单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5761	2024-12-19	Supervised Screening of EGFR Inhibitors Validated through Computational Structural Biology Approaches 2024-Dec-12, ACS medicinal chemistry letters IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acsmedchemlett.4c00385 PMID:39691517	研究论文	本研究整合多组学数据，利用机器学习方法筛选EGFR抑制剂，并通过计算结构生物学方法验证其有效性	本研究创新性地结合了多组学数据和机器学习方法，筛选出具有潜在抗乳腺癌活性的EGFR抑制剂，并通过计算结构生物学方法验证其分子相互作用和构象动力学	本研究主要基于细胞系数据和计算模型，尚未进行体内实验验证	筛选和验证针对乳腺癌中EGFR过表达的有效治疗化合物	乳腺癌细胞系中的EGFR抑制剂	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序	支持向量机、人工神经网络、随机森林	多组学数据	使用了来自Cancer Cell Line Encyclopedia和Genomics of Drug Sensitivity in Cancer数据库的乳腺癌细胞系数据
5762	2024-12-19	Association of circulating cytokine levels and tissue-infiltrating myeloid cells with achalasia: results from Mendelian randomization and validation through clinical characteristics and single-cell RNA sequencing 2024-12, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-024-02155-2 PMID:39377966	研究论文	本文研究了食管失弛缓症与循环细胞因子水平及组织浸润髓系细胞之间的关系，通过孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序验证了潜在机制	首次通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序结合的方法，揭示了食管失弛缓症中特定细胞因子和髓系细胞的作用机制	研究样本量较小，且仅基于FinnGen数据库的数据，可能存在地域和人群的局限性	探讨食管失弛缓症的免疫失调机制，并寻找潜在的治疗靶点	循环细胞因子水平、组织浸润髓系细胞、食管失弛缓症患者	NA	食管失弛缓症	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、酶联免疫吸附测定	NA	基因组数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据	47种细胞因子的cis-eQTLs/pQTLs数据，以及来自FinnGen的食管失弛缓症GWAS数据
5763	2024-12-19	Gastric Cancer Actively Remodels Mechanical Microenvironment to Promote Chemotherapy Resistance via MSCs-Mediated Mitochondrial Transfer 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404994 PMID:39392399	研究论文	本文研究了胃癌通过间充质基质细胞介导的线粒体转移重塑机械微环境以促进化疗耐药的机制	首次揭示了胃癌细胞通过间充质基质细胞介导的线粒体转移，利用细胞外基质的机械信号促进化疗耐药的机制	研究仅限于体外实验和部分患者的样本分析，需要进一步的临床验证	探讨胃癌对奥沙利铂耐药的机制，并寻找可能的干预策略	胃癌患者的肿瘤组织和间充质基质细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	组织	部分奥沙利铂耐药的胃癌患者
5764	2024-12-19	Statistical inference with a manifold-constrained RNA velocity model uncovers cell cycle speed modulations 2024-Dec, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02471-8 PMID:39482463	研究论文	本文提出了一种结合速度场和流形估计的贝叶斯RNA速度模型，用于研究细胞周期中的基因调控动态	引入了一种新的贝叶斯模型，将速度场和流形估计结合在一个统一的框架中，提供了统计控制，并识别了显式动力系统的参数	NA	解决现有RNA速度算法缺乏统计控制和动态一致性的问题，并研究细胞周期中的基因调控动态	细胞周期中的基因表达动态	单细胞RNA测序	NA	RNA速度分析	贝叶斯模型	基因表达数据	NA
5765	2024-12-19	Molecular Lineages and Spatial Distributions of Subplate Neurons in the Human Fetal Cerebral Cortex 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407137 PMID:39495628	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了人类胎儿大脑皮层中子板神经元（SPNs）的分子谱系和空间分布	首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了人类胎儿大脑皮层中子板神经元的分子起源和发育谱系	研究仅涵盖了妊娠10至25周的胎儿大脑皮层，未涉及更早或更晚的发育阶段	揭示人类胎儿大脑皮层中子板神经元的分子起源和发育谱系	人类胎儿大脑皮层中的子板神经元（SPNs）	NA	NA	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	妊娠10至25周的人类胎儿大脑皮层样本
5766	2024-11-07	Mapping out multiple sclerosis with spatial transcriptomics 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01798-x PMID:39501034	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5767	2024-12-19	IL1RAP Blockade With a Monoclonal Antibody Reduces Cardiac Inflammation and Preserves Heart Function in Viral and Autoimmune Myocarditis 2024-Dec, Circulation. Heart failure DOI:10.1161/CIRCHEARTFAILURE.124.011729 PMID:39513273	研究论文	本文研究了通过单克隆抗体阻断IL1RAP（IL-1受体辅助蛋白）在病毒性和自身免疫性心肌炎中的治疗效果	本文首次提出通过阻断IL1RAP来治疗心肌炎，相较于单独阻断IL-1，这种方法更为高效	本文的研究仅在BALB/c小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其疗效	探索IL1RAP阻断在病毒性和自身免疫性心肌炎中的治疗潜力	BALB/c小鼠模型中的病毒性和自身免疫性心肌炎	NA	心血管疾病	空间转录组学（Visium 10× Genomics）	NA	基因表达数据	每组10-11只BALB/c小鼠
5768	2024-12-19	Ionizing radiation inhibits zebrafish embryo hatching through induction of tissue inhibitors of metalloproteinases (TIMPs) expression 2024-Dec, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.17318 PMID:39547957	研究论文	研究探讨了电离辐射对斑马鱼胚胎孵化过程中组织金属蛋白酶抑制剂（TIMPs）表达的影响	首次揭示了电离辐射通过诱导TIMPs表达抑制斑马鱼胚胎孵化的分子机制	研究仅在斑马鱼胚胎中进行了实验，未涉及其他物种	探究电离辐射对水生生物和人类发育的生物学影响	斑马鱼胚胎及其孵化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	暴露于5 Gy电离辐射的斑马鱼胚胎
5769	2024-12-19	Probe set selection for targeted spatial transcriptomics 2024-Dec, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02496-z PMID:39558096	研究论文	本文介绍了一种名为Spapros的端到端探针集选择管道，用于优化基因集的特异性和细胞内表达变异，以解析空间上不同的细胞群体	Spapros能够优化基因集的特异性和细胞内表达变异，从而在细胞类型识别和表达变异恢复方面优于其他选择方法	NA	开发一种新的方法来选择用于空间转录组学的最佳探针集，以捕捉组织中的空间信号	探针集选择方法及其在空间转录组学中的应用	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	成年肺组织样本
5770	2024-12-19	Meta-analysis of single-cell RNA sequencing co-expression in human neural organoids reveals their high variability in recapitulating primary tissue 2024-Dec, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002912 PMID:39621752	meta-analysis	本文通过单细胞RNA测序数据的meta分析，研究了人类神经类器官在重现胎儿/初级组织生物学方面的变异性和复现性	提出了一个保留共表达框架，为不同神经类器官提供细胞类型特异性的保真度测量，有助于揭示异质性神经类器官实验中的统一变异轴	未明确指出具体的局限性	研究人类神经类器官在重现胎儿/初级组织生物学方面的精确性	人类初级脑组织和神经类器官的单细胞RNA测序数据	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	初级脑组织包含295万细胞，51个数据集；神经类器官包含159万细胞，173个数据集
5771	2024-12-19	Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Pathological Processes and Crucial Targets for Vascular Endothelial Injury in Diabetic Hearts 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405543 PMID:39475009	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了糖尿病心脏中血管内皮损伤的病理过程和关键靶点	首次通过单细胞测序技术揭示了糖尿病心脏中血管内皮细胞损伤的异质性和关键转录因子Ets1的保护作用	研究仅在db/db糖尿病小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证	揭示糖尿病心脏中血管内皮损伤的机制及其异质性	糖尿病心脏中的血管内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	db/db糖尿病小鼠心脏组织样本
5772	2024-12-19	AIP1 Regulates Ocular Angiogenesis Via NLRP12-ASC-Caspase-8 Inflammasome-Mediated Endothelial Pyroptosis 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405834 PMID:39527457	研究论文	本研究揭示了AIP1通过NLRP12-ASC-Caspase-8炎症小体介导的血管内皮细胞焦亡调控病理性眼血管生成的机制	首次发现AIP1通过抑制NLRP12-ASC-Caspase-8炎症小体介导的血管内皮细胞焦亡来抑制病理性眼血管生成	研究仅在氧诱导的视网膜病变模型中进行，需进一步验证在其他眼血管疾病中的适用性	探讨炎症在病理性眼血管生成中的调控机制	血管内皮细胞和病理性眼血管生成	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5773	2024-12-19	Spatiotemporal Molecular Architecture of Lineage Allocation and Cellular Organization in Tooth Morphogenesis 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403627 PMID:39535354	研究论文	本文描述了牙齿形态发生中谱系分配和细胞组织的时空分子结构，通过整合空间转录组和单细胞RNA测序构建了高分辨率的基因组范围分子模式	发现了牙乳头类似发芽的图案模式，揭示了牙结节在时间和空间上的连续分化层次，建立了指导牙齿形态发生的调控网络，并成功追踪了导致牙齿发育不良的基因到特定的时间点和细胞类型	NA	研究牙齿形态发生中的时空组织	牙齿形态发生中的谱系分配和细胞组织	NA	NA	空间转录组和单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
5774	2024-12-19	A composite scaling network of EfficientNet for improving spatial domain identification performance 2024-11-25, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07286-z PMID:39587274	研究论文	本研究提出了一种基于EfficientNet复合缩放网络的EfNST方法，用于提高空间转录组学中空间域识别的性能	EfNST方法利用EfficientNet学习多尺度图像特征，相比其他算法在多个数据集上表现出更高的精度和更强的数据扩展性和操作效率	NA	提高空间转录组学中空间域识别的精确性	空间转录组学中的图像数据和基因表达数据	计算机视觉	NA	EfficientNet	EfficientNet	图像	六个数据集来自三个测序平台
5775	2024-12-19	Single-Cell Analysis: A Method for In-Depth Phenotyping of Cells Involved in Asthma 2024-Nov-25, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312633 PMID:39684345	研究论文	本文探讨了单细胞分析技术在哮喘相关细胞表型研究中的应用	利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）深入研究哮喘的病理机制，并发现了多种新的免疫细胞亚型和集群	仍存在一些局限性，需要在未来研究中进一步完善	深入了解哮喘的病理机制及其相关免疫细胞的功能	哮喘相关的免疫细胞，包括树突状细胞、嗜酸性粒细胞、固有淋巴细胞、淋巴细胞、肥大细胞和中性粒细胞	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
5776	2024-12-19	A novel computational model ITHCS for enhanced prognostic risk stratification in ESCC by correcting for intratumor heterogeneity 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae631 PMID:39690882	研究论文	本文开发了一种名为ITHCS的计算模型，通过校正肿瘤内异质性来提高食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后风险分层准确性	本文的创新点在于结合多区域bulk和单细胞RNA测序数据，识别出在不同肿瘤区域表达模式一致但在患者间差异显著的基因，并利用多种机器学习算法进行特征选择和模型构建，显著提高了预后模型的准确性和泛化能力	NA	提高食管鳞状细胞癌（ESCC）预后风险分层的准确性	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者的预后风险	数字病理学	食管癌	RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	NA
5777	2024-12-19	Matrisomics: Beyond the extracellular matrix for unveiling tumor microenvironment 2024-Nov, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189178 PMID:39241895	研究论文	本文探讨了肿瘤微环境中基质组（matrisome）的多样性模式，并分析了其在癌症进展中的作用	本文整合了多种组学方法（如表观基因组学、基因组学、转录组学和蛋白质组学）以及新兴的测序技术（如单细胞RNA测序和空间转录组学），揭示了基质组基因在不同癌症类型中的表达模式	本文尚未完全阐明基质组基因的具体机制及其在临床应用中的作用	揭示基质组在肿瘤微环境中的作用及其在癌症治疗中的临床意义	基质组基因在不同癌症类型中的表达模式及其在癌症进展中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
5778	2024-12-19	Catalytic activity of Setd2 is essential for embryonic development in mice: establishment of a mouse model harboring patient-derived Setd2 mutation 2024-Oct, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1095-1 PMID:39115793	研究论文	本文研究了Setd2的催化活性对小鼠胚胎发育的重要性，并建立了一个携带患者来源Setd2突变的小鼠模型	首次建立了携带患者来源催化失活Setd2突变的小鼠模型，揭示了Setd2催化活性对小鼠胚胎发育的必要性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类疾病的具体机制	探讨Setd2催化活性在小鼠胚胎发育中的作用	Setd2基因及其催化活性在小鼠胚胎发育中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Setd2和Setd2-CD小鼠模型
5779	2024-12-19	A graph self-supervised residual learning framework for domain identification and data integration of spatial transcriptomics 2024-09-12, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06814-1 PMID:39266614	研究论文	本文提出了一种基于图神经网络和边际差异差异理论的图自监督残差学习框架ResST，用于空间转录组数据的域识别和数据整合	ResST通过整合基因表达、生物效应、空间位置和形态信息，捕捉细胞与其周围细胞之间的非线性关系，用于空间域识别，并基于MDD理论整合多个ST数据集以校正批次效应	NA	开发一种新的方法来准确识别空间转录组数据中的空间一致性域，并有效整合多样本数据	空间转录组数据中的基因表达模式和组织微环境	数字病理学	NA	图神经网络	图神经网络	基因表达数据	10个使用不同技术获取的空间转录组数据集
5780	2024-12-19	SpatialCTD: A Large-Scale Tumor Microenvironment Spatial Transcriptomic Dataset to Evaluate Cell Type Deconvolution for Immuno-Oncology 2024-09, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0532 PMID:39117342	研究论文	本文介绍了一个大规模的肿瘤微环境空间转录组数据集SpatialCTD，用于评估免疫肿瘤学中的细胞类型反卷积方法	提出了一个大规模的SpatialCTD数据集，涵盖了人类肿瘤微环境中的1.8百万个细胞和12,900个伪斑点，并提出了一种基于图神经网络的反卷积方法GNNDeconvolver	现有的细胞类型反卷积基准数据集主要是基于模拟或规模有限，且主要涵盖小鼠数据，不适用于人类免疫肿瘤学	克服现有数据集的局限性，促进对人类免疫肿瘤学中细胞类型反卷积的全面研究	人类肿瘤微环境中的细胞类型反卷积	数字病理学	NA	空间转录组学	图神经网络	转录组数据	1.8百万个细胞和12,900个伪斑点