队列验证模型的临床适用性 | 解析肺腺癌淋巴结转移的肿瘤微环境特征并建立预后预测模型 | 肺腺癌患者的转移性和非转移性淋巴结组织 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、机器学习、功能验证实验 | 集成机器学习模型 | 单细胞转录组数据、多组学数据 | 未明确样本数量(涉及转移和非转移淋巴结样本) | NA | NA | NA | NA |
577 | 2025-09-28 |
Integrative Multi-Omics Features Stratify Metabolic and Immune Subtypes in Glioma
2025-Sep, JCO precision oncology
IF:5.3Q1
DOI:10.1200/PO-24-00928
PMID:41004701
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和MRI影像组学特征,对胶质瘤的代谢和免疫亚型进行分层分析 | 首次将基因组学、转录组学与MRI影像组学相结合,开发了代谢-免疫分类器并实现无创亚型预测 | NA | 改进胶质瘤分类方法,实现更精准的个性化治疗策略 | 1,720例胶质瘤患者 | 数字病理 | 胶质瘤 | 转录组测序、单细胞RNA测序、空间转录组测序、MRI影像组学 | 机器学习算法 | 基因组数据、转录组数据、医学影像数据 | 1,720例胶质瘤患者样本 | NA | NA | NA | NA |
578 | 2025-09-28 |
DeCoST: unveiling cell type heterogeneity in spatial transcriptomics based on inter-domain alignment and Gaussian kernel conditional autoregressive
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf490
PMID:40991330
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研究论文 | 提出一种基于跨域对齐和高斯核条件自回归模型的空间转录组学细胞类型解卷积新方法DeCoST | 首次整合高斯核条件自回归模型利用空间上下文信息,并采用域适应技术解决单细胞与空间转录组数据间的平台效应 | NA | 开发空间转录组数据细胞类型解卷积的计算框架 | 人类胰腺导管腺癌、小鼠嗅球和小鼠脑组织样本 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | 条件自回归模型、域适应技术 | 空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 模拟数据集及真实案例(人类胰腺癌、小鼠嗅球和脑样本) | NA | NA | NA | NA |
579 | 2025-09-28 |
Assessing tissue-specific gene expression of essential genes from human and mouse
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf487
PMID:40991328
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研究论文 | 开发了一种名为scEssentials的统计方法,用于评估人类和小鼠必需基因的组织特异性表达 | 利用单细胞RNA测序图谱首次在组织水平系统研究必需基因的表达稳健性和特异性 | 方法主要基于转录组数据,未直接验证基因功能必要性 | 建立评估必需基因在多种细胞类型中表达特征的计算框架 | 人类和小鼠的必需基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR-Cas9 | 统计框架 | 单细胞转录组数据 | 超过60种细胞类型的单细胞图谱数据 | NA | NA | NA | NA |
580 | 2025-09-28 |
Precision T cell correction platform for inborn errors of immunity
2025-Aug-12, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.018
PMID:40808259
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研究论文 | 开发基于CRISPR-Cas9和同源定向修复的T细胞单核苷酸变异精准校正平台,用于治疗先天性免疫缺陷病 | 首次建立高效T细胞SNV校正平台,实现高达80%的校正效率并验证功能恢复,通过多组学分析证实安全性 | 不适用于晚期疾病、存在炎症或急性感染的患者 | 开发精准基因编辑平台用于先天性免疫缺陷病的自体T细胞治疗 | T细胞及四种先天性免疫缺陷病模型(STAT1功能增益、软骨毛发发育不全、ADA2缺陷、自身免疫性多内分泌病-念珠菌病-外胚层营养不良) | 基因治疗 | 先天性免疫缺陷病 | CRISPR-Cas9基因编辑、同源定向修复、GUIDE-seq、单细胞RNA测序、长读长基因组测序、蛋白质组学分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据 | 四种疾病模型实验数据 | NA | NA | NA | NA |