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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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561 | 2025-06-11 |
Protocol for preparing mammalian skin samples encompassing hair follicles for spatial transcriptomics
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103254
PMID:39146191
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研究论文 | 本文提出了一种用于空间转录组学的哺乳动物皮肤样本制备协议,特别关注包含毛囊的样本 | 针对皮肤样本在空间转录组学应用中的固有挑战,提出了一套完整的样本制备流程 | 未提及该协议在不同类型皮肤样本中的普适性或验证结果 | 开发适用于空间转录组学的皮肤样本制备方法 | 哺乳动物皮肤样本(特别关注含毛囊的样本) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
562 | 2025-06-11 |
The glycolytic reaction PGAM unexpectedly restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.18.607992
PMID:39229227
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研究论文 | 本研究探讨了糖酵解反应PGAM在调节Th17细胞致病性中的作用,发现其意外地抑制了Th17细胞的致病性和自身免疫反应 | 发现PGAM作为糖酵解酶,与其它糖酵解酶不同,对Th17细胞的致病性具有负调控作用 | 研究主要基于体外实验和EAE模型,未涉及其他自身免疫疾病模型 | 探究糖酵解反应在Th17细胞致病性中的作用 | Th17细胞 | 免疫学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA-seq, Compass算法 | EAE模型 | 转录组数据 | NA |
563 | 2025-06-11 |
Somatic epigenetic drift during shoot branching: a cell lineage-based model
2024-Aug-07, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyae091
PMID:38809088
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research paper | 本文提出了一种基于细胞谱系的模型,用于研究植物分枝过程中的体细胞表观遗传漂变 | 形式化了一种特殊的分离分生组织模型,其中前体细胞从分生组织外围随机采样以最大化细胞谱系独立性 | 模型依赖于分支点数量、漂变强度以及表观突变率等假设条件 | 研究植物分枝过程中体细胞表观遗传漂变的机制 | 植物分生组织细胞 | 植物发育生物学 | NA | DNA甲基化分析 | 细胞谱系模型 | 表观遗传数据 | NA |
564 | 2025-06-11 |
Sample collection protocol for single-cell RNA sequencing of functionally identified neuronal populations in vivo
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103135
PMID:38875113
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研究论文 | 本文提出了一种用于在体内对功能识别的神经元群体进行单细胞RNA测序的样本收集协议 | 使用病毒传递的活动依赖性标记工具(CaMPARI2)在虚拟现实环境中对小鼠进行光转换,随后通过荧光激活细胞分选(FACS)分离不同标记的群体 | 需要特定的设备和病毒传递工具,可能限制了其在某些实验室的应用 | 开发一种用于单细胞RNA测序的样本收集协议,以研究功能识别的神经元群体 | 小鼠的神经元群体 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,荧光激活细胞分选(FACS) | NA | RNA序列数据 | NA |
565 | 2025-06-11 |
Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies aging associated changes in macrophages and signaling dynamics
2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.13.598667
PMID:38915572
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析,研究了年轻和年老小鼠卵巢中髓系细胞的功能特征,揭示了与衰老相关的巨噬细胞亚群和信号动态变化 | 发现了年老小鼠卵巢特有的巨噬细胞亚群,并揭示了ANNEXIN和TGFβ信号在衰老卵巢髓系细胞中的显著变化,提出了衰老相关炎症和纤维化的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类卵巢衰老的直接证据 | 探究髓系细胞在卵巢衰老过程中的作用 | 年轻(3个月大)和年老(14-17个月大)小鼠卵巢中的CD45 CD11b髓系细胞 | 单细胞分析 | 卵巢衰老 | 单细胞RNA测序(scRNAseq)、流式细胞术 | NA | RNA测序数据、流式细胞数据 | 年轻和年老小鼠卵巢样本 |
566 | 2025-06-11 |
SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics
2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.06.597765
PMID:38895212
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research paper | 介绍了一种名为SpotSweeper的空间感知质量控制方法,用于空间转录组学数据中的局部异常和区域伪影检测 | SpotSweeper是首个针对空间转录组学数据中独特组织伪影的检测方法,通过局部邻域评估和多尺度方法减少生物异质性带来的偏差 | 目前仅在公开可用的Visium数据上进行了验证,未在其他平台或数据类型上测试 | 开发适用于空间转录组学数据的质量控制方法 | 空间转录组学数据中的低质量点和区域伪影 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学(SRT) | NA | 空间转录组数据 | 公开可用的Visium数据(具体数量未说明) |
567 | 2025-06-11 |
Enhancing Vasculogenesis in Dental Pulp Development: DPSCs-ECs Communication via FN1-ITGA5 Signaling
2024-05, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-024-10695-6
PMID:38418738
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研究论文 | 研究通过单细胞测序分析比较发育中和成熟牙髓中牙髓干细胞(DPSCs)和血管内皮细胞(ECs)的基因表达,揭示了FN1-ITGA5信号在牙髓发育血管化中的关键作用 | 揭示了FN1-ITGA5信号介导的DPSCs与ECs之间的细胞间通讯对牙髓发育血管化的重要性 | 研究主要基于体外和小鼠实验,临床转化仍需进一步验证 | 探索牙髓发育过程中血管形成的调控机制,为牙髓再生治疗提供新思路 | 牙髓干细胞(DPSCs)和血管内皮细胞(ECs) | 牙科医学 | 牙髓疾病 | 单细胞测序分析、免疫组化、Western blot、RT-PCR、细胞增殖实验、划痕实验、管形成实验 | NA | 基因表达数据、细胞实验数据 | 未明确说明样本数量,涉及发育中和成熟牙髓的DPSCs和ECs |
568 | 2025-06-11 |
Identification and validation of an immunotherapeutic signature for colon cancer based on the regulatory patterns of ferroptosis and their association with the tumor microenvironment
2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research
DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119698
PMID:38387508
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研究论文 | 该研究基于铁死亡调控模式及其与肿瘤微环境的关联,识别并验证了结肠癌的免疫治疗特征 | 构建了铁死亡调控基因评分(FRG-score)来量化个体肿瘤中铁死亡改变的模式,并识别了三种不同的铁死亡修饰模式 | 研究样本量较大但仅限于结肠癌,未涉及其他癌症类型 | 探索铁死亡调控模式与结肠癌肿瘤微环境的关联,并开发免疫治疗特征 | 1623个结肠癌样本 | 数字病理学 | 结肠癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 1623个结肠癌样本 |
569 | 2025-06-10 |
Genetically supported causality between gut microbiota, prefrontal cortex and depression: insights from multiple Mendelian randomization, multi-omics analysis, and network pharmacology
2025-Oct-01, Journal of affective disorders
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.jad.2025.119458
PMID:40419156
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研究论文 | 通过多组学分析和网络药理学方法,研究肠道菌群与前额叶皮层及抑郁症之间的遗传支持因果关系 | 首次通过多变量孟德尔随机化分析揭示了肠道菌群通过前额叶皮层结构介导对抑郁症的影响,并鉴定了潜在的治疗靶点和药物 | 研究结果主要基于遗传数据,需要进一步实验验证 | 探究肠道菌群与前额叶皮层及抑郁症之间的因果关系及其生物学机制 | 肠道菌群、前额叶皮层、抑郁症患者 | 多组学分析 | 抑郁症 | GWAS、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序、分子对接 | 孟德尔随机化模型 | 基因组数据、转录组数据、影像数据 | 肠道菌群(n=5959)、抑郁症(43,280病例/329,192对照)、脑影像表型(n=33,224) |
570 | 2025-06-10 |
Endothelial Nrf2 deficiency promotes atherosclerotic lesion formation by shaping a proinflammatory niche
2025-Aug-15, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123725
PMID:40404122
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research paper | 研究探讨了内皮细胞中Nrf2缺乏如何通过促炎性微环境促进动脉粥样硬化斑块形成 | 揭示了内皮细胞Nrf2缺乏如何通过改变细胞间通讯和促炎性因子分泌促进动脉粥样硬化 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究内皮细胞Nrf2在动脉粥样硬化中的细胞特异性作用和细胞间通讯机制 | 小鼠主动脉内皮细胞和动脉粥样硬化斑块 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 组织学分析 | Nrf2Cdh5tKO小鼠模型 | 基因表达数据, 组织学数据 | Nrf2Cdh5tKO小鼠和对照Nrf2flox/flox小鼠 |
571 | 2025-06-10 |
Single-cell transcriptomics and metabolomics reveal the potential role of ASRGL1 in metabolic reprogramming and invasion of nasopharyngeal carcinoma cells
2025-08, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2025.106788
PMID:40320045
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和代谢组学分析,探讨了ASRGL1在鼻咽癌细胞代谢重编程和侵袭中的潜在作用 | 首次揭示了ASRGL1在鼻咽癌中的表达特征及其对细胞代谢和侵袭的影响 | 研究主要基于体外细胞实验,缺乏体内实验验证 | 探究ASRGL1在鼻咽癌中的功能角色及其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力 | 鼻咽癌细胞系C666-1 | 癌症研究 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、氨基酸代谢组学、GC-MS顶空代谢组学 | NA | 转录组数据、代谢组数据 | 公开数据集GSE150430及C666-1细胞系 |
572 | 2025-06-10 |
Single-cell transcriptional profiling reveals cellular senescence and inflammatory persistence as key features of type 1 diabetes partial remission
2025-Jul, Diabetes, obesity & metabolism
DOI:10.1111/dom.16384
PMID:40183401
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制 | 揭示了1型糖尿病部分缓解期未被认识的免疫失调特征,包括单细胞亚群的分子特征和动态变化 | 研究仅基于外周血单个核细胞,未涉及其他免疫细胞或组织 | 探究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制 | 健康对照者、新诊断的1型糖尿病患者和处于部分缓解期的患者 | 单细胞转录组学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 健康对照者、新诊断T1D患者和PR阶段患者的PBMCs样本 |
573 | 2025-06-10 |
A survey of the methodological process of modeling, inference, and evaluation of gene regulatory networks using scRNA-Seq data
2025-Jul, Bio Systems
DOI:10.1016/j.biosystems.2025.105464
PMID:40409400
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综述 | 本文综述了利用scRNA-Seq数据建模、推断和评估基因调控网络的方法学过程 | 揭示了scRNA-Seq技术在基因调控网络推断中的技术和方法学挑战,并提出了更稳健的方法学过程建议 | 缺乏关于真实网络的知识以及评估指标的非标准化,导致算法性能比较困难 | 探讨scRNA-Seq数据在基因调控网络推断中的方法学挑战和改进方向 | 基因调控网络(GRNs) | 生物信息学 | NA | scRNA-Seq | NA | 基因表达数据 | NA |
574 | 2025-06-10 |
CD44 Deficiency Induces Combinatory NRF2 Inhibition and Endoplasmic Reticulum Stress-Associated Dyserythropoiesis
2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202500228R
PMID:40488748
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research paper | 本研究探讨了CD44在终末红细胞生成中的作用及其功能机制,发现CD44缺失会导致骨髓红细胞生成异常并加剧苯肼诱导的溶血性贫血 | 揭示了CD44通过调节PI3K/AKT/NRF2和p62/NRF2通路维持红细胞生成过程中的氧化还原稳态和蛋白质稳态的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类红细胞生成中的CD44功能需要进一步验证 | 阐明CD44在终末红细胞生成中的具体作用和分子机制 | CD44敲除小鼠和其红细胞前体细胞 | 分子生物学 | 溶血性贫血 | 单细胞测序分析 | CD44敲除小鼠模型 | 基因表达数据和细胞表型数据 | CD44敲除小鼠及其红细胞前体细胞 |
575 | 2025-06-10 |
Loss of ARNTL Enhances ER Stress and Apoptosis in CKD Through Disruption of NRF2 Signaling
2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202403398RRR
PMID:40489010
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研究论文 | 本研究揭示了ARNTL通过调控NRF2信号通路在慢性肾病(CKD)中对抗内质网(ER)应激和细胞凋亡的关键保护作用 | 首次发现ARNTL-NRF2轴在肾小管细胞中的保护机制,并证实其可作为CKD治疗的潜在靶点 | 研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型,尚未在人体进行临床验证 | 探究CKD中ER应激导致肾小管细胞凋亡的分子机制 | 慢性肾病患者和小鼠模型的肾小管细胞 | 分子病理学 | 慢性肾病 | 单细胞测序、蛋白质相互作用分析 | HK2细胞系和小鼠CKD模型 | 基因表达数据、蛋白质水平数据 | CKD患者样本和CKD模型小鼠 |
576 | 2025-06-10 |
Transcriptional landscape of pleural mesothelioma patients in relation to NF2 gene mutational status
2025-Jun-09, Journal of the Egyptian National Cancer Institute
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s43046-025-00284-0
PMID:40484892
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研究论文 | 本研究探讨了NF2基因突变状态对胸膜间皮瘤患者转录组景观的影响 | 首次全面分析了NF2突变对胸膜间皮瘤肿瘤生物学、免疫浸润、细胞因子信号传导和治疗反应的影响 | 样本量相对较小(82例),且为回顾性研究 | 了解NF2基因突变在胸膜间皮瘤中的作用机制及其临床意义 | 胸膜间皮瘤患者(82例)及其肿瘤组织 | 癌症基因组学 | 胸膜间皮瘤 | RNA测序、单细胞RNA测序、xCell算法、Cytosig分析、pRRophetic预测 | 逻辑回归模型 | 转录组数据 | 82例胸膜间皮瘤病例 |
577 | 2025-06-10 |
Advancements in single-cell techniques for examining the HIV reservoir: pathways to a cure
2025-Jun-09, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00655-25
PMID:40488537
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综述 | 本文综述了单细胞技术在研究HIV病毒库中的应用及其对治愈HIV的潜在贡献 | 强调了单细胞测序、染色质可及性分析和多组学技术在揭示HIV病毒库异质性和持久性中的创新应用 | 未提及具体实验样本量或研究中的具体技术限制 | 探索HIV病毒库的特性以设计靶向干预策略 | HIV病毒库中的静息CD4 T细胞和巨噬细胞等长寿命细胞 | 病毒学 | HIV感染 | 单细胞测序、染色质可及性分析、多组学技术 | NA | 单细胞基因表达数据、染色质可及性数据 | NA |
578 | 2025-06-10 |
Integrative Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal Functional and Spatial Heterogeneity of Atrial and Ventricular Cardiomyocytes in the Heart
2025-Jun-09, Molecular biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12033-025-01443-3
PMID:40488964
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示了心房和心室心肌细胞在心脏中的功能和空间异质性 | 首次结合scRNA-seq和空间转录组学技术,系统解析了心房和心室心肌细胞的空间分布及细胞间通讯网络 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类心脏中的适用性需要进一步验证 | 探究心脏中心房和心室心肌细胞的空间分布特征及其细胞间通讯机制 | 心房心肌细胞(aCM)和心室心肌细胞(vCM) | 空间转录组学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, 空间转录组学 | t-SNE聚类分析 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 未明确说明样本数量,使用分离的心脏细胞 |
579 | 2025-06-10 |
Single-cell transcriptomic profiling reveals dysregulation of B-cell subset function in patients with chronic hepatitis B
2025-Jun-09, Hepatology international
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12072-025-10846-y
PMID:40489024
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了慢性乙型肝炎患者B细胞亚群功能的失调 | 首次在单细胞水平上分析了HBV感染不同阶段B细胞亚群的免疫学特征及其临床意义,并鉴定了与体液免疫相关的潜在机制 | 样本量相对较小,特别是某些HBV感染阶段的样本数量有限 | 研究乙型肝炎病毒(HBV)感染不同阶段B细胞亚群的免疫学特征及其临床意义 | 25名个体的46个肝脏和血液样本中的23,967个B细胞(包括1,677个浆细胞) | 免疫学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 25名个体(6名健康对照,19名HBV感染者),46个样本,23,967个B细胞 |
580 | 2025-06-10 |
Principles of synaptogenesis: Insights from Caenorhabditiselegans
2025-Jun-07, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2025.103056
PMID:40483740
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review | 本文综述了基于秀丽隐杆线虫模型的突触形成、组织和精细化的当前理解 | 利用秀丽隐杆线虫的基因编辑、显微镜技术、单细胞转录组分析和计算分析等最新进展,深入探索突触形成和调控的机制 | NA | 探讨突触形成的原理及其在神经系统连接中的作用 | 秀丽隐杆线虫的神经系统 | 神经科学 | NA | 基因编辑、显微镜技术、单细胞转录组分析、计算分析 | NA | NA | NA |