单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5741	2024-12-25	Reprogramming macrophages to treat liver diseases 2024-Nov-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001160 PMID:39716928	综述	本文综述了通过重编程巨噬细胞治疗肝脏疾病的潜在靶点和纳米级治疗策略	本文结合最新的单细胞和空间转录组学研究，揭示了巨噬细胞在肝脏疾病中的异质性和多方面作用，并探讨了针对巨噬细胞的靶向治疗策略	本文主要为综述性文章，未提供具体的实验数据或临床试验结果	探讨通过重编程巨噬细胞治疗肝脏疾病的潜在靶点和治疗策略	肝脏疾病中的巨噬细胞及其在炎症、损伤和纤维化中的作用	NA	肝脏疾病	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
5742	2024-12-25	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.07.622523 PMID:39605581	研究论文	本文介绍了一种名为DBiTplus的多模态空间组学方法，结合基于测序的空间转录组学和基于图像的空间蛋白质组学，在同一组织切片上实现单细胞分辨率的细胞类型鉴定和生物通路的基因组规模分析	DBiTplus创新性地整合了测序和成像技术，能够在同一组织切片上同时进行空间转录组学和蛋白质组学分析，提供单细胞分辨率的空间转录组图谱	NA	开发一种能够在同一组织切片上整合空间转录组学和蛋白质组学分析的多模态空间组学方法	小鼠胚胎、正常人类淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织	空间组学	淋巴瘤	DBiT-seq, CODEX	NA	图像, 测序数据	小鼠胚胎、正常人类淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织
5743	2024-12-25	Unlocking the Complexity: Exploration of Acute Lymphoblastic Leukemia at the Single Cell Level 2024-11, Molecular diagnosis & therapy IF:4.1Q1 DOI:10.1007/s40291-024-00739-5 PMID:39190087	综述	本文综述了单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病（ALL）研究中的应用，探讨了其在揭示ALL分子复杂性、异质性及其与微环境相互作用方面的优势和局限性	本文介绍了单细胞测序技术的最新进展，从分析数百个细胞发展到同时分析数千个细胞，使得研究肿瘤异质性成为可能	本文主要讨论了单细胞测序技术在ALL研究中的局限性，包括技术复杂性和数据分析的挑战	探讨单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病（ALL）研究中的应用	急性淋巴细胞白血病（ALL）的分子复杂性、异质性及其与微环境的相互作用	数字病理学	血液肿瘤	单细胞测序	NA	DNA、RNA、表观遗传修饰、细胞内和细胞表面蛋白	数千个细胞
5744	2024-12-25	Single-cell RNA Sequencing Identifies a Novel Subtype of Microglia with High Cd74 Expression that Facilitates White Matter Inflammation During Chronic Cerebral Hypoperfusion 2024-Oct, Neurochemical research IF:3.7Q2 DOI:10.1007/s11064-024-04206-9 PMID:39012534	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术识别出一种新型的小胶质细胞亚型，该亚型具有高Cd74表达，并促进慢性脑低灌注期间的脑白质炎症	本研究首次通过单细胞RNA测序技术发现了一种新型的小胶质细胞亚型（CIAM），并揭示了Cd74在其中的核心作用	本研究的局限性在于仅使用了大鼠模型，尚未在人类中验证这些发现	研究微胶质细胞在血管性痴呆中的新型亚型及其在神经炎症中的作用	微胶质细胞及其在慢性脑低灌注模型中的变化	数字病理学	老年病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了慢性脑低灌注大鼠模型，并通过磁激活细胞分选技术分离微胶质细胞
5745	2024-12-25	Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.615007 PMID:39386723	研究论文	本文通过多模态空间分析揭示了从输卵管前体到高级别浆液性卵巢癌的免疫抑制和微环境重塑过程	本文首次整合了高复用成像和空间转录组学技术，分析了不同阶段高级别浆液性卵巢癌发展中的分子变化，揭示了免疫调节机制和微环境转变	本文主要基于高复用成像和空间转录组学技术，可能无法全面涵盖所有分子变化，且样本量未明确提及	研究从输卵管前体到高级别浆液性卵巢癌的分子变化和微环境转变	高级别浆液性卵巢癌发展中的不同阶段组织样本，包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌和侵袭性高级别浆液性卵巢癌	数字病理学	卵巢癌	高复用成像、空间转录组学	NA	图像、转录组数据	NA
5746	2024-12-25	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.23.614590 PMID:39386496	研究论文	本文研究了BDNF增强剂逆转颅脑放射治疗引起的认知衰退和神经退行性后果	本文首次在颅脑放射治疗模型中测试了RZ（利鲁唑）对BDNF水平和认知功能的影响，并证明了其有效性	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨BDNF增强剂对颅脑放射治疗引起的认知功能障碍的缓解作用	颅脑放射治疗后的成年小鼠	神经科学	脑癌	空间转录组学分析	NA	基因表达数据	颅脑放射治疗后的成年小鼠模型
5747	2024-12-25	Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade 2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.03.610636 PMID:39282367	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重染色技术，探讨了TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制	首次揭示了TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在人类中的作用机制，并展示了其在提高树突状细胞和细胞毒性T淋巴细胞密度方面的显著效果	研究样本量较小，仅涉及三名患者，且为预手术临床试验，结果的广泛适用性有待进一步验证	探讨TLR8激动剂与PD-1阻断剂联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制	头颈部鳞状细胞癌患者	NA	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	三名头颈部鳞状细胞癌患者
5748	2024-12-25	Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing 2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.10.602909 PMID:39026715	研究论文	本文评估了Element Biosciences的“avidity base chemistry”DNA测序技术在通过同聚物准确测序的能力，并研究了其对读取对齐和精确量化多聚腺苷酸位点使用的影响	提出了使用Element Aviti仪器进行paired-end测序，能够直接和独立地分配读取到多聚腺苷酸位点，绕过了传统方法的复杂性和局限性	与单端对齐相比，并未始终提高读取映射率	评估新型测序技术在单细胞RNA-seq中的应用效果	单细胞RNA-seq文库的多聚腺苷酸位点使用情况	基因组学	NA	avidity base chemistry DNA sequencing	NA	RNA-seq	NA
5749	2024-12-25	Cell and tissue-specific glycosylation pathways informed by single-cell transcriptomics 2024-Jan-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.26.559616 PMID:38260527	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了人类组织和细胞类型中的糖基化相关基因表达，揭示了细胞和组织特异性糖基化途径	首次在糖科学领域应用单细胞转录组学，揭示了糖基化基因和糖基化途径表达的层次结构，并展示了细胞和组织特异性糖基化模式	研究依赖于Tabula Sapiens数据集，可能无法涵盖所有人类组织和细胞类型	探讨单细胞水平上糖基化相关基因的表达模式及其在不同组织和细胞类型中的特异性	人类组织和细胞类型中的糖基化相关基因和糖基化途径	生物信息学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	Tabula Sapiens数据集中的人类组织和细胞类型
5750	2024-12-25	Cell-Specific Targeting of the Endothelium in the Cardiorenal Syndrome 2024, Cardiorenal medicine IF:2.4Q2 DOI:10.1159/000537764 PMID:38342088	研究论文	本文探讨了针对心血管肾综合征中内皮细胞的靶向治疗策略	本文提出了基于病毒载体的细胞特异性内皮细胞靶向治疗，以避免非靶向效应，改善治疗抵抗，并减少疾病进展的残留风险	NA	开发针对心血管肾综合征的新型靶向治疗策略	内皮细胞在心血管和肾脏疾病中的作用	NA	心血管疾病	测序和空间转录组学	NA	NA	NA
5751	2024-12-25	Integrative multi-omics analysis reveals a novel subtype of hepatocellular carcinoma with biological and clinical relevance 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1517312 PMID:39712016	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了一种新的肝细胞癌亚型，并构建了预测模型	本研究通过整合多种组学数据，包括bulk RNA测序、蛋白质组分析、单细胞RNA测序、空间转录组测序和基因组测序，发现了一种新的肝细胞癌亚型XPO1+Epithelial，并构建了肿瘤纯度和肿瘤微环境相关的预后风险模型	本研究主要基于实验室数据和公共数据集，样本量和临床验证可能存在局限性	本研究的目的是通过多组学分析揭示肝细胞癌的新亚型，并构建预后预测模型	本研究的对象是肝细胞癌患者及其肿瘤样本	数字病理学	肝癌	多组学分析（bulk RNA测序、蛋白质组分析、单细胞RNA测序、空间转录组测序、基因组测序）	NA	多组学数据（RNA、蛋白质、基因组、单细胞RNA、空间转录组）	实验室数据和公共数据集中的肝细胞癌样本
5752	2024-12-25	Exploring the heterogeneity of osteosarcoma cell characteristics and metabolic states and their association with clinical prognosis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1507476 PMID:39712023	研究论文	本研究探讨了骨肉瘤细胞特征和代谢状态的异质性及其与临床预后的关联	本研究通过单细胞RNA测序和代谢途径分析，揭示了骨肉瘤细胞的异质性，并开发了一个包含风险特征的预测模型，为骨肉瘤的靶向治疗和预后评估提供了新的视角	本研究的样本量较小，且仅基于公开数据库的数据，可能影响结果的普适性	阐明骨肉瘤的分子机制和代谢特征及其与患者预后的关系	骨肉瘤细胞的特征和代谢状态及其与临床预后的关联	数字病理学	骨肉瘤	RNA测序，单细胞RNA测序，加权基因共表达网络分析（WGCNA）	风险特征模型	基因表达数据	9个样本的单细胞测序数据，多个公共数据库中的骨肉瘤样本和健康对照样本
5753	2024-12-25	Effects of PGK1 on immunoinfiltration by integrated single-cell and bulk RNA-sequencing analysis in sepsis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1449975 PMID:39712033	研究论文	本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，探讨了磷酸甘油酸激酶1（PGK1）在脓毒症中的免疫浸润作用	首次揭示了PGK1在脓毒症中的显著上调及其作为诊断标志物的潜力，并探讨了其在免疫相关通路和细胞类型中的作用	研究主要基于现有数据集，缺乏体内实验验证	探讨PGK1在脓毒症中的作用及其作为诊断标志物的潜力	PGK1在脓毒症患者中的表达及其对免疫浸润的影响	NA	脓毒症	RNA测序	NA	RNA	多个数据集中的脓毒症患者样本
5754	2024-12-25	Exploring the impact of deubiquitination on melanoma prognosis through single-cell RNA sequencing 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1509049 PMID:39712483	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索去泛素化对黑色素瘤预后的影响，并构建了一个新的预后模型	首次通过单细胞RNA测序数据分析去泛素化相关基因在黑色素瘤中的作用，并构建了一个有效的预后模型	需要进一步的临床验证以确认模型的适用性	研究去泛素化在黑色素瘤中的作用，并开发新的预后模型	黑色素瘤细胞和患者的预后	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序	随机生存森林和岭回归	RNA测序数据	使用了来自TCGA队列和外部验证队列的数据
5755	2024-12-25	Single-Cell Sequencing Combined with Transcriptome Sequencing to Explore the Molecular Mechanisms Related to Skin Photoaging 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S496328 PMID:39713718	研究论文	本研究通过单细胞测序和转录组测序探索皮肤光老化的分子机制	发现了三个关键基因（Atp2b1、Plekho2和Tspan13）在光老化过程中的重要作用，并验证了这些基因在免疫细胞浸润和代谢途径中的关键作用	NA	揭示皮肤光老化的分子机制	光老化患者的基因表达谱和免疫细胞浸润情况	数字病理学	皮肤老化	单细胞测序、转录组测序、RT-qPCR、免疫荧光标记、Western blotting	LASSO回归	基因表达数据	来自GEO数据库的光老化患者基因表达数据
5756	2024-12-25	Construction and clinical application of a risk model based on N6-methyladenosine regulators for colorectal cancer 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.18719 PMID:39717046	研究论文	本研究基于N6-甲基腺苷（m6A）调控因子构建了一个结直肠癌（CRC）的风险模型，并探讨了其在临床中的应用	首次基于m6A调控因子构建了CRC的风险评分模型，并验证了其在区分高风险和低风险患者中的有效性	研究主要基于现有数据集，缺乏大规模的临床验证	开发一个基于m6A调控因子的风险模型，用于预测结直肠癌患者的预后	结直肠癌患者的m6A调控因子表达及其与预后的关系	数字病理学	结直肠癌	RNA-seq	LASSO Cox回归模型	RNA序列数据	AC-ICAM和GSE33113数据集中的结直肠癌样本，以及GSE146771单细胞RNA-seq数据集
5757	2024-12-25	Neuron stress-related genes serve as new biomarkers in hypothalamic tissue following high fat diet 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1443880 PMID:39717104	研究论文	研究探讨了高脂饮食诱导的肥胖小鼠下丘脑组织中神经应激相关基因的表达变化及其作为新生物标志物的潜力	首次揭示了高脂饮食诱导的肥胖小鼠下丘脑组织中神经应激相关基因的表达变化，并发现Bmi1基因作为关键基因反映肥胖的病理生理机制	研究主要基于小鼠模型，结果的临床转化和人类应用仍需进一步验证	探讨高脂饮食诱导的肥胖小鼠下丘脑组织中基因表达变化，寻找新的生物标志物	高脂饮食诱导的肥胖小鼠下丘脑组织中的神经应激相关基因	数字病理学	肥胖症	单细胞测序 RNA-seq 蛋白质印迹免疫荧光染色	LASSO模型	基因表达数据	高脂饮食诱导的肥胖小鼠模型
5758	2024-12-25	Vascular Smooth Muscle Cells Transdifferentiate into Chondrocyte-Like Cells and Facilitate Meniscal Fibrocartilage Regeneration 2024, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0555 PMID:39717465	研究论文	本文研究了血管平滑肌细胞向类软骨细胞的转分化及其在半月板纤维软骨再生中的作用	首次发现血管平滑肌细胞可以转分化为纤维软骨细胞，并参与自发性的半月板再生；低强度脉冲超声刺激可以增强这种转分化过程	研究主要在动物模型中进行，尚未在人体中验证其有效性和安全性	探索有效的半月板纤维软骨再生策略	血管平滑肌细胞、半月板纤维软骨、低强度脉冲超声刺激	NA	NA	低强度脉冲超声（LIPUS）、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	使用了平滑肌细胞系追踪转基因小鼠和比格犬的半月板缺损模型
5759	2024-12-25	Machine Learning and Mendelian Randomization Reveal Molecular Mechanisms and Causal Relationships of Immune-Related Biomarkers in Periodontitis 2024, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/9983323 PMID:39717623	研究论文	本研究利用机器学习和孟德尔随机化方法，揭示了牙周炎中免疫相关生物标志物的分子机制和因果关系	本研究整合了机器学习、孟德尔随机化和单细胞测序，提供了一种新颖的方法来增强对牙周炎中免疫动态和基因相互作用的理解	研究受限于数据集的人口统计和样本量，可能影响结果的普遍性	探讨牙周炎的分子机制并识别关键的免疫相关生物标志物	牙周炎中的免疫相关生物标志物及其分子机制	机器学习	牙周疾病	机器学习算法、孟德尔随机化、单细胞测序	XGBoost	基因表达数据	682个差异表达基因，19个核心基因
5760	2024-12-25	Single-Cell RNA Sequencing Reveals That C5AR1 in Follicle Monocyte Cells Could Predict the Development of POI 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S490996 PMID:39717665	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了卵泡单核细胞中的C5AR1基因在预测早发性卵巢功能不全（POI）发展中的潜在作用	首次揭示了C5AR1基因在卵泡单核细胞中的高表达，并发现其在预测POI发展中的潜在作用	样本量较小，仅包括9名接受IVF或ICSI治疗的女性	探讨早发性卵巢功能不全（POI）患者的卵泡微环境，并识别潜在的治疗靶点	早发性卵巢功能不全（POI）患者的卵泡微环境	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9名接受IVF或ICSI治疗的女性