单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 5741 - 5760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 5741 | 2025-10-06 |
Protocol for preparing formalin-fixed paraffin-embedded musculoskeletal tissue samples from mice for spatial transcriptomics
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102986
PMID:38555590
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研究论文 | 本文提供了一种用于小鼠骨组织和多组织肌肉骨骼FFPE样本的空间转录组学实验方案 | 开发了专门针对矿化组织脱钙的FFPE样本空间转录组学完整流程 | 实验周期较长（约18天），其中超过50%时间用于矿化组织脱钙 | 建立肌肉骨骼FFPE样本的空间转录组学标准化实验流程 | 小鼠股骨及相邻肌肉组织的FFPE样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 测序数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5742 | 2025-10-06 |
Protocol for quantifying stem-cell-derived cardiomyocyte maturity using transcriptomic entropy score
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103083
PMID:38781077
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研究论文 | 提出一种基于单细胞RNA测序的转录组熵值评分协议，用于量化干细胞来源的心肌细胞成熟度 | 开发了基于单细胞RNA测序的熵值评分指标来量化心肌细胞成熟度，为评估干细胞分化效率提供了新工具 | 协议依赖于特定的R代码实现，可能需要一定的生物信息学技能 | 建立量化干细胞来源心肌细胞成熟度的标准化方法 | 多能干细胞来源的心肌细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5743 | 2025-10-06 |
A deep learning framework for denoising and ordering scRNA-seq data using adversarial autoencoder with dynamic batching
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103067
PMID:38748883
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研究论文 | 提出一种基于动态批处理对抗自编码器的深度学习框架，用于单细胞RNA测序数据的去噪和排序 | 开发了动态批处理对抗自编码器(DB-AAE)，结合对抗训练和动态批处理技术改进单细胞RNA测序数据的去噪效果 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的技术噪音问题，提高数据质量 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对抗自编码器(AAE) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5744 | 2025-10-06 |
Hybrid Oncocytic Tumors (HOTs) in Birt-Hogg-Dubé Syndrome Patients-A Tale of Two Cities: Sequencing Analysis Reveals Dual Lineage Markers Capturing the 2 Cellular Populations of HOT
2024-Feb-01, The American journal of surgical pathology
DOI:10.1097/PAS.0000000000002152
PMID:37994665
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研究论文 | 本研究通过整合分析和单细胞RNA测序鉴定出Birt-Hogg-Dubé综合征相关混合性嗜酸细胞肿瘤的双重谱系标记物 | 首次发现L1CAM和LINC01187在HOT中呈独特的棋盘格状互斥表达模式，能够捕获肿瘤中两种不同的上皮细胞群体 | 研究样本量有限，主要关注BHD综合征相关肿瘤 | 开发混合性嗜酸细胞肿瘤的诊断生物标志物 | Birt-Hogg-Dubé综合征患者的肾肿瘤和正常肾组织 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5745 | 2025-10-06 |
Demultiplexing of single-cell RNA-sequencing data using interindividual variation in gene expression
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae085
PMID:38911824
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研究论文 | 本研究开发了一种利用个体间基因表达变异进行单细胞RNA测序数据解卷积的计算方法 | 提出基于个体间差异共表达模式的解卷积方法，无需额外实验步骤即可对混合样本进行细胞来源鉴定 | NA | 开发单细胞RNA测序混合样本的解卷积计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | 差异共表达分析 | 基因表达数据 | 6只同基因近交系小鼠和30个人类样本（脓毒症患者和健康个体） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5746 | 2025-10-06 |
Analysis of community connectivity in spatial transcriptomics data
2024, Frontiers in applied mathematics and statistics
IF:1.3Q3
DOI:10.3389/fams.2024.1403901
PMID:40475302
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研究论文 | 本文提出了一种用于空间转录组数据分析中社区连通性分析的新方法 | 开发了首个能够表征细胞群落连通性的计算方法BANYAN，填补了现有工具无法分析群落内和群落间细胞相对相似性的空白 | 方法仅在模拟研究和有限的实际数据集上进行了验证，需要更广泛的应用验证 | 开发空间转录组数据中细胞群落连通性分析的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞群落 | 空间转录组学 | 黑色素瘤脑转移、浸润性导管癌、小细胞肺癌 | 空间转录组学 | 贝叶斯多层网络模型 | 空间转录组数据 | 多个真实数据集，包括小鼠大脑、黑色素瘤脑转移、浸润性导管癌和人类小细胞肺癌样本 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学 | 10x Visium, NanoString CosMx | 10x Visium空间转录组平台，NanoString CosMx空间分子成像平台 |
| 5747 | 2025-10-06 |
Comprehensive study of the murine MASH models' applicability by comparing human liver transcriptomes
2025-Sep-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123723
PMID:40404118
|
研究论文 | 通过比较人类肝脏转录组，全面评估多种小鼠MASH模型的适用性 | 首次系统整合多种小鼠MASH模型的转录组数据并与人类MASH数据集进行对比分析 | 仅评估了部分常用小鼠模型，未涵盖所有可能的MASH建模方法 | 建立详细的转录组参考以指导MASH研究中的模型选择和实验设计 | 小鼠MASH模型和人类MASH肝脏组织 | 转录组学 | 代谢相关脂肪性肝炎 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三种小鼠MASH模型（HFD、MCD、CDA-HFD）及CCl₄诱导模型和人类MASH数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 5748 | 2025-10-06 |
mitoXplorer 3.0, A Web Tool for Exploring Mitochondrial Dynamics in Single-cell RNA-seq Data
2025-Aug-01, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169004
PMID:40133780
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研究论文 | 介绍用于探索单细胞RNA测序数据中线粒体动力学的网络工具mitoXplorer 3.0 | 开发了适配单细胞测序数据分析的新功能，包括scXplorer格式化脚本和专门分析线粒体基因细胞间变异性的交互界面 | NA | 开发用于单细胞RNA测序数据中线粒体动力学分析的网络工具 | 单细胞RNA测序数据中的线粒体基因表达 | 生物信息学 | 脊髓小脑性共济失调1型 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5749 | 2025-10-06 |
TCREMP: A Bioinformatic Pipeline for Efficient Embedding of T-cell Receptor Sequences from Immune Repertoire and Single-cell Sequencing Data
2025-Aug-01, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169205
PMID:40368275
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研究论文 | 开发了一个名为TCREMP的生物信息学流程，用于从免疫组库和单细胞测序数据中高效嵌入T细胞受体序列 | 通过原型相似性对TCR氨基酸序列进行数字化嵌入，为比较分析提供参考点并帮助解码抗原特异性预测 | NA | 开发高效的T细胞受体序列嵌入方法，用于适应性免疫研究 | T细胞受体序列、抗原特异性T细胞群体 | 生物信息学 | 免疫相关疾病 | 单细胞测序、MHC多聚体分选测序 | 嵌入模型 | 序列数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 5750 | 2025-10-06 |
Delivery of Itgb1-siRNA by triptolide-modified and anti-Flt1 peptide-guided ionizable cationic LNPs for targeted therapy of corneal neovascularization
2025-Jul-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113811
PMID:40324532
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研究论文 | 开发一种用于角膜新生血管靶向治疗的Itgb1-siRNA纳米递送系统 | 首次将雷公藤甲素修饰与抗Flt1肽引导的离子化阳离子脂质纳米粒相结合，实现角膜新生血管的靶向基因治疗 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 开发角膜新生血管的新型靶向治疗方法 | 角膜新生血管疾病模型 | 生物医学工程 | 角膜新生血管 | 单细胞测序，siRNA基因沉默技术 | NA | 基因表达数据，细胞功能实验数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5751 | 2025-10-06 |
Intercellular communication after myocardial infarction: Macrophage as the centerpiece
2025-Jul, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2025.102757
PMID:40320153
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综述 | 本文总结了心肌梗死后巨噬细胞亚群的动态变化及其介导的细胞间通讯机制 | 聚焦乳酸化修饰对巨噬细胞亚群转化和细胞通讯的调控作用，提出以巨噬细胞为中心的新型靶向治疗策略 | NA | 阐明心肌梗死后巨噬细胞介导的细胞间通讯机制及其治疗潜力 | 心肌梗死后的巨噬细胞及其与心肌细胞、中性粒细胞、成纤维细胞、内皮细胞等心脏细胞的相互作用 | 病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达谱 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5752 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic analyses provide insights into the tumor microenvironment heterogeneity and invasion phenotype in retinoblastoma
2025-Jul, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.156009
PMID:40378583
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示视网膜母细胞瘤肿瘤微环境异质性及其与侵袭表型的关联 | 首次系统描绘视网膜母细胞瘤肿瘤微环境异质性景观，揭示TAMs和星形胶质细胞样细胞特定亚群与肿瘤侵袭的潜在关联 | 研究样本量有限，需要更大规模验证；机制研究仍需进一步实验证实 | 探究视网膜母细胞瘤肿瘤微环境异质性及其在肿瘤侵袭中的作用机制 | 视网膜母细胞瘤肿瘤微环境中的各类细胞 | 单细胞组学 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 微阵列数据分析 | CellChat, Monocle, CIBERSORT | 单细胞转录组数据, 微阵列数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5753 | 2025-10-06 |
Crosstalk between kidney and bones: New perspective for modulating osteoporosis
2025-Jul, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2025.102776
PMID:40389172
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综述 | 探讨肾脏与骨骼之间的相互作用机制及其在骨质疏松症中的临床意义 | 从多器官互作角度提出骨质疏松研究新视角，整合分子生物学到临床证据 | NA | 建立更复杂的体外模型基础并提出潜在治疗策略 | 肾脏与骨骼的相互作用机制 | NA | 骨质疏松症 | 细胞共培养、器官芯片、单细胞测序、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5754 | 2025-10-06 |
stDGAC: A novel identifying spatial domains method via graph attention contrastive network for spatial transcriptomics data
2025-Jul, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110280
PMID:40403639
|
研究论文 | 提出了一种名为stDGAC的新型空间域识别方法，通过图注意力对比网络分析空间转录组数据 | 联合使用去噪自编码器和图注意力对比网络，能够聚合空间上下文邻域信息并获得更鲁棒的表征 | NA | 更准确地识别空间转录组数据中的空间域 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 去噪自编码器, 图注意力对比网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5755 | 2025-10-06 |
Integrating multi-omics data with artificial intelligence to decipher the role of tumor-infiltrating lymphocytes in tumor immunotherapy
2025-Jul, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.156035
PMID:40435910
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综述 | 本文综述了人工智能在肿瘤浸润淋巴细胞评估中的应用进展及其临床价值 | 整合多组学数据与人工智能技术，系统阐述AI在TILs自动识别、定量分析、亚群识别和空间分布模式研究中的创新应用 | NA | 阐明肿瘤浸润淋巴细胞在肿瘤免疫治疗中的作用及其预后价值 | 肿瘤浸润淋巴细胞 | 医学影像分析 | 肿瘤 | 单细胞测序,多重免疫荧光,空间转录组学,多模态方法 | CNN | 图像 | NA | NA | 单细胞测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 5756 | 2025-10-06 |
Multi-omic analyses of the development of obesity-related depression linked to the gut microbe Anaerotruncus colihominis and its metabolite glutamate
2025-Jun-15, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2025.04.010
PMID:40274437
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了肠道微生物Anaerotruncus colihominis及其代谢产物谷氨酸在肥胖相关抑郁症发展中的关键作用 | 首次发现A. colihominis通过谷氨酸代谢影响肠脑轴，并鉴定Efnb2-Ephb2相互作用在细胞通讯中的关键作用 | 研究主要基于动物模型，临床样本量有限，需要更大规模的人群研究验证 | 探索肥胖相关抑郁症的肠道微生物机制 | 肥胖相关抑郁症患者、高脂饮食小鼠、无菌小鼠 | 微生物组学 | 肥胖相关抑郁症 | 单细胞RNA测序, 粪便微生物移植, 多组学分析 | NA | 微生物组数据, 转录组数据, 代谢组数据 | 临床患者队列和高脂饮食小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5757 | 2025-10-06 |
Integrating Ambient Ionization Mass Spectrometry Imaging and Spatial Transcriptomics on the Same Cancer Tissues to Identify RNA-Metabolite Correlations
2025-Jun-10, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202502028
PMID:40216587
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研究论文 | 开发了一种在同一组织切片上整合空间代谢组学和空间转录组学的新方法 | 首次在同一组织切片上结合DESI-MSI空间代谢组学和Visium空间转录组学，避免了连续切片间的变异性问题 | 仅在人乳腺癌和肺癌组织中进行了验证，尚未在其他癌症类型或更大样本中测试 | 识别癌症组织中RNA与代谢物的空间相关性 | 人乳腺癌和肺癌组织 | 空间多组学 | 乳腺癌,肺癌 | 解吸电喷雾电离质谱成像,空间转录组学 | NA | 质谱成像数据,转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学,空间代谢组学 | Visium | Visium空间转录组学 |
| 5758 | 2025-10-06 |
Unlocking novel T cell-based immunotherapy for hepatocellular carcinoma through neoantigen-driven T cell receptor isolation
2025-Jun-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334148
PMID:39832892
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研究论文 | 本研究通过分析肝细胞癌患者肿瘤组织、肝灌洗液和淋巴结中的T细胞反应，探索新抗原反应性T细胞的特征及其在免疫治疗中的应用潜力 | 首次系统比较了肝细胞癌不同解剖部位（肿瘤组织、肝灌洗液和引流淋巴结）中新抗原反应性T细胞的功能特征，并成功分离出表达4-1BB的新抗原反应性T细胞进行TCR测序 | 研究样本量较小（仅7名患者），且仅限于晚期肝细胞癌患者 | 评估肝细胞癌患者中新抗原驱动的T细胞反应，探索免疫治疗新策略 | 晚期肝细胞癌患者的肿瘤组织、肝灌洗液和肝引流淋巴结中的T细胞 | 免疫肿瘤学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，T细胞受体测序，共培养实验，生物信息学分析 | NA | 转录组数据，蛋白质组数据，序列数据 | 7名晚期肝细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5759 | 2025-10-06 |
Glucocorticoid receptor suppresses GATA6-mediated RNA polymerase II pause release to modulate classical subtype identity in pancreatic cancer
2025-Jun-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334374
PMID:39884837
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研究论文 | 本研究揭示了糖皮质激素受体通过抑制GATA6介导的RNA聚合酶II暂停释放来调控胰腺癌经典亚型身份的分子机制 | 首次发现GR激动剂通过与GATA6相互作用抑制经典转录程序，揭示了GATA6通过启动子近端暂停释放调控亚型特异性转录的新机制 | NA | 揭示控制胰腺癌亚型身份的转录调控机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)的经典和基底亚型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, HiChIP, PRO-seq, dCas9基因编辑 | NA | 基因组学数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 染色质可及性分析 | NA | NA |
| 5760 | 2025-10-06 |
An erythroid-biased FOShi hematopoietic multipotent progenitor subpopulation contributes to adaptation to chronic hypoxia
2025-Jun-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.03.010
PMID:40220764
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了一种促红细胞生成的FOShi多能祖细胞亚群，揭示了其在慢性缺氧适应中的关键作用及潜在治疗策略 | 首次发现具有干扰素信号响应特征的促红细胞生成多能祖细胞亚群（FOS MPP），并揭示其通过维持红系基因低甲基化实现缺氧记忆功能 | 研究仅基于小鼠高海拔红细胞增多症模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探索慢性缺氧适应的细胞和分子机制 | 小鼠造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及红细胞 | 单细胞基因组学 | 高海拔红细胞增多症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠造血干细胞、祖细胞和红细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |