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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2026-01-14 |
Intracellular microbial signals in the gastrointestinal tract of dairy cattle
2026-Jan-12, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-025-02319-z
PMID:41526999
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了奶牛胃肠道上皮细胞中存在细胞内微生物信号,并探讨了其与瘤胃发育的潜在关联 | 首次在奶牛胃肠道中应用单细胞宿主-微生物互作分析(SAHMI),发现细胞内微生物信号与特定细胞类型(如潘氏细胞和基底细胞)及DNA修复机制相关 | 研究样本量有限(仅新生和成年奶牛),且微生物信号的功能验证尚不充分 | 探究奶牛胃肠道细胞内微生物的存在及其在瘤胃发育中的作用 | 奶牛(新生和成年)的十种胃肠道组织类型 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细菌荧光原位杂交(FISH) | NA | 单细胞RNA测序数据、微生物基因组数据 | 新生和成年奶牛的十种胃肠道组织类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 562 | 2026-01-14 |
IL-25-ILC2-IL-13 axis improves traumatic brain injury by mediating CXCL-10-dependent regulation of blood brain barrier integrity
2026-Jan-12, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03696-4
PMID:41527095
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研究论文 | 本研究探讨了IL-25通过激活ILC2分泌IL-13,进而抑制CXCL-10和内皮细胞焦亡,从而改善创伤性脑损伤后血脑屏障完整性和神经功能的保护作用及机制 | 揭示了IL-25-ILC2-IL-13轴在创伤性脑损伤后血脑屏障修复中的新作用机制,并首次提出该轴通过抑制CXCL-10和内皮细胞焦亡来发挥作用 | 研究主要基于小鼠模型,其结论在人类中的适用性尚需进一步验证;机制研究虽深入,但具体信号通路的上下游细节可能仍需更全面的探索 | 探究IL-25在创伤性脑损伤后对血脑屏障完整性和神经功能的保护作用及其分子机制 | 小鼠创伤性脑损伤模型、脑微血管内皮细胞、神经元和脑内驻留的第2组先天淋巴样细胞 | 神经科学 | 创伤性脑损伤 | 酶联免疫吸附试验、免疫荧光染色、流式细胞术、细胞因子阵列、Western印迹、单细胞RNA测序、磁共振成像 | NA | 血清和组织样本的分子数据、影像数据、行为学数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及小鼠模型和体外细胞模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 563 | 2026-01-14 |
The transcription factor HHEX maintains glucocorticoid levels and protects adrenals from androgen-induced lipid depletion
2026-Jan-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-68257-4
PMID:41519914
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了转录因子HHEX在肾上腺皮质糖皮质激素产生细胞中的关键作用,包括维持糖皮质激素水平、保护脂质免受雄激素诱导的脂噬,以及调节细胞亚群身份 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定HHEX为糖皮质激素产生细胞中最富集的转录因子,并揭示其作为雄激素受体靶基因在肾上腺性别二态性和脂质稳态中的多功能调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类肾上腺中的具体机制尚需进一步验证 | 探究维持肾上腺皮质糖皮质激素产生细胞差异响应性的分子机制 | 小鼠肾上腺皮质中的类固醇生成谱系细胞 | 单细胞转录组学 | 肾上腺功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 使用Sf1-Cre; Rosa报告基因小鼠的肾上腺样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 564 | 2026-01-14 |
Transcriptomic signature-guided depletion of intermediate alveolar epithelial cells ameliorates pulmonary fibrosis in mice
2026-Jan-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68354-y
PMID:41519994
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研究论文 | 本文通过开发一种RNA感应依赖的蛋白质翻译技术,选择性靶向并清除小鼠肺纤维化模型中的Krt8+肺泡分化中间细胞,从而减轻纤维化 | 开发了基于RNA传感器的蛋白质翻译技术,首次实现了对肺纤维化中过渡性上皮细胞(Krt8+ ADIs)的特异性靶向和条件性消融,并验证了其致病驱动作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类细胞验证有限;技术应用和长期安全性需进一步评估 | 探究肺纤维化中过渡性上皮细胞的功能贡献并开发靶向治疗策略 | 小鼠肺纤维化模型中的Krt8+肺泡分化中间细胞(ADIs)及人类KRT5-/KRT17+异常基底样细胞 | 单细胞转录组学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),RNA传感器技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 565 | 2026-01-14 |
Population analysis and immunologic landscape of melanoma in people living with HIV
2026-Jan-08, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-3148
PMID:41504629
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研究论文 | 本研究通过分析大量电子健康记录并结合空间免疫转录组学与多重免疫荧光技术,揭示了HIV感染者黑色素瘤患者独特的临床特征和免疫抑制性肿瘤微环境 | 首次在HIV感染者黑色素瘤患者中系统比较临床特征,并利用空间转录组学揭示其肿瘤微环境的免疫抑制特征及空间分布差异 | 样本量相对有限(空间转录组学n=11,多重免疫荧光n=29),且为回顾性研究 | 解析HIV感染者黑色素瘤患者的临床和免疫学特征,探究其预后较差的原因 | HIV感染者与HIV阴性黑色素瘤患者 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间免疫转录组学,多重免疫荧光 | NA | 电子健康记录,肿瘤组织样本 | 电子健康记录:1,087名HIV感染者与394,437名HIV阴性黑色素瘤患者;空间转录组学:11例肿瘤样本;多重免疫荧光:29例肿瘤样本(15例HIV感染者,14例HIV阴性者) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 566 | 2026-01-14 |
Mapping somatosensory afferent circuitry to bone identifies neurotrophic signals required for fracture healing
2026-Jan-08, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr9608
PMID:41505527
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析,揭示了骨骼感觉神经元的神经解剖学环路及其在骨折愈合中的关键作用 | 首次系统性地绘制了骨骼感觉传入神经元的单细胞转录组图谱,并识别出FGF9作为骨折修复的主要调控因子 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的验证尚需进一步研究 | 探究骨骼感觉神经元的神经解剖学环路及其在骨折愈合中的调控机制 | 小鼠骨骼的背根神经节神经元 | 单细胞转录组学 | 骨折 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及骨折前后的小鼠背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 567 | 2026-01-14 |
VISTA uncovers missing gene expression and spatial-induced information for spatial transcriptomic data analysis
2026-Jan-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09479-6
PMID:41507434
|
研究论文 | 本文提出了一种名为VISTA的模型,通过整合单细胞RNA测序和亚细胞空间转录组学数据,预测SST数据中未测量的基因表达 | VISTA结合了变分推断、几何深度学习和不确定性量化,首次实现了在SST数据中准确预测未测量基因表达,并支持多种下游分析 | 未在摘要中明确提及 | 克服亚细胞空间转录组学数据基因覆盖有限的缺陷,提升空间转录组数据的解释性和实用性 | 亚细胞空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 亚细胞空间转录组学 | 变分推断, 几何深度学习 | 基因表达数据, 空间数据 | 四个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 568 | 2026-01-14 |
A subcellular spatial atlas illuminates the microenvironmental remodeling of perineural invasion in distal cholangiocarcinoma
2026-Jan-08, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01773-4
PMID:41508044
|
研究论文 | 本研究利用Xenium亚细胞分辨率空间转录组学平台,构建了远端胆管癌神经周围侵袭的亚细胞空间图谱,揭示了驱动神经侵袭的协调性上皮、基质和免疫重塑 | 首次在亚细胞分辨率下解析了远端胆管癌神经周围侵袭的空间结构和分子驱动因素,鉴定了LAMB3-DAG1轴作为肿瘤细胞与施万细胞相互作用的潜在介质 | 研究基于手术切除的肿瘤组织样本,样本量有限,且为横断面研究,未能动态追踪神经侵袭过程 | 阐明远端胆管癌神经周围侵袭的空间结构和分子机制 | 远端胆管癌患者的肿瘤组织 | 空间转录组学 | 胆管癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 根据PNI状态分层的远端胆管癌患者切除肿瘤组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium亚细胞分辨率空间转录组学平台 |
| 569 | 2026-01-14 |
Evaluating genetic-ancestry inference from single-cell transcriptomic datasets
2026-Jan-08, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2026.100564
PMID:41508611
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研究论文 | 本文提出了一个评估从单细胞转录组数据推断遗传祖先方法的框架,并应用于人类细胞图谱数据集 | 首次系统评估了从单细胞转录组测序数据中检测的遗传多态性推断遗传祖先的方法,并验证了常用工具(如ADMIXTURE)在此类稀疏数据上的准确性 | 研究基于现有数据集,未涉及所有可能的祖先群体;单细胞测序数据中遗传多态性数量有限且变异检测不完美 | 评估从单细胞转录组数据推断遗传祖先的方法,促进遗传多样性在单细胞研究中的代表性 | 单细胞转录组数据集中的遗传多态性 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | ADMIXTURE | 单细胞转录组测序数据 | 来自10个人类细胞图谱数据集的401名供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 570 | 2026-01-14 |
A latent activated olfactory stem cell state revealed by single-cell transcriptomic and epigenomic profiling
2026-Jan-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102778
PMID:41512864
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了嗅觉上皮干细胞在损伤诱导再生过程中的转录和表观遗传特征,发现了一个潜伏的激活干细胞状态 | 结合单细胞转录组和可及染色质图谱,首次识别了激活干细胞中的转录异质性,并发现了一组在损伤前就通过表观遗传预编程的静息细胞 | NA | 研究嗅觉上皮干细胞在损伤诱导再生过程中的分子机制 | 嗅觉上皮干细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组和表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 571 | 2026-01-14 |
Olfactomedin-4+ neutrophils exacerbate intestinal epithelial damage in Clostridioides difficile infection
2026-Jan-07, Infection and immunity
IF:2.9Q2
DOI:10.1128/iai.00229-25
PMID:41498562
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研究论文 | 本研究揭示了表达Olfactomedin-4(OLFM4)的中性粒细胞亚群在艰难梭菌感染中加剧肠上皮细胞损伤的作用机制 | 首次发现OLFM4+中性粒细胞亚群在CDI中的致病作用,并证明其通过脱颗粒基因高表达特征加剧肠上皮损伤 | 机制研究主要基于小鼠模型,人体样本验证相对有限 | 探究中性粒细胞在艰难梭菌感染中加剧组织损伤的具体机制 | 艰难梭菌感染(CDI)小鼠模型及患者样本 | 数字病理 | 肠道感染 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据、蛋白质数据 | 感染小鼠及患者样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 572 | 2026-01-14 |
Drug and single-cell gene expression integration identifies sensitive and resistant glioblastoma cell populations
2026-Jan-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67783-5
PMID:41501023
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研究论文 | 本研究开发了scFOCAL平台,通过整合单细胞基因表达数据与药物数据库,识别胶质母细胞瘤中对靶向疗法敏感和耐药的细胞亚群,并预测协同治疗组合 | 开发了scFOCAL(单细胞组学连接与分析框架),首次将单细胞RNA测序数据与LINCS L1000药物数据库的转录反应特征进行整合,量化细胞对药物的敏感性和耐药性景观,并预测药物组合协同作用 | 研究主要基于转录组数据,未全面评估表观遗传、蛋白质组等其他层面的异质性;临床前验证虽涵盖体外、离体和体内模型,但尚未进行临床试验 | 开发一个预测平台,以解决胶质母细胞瘤肿瘤内异质性和可塑性对治疗开发的阻碍,识别对不同治疗敏感或耐药的细胞状态,并发现新的协同治疗组合 | 新诊断和复发性胶质母细胞瘤肿瘤样本中的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 573 | 2026-01-14 |
Chimeric brain models to study human glial-neuronal and macroglial-microglial interactions
2026-Jan-06, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116794
PMID:41499239
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研究论文 | 本研究通过将人源多能干细胞衍生的神经前体细胞与巨噬细胞前体细胞共同移植到新生小鼠大脑中,构建了包含人类小胶质细胞、大胶质细胞和神经元的嵌合大脑模型,用于研究人类神经胶质细胞在体内的发育、功能及细胞间相互作用 | 首次建立了可同时研究人类神经元-胶质细胞及大胶质细胞-小胶质细胞相互作用的共移植嵌合大脑模型,并利用超分辨率成像和单细胞RNA测序揭示了人类胶质细胞的发育轨迹和细胞通讯机制 | 模型基于小鼠宿主环境,可能无法完全模拟人类大脑的完整微环境;研究主要关注发育早期阶段,成年期相互作用仍需进一步探索 | 研究人类神经胶质细胞的发育、功能及其在神经系统疾病中的作用机制 | 人源多能干细胞衍生的神经前体细胞、巨噬细胞前体细胞及其在小鼠大脑中分化形成的神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序、超分辨率成像、3D重建、细胞通讯分析 | 嵌合大脑模型 | 单细胞转录组数据、显微图像数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及多批次移植实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 574 | 2026-01-14 |
Mapping isoforms and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data with SPLISOSM
2026-Jan-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02965-6
PMID:41491254
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SPLISOSM的方法,用于从空间转录组学数据中检测异构体分辨率模式,并应用于小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤的分析 | SPLISOSM方法首次使用非参数核的多变量测试来处理点水平和异构体水平的依赖性,从而在稀疏数据上实现高统计功效,揭示了空间转录多样性的新调控关系 | 方法可能依赖于数据质量和覆盖度,且分析主要聚焦于大脑组织,在其他组织中的适用性未验证 | 研究旨在理解转录多样性(包括剪接和替代3'端使用)的空间协调机制及其在正常和肿瘤条件下的作用 | 小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤组织 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | SPLISOSM(空间异构体统计建模) | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 575 | 2026-01-14 |
Radial-glia-to-astrocyte trans-differentiation and astrocyte transcriptional convergence are coordinated by CEH-43/DLX in C. elegans
2026-Jan-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.682973
PMID:41279325
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研究论文 | 本研究通过线虫模型揭示了CEH-43/DLX转录因子在调控放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化和转录收敛过程中的关键作用 | 首次在C. elegans中解析了不依赖细胞分裂的放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化的两阶段分子程序,并发现CEH-43/DLX转录因子的保守调控机制 | 研究基于线虫模型,在哺乳动物系统中的直接适用性需进一步验证 | 揭示放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化过程中的分子调控机制 | 线虫CEPsh星形胶质细胞及其前体细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,比较转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 576 | 2026-01-14 |
Gsx2 Regulates Oligodendrocyte Precursor Formation in the Zebrafish Spinal Cord
2026-Jan-03, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2026.01.001
PMID:41491310
|
研究论文 | 本研究利用斑马鱼模型,通过单细胞RNA测序和单核ATAC测序数据,揭示了Gsx2在调控脊髓中少突胶质前体细胞形成时间中的作用 | 首次在斑马鱼脊髓中鉴定出pre-OPCs亚群,并发现Gsx2通过调控OPC形成的时间点而非分化过程来影响少突胶质细胞谱系 | 研究主要基于斑马鱼模型,结果在哺乳动物中的普适性尚需进一步验证 | 探究Gsx2在斑马鱼脊髓中少突胶质前体细胞形成中的调控机制 | 斑马鱼脊髓中的神经前体细胞和少突胶质前体细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, CRISPR/Cas9基因组编辑 | NA | 单细胞转录组数据, 单核染色质可及性数据 | 斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核ATAC-seq | NA | NA |
| 577 | 2026-01-14 |
STAHD: a scalable and accurate method to detect spatial domains in high-resolution spatial transcriptomics data
2026-Jan-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf619
PMID:41212773
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研究论文 | 本文提出了一种名为STAHD的可扩展且高效的方法,用于检测高分辨率空间转录组学数据中的空间域 | 结合图注意力自编码器与多层次k路图分割,将大型图分解为紧凑子图并生成低维嵌入,从而提升计算效率和聚类精度 | NA | 开发一种可扩展且精确的解决方案,以应对大规模、高分辨率空间转录组学数据在空间域检测中的效率与准确性挑战 | 人类和小鼠的空间转录组学数据集 | 空间转录组学 | 肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 图注意力自编码器 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 578 | 2026-01-14 |
Spider: a flexible and unified framework for simulating spatial transcriptomics data
2026-Jan-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf562
PMID:41237053
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研究论文 | 本文提出了一个名为Spider的灵活统一框架,用于模拟空间转录组学数据,以解决现有基准数据集在多样性和准确性方面的不足 | Spider框架无需真实ST数据作为参考,通过细胞类型比例和相邻细胞间转移矩阵来表征空间模式,能生成更真实、多样的模拟数据,并提供交互功能以定制空间域 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个用于模拟空间转录组学数据的框架,以促进ST分析工具的基准测试 | 空间转录组学数据模拟 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学模拟 | NA | 基因表达谱和细胞位置信息 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 579 | 2026-01-14 |
Targeting N-Cadherin and Tubulin α 1A in Neuroblastoma Bone Marrow Metastasis: Insights from Single-Cell Analysis and Drug Screening
2026-Jan-02, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.12.004
PMID:41485549
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析结合药物筛选,揭示了N-钙黏蛋白和微管蛋白α 1A在神经母细胞瘤骨髓转移中的关键作用,并发现了一种潜在的候选化合物 | 首次通过单细胞转录组分析结合孟德尔随机化方法,鉴定出CDH2和TUBA1A是影响神经母细胞瘤骨髓转移的关键基因,并发现了一种新的候选化合物2,3-二甲氧基-1,4-萘醌 | 研究主要基于体外细胞实验和患者样本分析,缺乏体内动物模型的验证,且候选化合物的临床前和临床疗效有待进一步评估 | 探究神经母细胞瘤骨髓转移的分子机制并寻找潜在的治疗靶点 | 神经母细胞瘤细胞、伴有或不伴有骨髓转移的神经母细胞瘤患者样本 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA-seq, 孟德尔随机化, 药物筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,但分析了伴有和不伴有骨髓转移的神经母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 580 | 2026-01-14 |
Disruption of Pre-Bötzinger Complex neuropeptidergic tonality controls fear and metabolic response
2026-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.01.697304
PMID:41509333
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研究论文 | 本文识别了preBötzinger复合体作为协调应激与代谢适应的关键中枢,揭示了PACAP信号在此回路中的调控作用 | 首次将脑干呼吸节律生成器preBötzinger复合体定义为整合应激、呼吸和代谢的神经肽能脑干-外周回路的关键枢纽 | NA | 探索连接应激反应与外围代谢调节的中枢神经回路 | preBötzinger复合体神经元、棕色脂肪组织和肝脏 | 神经科学 | NA | 病毒追踪、全脑c-Fos映射、空间转录组学 | NA | 神经解剖学数据、转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |