单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-09-03	A Comprehensive Flow Cytometry Panel for Analysis of Idiopathic Subglottic Stenosis 2024-Sep, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery DOI:10.1002/ohn.754 PMID:38606634	研究论文	本文介绍了一种用于分析特发性声门下狭窄（iSGS）的综合流式细胞术检测方案	开发了针对iSGS的全面流式细胞术检测组合，首次系统描述了瘢痕组织与正常组织在细胞组成上的差异	样本量较小（9对样本），且为单中心研究	阐明iSGS的细胞机制并建立标准化检测平台	特发性声门下狭窄患者的成对正常和瘢痕组织样本	病理学	呼吸道疾病	流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	细胞样本	9对来自iSGS患者的正常和瘢痕组织样本
562	2025-09-03	Machine learning-based gene expression biomarkers to distinguish Zika and Dengue virus infections: implications for diagnosis 2024-Sep, Virusdisease DOI:10.1007/s13337-024-00885-8 PMID:39464736	研究论文	利用机器学习算法识别区分寨卡病毒和登革热病毒感染的基因表达生物标志物	首次结合单细胞RNA测序数据和多种机器学习分类器，筛选出10个高精度基因标志物用于两种病毒的鉴别诊断	研究仅基于体外细胞系数据（Huh7细胞），且仅分析24小时时间点，需进一步实验验证	开发基于基因表达的诊断方法以区分寨卡病毒和登革热病毒感染	人类肝癌细胞系（Huh7）感染寨卡病毒和登革热病毒后的基因表达数据	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq），生物信息学分析	Logistic回归，支持向量机，随机森林，决策树	基因表达矩阵	GSE110496数据集中的24小时时间点样本（具体数量未明确说明）
563	2025-09-02	Spatiotemporal R-loop accumulation orchestrates microenvironmental remodeling after spinal cord injury 2025-Oct-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.107055 PMID:40789519	研究论文	本研究首次报道脊髓损伤后R-loop积累通过神经炎症驱动神经退行性变，并揭示其与微环境重塑的关联	首次发现R-loop在神经损伤背景下的积累现象及其通过神经炎症介导神经退行性变的机制	研究基于动物模型（夹挫伤模型），结果向人类临床应用的转化需进一步验证	探究脊髓损伤后R-loop积累的时空动态及其对微环境重塑的影响	脊髓损伤模型中的新鲜脊髓组织（包括灰质和白质）	神经科学	脊髓损伤	空间转录组学、免疫荧光染色、单细胞分析、HE/LFB染色、细胞反卷积计算	NA	基因表达数据、空间转录组数据、单细胞数据、组织图像数据	损伤腔组织（50-100mg），在损伤后0、1、3、7、14天多个时间点采集
564	2025-09-02	Heterogeneity in Osteosarcoma Revealed by scRNA Sequencing: CLU+ Endothelial Cells as Key Players in Tumor Progression 2025-Sep, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70138 PMID:40623412	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤的空间异质性，发现CLU+内皮细胞在肿瘤进展中的关键作用	首次在骨肉瘤中鉴定出CLU+内皮细胞亚群，并阐明其通过ITGB1介导的肿瘤细胞互作和Nectin2-TIGIT通路诱导T细胞耗竭的双重促癌机制	样本量较小（仅6例患者），未进行功能验证实验	探究骨肉瘤瘤内异质性及其在肿瘤进展中的作用机制	骨肉瘤患者的肿瘤组织（中心区与周边区配对样本）	单细胞组学	骨肉瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	6例骨肉瘤患者的配对肿瘤样本
565	2025-09-02	Unveiling the role of TAM-derived extracellular vesicles in glioma progression through Treg polarization and immune suppression 2025-Sep, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03497-8 PMID:40681801	研究论文	本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAM）来源的细胞外囊泡（EVs）通过诱导调节性T细胞（Treg）分化和免疫抑制促进胶质瘤进展的机制	首次发现TAM EVs通过下调BPI蛋白诱导Treg分化，并证实其在体内促进胶质瘤生长和免疫抑制	NA	阐明TAM来源EVs在胶质瘤进展中的作用机制	胶质瘤肿瘤微环境中的TAMs和Tregs	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠胶质瘤模型
566	2025-09-02	Natural small molecule bergapten ameliorates rheumatoid arthritis by targeting STAT3 2025-Sep, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107878 PMID:40714303	研究论文	研究发现天然小分子佛手柑素通过靶向STAT3改善类风湿性关节炎	首次报道佛手柑素作为STAT3抑制剂治疗RA，并利用scRNA-seq揭示其调控炎症细胞互作的机制	机制研究部分依赖动物模型，尚未进行临床验证	探索天然小分子治疗类风湿性关节炎的疗效与机制	胶原诱导关节炎大鼠模型及滑膜组织细胞	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	动物疾病模型	基因表达数据	胶原诱导关节炎大鼠
567	2025-09-02	From molecular chaos to precision medicine in the treatment of cardiac hypertrophy: A rational use of natural products by integrating artificial intelligence and multi-omics data 2025-Sep, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107898 PMID:40754044	综述	本文综述了结合天然产物、人工智能和多组学技术治疗心脏肥大的创新策略	整合AI与多组学数据，提出天然产物在精准医疗中的理性应用新范式	NA	探索心脏肥大的精准药物治疗策略，实现从症状管理向疾病逆转的转变	心脏肥大（CH）的分子机制与治疗靶点	精准医疗	心血管疾病	多组学技术、单细胞空间转录组学、AI驱动方法	机器学习算法	多组学数据	NA
568	2025-09-02	Immunoregulatory Endothelial Cells Interact With T Cells After Myocardial Infarction 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326145 PMID:40735785	研究论文	本研究揭示了心肌梗死后心脏内皮细胞的一种新型免疫调节功能，通过单细胞RNA测序和空间转录组学鉴定出一种免疫调节内皮细胞表型	首次发现并表征了心肌梗死后出现的CD45+CD11b+Cdh5+免疫调节内皮细胞表型(IMEC)，并阐明其通过IFN-γ信号通路诱导T细胞活化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性和临床转化价值需要进一步验证	探究心肌梗死后内皮细胞的免疫调节功能及其分子机制	小鼠心肌梗死模型中的内皮细胞和T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 骨髓移植, 谱系追踪实验	NA	基因表达数据, 空间定位数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
569	2025-09-02	Bacterial Infections Shape Cardiac Macrophages' Response to Ischemia 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325147 PMID:40735767	研究论文	研究细菌感染如何通过改变心脏巨噬细胞特性加剧后续心肌缺血损伤	首次发现细菌感染后心脏巨噬细胞形成两个新亚群，并揭示其通过代谢活性和趋化特性放大缺血后炎症的机制	NA	探究细菌感染对心脏髓系细胞的长期影响及其在后续心肌缺血中的作用	心脏免疫细胞、外周白细胞、骨髓和脾脏中的造血干细胞与祖细胞	免疫学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、纳米颗粒介导的RNA干扰	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	NA
570	2025-09-02	Translating the Transcriptome: A Connectomics Approach for Gene-Network Mapping and Clinical Application 2025-Aug-12, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.08.25333301 PMID:40832435	研究论文	提出一种结合空间转录组学和规范功能连接性的基因网络映射框架，用于识别与基因表达相关的脑网络	开发了基因网络映射方法，能够捕获单个基因的分布式连接模式，并聚合形成疾病网络图谱	NA	研究基因表达如何影响大脑功能连接组，并开发用于精准医学的网络信息诊断和治疗工具	基因表达、大脑功能连接组、脑部疾病相关基因	神经科学	脑部疾病	空间转录组学、规范功能连接性分析、深部脑刺激（DBS）	NA	基因表达数据、功能连接数据、临床结果数据	NA
571	2025-09-02	Regulating the cell differentiation trajectory of progenitor cells in adipose tissue fibrosis 2025-Aug-06, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102231 PMID:40780446	研究论文	本研究探讨了基质Gla蛋白（MGP）在白色脂肪组织纤维化中对祖细胞分化轨迹的调控作用	发现MGP缺失导致脂肪祖细胞从成脂分化转向纤维化分化，并鉴定出两个新的脂肪源性干细胞群体ASC1和ASC4	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明MGP在白色脂肪组织纤维化中的作用机制	小鼠脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），信号通路研究	基因敲除小鼠模型	基因表达数据，表型数据	使用全局和Pdgfra-Cre介导的Mgp缺失小鼠模型
572	2025-09-02	Leveraging RNA-seq deconvolution to improve complex in vitro model characterization 2025-Jul-21, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110510 PMID:40701251	研究论文	本文评估RNA-seq反卷积方法在复杂体外模型细胞组成分析中的应用与优化	利用公开scRNA-seq数据集通过反卷积方法预测复杂体外模型的细胞比例，并评估不同插补方法对反卷积准确性的提升	反卷积方法的准确性存在显著差异，需依赖不断增长的单细胞数据资源	开发复杂体外模型的表征方法以支持毒理学和药物研发	基于干细胞的人肠道类器官模型和新生啮齿动物睾丸模型	计算生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, 反卷积分析	NA	bulk RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	两种复杂体外模型系统
573	2025-09-02	StemDriver: a knowledgebase of gene functions for hematopoietic stem cell fate determination 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad1063 PMID:37953308	研究论文	介绍了一个名为StemDriver的综合性知识库，专注于造血干细胞命运决定中基因功能的注释	整合了42项研究的单细胞RNA测序数据，构建了从胚胎到成年期的造血全过程谱系图谱，并提供了标准化的数据分析流程	NA	为造血干细胞命运决定研究提供基因功能注释和数据分析支持	人类和小鼠的造血干细胞及相关基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	涵盖42项研究、14种组织类型，评估了人类23,839个基因和小鼠29,533个基因
574	2025-09-02	Amyloid-beta and tau pathologies act synergistically to induce novel disease stage-specific microglia subtypes 2022-12-17, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-022-00589-x PMID:36536457	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Aβ和tau病理在阿尔茨海默病进展中协同诱导新型疾病阶段特异性小胶质细胞亚型	发现了由Aβ和tau病理协同诱导的疾病阶段特异性小胶质细胞新亚型EADAM和LADAM，并鉴定Siglec基因作为AD进展的生物标志物	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需扩大样本量	探究Aβ和tau病理如何调控阿尔茨海默病进展中的小胶质细胞亚型	小鼠模型和人类脑组织（额上回和内嗅皮层）的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	多个疾病阶段的小鼠模型和人类脑组织样本（具体数量未明确说明）
575	2025-09-01	CD38⁺ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.29.667333 PMID:40766487	研究论文	本研究通过微生物分析、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学揭示了快速进展性口腔炎症中CD38⁺内皮细胞重塑的空间特异性血管病变模式	首次发现CD38⁺内皮细胞扩张是快速进展性口腔炎症的空间特异性标志，并开发了三重空间分析方法AstroSuite	样本量相对有限（总计59个样本），且主要聚焦于特定炎症类型	探究快速进展性口腔炎症（种植体周围炎和重度牙周炎）的细胞机制和空间结构特征	人类口腔黏膜组织样本，包括种植体周围炎和不同严重程度的牙周炎组织	数字病理学	口腔炎症疾病	scRNA-seq, 空间蛋白质组学, 激光捕获显微切割, 微生物组分析	NA	单细胞转录组数据, 空间蛋白质组数据, 微生物组数据	总计59个样本（36个scRNA-seq样本，15个空间蛋白质组样本，8个配对活检样本），共683,792个细胞
576	2025-09-01	Quantum Annealing for Enhanced Feature Selection in Single-Cell RNA Sequencing Data Analysis 2025-Aug-15, ArXiv PMID:40832053	研究论文	本研究利用量子退火驱动的QUBO方法改进单细胞RNA测序数据中的特征选择	将量子退火技术应用于scRNA-seq数据特征选择，相比传统方法能识别更复杂的基因表达模式	NA	提升单细胞RNA测序数据分析中特征选择的效率和准确性	人类细胞分化系统和抗癌药物耐药性研究中的scRNA-seq数据	机器学习	癌症	scRNA-seq	QUBO	基因表达数据	NA
577	2025-09-01	Exosomal gene signature in esophageal carcinoma: Insights from single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Aug-14, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102490 PMID:40816225	研究论文	本研究结合单细胞和bulk RNA测序数据，开发并验证了一个与食管癌外泌体相关的九基因风险特征模型	首次整合单细胞和bulk RNA测序数据构建外泌体相关基因特征，并实验验证HAPLN3的肿瘤抑制功能	需要在外泌体特异性免疫治疗队列中进行进一步验证	开发食管鳞状细胞癌的预后生物标志物并探索其免疫治疗指导潜力	食管鳞状细胞癌(ESCA)患者	生物信息学	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归	九基因风险模型	RNA测序数据	TCGA-ESCA、GSE53625、GSE196756等多个队列数据
578	2025-09-01	Coxiella burnetii strains elicit distinct inflammatory responses in human macrophages 2025-Aug-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.10.669536 PMID:40832301	研究论文	研究不同毒力Coxiella burnetii菌株感染人肺泡巨噬细胞后引发的差异化炎症反应	首次通过单细胞RNA测序揭示巨噬细胞对Coxiella burnetii感染的异质性反应，并比较不同毒力菌株的免疫激活特征	研究仅关注体外巨噬细胞模型，未涉及体内免疫应答或临床相关性验证	解析宿主-病原体相互作用机制，为Q热靶向治疗提供理论基础	人肺泡巨噬细胞(hAMs)和三种Coxiella burnetii菌株(NMI, NMII, Dugway)	感染免疫学	Q热	RNA测序，单细胞RNA测序，细胞因子检测	NA	转录组数据	人肺泡巨噬细胞样本（具体数量未明确说明）
579	2025-09-01	Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication 2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020 PMID:40798884	研究论文	研究发现人肺来源的外泌体通过细胞间通讯增强造血干细胞的自我更新和移植能力	首次揭示肺细胞通过外泌体通讯调控造血干细胞稳态，突破传统骨髓微环境单一调控的认知	研究主要基于实验条件，临床转化潜力尚需进一步验证	探究肺源外泌体对造血干细胞功能的调控机制	人造血干细胞和肺小气道上皮细胞	细胞生物学	血液疾病（镰状细胞病、骨髓衰竭）	单细胞外泌体追踪、单细胞RNA测序、外泌体miRNA分析、蛋白质组学、体内移植实验	NA	单细胞测序数据、miRNA数据、蛋白质数据	NA（未明确样本数量，但涉及原代细胞实验和移植研究）
580	2025-09-01	Identification of a unique subpopulation of mucosal fibroblasts in colorectal cancer with tumor-restraining characteristics 2025-Aug-05, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2025.100263 PMID:40759242	研究论文	本研究通过多组学数据分析鉴定出结直肠癌中一种具有肿瘤抑制特性的独特黏膜成纤维细胞亚群	首次在结直肠癌中发现并表征表达ADAMDEC1/CXCL14/EDNRB/PROCR的肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞(Tr-CAFs)亚群	NA	探究结直肠癌中肿瘤抑制性癌症相关成纤维细胞的存在及其特征	结直肠癌样本中的成纤维细胞亚群	癌症生物学	结直肠癌	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, TCGA RNA-seq, 免疫组织化学	NA	基因组数据, 表观遗传数据, 组织学图像	多个结直肠癌数据集（包含单细胞和批量测序数据）