单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-04-24	A Single-Cell Atlas Revealed Altered B Cells and Neutrophils Immune Signatures and Inflammatory Responses in SFTSV Infection 2025-May, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70354 PMID:40263930	research paper	该研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了SFTSV感染期间B细胞和中性粒细胞的免疫特征及炎症反应的改变	首次在单细胞水平上描绘了SFTSV感染的免疫图谱，特别关注了B细胞和中性粒细胞的免疫特征变化	研究仅基于住院患者的PBMCs样本，可能无法完全反映体内所有免疫细胞的变化	探究SFTSV感染的免疫病理机制及其对免疫细胞的影响	SFTSV感染患者的PBMCs样本	免疫学	SFTSV感染	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	住院SFTSV感染患者的PBMCs样本（具体数量未提及）
562	2025-04-24	RFX3 is essential for the generation of functional human pancreatic islets from stem cells 2025-Apr-23, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06424-4 PMID:40263183	research paper	该研究探讨了调控因子X3（RFX3）在人类胰岛发育中的功能，使用诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的胰岛类器官进行研究	首次揭示了RFX3在人类胰岛细胞分化中的关键作用及其对EC规范的抑制作用	研究主要基于体外模型，未涉及体内验证	研究RFX3在人类胰岛发育中的功能	人类胰岛类器官	干细胞研究	糖尿病	CRISPR/Cas9, RNA-seq, 单细胞RNA-seq	RFX3敲除和过表达模型	基因表达数据	iPSC衍生的胰岛类器官
563	2025-04-24	Single-cell transcriptomic data reveal the cellular heterogeneity of glutamine metabolism in gastric premalignant lesions and early gastric cancer 2025-Apr-23, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025061 PMID:40264416	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据揭示了胃前病变和早期胃癌中谷氨酰胺代谢的细胞异质性	首次在单细胞水平上系统分析了胃前病变和早期胃癌中的谷氨酰胺代谢特征，并鉴定出ERO1LB作为关键调控因子	样本量相对有限（22511个细胞），且仅聚焦于慢性萎缩性胃炎和早期胃癌病变	探究胃前病变和早期胃癌中谷氨酰胺代谢的细胞异质性及其在胃癌发生中的作用	慢性萎缩性胃炎(CAG)和早期胃癌(EGC)病变中的细胞	癌症代谢	胃癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	22511个来自胃前病变和早期恶性病变的细胞
564	2025-04-24	Immune checkpoint inhibitor-associated pneumonitis: focus on diagnosis and underlying mechanisms 2025-Apr-23, Current opinion in pulmonary medicine IF:2.8Q2 DOI:10.1097/MCP.0000000000001175 PMID:40265506	review	本文综述了免疫检查点抑制剂（ICI）相关肺炎的诊断、风险因素和治疗策略，特别关注其潜在的病理生理机制	通过单细胞RNA测序和生物标志物（如自身抗体）的鉴定，更新了对ICI相关肺炎的理解，揭示了细胞介导和体液机制在病理生理中的作用	尽管皮质类固醇是一线治疗，但类固醇难治性肺炎仍然常见且死亡率高，治疗策略仍需改进	提供ICI相关肺炎的最新研究进展，以指导靶向治疗和未来研究方向	免疫检查点抑制剂（ICI）相关肺炎	NA	lung cancer	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
565	2025-04-24	CXCR4-targeted sensitive magnetic particle imaging for abdominal aortic aneurysm early detection and prognosis evaluation by recognizing total inflammatory cells 2025-Apr-22, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae255 PMID:39658102	research paper	本研究通过单细胞测序识别CXCR4作为腹主动脉瘤（AAA）炎症的有效标记物，并开发了靶向CXCR4的多模态成像探针，用于AAA的早期检测和预后评估	利用CXCR4作为标记物开发了新型Fe3O4-anti-CXCR4-PE探针，实现了腹主动脉瘤的多模态成像（MPI/FLI）和早期诊断	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	开发腹主动脉瘤的早期检测和预后评估新方法	腹主动脉瘤（AAA）小鼠模型和人类主动脉瘤单细胞测序数据	digital pathology	cardiovascular disease	scRNAseq, MPI, FLI	mouse model	imaging data, sequencing data	人类主动脉瘤数据集GSE155468和GSE166676，以及AAA小鼠模型
566	2025-04-24	Vitamin A treatment restores vision failures arising from Leber's hereditary optic neuropathy-linked mtDNA mutation 2025-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188962 PMID:40036074	研究论文	本文探讨了维生素A治疗对由Leber遗传性视神经病变（LHON）相关mtDNA突变引起的视力障碍的恢复作用	揭示了LHON相关ND6P25L突变导致视网膜细胞特异性缺陷的机制，并首次证明维生素A补充能显著改善这些缺陷	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索LHON相关mtDNA突变的视网膜细胞特异性效应机制，并寻找有效治疗方法	携带LHON相关ND6P25L突变的小鼠模型	NA	Leber遗传性视神经病变	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
567	2025-04-24	NEDDylation regulates CD8+ T cell metabolism and anti-tumor immunity 2025-Apr-22, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0127 PMID:40261130	研究论文	本文研究了NEDDylation在CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用	揭示了NEDDylation作为CD8+ T细胞代谢和抗肿瘤免疫的关键调节机制	未探讨NEDDylation在其他免疫细胞类型中的作用	阐明NEDDylation在抗肿瘤免疫中的具体作用机制	CD8+ T细胞	免疫学	癌症	单细胞RNA测序、LC MS/MS蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	小鼠和人类CD8+ T细胞
568	2025-04-24	Mechanistic Insights into Hippo-YAP Pathway Activation for Enhanced DFU Healing 2025-Apr-22, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.01067.2024 PMID:40261295	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，探讨了TFAP2A-LIFR-Hippo-YAP信号轴在调控巨噬细胞M2极化及其在糖尿病足溃疡(DFU)伤口愈合中的关键作用	揭示了TFAP2A在DFU中的新型免疫调节作用，并提供了治疗慢性糖尿病伤口的有潜力的治疗靶点	NA	探讨TFAP2A-LIFR-Hippo-YAP信号轴在调控巨噬细胞M2极化及其在DFU伤口愈合中的作用	糖尿病足溃疡(DFU)样本中的免疫细胞，特别是巨噬细胞	生物医学研究	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
569	2025-04-24	Integrated Analysis of PSMB8 Expression and Its Potential Roles in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-22, Digestive diseases and sciences IF:2.5Q2 DOI:10.1007/s10620-025-09040-9 PMID:40261568	研究论文	该研究通过多组学分析探讨了PSMB8在肝细胞癌中的表达及其潜在作用	首次全面分析了PSMB8在肝细胞癌中的表达模式及其与免疫检查点分子和蛋白稳态的关联	PSMB8在肝细胞癌中的具体分子机制仍需进一步研究	阐明PSMB8在肝细胞癌中的功能作用和临床意义	肝细胞癌组织和相关免疫细胞	癌症研究	肝细胞癌	多组学分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、组织微阵列图像数据	来自The Cancer Genome Atlas和GSE76427数据集的肝细胞癌样本
570	2025-04-24	Genomic and Single-Cell Analyses Characterize Patient-Derived Tumor Organoids to Enable Personalized Therapy for Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Apr-22, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2850 PMID:40261963	研究论文	本研究通过基因组和单细胞分析表征患者来源的肿瘤类器官，以促进头颈部鳞状细胞癌的个性化治疗	利用患者来源的肿瘤类器官（PDOs）作为模型，揭示了混合上皮-间质转化（hEMT）样程序与顺铂耐药性的关联，并鉴定出amphiregulin（AREG）作为潜在治疗靶点	样本量相对较小（31例患者），且研究结果需进一步临床验证	提高对头颈部鳞状细胞癌生物学特性的理解并开发个性化治疗方案	头颈部鳞状细胞癌患者来源的肿瘤类器官（PDOs）	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序	患者来源的肿瘤类器官（PDOs）模型	基因组数据、单细胞转录组数据	31例头颈部鳞状细胞癌患者
571	2025-04-24	AI-based phenotyping of hepatic fiber morphology to inform molecular alterations in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025-Apr-22, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001360 PMID:40262132	research paper	该研究利用AI技术对代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中的肝纤维形态进行表型分析，以揭示其分子改变	使用FibroNest算法量化肝纤维形态表型，并通过多组学分析揭示与MASLD相关的分子改变，特别是发现FibroPC4与HCC发生的基因特征相关	样本量较小（94例活检，其中12例并发HCC），可能影响结果的普遍性	全面表征MASLD中肝纤维形态表型及其相关分子改变	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）患者的肝活检样本	digital pathology	metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease	multi-layer omics analyses, spatial single-cell transcriptome (CosMx)	FibroNest algorithm	image, transcriptomics data	94例MASLD患者的肝活检样本（其中12例并发HCC）
572	2025-04-24	Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data 2025-Apr-22, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279857.124 PMID:40262896	研究论文	本文提出了一种名为stMLnet的方法，用于从空间转录组数据中解析多层细胞间通讯及信号反馈环路	stMLnet整合空间信息和多层信号调控机制，首次在空间转录组数据中识别多层细胞间通讯的信号反馈环路	方法性能可能受限于空间转录组数据的分辨率和基因覆盖度	开发新方法以更好地解析空间转录组数据中的细胞间通讯机制	空间转录组数据和其中的细胞间通讯网络	空间转录组学	COVID-19	seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq	扩散模型和质量作用模型	空间转录组数据	多种空间转录组技术产生的数据，包括COVID-19感染的肺组织数据
573	2025-04-24	Proteomic Profiles of Neutrophils from Behcet's Uveitis Patients and their Sex Differences 2025-Apr-22, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02305-5 PMID:40263198	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析揭示了Behcet葡萄膜炎(BU)患者中性粒细胞的蛋白质表达变化及其性别差异	首次全面描述了BU患者中性粒细胞的蛋白质组学特征，并揭示了性别差异相关的功能变化	样本量可能有限，且机制研究仍需进一步验证	探究BU患者中性粒细胞的蛋白质组学特征及其在疾病发病机制中的作用	活动期BU患者和健康对照者的外周血中性粒细胞	蛋白质组学	Behcet葡萄膜炎	蛋白质组学分析，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	蛋白质组数据，RNA测序数据	BU患者和健康对照者的中性粒细胞样本(具体数量未明确说明)
574	2025-04-24	Fibroblast Activation Protein (FAP)+ cancer-associated fibroblasts induce macrophage M2-like polarization via the Fibronectin 1-Integrin α5β1 axis in breast cancer 2025-Apr-22, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03359-3 PMID:40263422	研究论文	该研究揭示了表达成纤维细胞活化蛋白（FAP）的癌症相关成纤维细胞（FAP CAFs）通过Fibronectin 1-Integrin α5β1轴诱导巨噬细胞M2样极化，从而促进乳腺癌免疫抑制的机制	首次发现FAP CAFs通过分泌FN1激活巨噬细胞的integrin α5β1-FAK-AKT-STAT3信号通路，驱动其向免疫抑制性M2样表型极化	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	探究FAP CAFs在乳腺癌微环境中的免疫调节机制	FAP阳性癌症相关成纤维细胞和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、体内外实验	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、临床标本数据	未明确说明样本量（包含临床标本和实验动物）
575	2025-04-24	Unraveling the Therapeutic Potential of Scutellarin for Clear Cell Renal Cell Carcinoma: A Comprehensive Molecular Analysis 2025-Apr-22, Current pharmaceutical design IF:2.6Q2 DOI:10.2174/0113816128340451241224055536 PMID:40265430	研究论文	本研究通过综合分子分析探讨了黄芩素对透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的治疗潜力	首次系统性地鉴定了黄芩素在ccRCC中的潜在靶基因和作用通路，并通过分子对接和动力学模拟验证了其稳定性	需要进一步的临床前和临床研究来验证黄芩素的确切分子机制和治疗优势	探索黄芩素作为ccRCC新型治疗方案的潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）	分子生物学与癌症治疗	肾细胞癌	蛋白互作网络分析、分子对接、分子动力学模拟、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞数据	TCGA-KIRC和GSE53757数据集中的ccRCC样本
576	2025-04-24	Single-cell transcriptomics reveals the interaction between fibroblasts and activated immune cells: an exploratory bioinformatics study of pro-inflammatory mechanisms in slow transit constipation 2025-Apr-22, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002415 PMID:40265474	研究论文	通过单细胞转录组学揭示成纤维细胞与活化免疫细胞之间的相互作用，探索慢传输型便秘的促炎机制	首次识别了STC特异性的XCL2+CD8+ T细胞，并揭示了其通过IFNG和TNFSF14信号通路增强成纤维细胞促炎细胞因子分泌的机制	样本量较小（6例STC患者和6例对照），且未进行功能验证实验	阐明慢传输型便秘患者免疫微环境特征及特定免疫细胞类型的潜在作用机制	慢传输型便秘患者的肠道组织和免疫细胞	生物信息学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	6例STC患者和6例对照
577	2025-04-24	Machine learning integration of single-cell and bulk transcriptomics identifies fibroblast-driven prognostic markers in colorectal cancer 2025-Apr-22, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2025.12038 PMID:40266079	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组学数据，利用机器学习方法识别了结直肠癌中成纤维细胞驱动的预后标志物	首次通过整合单细胞和批量转录组学数据，构建了一个七基因成纤维细胞相关预后特征，并在独立数据集中验证了其预测性能	研究样本量相对有限，且仅在两个数据集中进行了验证	识别结直肠癌中具有临床意义的预后生物标志物和潜在治疗策略	结直肠癌肿瘤微环境中的成纤维细胞	机器学习	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习集成方法	转录组数据	306个CRC样本(448,255个细胞)，TCGA-COAD训练队列(n=351)，GSE17536验证数据集(n=177)
578	2025-04-24	Inferring gene regulatory networks by hypergraph generative model 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101026 PMID:40220759	研究论文	提出了一种基于超图变分自编码器（HyperG-VAE）的贝叶斯深度生成模型，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的分析和基因调控网络（GRN）的构建	利用超图表示和结构方程模型处理细胞异质性，通过超图自注意力机制识别基因模块，协同优化编码器以提高GRN推断、单细胞聚类和数据可视化的性能	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序数据的分析和基因调控网络的构建	单细胞RNA测序数据和基因调控网络	机器学习	NA	scRNA-seq	HyperG-VAE（超图变分自编码器）	单细胞RNA测序数据	NA
579	2025-04-24	A Multi-omics approach to identify and validate shared genetic architecture in rheumatoid arthritis, multiple sclerosis, and type 1 diabetes: integrating GWAS, GEO, MSigDB, and scRNA-seq data 2025-Apr-21, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01598-x PMID:40254686	研究论文	通过多组学方法识别并验证类风湿性关节炎、多发性硬化症和1型糖尿病之间的共享遗传结构	首次发现ROMO1是这三种自身免疫疾病的共享遗传因素，并通过多种分析方法验证其在疾病发展中的机制	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索自身免疫疾病之间的共享遗传结构	类风湿性关节炎(RA)、多发性硬化症(MS)和1型糖尿病(T1D)	生物信息学	自身免疫疾病	GWAS、RNA-seq、scRNA-seq、GSEA、Mendelian randomization	LASSO回归	基因组数据、转录组数据	未明确说明样本数量，使用了GEO数据库中的多组数据和GWAS数据
580	2025-04-24	Unlocking plant regeneration: The role for glutathione 2025-Apr-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.03.012 PMID:40262524	research paper	本文探讨了谷胱甘肽（GSH）在植物再生中的关键作用	揭示了GSH通过加速细胞周期转换（特别是缩短G1期）促进植物器官再生的新机制	NA	研究植物再生过程中的分子机制	植物再生过程中的细胞周期调控	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 活体成像	NA	RNA测序数据, 影像数据	NA