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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2026-05-16 |
Early autonomous patterning of the anteroposterior axis in gastruloids
2024-11-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202171
PMID:39552366
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究小鼠类胚体中前后轴早期自主模式形成 | 首次揭示了类胚体在无外部信号引导下自主建立前后轴极化的早期分子事件,包括T+和T-群体的细胞状态转变和转录特征,并发现该过程对聚集大小变化具有稳健性 | 尽管类胚体与小鼠胚胎在转录上具有相似性,但初始多能细胞状态差异明显,可能影响早期发育模拟的准确性 | 解析小鼠类胚体中前后轴建立的早期动态过程,特别是外部Wnt刺激前的细胞命运空间限制和转录变化 | 小鼠胚胎干细胞聚集形成的类胚体 | 数字病理学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 多个小鼠类胚体样本,未具体说明数量 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 562 | 2026-05-16 |
INSPIRE: interpretable, flexible and spatially-aware integration of multiple spatial transcriptomics datasets from diverse sources
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614539
PMID:39386646
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研究论文 | 提出INSPIRE,一种基于深度学习的多空间转录组数据集整合方法,可解释、灵活且空间感知 | 结合图神经网络和对抗学习机制,实现空间感知的数据整合;使用非负矩阵分解揭示可解释的空间因子和基因程序,并能够构建3D组织模型 | 未在论文标题和摘要中明确提及 | 开发一种方法,有效整合和解释来自不同样本、技术和发育阶段的多空间转录组数据集 | 人类皮层切片、小鼠脑切片、小鼠海马和胚胎切片、时空器官发生图谱(包含50万个空间点) | 计算机视觉, 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 1D | 多种数据集,包括人类皮层切片、小鼠脑切片、小鼠海马和胚胎切片,以及包含约50万个空间点的时空器官发生图谱 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 563 | 2026-05-16 |
Physical modeling of embryonic transcriptomes identifies collective modes of gene expression
2024-Aug-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.26.605398
PMID:39131269
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研究论文 | 利用统计物理学方法和早期海鞘胚胎的单细胞测序数据,构建胚胎转录组的物理模型,识别基因表达的集体模式 | 整合自然变异与统计物理的建模及推断技术,从完整互联胚胎层面分析转录组,通过统计相关性揭示细胞间相互作用网络及基因表达的集体模式 | 未明确提及,可能依赖于特定物种(海鞘)的数据,方法推广性有待验证 | 从单细胞基因表达测量中推断空间相互作用及其诱导的集体表达模式,探索整体胚胎转录组的动态特性 | 早期海鞘胚胎的转录组 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 利用近期早期海鞘胚胎的单细胞测序数据(具体样本量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 564 | 2026-05-16 |
Somatic BrafV600E mutation in the cerebral endothelium induces brain arteriovenous malformations
2024-08, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-024-09918-8
PMID:38700584
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研究论文 | 通过脑内皮细胞中的体细胞BrafV600E突变成功诱导出与人类病变高度相似的小鼠脑动静脉畸形模型 | 首次在脑内皮细胞中引入BrafV600E突变,开发出与人类临床表型一致的散发性脑动静脉畸形小鼠模型 | 达拉非尼对成熟脑动静脉畸形病变的疗效仍不确定 | 探索脑动静脉畸形的发病机制并评估潜在治疗策略 | 携带脑内皮细胞Braf突变的小鼠 | 机器学习 | 脑血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 不同年龄组及不同脑区的小鼠样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序系统 |
| 565 | 2026-05-16 |
Generation and characterisation of scalable and stable human pluripotent stem cell-derived microvascular-like endothelial cells for cardiac applications
2024-08, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-024-09929-5
PMID:38775849
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研究论文 | 开发并表征了一种可规模化、稳定的基于人多能干细胞的心肌微血管样内皮细胞生成方案 | 首次利用三维搅拌罐生物反应器结合高浓度VEGF-A处理,从血管类器官中生成表型稳定且具有心脏特异性的微血管样内皮细胞和壁细胞 | 未明确说明局限性,但可能涉及长期稳定性及体内功能验证的不足 | 为冠状动脉微血管疾病的研究及心脏组织工程应用提供可靠的细胞模型 | 人多能干细胞来源的内皮细胞和壁细胞 | 机器学习和数字病理学 | 冠状动脉微血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 566 | 2026-05-16 |
Single-cell RNA sequencing reveals cell landscape following antimony exposure during spermatogenesis in Drosophila testes
2023-Mar-09, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-023-01391-4
PMID:36894529
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示锑暴露对果蝇睾丸精子发生过程中细胞景观的影响 | 首次在单细胞分辨率下揭示锑暴露对果蝇睾丸精子发生的转录调控机制,并发现新的基因(如Dup98B)在精子发生过程中的状态偏向表达 | 未提及具体局限性 | 研究锑暴露对果蝇睾丸精子发生的影响及单细胞分辨率下的转录调控机制 | 果蝇睾丸细胞 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 果蝇暴露于锑10天的睾丸样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 567 | 2026-05-16 |
Single cell RNA-seq analysis reveals temporally-regulated and quiescence-regulated gene expression in Drosophila larval neuroblasts
2022-08-24, Neural development
IF:4.0Q2
DOI:10.1186/s13064-022-00163-7
PMID:36002894
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析果蝇幼虫神经母细胞的基因表达,揭示时间调控和静止调控的特征 | 首次在多个发育时间点对果蝇幼虫中枢神经系统进行单细胞转录组分析,发现新的祖细胞亚型标记物,并鉴定出静止神经母细胞对胰岛素信号通路的转录预备状态 | 未提及具体局限性 | 探究果蝇幼虫神经系统发育中神经多样性的生成机制 | 果蝇幼虫中枢神经系统中的神经母细胞和中间祖细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个发育时间点的果蝇幼虫样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 568 | 2026-05-16 |
Recurrent transcriptional responses in AML and MDS patients treated with decitabine
2022-07, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2022.04.002
PMID:35429619
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研究论文 | 系统鉴定了地西他滨在体内诱导的全局基因组和转录组改变,包括全基因组亚硫酸氢盐测序、RNA测序和单细胞RNA测序分析 | 首次系统描述了地西他滨在体内治疗过程中诱导的全局性、可逆性低甲基化及其相关转录组变化,并发现红系相关通路在治疗中受抑制而在复发时逆转 | 样本量有限且患者间变异大,限制了检测较小临床效应的统计效力 | 阐明地西他滨治疗骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者时引起的体内分子变化机制 | 接受地西他滨治疗的骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者的原代骨髓样本 | 机器学习和生物信息学 | 骨髓增生异常综合征, 急性髓系白血病 | 全基因组亚硫酸氢盐测序, RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 甲基化数据, 单细胞转录组数据 | 多名患者的原代骨髓样本 | NA | 全基因组亚硫酸氢盐测序, 单细胞RNA测序, RNA-seq | NA | NA |
| 569 | 2026-05-16 |
Transcriptional and functional divergence in lateral hypothalamic glutamate neurons projecting to the lateral habenula and ventral tegmental area
2021-12-01, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2021.09.020
PMID:34624220
|
研究论文 | 系统比较外侧下丘脑投射至外侧缰核和腹侧被盖区的谷氨酸能神经元在转录、电生理和功能上的差异 | 结合病毒示踪、单细胞测序、电生理和体内钙成像技术,首次系统解析了外侧下丘脑不同投射路径神经元的分子和功能异质性 | 未明确神经元亚型对摄食和奖赏行为的具体因果作用,且仅聚焦两条投射通路 | 揭示外侧下丘脑谷氨酸能神经元投射至外侧缰核和腹侧被盖区的功能差异 | 小鼠外侧下丘脑投射至外侧缰核和腹侧被盖区的谷氨酸能神经元 | 神经科学 | NA | 病毒示踪、单细胞测序、电生理记录、体内钙成像 | NA | 电生理数据、单细胞转录组数据、钙成像视频 | 小鼠(数量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 570 | 2026-05-16 |
The AIM2 inflammasome exacerbates atherosclerosis in clonal haematopoiesis
2021-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03341-5
PMID:33731931
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研究论文 | 本研究揭示AIM2炎症小体在克隆性造血相关动脉粥样硬化中的恶化作用 | 首次阐明JAK2突变通过DNA复制应激激活AIM2炎症小体加剧动脉粥样硬化的机制 | 未提及具体局限性 | 探究克隆性造血相关基因突变(JAK2)促进动脉粥样硬化的分子机制 | 携带JAK2突变的巨噬细胞和模拟克隆性造血的嵌合小鼠模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 571 | 2026-05-16 |
Resolving cellular systems by ultra-sensitive and economical single-cell transcriptome filtering
2021-Mar-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102147
PMID:33665566
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研究论文 | 本文介绍了Constellation-Seq,一种超灵敏且经济的单细胞转录组过滤技术,能显著提高灵敏度并降低成本 | 实现两个数量级的灵敏度提升,通过最大化读取利用率减少数据稀疏性和测序成本 | 仅展示了在外周血单核细胞样本中的应用,未提及对多种复杂组织的验证 | 开发一种超灵敏且经济的单细胞转录组过滤方法,用于稀缺转录本识别和下游分析 | 外周血单核细胞样本中的稀有树突状细胞群体 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,Constellation-Seq | NA | 单细胞转录组数据 | 外周血单核细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 572 | 2026-05-16 |
Input-output signal processing plasticity of vagal motor neurons in response to cardiac ischemic injury
2021-Mar-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102143
PMID:33665562
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示迷走神经背侧运动核神经元在心脏缺血损伤中的输入-输出信号处理可塑性 | 首次揭示稳态下DMV神经元可组织为可区分的输入-输出信号处理单元,并发现远程缺血预适应和慢性心脏缺血损伤诱导的神经元状态转变及其相关的调控microRNA变化 | 研究仅限于DMV神经元,且样本量可能有限,未能涵盖所有相关脑区或长期动态变化 | 探索DMV神经元的分子表型及其在心脏缺血损伤中的可塑性,为生物电子医学提供新靶点 | 数百个DMV神经元(稳态及生理扰动后) | 自然语言处理 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 数百个DMV神经元(稳态及生理扰动后) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 573 | 2026-05-16 |
Isolation of human ESC-derived cardiac derivatives and embryonic heart cells for population and single-cell RNA-seq analysis
2021-03-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100339
PMID:33644774
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protocol | 描述了一种结合人口和单细胞RNA测序分析,从人胚胎干细胞分化和发育组织中分离心脏衍生物和胚胎心脏细胞的方法 | 结合群体和单细胞RNA测序分析,利用hESC分化和发育组织建立器官特异性细胞和分子图谱 | NA | 建立人胚胎发生中器官特异性细胞和分子图谱 | 人胚胎干细胞分化的心脏衍生物和人类胚胎心脏细胞 | NA | NA | RNA-seq, Smart-seq2 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 群体RNA-seq | NA | NA |
| 574 | 2026-05-16 |
Spatiotemporal analysis of human intestinal development at single-cell resolution
2021-02-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.12.016
PMID:33406409
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,在单细胞分辨率下描绘人类肠道发育的时空图谱 | 首次在单细胞水平系统性地构建人类肠道发育的时空图谱,揭示肠道形成的动态过程及多种细胞类型的分化层次 | 研究仅基于胎儿组织样本,可能无法完全代表出生后肠道发育的完整过程 | 解析人类肠道发育过程中的细胞组成、基因表达动态和空间组织规律 | 人类胎儿肠道组织的发育阶段(不同时间点的样本) | 数字病理学 | 罕见肠道发育障碍 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | 未具体说明样本数量,涉及多个时间点的人类胎儿肠道组织 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium进行单细胞RNA测序,10x Visium进行空间转录组学分析 |
| 575 | 2026-05-16 |
Directed induction of alveolar type I cells derived from pluripotent stem cells via Wnt signaling inhibition
2021-02, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1002/stem.3302
PMID:33241896
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研究论文 | 通过Wnt信号抑制诱导多能干细胞来源的肺泡I型细胞分化 | 首次利用单细胞RNA测序鉴定出诱导多能干细胞来源的肺泡I型细胞,并证明XAV-939通过抑制经典Wnt信号通路促进其分化 | 未明确说明局限性(原文未提及) | 研究肺泡I型细胞的分化机制 | 人诱导多能干细胞来源的肺泡上皮细胞和胎儿肺成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确样本数量(涉及成纤维细胞依赖的肺泡类器官) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 576 | 2026-05-16 |
Neurological Manifestations of COVID-19 Feature T Cell Exhaustion and Dedifferentiated Monocytes in Cerebrospinal Fluid
2021-01-12, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2020.12.011
PMID:33382973
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研究论文 | 通过单细胞测序分析COVID-19神经系统并发症患者脑脊液中的免疫细胞图谱,发现去分化单核细胞和耗竭CD4 T细胞的特征性变化 | 首次在脑脊液水平揭示COVID-19神经系统并发症患者存在T细胞耗竭和单核细胞去分化现象,并系统性比较不同类型神经系统疾病的免疫特征差异 | 样本量较小(具体数量未说明),且未阐明脑脊液免疫改变与临床预后的直接因果关系 | 探究COVID-19患者神经系统并发症的免疫学发病机制 | COVID-19神经系统并发症患者(Neuro-COVID)、非炎症性神经系统疾病、自身免疫性神经系统疾病及病毒性脑炎患者 | 单细胞免疫学、神经系统疾病 | 神经系统疾病 | 单细胞测序 | NA | 脑脊液免疫细胞单细胞转录组数据 | 多组患者脑脊液样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞5'基因表达与免疫谱分析 |
| 577 | 2026-05-16 |
High levels of soluble CD25 in COVID-19 severity suggest a divergence between anti-viral and pro-inflammatory T-cell responses
2021, Clinical & translational immunology
IF:4.6Q2
DOI:10.1002/cti2.1251
PMID:33614032
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研究论文 | 本研究探讨COVID-19患者中可溶性CD25水平与疾病严重程度的关系,提示抗病毒与促炎T细胞反应之间的分歧 | 首次发现可溶性CD25是COVID-19严重程度的独立危险因素,并与病毒脱落时间正相关,揭示CD25+CD8+ T细胞扩增对促炎反应的贡献 | 基于单中心研究,小鼠模型与人类COVID-19的病理差异可能影响结论普适性,且未深入验证sCD25作为治疗靶点的可行性 | 解析COVID-19患者T细胞功能缺陷与过度激活并存现象背后的免疫机制 | COVID-19住院患者及淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)感染的小鼠模型 | 免疫学 | COVID-19 | 细胞因子检测、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 临床数据、小鼠模型实验数据、单细胞RNA测序数据 | 280例COVID-19住院患者及LCMV感染小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 支气管肺泡灌洗液(BALF)中免疫细胞的单细胞RNA测序 |
| 578 | 2026-05-16 |
Transcriptional profiling of pediatric cholestatic livers identifies three distinct macrophage populations
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0244743
PMID:33411796
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研究论文 | 对儿童胆汁淤积性肝脏进行转录组分析,识别出三种不同的巨噬细胞群体 | 首次对人类儿童胆汁淤积性肝脏进行单细胞RNA测序,识别出与健康肝脏巨噬细胞转录特征不同的三种巨噬细胞亚群 | 未完全确定这些巨噬细胞亚群在不同病因的胆汁淤积性肝病中的异同 | 进一步表征儿童胆汁淤积性肝病中巨噬细胞的转录谱 | 儿童胆汁淤积性肝病患者(胆道闭锁和Alagille综合征)的肝脏免疫细胞 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞荧光分选,免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 胆道闭锁患者6例,Alagille综合征患者6例 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 |
| 579 | 2026-05-15 |
Integrative multi-omics analysis identifies coronin 1C as a potential mediator linking circadian rhythm disruption to neuroimmune dysregulation in ischemic stroke
2026-Jul-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116732
PMID:42068898
|
研究论文 | 该研究通过整合多组学分析,发现冠状蛋白1C(CORO1C)是连接昼夜节律紊乱与缺血性卒中后神经免疫失调的潜在中介因子 | 首次利用机器学习构建昼夜节律紊乱评分模型,并结合单细胞转录组学和虚拟基因敲除分析,揭示CORO1C在昼夜节律紊乱驱动的神经免疫失调中的核心调控作用 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白水平和表观遗传学层面的验证;且动物模型及体外实验的临床转化意义需进一步评估 | 探讨昼夜节律紊乱是否通过免疫失衡促进缺血性卒中进展,并阐明其潜在的分子机制 | 人类缺血性卒中脑组织转录组数据、外周血单核细胞单细胞RNA测序数据、以及小鼠昼夜节律依赖的卒中模型 | 机器学习 | 缺血性卒中 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 基因敲除, AAV介导的基因干预 | 机器学习模型(如CRD评分模型), 虚拟基因敲除框架(scTenifoldKnk) | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 人类缺血性卒中脑组织样本(具体数量未提供)及小鼠卒中模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 580 | 2026-05-15 |
Ebselen's role in overcoming cisplatin resistance in colorectal Cancer via SQSTM1 ubiquitination modulation
2026-Jul-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116705
PMID:42085841
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研究论文 | 本研究通过体内外实验、单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示Ebselen通过调节SQSTM1泛素化逆转结直肠癌顺铂耐药的机制 | 首次阐明Ebselen通过抑制SQSTM1介导的RAD51蛋白酶体降解来逆转顺铂耐药,并结合单细胞和空间转录组学全面解析肿瘤微环境重塑 | 未提及 | 探究Ebselen逆转结直肠癌顺铂耐药的分子机制 | HCT116/DDP顺铂耐药结直肠癌细胞、人源化PBMC皮下CDX小鼠模型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫共沉淀,泛素化分析 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |