单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-06-11	Protocol for preparing mammalian skin samples encompassing hair follicles for spatial transcriptomics 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103254 PMID:39146191	研究论文	本文提出了一种用于空间转录组学的哺乳动物皮肤样本制备协议，特别关注包含毛囊的样本	针对皮肤样本在空间转录组学应用中的固有挑战，提出了一套完整的样本制备流程	未提及该协议在不同类型皮肤样本中的普适性或验证结果	开发适用于空间转录组学的皮肤样本制备方法	哺乳动物皮肤样本（特别关注含毛囊的样本）	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
562	2025-06-11	The glycolytic reaction PGAM unexpectedly restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.18.607992 PMID:39229227	研究论文	本研究探讨了糖酵解反应PGAM在调节Th17细胞致病性中的作用，发现其意外地抑制了Th17细胞的致病性和自身免疫反应	发现PGAM作为糖酵解酶，与其它糖酵解酶不同，对Th17细胞的致病性具有负调控作用	研究主要基于体外实验和EAE模型，未涉及其他自身免疫疾病模型	探究糖酵解反应在Th17细胞致病性中的作用	Th17细胞	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA-seq, Compass算法	EAE模型	转录组数据	NA
563	2025-06-11	Somatic epigenetic drift during shoot branching: a cell lineage-based model 2024-Aug-07, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyae091 PMID:38809088	research paper	本文提出了一种基于细胞谱系的模型，用于研究植物分枝过程中的体细胞表观遗传漂变	形式化了一种特殊的分离分生组织模型，其中前体细胞从分生组织外围随机采样以最大化细胞谱系独立性	模型依赖于分支点数量、漂变强度以及表观突变率等假设条件	研究植物分枝过程中体细胞表观遗传漂变的机制	植物分生组织细胞	植物发育生物学	NA	DNA甲基化分析	细胞谱系模型	表观遗传数据	NA
564	2025-06-11	Sample collection protocol for single-cell RNA sequencing of functionally identified neuronal populations in vivo 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103135 PMID:38875113	研究论文	本文提出了一种用于在体内对功能识别的神经元群体进行单细胞RNA测序的样本收集协议	使用病毒传递的活动依赖性标记工具（CaMPARI2）在虚拟现实环境中对小鼠进行光转换，随后通过荧光激活细胞分选（FACS）分离不同标记的群体	需要特定的设备和病毒传递工具，可能限制了其在某些实验室的应用	开发一种用于单细胞RNA测序的样本收集协议，以研究功能识别的神经元群体	小鼠的神经元群体	神经科学	NA	单细胞RNA测序，荧光激活细胞分选（FACS）	NA	RNA序列数据	NA
565	2025-06-11	Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies aging associated changes in macrophages and signaling dynamics 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598667 PMID:38915572	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，研究了年轻和年老小鼠卵巢中髓系细胞的功能特征，揭示了与衰老相关的巨噬细胞亚群和信号动态变化	发现了年老小鼠卵巢特有的巨噬细胞亚群，并揭示了ANNEXIN和TGFβ信号在衰老卵巢髓系细胞中的显著变化，提出了衰老相关炎症和纤维化的新机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类卵巢衰老的直接证据	探究髓系细胞在卵巢衰老过程中的作用	年轻（3个月大）和年老（14-17个月大）小鼠卵巢中的CD45 CD11b髓系细胞	单细胞分析	卵巢衰老	单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	年轻和年老小鼠卵巢样本
566	2025-06-11	SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics 2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.06.597765 PMID:38895212	research paper	介绍了一种名为SpotSweeper的空间感知质量控制方法，用于空间转录组学数据中的局部异常和区域伪影检测	SpotSweeper是首个针对空间转录组学数据中独特组织伪影的检测方法，通过局部邻域评估和多尺度方法减少生物异质性带来的偏差	目前仅在公开可用的Visium数据上进行了验证，未在其他平台或数据类型上测试	开发适用于空间转录组学数据的质量控制方法	空间转录组学数据中的低质量点和区域伪影	生物信息学	NA	空间转录组学（SRT）	NA	空间转录组数据	公开可用的Visium数据（具体数量未说明）
567	2025-06-11	Enhancing Vasculogenesis in Dental Pulp Development: DPSCs-ECs Communication via FN1-ITGA5 Signaling 2024-05, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10695-6 PMID:38418738	研究论文	研究通过单细胞测序分析比较发育中和成熟牙髓中牙髓干细胞（DPSCs）和血管内皮细胞（ECs）的基因表达，揭示了FN1-ITGA5信号在牙髓发育血管化中的关键作用	揭示了FN1-ITGA5信号介导的DPSCs与ECs之间的细胞间通讯对牙髓发育血管化的重要性	研究主要基于体外和小鼠实验，临床转化仍需进一步验证	探索牙髓发育过程中血管形成的调控机制，为牙髓再生治疗提供新思路	牙髓干细胞（DPSCs）和血管内皮细胞（ECs）	牙科医学	牙髓疾病	单细胞测序分析、免疫组化、Western blot、RT-PCR、细胞增殖实验、划痕实验、管形成实验	NA	基因表达数据、细胞实验数据	未明确说明样本数量，涉及发育中和成熟牙髓的DPSCs和ECs
568	2025-06-11	Identification and validation of an immunotherapeutic signature for colon cancer based on the regulatory patterns of ferroptosis and their association with the tumor microenvironment 2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119698 PMID:38387508	研究论文	该研究基于铁死亡调控模式及其与肿瘤微环境的关联，识别并验证了结肠癌的免疫治疗特征	构建了铁死亡调控基因评分（FRG-score）来量化个体肿瘤中铁死亡改变的模式，并识别了三种不同的铁死亡修饰模式	研究样本量较大但仅限于结肠癌，未涉及其他癌症类型	探索铁死亡调控模式与结肠癌肿瘤微环境的关联，并开发免疫治疗特征	1623个结肠癌样本	数字病理学	结肠癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	1623个结肠癌样本
569	2025-06-10	Genetically supported causality between gut microbiota, prefrontal cortex and depression: insights from multiple Mendelian randomization, multi-omics analysis, and network pharmacology 2025-Oct-01, Journal of affective disorders IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.jad.2025.119458 PMID:40419156	研究论文	通过多组学分析和网络药理学方法，研究肠道菌群与前额叶皮层及抑郁症之间的遗传支持因果关系	首次通过多变量孟德尔随机化分析揭示了肠道菌群通过前额叶皮层结构介导对抑郁症的影响，并鉴定了潜在的治疗靶点和药物	研究结果主要基于遗传数据，需要进一步实验验证	探究肠道菌群与前额叶皮层及抑郁症之间的因果关系及其生物学机制	肠道菌群、前额叶皮层、抑郁症患者	多组学分析	抑郁症	GWAS、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序、分子对接	孟德尔随机化模型	基因组数据、转录组数据、影像数据	肠道菌群(n=5959)、抑郁症(43,280病例/329,192对照)、脑影像表型(n=33,224)
570	2025-06-10	Endothelial Nrf2 deficiency promotes atherosclerotic lesion formation by shaping a proinflammatory niche 2025-Aug-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123725 PMID:40404122	research paper	研究探讨了内皮细胞中Nrf2缺乏如何通过促炎性微环境促进动脉粥样硬化斑块形成	揭示了内皮细胞Nrf2缺乏如何通过改变细胞间通讯和促炎性因子分泌促进动脉粥样硬化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究内皮细胞Nrf2在动脉粥样硬化中的细胞特异性作用和细胞间通讯机制	小鼠主动脉内皮细胞和动脉粥样硬化斑块	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 组织学分析	Nrf2Cdh5tKO小鼠模型	基因表达数据, 组织学数据	Nrf2Cdh5tKO小鼠和对照Nrf2flox/flox小鼠
571	2025-06-10	Single-cell transcriptomics and metabolomics reveal the potential role of ASRGL1 in metabolic reprogramming and invasion of nasopharyngeal carcinoma cells 2025-08, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106788 PMID:40320045	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和代谢组学分析，探讨了ASRGL1在鼻咽癌细胞代谢重编程和侵袭中的潜在作用	首次揭示了ASRGL1在鼻咽癌中的表达特征及其对细胞代谢和侵袭的影响	研究主要基于体外细胞实验，缺乏体内实验验证	探究ASRGL1在鼻咽癌中的功能角色及其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力	鼻咽癌细胞系C666-1	癌症研究	鼻咽癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、氨基酸代谢组学、GC-MS顶空代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	公开数据集GSE150430及C666-1细胞系
572	2025-06-10	Single-cell transcriptional profiling reveals cellular senescence and inflammatory persistence as key features of type 1 diabetes partial remission 2025-Jul, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.16384 PMID:40183401	研究论文	通过单细胞RNA测序研究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制	揭示了1型糖尿病部分缓解期未被认识的免疫失调特征，包括单细胞亚群的分子特征和动态变化	研究仅基于外周血单个核细胞，未涉及其他免疫细胞或组织	探究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制	健康对照者、新诊断的1型糖尿病患者和处于部分缓解期的患者	单细胞转录组学	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康对照者、新诊断T1D患者和PR阶段患者的PBMCs样本
573	2025-06-10	A survey of the methodological process of modeling, inference, and evaluation of gene regulatory networks using scRNA-Seq data 2025-Jul, Bio Systems DOI:10.1016/j.biosystems.2025.105464 PMID:40409400	综述	本文综述了利用scRNA-Seq数据建模、推断和评估基因调控网络的方法学过程	揭示了scRNA-Seq技术在基因调控网络推断中的技术和方法学挑战，并提出了更稳健的方法学过程建议	缺乏关于真实网络的知识以及评估指标的非标准化，导致算法性能比较困难	探讨scRNA-Seq数据在基因调控网络推断中的方法学挑战和改进方向	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
574	2025-06-10	CD44 Deficiency Induces Combinatory NRF2 Inhibition and Endoplasmic Reticulum Stress-Associated Dyserythropoiesis 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500228R PMID:40488748	research paper	本研究探讨了CD44在终末红细胞生成中的作用及其功能机制，发现CD44缺失会导致骨髓红细胞生成异常并加剧苯肼诱导的溶血性贫血	揭示了CD44通过调节PI3K/AKT/NRF2和p62/NRF2通路维持红细胞生成过程中的氧化还原稳态和蛋白质稳态的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类红细胞生成中的CD44功能需要进一步验证	阐明CD44在终末红细胞生成中的具体作用和分子机制	CD44敲除小鼠和其红细胞前体细胞	分子生物学	溶血性贫血	单细胞测序分析	CD44敲除小鼠模型	基因表达数据和细胞表型数据	CD44敲除小鼠及其红细胞前体细胞
575	2025-06-10	Loss of ARNTL Enhances ER Stress and Apoptosis in CKD Through Disruption of NRF2 Signaling 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202403398RRR PMID:40489010	研究论文	本研究揭示了ARNTL通过调控NRF2信号通路在慢性肾病(CKD)中对抗内质网(ER)应激和细胞凋亡的关键保护作用	首次发现ARNTL-NRF2轴在肾小管细胞中的保护机制，并证实其可作为CKD治疗的潜在靶点	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人体进行临床验证	探究CKD中ER应激导致肾小管细胞凋亡的分子机制	慢性肾病患者和小鼠模型的肾小管细胞	分子病理学	慢性肾病	单细胞测序、蛋白质相互作用分析	HK2细胞系和小鼠CKD模型	基因表达数据、蛋白质水平数据	CKD患者样本和CKD模型小鼠
576	2025-06-10	Transcriptional landscape of pleural mesothelioma patients in relation to NF2 gene mutational status 2025-Jun-09, Journal of the Egyptian National Cancer Institute IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s43046-025-00284-0 PMID:40484892	研究论文	本研究探讨了NF2基因突变状态对胸膜间皮瘤患者转录组景观的影响	首次全面分析了NF2突变对胸膜间皮瘤肿瘤生物学、免疫浸润、细胞因子信号传导和治疗反应的影响	样本量相对较小（82例），且为回顾性研究	了解NF2基因突变在胸膜间皮瘤中的作用机制及其临床意义	胸膜间皮瘤患者（82例）及其肿瘤组织	癌症基因组学	胸膜间皮瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、xCell算法、Cytosig分析、pRRophetic预测	逻辑回归模型	转录组数据	82例胸膜间皮瘤病例
577	2025-06-10	Advancements in single-cell techniques for examining the HIV reservoir: pathways to a cure 2025-Jun-09, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00655-25 PMID:40488537	综述	本文综述了单细胞技术在研究HIV病毒库中的应用及其对治愈HIV的潜在贡献	强调了单细胞测序、染色质可及性分析和多组学技术在揭示HIV病毒库异质性和持久性中的创新应用	未提及具体实验样本量或研究中的具体技术限制	探索HIV病毒库的特性以设计靶向干预策略	HIV病毒库中的静息CD4 T细胞和巨噬细胞等长寿命细胞	病毒学	HIV感染	单细胞测序、染色质可及性分析、多组学技术	NA	单细胞基因表达数据、染色质可及性数据	NA
578	2025-06-10	Integrative Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal Functional and Spatial Heterogeneity of Atrial and Ventricular Cardiomyocytes in the Heart 2025-Jun-09, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-025-01443-3 PMID:40488964	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了心房和心室心肌细胞在心脏中的功能和空间异质性	首次结合scRNA-seq和空间转录组学技术，系统解析了心房和心室心肌细胞的空间分布及细胞间通讯网络	研究主要基于小鼠模型，结果在人类心脏中的适用性需要进一步验证	探究心脏中心房和心室心肌细胞的空间分布特征及其细胞间通讯机制	心房心肌细胞(aCM)和心室心肌细胞(vCM)	空间转录组学	心血管疾病	scRNA-seq, 空间转录组学	t-SNE聚类分析	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确说明样本数量，使用分离的心脏细胞
579	2025-06-10	Single-cell transcriptomic profiling reveals dysregulation of B-cell subset function in patients with chronic hepatitis B 2025-Jun-09, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-025-10846-y PMID:40489024	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了慢性乙型肝炎患者B细胞亚群功能的失调	首次在单细胞水平上分析了HBV感染不同阶段B细胞亚群的免疫学特征及其临床意义，并鉴定了与体液免疫相关的潜在机制	样本量相对较小，特别是某些HBV感染阶段的样本数量有限	研究乙型肝炎病毒(HBV)感染不同阶段B细胞亚群的免疫学特征及其临床意义	25名个体的46个肝脏和血液样本中的23,967个B细胞(包括1,677个浆细胞)	免疫学	乙型肝炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	25名个体(6名健康对照，19名HBV感染者)，46个样本，23,967个B细胞
580	2025-06-10	Principles of synaptogenesis: Insights from Caenorhabditiselegans 2025-Jun-07, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.103056 PMID:40483740	review	本文综述了基于秀丽隐杆线虫模型的突触形成、组织和精细化的当前理解	利用秀丽隐杆线虫的基因编辑、显微镜技术、单细胞转录组分析和计算分析等最新进展，深入探索突触形成和调控的机制	NA	探讨突触形成的原理及其在神经系统连接中的作用	秀丽隐杆线虫的神经系统	神经科学	NA	基因编辑、显微镜技术、单细胞转录组分析、计算分析	NA	NA	NA