单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5741	2025-01-07	Spatial Transcriptomics: Biotechnologies, Computational Tools, and Neuroscience Applications 2025-Jan-06, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401107 PMID:39760243	综述	本文综述了空间转录组学（ST）技术的进展、计算工具及其在神经科学中的关键应用	空间转录组学提供了前所未有的基因表达空间组织洞察，特别是在神经科学领域的应用	挑战包括提升测序技术和开发更强大的计算工具	阐明空间转录组学技术的进展及其在神经科学中的应用	空间转录组学技术及其在神经科学中的应用	分子生物学	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病）和神经精神疾病（如精神分裂症）	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
5742	2025-01-07	Single-cell RNA-sequencing and genome-wide Mendelian randomisation along with abundant machine learning methods identify a novel B cells signature in gastric cancer 2025-Jan-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01759-1 PMID:39760915	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和全基因组孟德尔随机化结合多种机器学习方法，识别出胃癌中的一种新型B细胞特征	结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和机器学习方法，识别出胃癌中的新型B细胞特征，并发现NFKBIE作为潜在的生物标志物和治疗靶点	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏差	识别胃癌中的新型B细胞特征，并探索其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	胃癌患者的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、孟德尔随机化、机器学习	机器学习集成方法	RNA测序数据	从GEO数据库获取的单细胞RNA测序数据集
5743	2025-01-07	Connecting genomic results for psychiatric disorders to human brain cell types and regions reveals convergence with functional connectivity 2025-Jan-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55611-1 PMID:39755698	研究论文	本文通过整合全基因组关联研究的基因组见解与成人人类大脑的单细胞转录组图谱，优先考虑了与精神分裂症、双相情感障碍和重度抑郁症以及智力、教育和神经质显著相关的特定神经元集群	本研究创新性地将基因组数据与单细胞转录组数据结合，揭示了精神分裂症遗传风险的全脑影响，并通过功能性MRI连接进一步确认了关键脑区的重要性	研究主要依赖于基因组和转录组数据的整合，可能忽略了环境和其他非遗传因素的影响	研究旨在识别与精神疾病和大脑特征相关的关键细胞类型和脑区，以促进有针对性的神经生物学研究	精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症、智力、教育和神经质	神经科学	精神疾病	全基因组关联研究（GWAS）、单细胞转录组分析、功能性MRI	NA	基因组数据、转录组数据、脑成像数据	NA
5744	2025-01-07	Insulin signaling regulates R2 retrotransposon expression to orchestrate transgenerational rDNA copy number maintenance 2025-Jan-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55725-6 PMID:39755735	研究论文	本文研究了胰岛素信号如何通过调控R2反转录转座子的表达来协调跨代rDNA拷贝数的维持	首次发现胰岛素受体（InR）是R2表达的主要抑制因子，揭示了胰岛素通路在rDNA拷贝数维持中的新机制	研究主要基于果蝇模型，尚未在更高等生物中验证	探究胰岛素信号在rDNA拷贝数维持中的作用机制	果蝇（Drosophila melanogaster）的雄性生殖干细胞（GSCs）	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
5745	2025-01-07	Optimized methods for scRNA-seq and snRNA-seq of skeletal muscle stored in nucleic acid stabilizing preservative 2025-Jan-04, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07445-2 PMID:39755918	研究论文	本文开发了一种从保存在Allprotect®组织试剂中的人类骨骼肌中获取高质量细胞和细胞核的协议，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	开发了一种从存档组织中获取高质量单细胞基因组材料的新协议，解决了国际多中心研究和存档组织研究中新鲜起始材料的障碍	流式细胞仪分选虽然成功富集了更高质量的细胞和细胞核，但导致输入材料总体减少	优化从存档骨骼肌组织中获取高质量单细胞和单核RNA测序材料的方法	人类骨骼肌组织	单细胞测序	NA	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
5746	2025-01-07	The molecular mechanism of gemcitabine in inhibiting the HIF-1α/VEGFB/FGF2/FGFR1 signaling pathway for ovarian cancer treatment 2025-Jan-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01723-5 PMID:39752011	研究论文	本研究通过分析卵巢癌单细胞RNA测序数据和吉西他滨治疗后的转录组数据，揭示了缺氧诱导因子1α（HIF-1α）在调节治疗过程中的关键作用	揭示了HIF-1α在吉西他滨治疗卵巢癌中的分子机制，特别是其通过调节VEGF-B表达抑制FGF2/FGFR1信号通路的角色	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索吉西他滨治疗卵巢癌的分子机制	卵巢癌细胞	分子生物学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转录组分析	NA	RNA测序数据，转录组数据	NA
5747	2025-01-07	Deeper response predicts better outcomes in high-risk-smoldering-myeloma: results of the I-PRISM phase II clinical trial 2025-Jan-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55308-5 PMID:39753553	研究论文	本文报道了I-PRISM II期临床试验的结果，评估了ixazomib、lenalidomide和dexamethasone在55名高风险冒烟型多发性骨髓瘤（HR-SMM）患者中的疗效	首次评估了生化进展或反应深度是否预测长期结果，并发现深度反应显著改善了进展时间	单臂试验设计，缺乏对照组	评估早期治疗干预在HR-SMM中的长期效果	55名HR-SMM患者	NA	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	临床数据	55名患者
5748	2025-01-07	Machine learning based identification of an amino acid metabolism related signature for predicting prognosis and immune microenvironment in pancreatic cancer 2025-Jan-03, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-13374-4 PMID:39754071	研究论文	本研究通过整合10种机器学习算法，识别出与胰腺癌预后和免疫微环境相关的氨基酸代谢特征，并验证了其在不同队列中的有效性	结合10种机器学习方法，首次识别出基于4个基因的氨基酸代谢特征，并揭示了其与胰腺癌预后、免疫微环境及治疗反应的关联	研究依赖于机器学习算法的组合，可能存在模型选择和参数优化的局限性	探索氨基酸代谢特征在胰腺癌预后和免疫微环境中的作用	胰腺癌患者	机器学习	胰腺癌	机器学习算法、GSEA、TMB分析、药物敏感性分析、CIBERSORT、ssGSEA、单细胞转录组学、qPCR、免疫组化	多种机器学习算法组合	基因表达数据、单细胞转录组数据、临床数据	内部和外部队列的胰腺癌患者样本
5749	2025-01-07	Potential role of P4HB in the tumor microenvironment and its clinical prognostic value: a comprehensive pan-cancer analysis and experimental validation with a focus on KIRC 2025-Jan-03, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03575-z PMID:39754183	研究论文	本文通过全面的泛癌分析和实验验证，探讨了P4HB在肿瘤微环境中的潜在作用及其在肾透明细胞癌（KIRC）中的临床预后价值	首次全面分析了P4HB在泛癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系，并通过实验验证了P4HB在肾透明细胞癌中的致癌作用	研究主要基于TCGA和HPA数据库，实验验证仅限于肾透明细胞癌细胞，未涉及其他癌症类型	探讨P4HB在肿瘤微环境中的作用及其在肾透明细胞癌中的临床预后价值	泛癌数据及肾透明细胞癌细胞	数字病理学	肾癌	单细胞测序、免疫细胞浸润分析、集落形成实验、伤口愈合实验	NA	RNA和蛋白质表达数据	TCGA数据库中的泛癌数据及肾透明细胞癌细胞
5750	2025-01-07	Loss of PI5P4Kα Slows the Progression of a Pten Mutant Basal Cell Model of Prostate Cancer 2025-01-02, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0290 PMID:39382632	研究论文	本文研究了代谢酶PI5P4Kα在前列腺癌进展中的作用，特别是在基底细胞中的特异性影响	开发了一种基底细胞特异性的基因工程小鼠模型，结合单细胞RNA测序技术，揭示了PI5P4Kα在PTEN突变前列腺癌中的潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨PI5P4Kα在前列腺癌进展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	基底细胞特异性基因工程小鼠模型和LNCaP前列腺癌细胞	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型	RNA测序数据	基因工程小鼠模型和LNCaP前列腺癌细胞
5751	2025-01-07	The Kidney Precision Medicine Project and Single-Cell Biology of the Injured Proximal Tubule 2025-Jan, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.09.006 PMID:39332674	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在健康和疾病状态下近端小管亚型理解中的主要进展，并介绍了肾脏精准医学项目的scRNA-seq图谱中定义的主要细胞状态	通过整合肾脏精准医学项目与其他重要研究的scRNA-seq数据，明确了近端小管细胞在损伤和再生过程中的关键转录组标记	不同研究可能使用不同的命名法或聚类分辨率来定义细胞状态亚型，可能导致数据整合和比较的复杂性	理解近端小管细胞在损伤和再生过程中的关键转录组标记	近端小管细胞	精准医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
5752	2025-01-07	Aspiration of acidified milk induces milk allergy by activating alveolar macrophages in mice 2025-Jan, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2024.08.001 PMID:39209584	研究论文	本研究通过开发一种新型小鼠模型，探讨了胃食管反流（GER）在牛奶过敏（CMA）发展中的潜在致病机制，并阐明了肺部先天免疫与CMA之间的免疫学联系	开发了一种利用天然抗原并遵循生理性气道致敏途径的新型小鼠模型，命名为酸化牛奶吸入诱导过敏模型，该模型可能更接近临床场景	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨胃食管反流在牛奶过敏发展中的作用及其免疫学机制	小鼠	免疫学	牛奶过敏	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
5753	2025-01-07	TPD52 as a Therapeutic Target Identified by Machine Learning Shapes the Immune Microenvironment in Breast Cancer 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70333 PMID:39757112	研究论文	本研究利用机器学习方法探讨了肿瘤蛋白D52（TPD52）在乳腺癌中作为关键免疫调节因子的作用	通过机器学习方法识别TPD52作为乳腺癌免疫微环境的关键调节因子，并结合单细胞RNA测序和体外验证进行研究	未提及具体样本量，可能限制了结果的普适性	探讨TPD52在乳腺癌免疫微环境中的作用及其作为治疗靶点的潜力	乳腺癌及其免疫微环境	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
5754	2025-01-07	Linking transcriptome and morphology in bone cells at cellular resolution with generative AI 2024-Dec-31, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjae151 PMID:39303095	研究论文	本文探讨了生成式AI在骨细胞研究中的应用，特别是在转录组和形态学数据的整合分析方面	利用生成式AI模型在细胞水平上揭示骨细胞的复杂生物学过程，并预测细胞分化动态、分子与形态特征的关联以及细胞对扰动的响应	骨单细胞数据集中的技术偏差、重要骨细胞类型的缺乏以及空间信息的不足	探索生成式AI在骨细胞研究中的潜力，特别是在转录组和形态学数据的整合分析方面	骨细胞	计算机视觉	NA	单细胞测序、空间转录组学	生成式AI	组织学图像、单细胞分子数据、空间转录组数据	NA
5755	2025-01-07	Prognostic model based on M2 macrophage-related signatures for predicting outcomes, enhancing risk stratification, and providing therapeutic insights in diffuse large B-cell lymphoma 2024-Dec-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e41007 PMID:39759325	研究论文	本研究提出了一种基于M2巨噬细胞相关基因的预测模型，用于对新诊断的弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者进行风险分层、预后预测和免疫特征评估	利用M2巨噬细胞相关基因构建预测模型，提供新的治疗选择和风险分层方法	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	开发一种预测模型，用于DLBCL患者的风险分层和预后预测	新诊断的DLBCL患者	数字病理学	淋巴瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	Cox回归, LASSO回归	基因表达数据, 临床信息	来自TCGA和GEO数据库的DLBCL患者数据
5756	2025-01-07	The network structural entropy for single-cell RNA sequencing data during skin aging 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae698 PMID:39757115	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析皮肤老化过程中的基因网络，引入网络结构熵来量化老化过程中基因网络的复杂性	引入网络结构熵来量化老化过程中基因网络的复杂性，并发现老化细胞中的整体网络结构熵增加	未提及具体局限性	理解老化过程中细胞功能变化的分子机制	单细胞RNA测序数据中的基因网络	生物信息学	老年疾病	单细胞RNA测序	随机游走模型	基因表达数据	超过15,000个细胞
5757	2025-01-07	Single-cell RNA sequencing reveals the changes of the pulmonary immune environment in rat after Siegesbeckia orientalis L. treatment 2024-Nov, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2024.101035 PMID:39759974	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了东方泽兰治疗后大鼠肺部免疫环境的变化	使用单细胞RNA测序技术详细分析东方泽兰治疗对大鼠肺部免疫环境的影响	NA	研究东方泽兰治疗对大鼠肺部免疫环境的影响	大鼠肺部免疫环境	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
5758	2025-01-07	Single-cell and spatial transcriptomics analysis of non-small cell lung cancer 2024-May-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48700-8 PMID:38782901	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学分析，探讨了非小细胞肺癌中的肿瘤生态系统，特别是髓系细胞的作用	揭示了肿瘤中抗炎性巨噬细胞与NK细胞/T细胞之间的反向关系，以及巨噬细胞在肿瘤中的转录重编程现象	样本量相对较小，仅包括25名未接受治疗的患者	研究非小细胞肺癌肿瘤生态系统中的免疫细胞类型及其作用	25名未接受治疗的腺癌和鳞状细胞癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	单细胞数据, 空间转录组数据	约900,000个细胞，来自25名患者
5759	2025-01-07	MUSTANG: Multi-sample spatial transcriptomics data analysis with cross-sample transcriptional similarity guidance 2024-May-10, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.100986 PMID:38800365	研究论文	本文介绍了一种名为MUSTANG的空间转录组数据分析框架，能够通过跨样本表达相似性信息共享和样本内基因表达模式的空间相关性进行多样本空间转录组数据的细胞去卷积	MUSTANG框架创新性地结合了跨样本表达相似性信息共享和样本内基因表达模式的空间相关性，提升了多样本空间转录组数据的分析能力	NA	开发一种能够有效分析多样本空间转录组数据的框架，以揭示组织样本细胞特征中的生物学见解	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	一个半合成空间转录组数据集和三个真实世界空间转录组数据集
5760	2025-01-07	DeepDecon accurately estimates cancer cell fractions in bulk RNA-seq data 2024-May-10, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.100969 PMID:38800361	研究论文	本文介绍了DeepDecon，一种利用单细胞基因表达信息准确预测大块组织中癌细胞比例的深度神经网络模型	DeepDecon通过迭代估计癌细胞比例的策略，提高了大块RNA-seq数据中细胞组成分解的准确性	NA	研究目的是提高大块RNA-seq数据中癌细胞比例的估计准确性	大块RNA-seq数据中的癌细胞比例	机器学习	癌症	RNA-seq	深度神经网络	RNA-seq数据	模拟和真实癌症数据