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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2026-06-22 |
Bioinformatics combined with machine learning for the identification of malignant transformation markers in colorectal polyps
2026, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2026.1785464
PMID:41953046
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研究论文 | 利用生物信息学与机器学习方法,鉴定结直肠息肉恶变的标志物,并构建高精度诊断模型 | 结合单细胞RNA测序数据与多种机器学习算法(Boruta、LASSO、XGBoost)筛选出六个核心基因,并建立脊回归诊断模型,为结直肠癌早期诊断提供新标志物 | 未提及外部验证队列的多样性或模型在临床实践中的适用性限制 | 筛选调控结直肠肿瘤发生的核心基因,构建可靠的结直肠癌诊断模型 | 结直肠息肉恶变过程中的关键基因和诊断标志物 | 机器学习 | 结直肠癌 | RNA-seq、单细胞RNA测序、qRT-PCR | 脊回归、LASSO、XGBoost、Boruta算法 | 基因表达数据 | GSE209741数据集(样本量未明确)、GSE161277单细胞RNA测序数据集、TCGA-COADREAD队列、GSE41258队列、CRC细胞系SW480和HCT116、正常结直肠上皮细胞系NCM460 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 562 | 2026-06-22 |
FCGR2B + Macrophages as a Critical Node Linking Ferroptosis and Immunosuppression: A Multiomics Framework for Prognosis and Therapy in High-Grade Serous Ovarian Cancer
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/8027584
PMID:41953398
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现FCGR2B+巨噬细胞连接铁死亡与免疫抑制,并构建了高级别浆液性卵巢癌预后和治疗的多组学框架 | 首次将FCGR2B+肿瘤相关巨噬细胞作为连接铁死亡和免疫抑制的关键节点,并基于此构建四基因预后风险模型 | 未在更大规模或不同种族队列中验证模型,且缺乏对FCGR2B+巨噬细胞功能的进一步实验验证 | 探索FCGR2B+巨噬细胞在高级别浆液性卵巢癌中的预后意义及治疗潜力 | FCGR2B+肿瘤相关巨噬细胞亚群及高级别浆液性卵巢癌患者 | 数字病理学 | 高级别浆液性卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 563 | 2026-06-21 |
Unraveling the role of non-coding RNAs in Parkinson's disease: Molecular mechanisms and therapeutic insights
2026 Aug-Sep, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2026.106963
PMID:42067182
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综述 | 该文章揭示了非编码RNA在帕金森病发病机制中的分子调控作用及其治疗潜力 | 系统整合了miRNA、lncRNA和circRNA三类非编码RNA在帕金森病中调控α-突触核蛋白稳态、线粒体功能、自噬及神经炎症的多层次机制,并引入单细胞测序和多组学数据揭示细胞特异性失调模式 | 仅基于现有文献综述,缺乏原始实验验证;未深入讨论非编码RNA作为治疗靶点的临床转化障碍(如递送系统、脱靶效应) | 阐明非编码RNA在帕金森病中的分子机制并探索治疗前景 | 帕金森病相关的非编码RNA(miRNA、lncRNA、circRNA)及其调控网络 | 机器学习 | 神经退行性疾病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 564 | 2026-06-21 |
Blood IL-6 is a critical trigger of depressive symptoms in a mouse model for human atopic dermatitis
2026-Jun-20, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-026-04211-2
PMID:42321187
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研究论文 | 探究特应性皮炎小鼠模型中血液IL-6如何触发抑郁样行为 | 首次发现外周血IL-6和sIL-6Rα通过破坏血脑屏障并激活海马IL-6Rβ信号抑制未成熟神经元生成,从而驱动特应性皮炎相关抑郁症状 | 研究仅在NC/Tnd小鼠模型中进行,未在人类受试者中验证临床相关性 | 阐明特应性皮炎导致抑郁的分子机制,特别是IL-6在海马神经发生中的角色 | NC/Tnd自发特应性皮炎小鼠及IL-6缺陷小鼠 | 自然语言处理 | 特应性皮炎、抑郁症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NC/Tnd小鼠、IL-6缺陷小鼠以及联体共生小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 565 | 2026-06-21 |
Glucocorticoid and mitophagy signaling-based molecular subtyping reveals HMGA1 as a prognostic and immunotherapy biomarker in lung adenocarcinoma
2026-Jun-20, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01561-4
PMID:42321301
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研究论文 | 本研究整合批量转录组和空间转录组数据,基于糖皮质激素与线粒体自噬信号通路对肺腺癌进行分子分型,并发现HMGA1作为预后和免疫治疗生物标志物 | 首次将糖皮质激素与线粒体自噬信号通路结合进行肺腺癌分子分型,并通过空间转录组学验证HMGA1在肿瘤上皮细胞中的富集及其与不良预后的关联 | 基于公开数据库的分析可能需要更多独立队列进行验证,功能性实验主要在体外和动物模型中进行,临床转化尚需进一步研究 | 探索肺腺癌的分子异质性并识别新的预后和免疫治疗生物标志物 | 肺腺癌患者的肿瘤组织和细胞系 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序,空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据,空间转录组数据 | TCGA和多个多中心队列的批量转录组数据,空间转录组样本用于原位验证 | NA | 批量RNA测序,空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 566 | 2026-06-21 |
ChatMDV: Reducing Technical Barriers in Bioinformatics Analysis using Large Language Models
2026-Jun-19, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag073
PMID:42319798
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研究论文 | 提出ChatMDV系统,通过自然语言界面与大型语言模型结合,降低生物信息学分析的技术门槛 | 将检索增强生成(RAG)流水线与大型语言模型集成到多维可视化工具MDV中,实现自然语言指令直接生成可执行Python代码和交互式可视化输出 | 未提及具体限制,可能依赖高质量语言表达和数据集兼容性 | 降低生物信息学可视化分析的技术壁垒,提升数据探索的可及性和可重复性 | 三个单细胞RNA测序数据集:PBMC3K、人类细胞图谱肺癌数据集和TAURUS纵向研究数据集 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大型语言模型 | 文本 | 三个单细胞RNA测序数据集 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 567 | 2026-06-21 |
Respiratory syncytial viral load drives ciliated cell dedifferentiation and suppresses antiviral immunity
2026-Jun-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aed4499
PMID:42319946
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序分析RSV感染人气道上皮细胞后病毒载量驱动的纤毛细胞去分化及抗病毒免疫抑制机制 | 揭示了RSV病毒载量依赖性地关闭纤毛细胞中纤毛形成、抗原呈递和先天免疫相关基因,并发现IRF1作为不被RSV抑制的抗病毒转录因子具有治疗潜力 | 未提及具体局限性 | 探究RSV如何重塑气道上皮细胞并逃避先天免疫的机制 | 成年原代人气道上皮细胞培养物及RSV感染后细胞 | 单细胞转录组学 | 呼吸道合胞病毒感染相关疾病 | 单细胞RNA测序、成像 | NA | 单细胞转录组数据、成像数据 | 成年原代人气道上皮细胞培养物,未明确样本量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 568 | 2026-06-21 |
Tumor-associated epilepsy at diagnosis in glioblastoma patients reveals an inflammatory molecular signature and is associated with better overall survival
2026-Jun-19, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noag134
PMID:42320046
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研究论文 | 分析胶质母细胞瘤患者诊断期肿瘤相关癫痫的预后意义及其分子特征 | 首次揭示诊断期肿瘤相关癫痫是胶质母细胞瘤的独立预后良好标志,并明确其与炎症性分子亚型(RTK II亚型、分化的细胞状态和炎症微环境)的关联,同时发现癫痫状态可改变手术切除的预后效果 | 回顾性研究设计可能引入选择偏倚,且未能区分癫痫亚型(如局灶性 vs 全面性发作)对预后的影响 | 评估胶质母细胞瘤诊断期肿瘤相关癫痫的预后价值并解析其分子基础 | 1199例胶质母细胞瘤患者(回顾性测试集855例,前瞻性验证集344例) | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 甲基化测序、表观遗传学解卷积、空间转录组学 | 多变量Cox回归、倾向性评分匹配、交互作用模型 | 临床数据、基因表达数据、空间转录组数据 | 1199例患者(855例回顾性队列 + 344例前瞻性队列) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 569 | 2026-06-21 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal lactate-active epithelial-immune cell crosstalk that reprograms the immune microenvironment in colorectal cancer
2026-Jun-19, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102864
PMID:42320170
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研究论文 | 整合单细胞转录组学和空间转录组学揭示结直肠癌中乳酸活跃的上皮-免疫细胞交互作用及其对免疫微环境的重编程 | 首次通过单细胞和空间转录组学描绘结直肠癌肿瘤生态系统中的乳酸代谢景观,开发了基于四个核心基因的乳酸代谢评分(LMscore),并揭示了COX15作为乳酸代谢失调的关键调节因子及其与免疫抑制微环境形成的机制 | 未提及具体限制 | 阐明结直肠癌中乳酸代谢失调对免疫微环境的影响及开发预后和免疫治疗响应的生物标志物 | 结直肠癌肿瘤微环境中的上皮细胞、髓系细胞、成纤维细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、批量测序 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量测序数据 | 多个队列的样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序和10x Visium空间转录组学 |
| 570 | 2026-06-21 |
Osr1-expressing mesoderm contributes to lymphatic vessel assembly and complexity in the mammalian kidney
2026-Jun-19, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117560
PMID:42320472
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研究论文 | 本研究通过小鼠遗传谱系追踪,揭示了肾脏淋巴管来源于Osr1中胚层和Tie2内皮细胞两个起源,并发现Osr1来源的淋巴管对网络形成和肾脏健康至关重要 | 首次发现Osr1中胚层是肾脏淋巴管的一个独特起源,不参与心脏、肠系膜和皮肤淋巴管生成,并证明其通过从头组装形成淋巴簇,对淋巴网络复杂性和肾小球数量有影响 | 结果主要基于小鼠模型,人类肾脏中Osr1中胚层来源淋巴管的功能和具体机制仍需进一步验证 | 探讨哺乳动物肾脏淋巴管的细胞起源及其对肾脏健康和疾病的影响 | 小鼠和人类的肾脏淋巴管系统 | 机器学习 | NA | 遗传谱系追踪、单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠(具体数量未提供)和人类样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 571 | 2026-06-21 |
In situ graphene-seq: spatial transcriptomics and chronic electrophysiological characterization of tissue microenvironments
2026-Jun-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73883-7
PMID:42321181
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研究论文 | 介绍一种整合慢性电生理记录与空间转录组的原位石墨烯测序平台 | 首次将可拉伸网状纳米电子学与石墨烯/聚(3,4-乙撑二氧噻吩)聚苯乙烯磺酸盐透明电极结合,实现长期单细胞级电生理记录与成像式空间转录组学的无缝集成 | NA | 开发能够同时捕获组织微环境中细胞功能动态与分子身份的多模态分析平台 | 人诱导多能干细胞来源的心肌细胞与内皮细胞共培养体系 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学、原位测序、电生理学 | NA | 图像、电生理信号、基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学、电生理学 | 原位石墨烯测序平台 | 可拉伸网状纳米电子学与石墨烯/聚(3,4-乙撑二氧噻吩)聚苯乙烯磺酸盐透明电极结合,整合电生理记录与高吞吐量成像式原位测序 |
| 572 | 2026-06-21 |
Single-cell RNA sequencing profiles drug activity within spatially engineered 3D cultures
2026-Jun-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-74587-8
PMID:42321208
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研究论文 | 提出一种基于转染的逐层构建方法,利用DNA条码编码细胞空间位置,实现空间编码三维培养物的单细胞RNA测序,揭示药物活性和基因表达的空间异质性 | 首次将DNA条码空间编码技术与单细胞RNA测序结合,实现三维细胞培养物的多重空间转录组分析,并融合成像技术定位细胞和测量组织弹性 | 方法依赖于转染构建,可能影响细胞生理状态;空间编码分辨率受限于层厚;仅验证HeLa模型,泛化性需更多研究 | 开发一种能够对三维细胞培养物进行空间转录组分析的方法,以揭示基因表达和药物响应的空间异质性 | 工程化三维球体(HeLa细胞模型) | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基于转染的DNA条码空间编码方法 |
| 573 | 2026-06-21 |
Regenerative repair is connected to early and specific structural, immune, and metabolic MSC signatures in adult mammals
2026-Jun-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-58327-y
PMID:42321307
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析成年小鼠组织损伤后早期修复过程中间充质干细胞/基质细胞的异质性,发现再生修复与非再生修复间存在特定的结构、免疫和代谢特征差异 | 首次在具有相同发育阶段和遗传背景的成年哺乳动物模型中系统比较再生与非再生修复的早期MSC异质性变化,并提出SIM(结构、免疫、代谢)整合框架来诠释MSC的协调性组织修复功能 | 基于小鼠模型的研究结果可能需在更大规模或人类样本中验证,SIM框架的普适性和因果机制仍需进一步探索 | 研究成年哺乳动物组织再生修复与非再生修复早期过程中间充质干细胞/基质细胞的异质性变化及其对修复结果的调控作用 | 成年小鼠的间充质干细胞/基质细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠组织损伤模型的早期修复阶段样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 574 | 2026-06-21 |
Development and validation of a four-gene prognostic signature derived from disulfidptosis- and cuproptosis-related genes in oral squamous cell carcinoma
2026-Jun-19, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05478-z
PMID:42321590
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研究论文 | 基于二硫下垂和铜下垂相关基因构建并验证口腔鳞状细胞癌的四基因预后特征 | 首次结合二硫下垂和铜下垂两种新型细胞死亡通路构建口腔鳞状细胞癌的预后模型,并通过多数据集验证及单细胞转录组分析揭示基因表达的细胞类型特异性 | 部分验证数据集(GSE42743)未达到统计显著性,且模型C指数中等(0.669),提示可能需纳入更多样本或分子特征以提升预测效能 | 开发并验证一种基于二硫下垂和铜下垂相关基因的口腔鳞状细胞癌预后标志物 | 口腔鳞状细胞癌患者肿瘤组织样本及CAL-27和SCC-9细胞系 | 数字病理学, 机器学习 | 口腔癌(口腔鳞状细胞癌) | 基因表达芯片, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, ELISA | LASSO-Cox回归模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 训练集268例(TCGA口腔HNSC)、验证集GSE41613(97例)、GSE65858(270例)、GSE42743(55例);单细胞数据5902个细胞 | NA | 基因表达芯片, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 575 | 2026-06-21 |
Exploring the immune landscape and immunotherapy relevance of ER stress-related lncRNAs in melanoma through multi-omics and explainable machine learning
2026-Jun-19, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-026-16356-w
PMID:42321658
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研究论文 | 通过多组学分析和可解释机器学习,探索内质网应激相关长链非编码RNA(ERlncRNA)在黑色素瘤中的免疫景观及免疫治疗相关性 | 首次结合批量转录组分析、单细胞RNA测序、可解释机器学习(SHAP)及实验验证,系统研究ERlncRNA在黑色素瘤中的预后意义和生物学功能 | 外部验证队列可能不够多样化,且功能实验仅针对部分代表性ERlncRNA,需要更广泛的验证 | 阐明ERlncRNA在黑色素瘤中的预后价值、免疫调节作用及潜在治疗分层意义 | 黑色素瘤患者及其肿瘤组织样本、黑色素瘤细胞系 | 机器学习 | 黑色素瘤 | 批量转录组分析,单细胞RNA测序,可解释机器学习,western blot | SHAP | 转录组数据,临床数据 | TCGA、GTEx、GEO数据库中的黑色素瘤患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 576 | 2026-06-21 |
Dissecting T-cell exhaustion heterogeneity and immune ecosystem dynamics in colorectal cancer through multi-omics machine learning
2026-Jun-19, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-026-16343-1
PMID:42321664
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研究论文 | 通过多组学机器学习方法解析结直肠癌中T细胞耗竭异质性和免疫生态系统动态 | 结合单细胞RNA测序与批量转录组数据,利用hdWGCNA和十种机器学习算法构建T细胞耗竭核心基因的五个基因评分模型,并通过实验验证 | 未在摘要中提及具体局限性 | 阐明T细胞耗竭在结直肠癌免疫治疗耐药中的机制,构建预后预测模型 | 结直肠癌患者肿瘤微环境中的CD8+ T细胞 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, RT-qPCR, Western blot, 多通道免疫荧光 | 多变量Cox回归模型, hdWGCNA, 机器学习算法 | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据, 临床标本 | 独立队列和免疫治疗数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 577 | 2026-06-21 |
Resveratrol derivative restores macrophage cholesterol homeostasis via stabilizing xanthine oxidoreductase in hepatocellular carcinoma
2026-Jun-19, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08433-2
PMID:42321758
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研究论文 | 本研究揭示白藜芦醇衍生物Res616通过稳定黄嘌呤氧化还原酶恢复巨噬细胞胆固醇稳态,从而重塑肝细胞癌免疫微环境 | 首次发现XOR作为TAM介导免疫抑制的关键代谢检查点,提出通过药物稳定XOR恢复胆固醇稳态进而增强免疫检查点阻断治疗的新策略 | NA | 阐明代谢调控因子如何塑造肝癌中肿瘤相关巨噬细胞的免疫表型及对CD8+ T细胞功能的影响 | 肝细胞癌患者的肿瘤相关巨噬细胞和CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 肝癌患者原发肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 578 | 2026-06-21 |
Machine learning-driven QSAR modeling combined with single cell transcriptomics identifies novel drug targets for lung cancer
2026-Jun-19, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08463-w
PMID:42321836
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研究论文 | 结合单细胞转录组学与机器学习驱动的QSAR建模,识别肺癌的新型药物靶点 | 创新性地整合单细胞转录组分析与机器学习定量构效关系建模,系统性筛选保守于原发及转移灶的潜在药物靶点 | 研究结果尚需实验验证,且虚拟筛选的候选化合物需进一步体内外药效评估 | 识别非小细胞肺癌原发肿瘤与转移灶共有的可成药靶点,推动精准肿瘤治疗 | 非小细胞肺癌原发肿瘤、脑转移及骨转移样本的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、机器学习QSAR建模、分子对接、分子动力学模拟 | XGBoost、随机森林 | 单细胞转录组表达数据、化合物生物活性数据 | 原发NSCLC肿瘤及配对脑、骨转移样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 579 | 2026-06-21 |
GenOT: generative optimal transport enables spatiotemporal interpolation and generation in cross-platform spatial transcriptomics
2026-Jun-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04166-z
PMID:42321873
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研究论文 | 提出了一种名为GenOT的生成框架,结合多尺度图自监督对比学习与最优传输重心理论,实现跨切片和跨平台的空间转录组时空插值与数据生成 | 核心创新在于引入基于最优传输重心的插值算法,能够数学建模异构样本间的空间分布差异,从而重建时空基因表达动态 | NA | 解决空间转录组数据中跨平台异构样本的空间信息整合与数据生成问题 | 空间基因表达数据及其跨样本整合 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 多尺度图自监督对比学习与最优传输模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 580 | 2026-06-21 |
Unveiling a unique microglial phenotype promoting oxidation in the iBRB: insights from single-cell transcriptomics in the NPDR rat model
2026-Jun-19, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-026-01613-z
PMID:42321944
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研究论文 | 利用单细胞转录组学揭示非增殖性糖尿病视网膜病变大鼠模型中一种促进内血视网膜屏障氧化损伤的独特小胶质细胞表型 | 首次在非增殖性糖尿病视网膜病变大鼠模型中鉴定出一种高表达Spp1的小胶质细胞亚型,该亚型具有高分化潜能并在病变后显著上调,为内血视网膜屏障微环境中的小胶质细胞调控提供了新见解 | 研究基于动物模型,结果需要进一步在人类样本中验证 | 探究非增殖性糖尿病视网膜病变中内血视网膜屏障微环境的细胞异质性和早期病变机制 | Zucker糖尿病肥胖大鼠的视网膜组织 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 36821个细胞(来自伴有视网膜水肿和肾损伤的NPDR大鼠及正常大鼠) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |