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当前共找到 37711 篇文献，本页显示第 5761 - 5780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5761 | 2025-12-16 |
Deciphering the Osteoimmune Landscape in Subtalar Arthrodesis: A Single-Cell RNA Sequencing Approach
2025-Dec, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70980
PMID:41381396
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了距下关节融合术患者中免疫细胞动态变化与骨愈合的关系 | 首次应用单细胞RNA测序技术系统性解析距下关节融合术后的骨免疫景观，揭示了单核细胞和NK细胞在骨愈合中的关键作用及功能差异 | 样本量相对较小，仅分析了术后3个月的时间点，未涵盖更长期的愈合过程 | 阐明距下关节融合术后骨愈合的免疫机制，并探索免疫调节对骨修复的潜在影响 | 接受距下关节融合术的患者外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确具体数量，但涉及早期愈合和延迟愈合两组患者的外周血单个核细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5762 | 2025-12-16 |
Loureirin B Accelerates Diabetic Wound Healing by Promoting TGFβ/Smad-Dependent Macrophage M2 Polarization: A Concerted Analytical Approach Through Single-Cell RNA Sequencing and Experimental Verification
2025-Dec, Phytotherapy research : PTR
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/ptr.8373
PMID:39532388
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和实验验证，揭示了龙血竭提取物龙血素B通过激活TGFβ/Smad信号通路促进巨噬细胞M2极化，从而加速糖尿病伤口愈合的机制 | 首次结合单细胞RNA测序技术与实验验证，系统阐明了龙血素B在糖尿病伤口愈合中通过TGFβ/Smad通路调控巨噬细胞极化的具体分子机制 | 研究主要在动物模型和体外实验中进行，尚未在人体临床试验中验证其疗效和机制 | 探究龙血素B促进糖尿病伤口愈合的分子机制和疗效 | 糖尿病伤口愈合过程中的巨噬细胞和成纤维细胞 | 单细胞组学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 糖尿病足溃疡组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5763 | 2025-12-16 |
Unveiling the role of the extracellular matrix in the osteosarcoma tumor microenvironment through integrated transcriptomics and experimental validation
2025-Dec, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-025-00970-0
PMID:41057667
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学分析和实验验证，揭示了细胞外基质（ECM）在骨肉瘤肿瘤微环境中的关键作用，并确定了COL5A2基因和C0成骨细胞簇作为重要的ECM相关标志物 | 首次通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，结合实验验证，系统性地揭示了COL5A2基因通过激活黏着斑通路和IGFBP3-TMEM219轴介导的细胞间通讯来驱动骨肉瘤增殖的新机制 | 研究主要基于公共数据库的数据和体外实验，缺乏体内动物模型的验证，并且ECM其他成分的作用有待进一步探索 | 阐明细胞外基质在骨肉瘤肿瘤微环境中的作用机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 骨肉瘤肿瘤微环境中的细胞外基质成分及相关细胞类型（如成骨细胞、内皮细胞） | 数字病理学 | 骨肉瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 生物信息学分析, Western blot, CCK-8, 集落形成实验 | 预后模型 | 转录组数据, 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 5764 | 2025-12-16 |
Uncovering senescent fibroblast heterogeneity connects DNA damage response to idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690792
PMID:41394576
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研究论文 | 本研究揭示了特发性肺纤维化（IPF）中衰老成纤维细胞的异质性，并连接DNA损伤反应与疾病机制 | 首次在人类原代肺成纤维细胞中展示了DNA损伤后衰老的微妙异质性，并开发了新的衰老相关基因集以识别疾病相关细胞 | 研究主要基于体外细胞模型，可能未完全反映体内复杂环境；样本量有限，需进一步验证 | 探索特发性肺纤维化中衰老成纤维细胞的异质性及其与DNA损伤反应的联系 | 健康供体和特发性肺纤维化患者的原代人类肺成纤维细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 基因表达数据 | 健康供体和IPF患者的原代肺成纤维细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5765 | 2025-12-16 |
High-resolution MRI Guided Whole Mouse Brain Cell Type Atlas using Deep Learning
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690475
PMID:41394590
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研究论文 | 本研究提出了一种深度学习框架，整合高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜数据，生成了小鼠全脑细胞类型图谱 | 首次将高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜结合，利用深度学习直接预测细胞类型，实现了10微米各向同性分辨率的全脑细胞图谱 | 研究依赖于特定成像技术的配准精度，且方法在其它物种或成像模式中的普适性尚未验证 | 开发高效高分辨率的脑细胞图谱生成方法，探索先进成像技术揭示大脑细胞机制的潜力 | 小鼠全脑 | 计算机视觉 | NA | 扩散MRI、三维光片显微镜、空间转录组学 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5766 | 2025-12-16 |
Evaluation of single-cell RNA profiling technologies using FFPE, fresh, and frozen ccRCC tumor specimens
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690485
PMID:41394662
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研究论文 | 本研究评估了三种10x单细胞RNA分析技术（新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex）在ccRCC活检样本中的应用，比较了它们在细胞类型识别和转录谱一致性方面的表现 | 首次在ccRCC肿瘤样本中系统比较了基于不同保存方式（FFPE、新鲜、冷冻）的单细胞RNA分析技术，特别是评估了新型FFPE兼容平台10x Genomics Flex的实用性 | 研究仅针对ccRCC一种肿瘤类型，且样本来源有限，可能无法完全代表其他肿瘤或组织类型 | 评估和比较不同单细胞RNA分析技术在人类肿瘤活检样本中的性能，为转化研究提供技术选择指导 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）活检样本，包括FFPE、新鲜和冷冻保存的标本 | 单细胞转录组学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | ccRCC活检样本（具体数量未明确说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单核Multiome, 单核Flex | 10x Chromium（推测）, 10x Flex | 10x单细胞RNA分析技术包括新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex（snFlex） |
| 5767 | 2025-11-29 |
Unveiling the temporal and spatial trajectories of early resistance formation during Hylocereus undatus senescence through single-cell transcriptomics
2025-Nov-27, Plant molecular biology
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s11103-025-01663-w
PMID:41310123
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5768 | 2025-12-16 |
Mapping spatial gradients in spatial transcriptomics data with score matching
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690257
PMID:41394758
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SLOPER的生成模型，用于从空间转录组学数据中学习空间梯度，以增强基因表达测量的空间一致性和特异性 | SLOPER采用基于分数的匹配方法，通过泊松模型建模mRNA转录本的空间分布，并利用新颖的扩散采样方法提升基因表达的空间连贯性 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种方法以准确学习空间转录组学数据中的空间梯度，并改进基因表达的空间模式分析 | 空间转录组学数据中的基因表达空间梯度 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 生成模型（SLOPER） | 空间转录组学数据（二维组织切片中的基因表达） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5769 | 2025-12-16 |
Gene regulatory network determinants of rapid recall in human memory CD4+ T cells
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.06.646912
PMID:41394561
|
研究论文 | 本文利用单核多组学测序技术，研究了人类记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控网络决定因素 | 通过整合单核RNA-seq和ATAC-seq数据，首次预测并验证了记忆相关转录因子（如MAF、PRDM1、RUNX2、SMAD3、KLF6）在调控快速回忆中的作用，并结合GWAS数据关联免疫介导疾病风险 | 研究主要基于体外实验和计算预测，体内功能验证有限，且样本来源和疾病关联性需进一步探索 | 揭示记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控机制及其在免疫介导疾病中的潜在作用 | 人类CD4+ T细胞亚群，特别是记忆T细胞 | 生物信息学 | 免疫介导疾病 | 单核多组学测序（snRNA-seq和snATAC-seq）、ChIP-seq、scRNA-seq、GWAS | 基因调控网络重建 | 单细胞多组学数据、基因组数据 | NA | NA | 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5770 | 2025-12-16 |
Deconvolution of Sparse-count RNA Sequencing Data for Tumor Cells Using Embedded Negative Binomial Distributions
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689822
PMID:41394660
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研究论文 | 本文开发了一种名为DeMixNB的半参考解卷积模型，用于从稀疏计数RNA测序数据中估计肿瘤细胞特异性转录本比例 | DeMixNB模型首次假设负二项分布之和来处理稀疏计数数据，如miRNA-seq和空间转录组学数据，解决了现有方法在准确性上的不足 | NA | 提高从混合批量样本中估计肿瘤特异性转录本比例的准确性，以揭示新的生物学机制 | 乳腺癌患者的miRNA-seq数据和肺癌的空间转录组学数据 | 生物信息学 | 乳腺癌, 肺癌 | miRNA-seq, 空间转录组学 | 半参考解卷积模型 | RNA测序数据 | 856名乳腺癌患者和3,755个肺癌空间点 | NA | miRNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5771 | 2025-12-16 |
CONCERT predicts niche-aware perturbation responses in spatial transcriptomics
2025-Nov-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.08.686890
PMID:41292874
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研究论文 | 本文提出了CONCERT模型，一种能够预测空间转录组学中扰动响应的生成模型 | 提出了首个能够同时考虑细胞内在状态和微环境传播效应的空间扰动预测模型，并形式化了三种预测任务 | 模型仅在Perturb-map肺部数据集和两种疾病模型上进行验证，需要更多组织类型验证 | 开发能够预测空间转录组学中遗传或化学扰动效应的计算方法 | 空间转录组学数据，特别是Perturb-map肺部数据集、结肠炎模型和缺血性中风模型 | 空间转录组学 | 肺部疾病、结肠炎、缺血性中风 | 空间转录组学 | 高斯过程变分自编码器 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5772 | 2025-12-16 |
Single-cell RNA sequencing of cerebrospinal fluid immune cells in relapsing-remitting multiple sclerosis: insights into cellular composition and immune dynamics
2025-Nov-19, Journal of neurology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00415-025-13505-2
PMID:41261231
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了复发缓解型多发性硬化症患者脑脊液中的免疫细胞，揭示了其细胞组成和免疫动态 | 首次在复发缓解型多发性硬化症中，通过单细胞RNA测序高分辨率解析脑脊液免疫细胞的转录组异质性、功能状态及细胞间相互作用网络 | 样本量相对较小，仅为探索性研究，需要更大队列的验证研究来确认结果 | 阐明复发缓解型多发性硬化症中脑脊液免疫细胞的异质性、转录调控及细胞间相互作用，以揭示疾病病理机制 | 复发缓解型多发性硬化症患者和匹配健康对照的脑脊液免疫细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 23,247个脑脊液细胞（初始捕获），经质控后9,528个高质量细胞（12,200个健康对照细胞，11,047个RRMS细胞） | Singleron | 单细胞RNA-seq | GEXSCOPE™ kit | GEXSCOPE™单细胞RNA测序试剂盒 |
| 5773 | 2025-12-16 |
Constructing a novel MPT-driven necrosis-associated gene set for predicting prognosis and immune status in skin cutaneous melanoma
2025-Nov-18, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-025-06370-z
PMID:41254408
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研究论文 | 本研究构建了一个基于线粒体通透性转换驱动的坏死相关基因集，用于预测皮肤黑色素瘤的预后和免疫状态 | 首次将线粒体通透性转换驱动的坏死相关基因与皮肤黑色素瘤的预后和免疫状态预测相结合，并识别出BIRC3作为T细胞功能障碍的潜在调节因子 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证，且样本量可能有限 | 开发一个可靠的预后模型，以预测皮肤黑色素瘤患者的生存结局和免疫状态 | 皮肤黑色素瘤患者及其相关基因表达数据 | 生物信息学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Cox回归分析、LASSO分析 | 基因特征模型（MPTDNRGS） | 基因表达数据 | TCGA-SKCM和GTEx数据集，以及GEO队列（GSE19234、GSE65904） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5774 | 2025-12-16 |
Colorectal cancer relies on an immunosuppressive cellular topography and genomic adaptations for establishing brain metastases
2025-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.14.688538
PMID:41292744
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析了51例结直肠癌脑转移瘤，揭示了肿瘤细胞在脑部适应和建立免疫抑制性肿瘤微环境的分子与细胞机制 | 首次通过空间转录组学系统描绘结直肠癌脑转移的细胞拓扑结构和基因组适应性，识别了成纤维细胞-巨噬细胞细胞邻域促进血管生成和免疫抑制的关键作用 | 样本量相对有限（51例），且部分为配对样本，可能影响统计功效；空间转录组学分辨率可能不足以捕捉所有细胞亚型细节 | 探究结直肠癌脑转移的分子和细胞机制，以改善预后和治疗策略 | 结直肠癌脑转移瘤患者样本（包括配对原发结肠肿瘤和放疗前后转移瘤） | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 51例结直肠癌脑转移瘤（部分有配对原发肿瘤和放疗前后样本） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5775 | 2025-12-16 |
Antibody feedback establishes an affinity brake in the germinal center
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688298
PMID:41292746
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研究论文 | 本研究通过mRNA-LNP递送膜结合免疫原，探讨了B细胞在生发中心中对不同亲和力抗原的响应机制 | 揭示了抗体反馈环路作为“刹车”机制，抑制高亲和力B细胞的进一步亲和力增强，并促进表位扩散 | 研究基于小鼠模型，可能无法完全反映人类免疫反应的复杂性 | 研究B细胞如何识别和响应mRNA疫苗展示的抗原格式，以及表位特异性竞争如何影响生发中心反应 | 使用具有定义亲和力的B细胞受体（BCRs）的敲入小鼠模型，针对HIV-1 Env保守表位 | 免疫学 | HIV感染 | mRNA-LNP递送、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5776 | 2025-12-16 |
Clustering of Omic Data Using Semi-Supervised Transfer Learning for Gaussian Mixture Models via Natural-Gradient Variational Inference: Method and Applications to Bulk and Single-Cell Transcriptomics
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688299
PMID:41292835
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研究论文 | 本文提出了一种名为Praxis-BGM的自然梯度变分推断框架，用于高斯混合模型，通过整合来自大规模参考数据的先验知识，实现半监督迁移学习，以改进组学数据的聚类分析 | 开发了一种结合自然梯度变分推断和半监督迁移学习的高斯混合模型框架，能够利用带标签的大规模参考数据来提升小样本高维组学数据的聚类稳定性和准确性 | 当先验知识与目标数据部分不匹配时，模型性能可能受到影响，且方法依赖于参考数据的质量和标签准确性 | 解决小样本高维组学数据在基于模型的聚类方法（如高斯混合模型）中面临的模型不稳定和泛化能力差的问题 | 高通量组学数据，特别是转录组数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq, 批量转录组测序 | 高斯混合模型, 变分推断 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 5777 | 2025-12-16 |
Denoising image-based spatial transcriptomics data with DenoIST
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688387
PMID:41292857
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研究论文 | 本文提出了一种名为DenoIST的计算工具，用于去除图像空间转录组数据中因细胞分割不完美导致的转录本污染 | 开发了首个专门针对图像空间转录组数据污染的降噪工具，采用泊松混合模型显式建模局部邻域污染 | 未明确说明方法在极低信噪比或高度异质性组织中的性能 | 提升图像空间转录组数据的生物学可解释性和分析鲁棒性 | 图像空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 图像空间转录组技术 | 泊松混合模型 | 空间转录组图像数据 | 多个不同细胞密度的真实IST数据集 | NA | 图像空间转录组 | NA | NA |
| 5778 | 2025-12-16 |
Cell-type-resolved NRXN1 isoforms across human brain tissues and hiPSC organoids
2025-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.11.687875
PMID:41293024
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、靶向富集和长读长测序技术，揭示了人类大脑组织和hiPSC类器官中NRXN1基因的细胞类型特异性剪接异构体图谱 | 开发了一种结合单细胞转录组学、靶向富集和长读长测序的综合测序策略，以克服NRXN1在成人大脑和hiPSC衍生神经元中表达水平较低的问题，从而全面捕获其异构体多样性 | 研究可能受限于样本数量或特定脑区域的覆盖范围，且hiPSC类器官模型中的剪接模式仅部分模拟了发育和成熟大脑的模式 | 解析NRXN1基因在不同人类大脑细胞类型中的剪接景观，并探索其在神经精神疾病中的作用 | 成人及胎儿人类尸检大脑组织、hiPSC衍生的皮质类器官，以及自闭症和精神病患者的相关样本 | 单细胞组学 | 神经精神疾病 | 单细胞Iso-seq RNA测序、靶向富集、长读长测序 | NA | RNA测序数据 | 成人及胎儿人类大脑组织、hiPSC衍生的皮质类器官样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 长读长测序 | NA | NA |
| 5779 | 2025-12-16 |
PHD-MS: Multiscale Domain Identification for Spatial Transcriptomics via Persistent Homology
2025-Nov-11, ArXiv
PMID:41293536
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研究论文 | 本文提出了一种基于持续同调的多尺度空间域识别方法PHD-MS，用于分析空间转录组数据中的多层次组织结构 | 首次将拓扑数据分析（TDA）中的持续同调方法应用于空间转录组学，能够识别跨越多个形态尺度的组织结构 | 未明确说明方法在复杂组织类型或低质量数据中的鲁棒性限制 | 开发能够识别多尺度空间域的空间转录组数据分析方法 | 空间转录组数据中的基因表达空间模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 持续同调（拓扑数据分析） | 空间基因表达数据 | 多种组织类型（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | 多种空间转录组技术（具体技术未明确说明） |
| 5780 | 2025-12-16 |
A human forebrain organoid model phenocopies dysregulated RNA and protein homeostasis in ALS/FTD-associated TDP-43 proteinopathies
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.09.687455
PMID:41292965
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研究论文 | 本研究建立了一种携带ALS相关TDP-43 K181E突变的人源诱导多能干细胞衍生前脑类器官模型，该模型能自发重现TDP-43蛋白病的关键病理特征 | 开发了一种无需外部应激或TDP-43过表达即可自发表现TDP-43病理的人源前脑类器官模型，首次在类器官中重现了ALS/FTD相关的RNA和蛋白质稳态失调 | 模型基于单一TDP-43突变（K181E），可能无法完全代表所有ALS/FTD亚型的病理多样性；类器官系统仍缺乏体内微环境的复杂性 | 建立能自发模拟ALS/FTD相关TDP-43蛋白病的人类实验模型，以解析TDP-43介导的神经变性机制并推动治疗发现 | 携带TDP-43 K181E突变的iPSC衍生前脑3D类器官 | 神经科学 | 肌萎缩侧索硬化症/额颞叶痴呆 | 单细胞RNA测序, eCLIP, 免疫染色, RT-PCR, 生化分析 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据, RNA结合数据, 蛋白质数据 | 未明确指定样本数量，但使用携带TDP-43 K181E突变的iPSC衍生的前脑类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |