单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5721	2024-12-25	Pathway metrics accurately stratify T cells to their cells states 2024-Dec-24, BioData mining IF:4.0Q1 DOI:10.1186/s13040-024-00416-7 PMID:39716187	研究论文	本文介绍了一种名为PathSingle的Python工具，用于单细胞数据分析中的通路分析，能够准确分类T细胞的不同状态	PathSingle采用独特的基于图的算法，能够分类不同的细胞状态，如T细胞亚型	NA	开发一种工具，用于从单细胞转录组数据中揭示生物学上有意义的见解	T细胞及其亚型	生物信息学	NA	单细胞转录组分析	基于图的算法	基因表达数据	NA
5722	2024-12-25	Systematic pan-cancer analysis identifies ZBTB11 as a potential pan-cancer biomarker and immunotherapy target in multiple tumor types 2024-Dec-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01697-4 PMID:39715911	研究论文	本文系统分析了ZBTB11在多种肿瘤类型中的表达、预后价值、基因突变和DNA启动子甲基化，并探讨了其在肿瘤发生和免疫治疗中的潜在作用	首次系统性地分析了ZBTB11在多种肿瘤类型中的表达和预后价值，并构建了ZBTB11的竞争性lncRNA-miRNA网络，揭示了其在肿瘤生物学行为中的调控作用	研究主要基于数据库和在线工具的分析，缺乏实验验证	探讨ZBTB11在多种肿瘤类型中的生物学意义及其作为潜在生物标志物和免疫治疗靶点的可能性	ZBTB11在不同肿瘤类型中的表达、预后价值、基因突变、DNA甲基化和免疫细胞浸润	数字病理学	多种肿瘤类型	DNA甲基化测序、单细胞测序	NA	基因表达数据、突变数据、甲基化数据	多种肿瘤类型的样本
5723	2024-12-25	Uncovering the molecular networks of ferroptosis in the pathogenesis of type 2 diabetes and its complications: a multi-omics investigation 2024-Dec-23, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-01045-w PMID:39716081	研究论文	本研究通过多组学方法揭示铁死亡在2型糖尿病及其并发症发病机制中的分子网络	首次通过多组学分析揭示铁死亡相关基因在2型糖尿病及其并发症中的作用，并验证了影像基因组学在非侵入性诊断中的潜力	研究依赖于现有数据集，可能存在样本偏倚和数据异质性	揭示铁死亡在2型糖尿病及其并发症中的作用，并探索非侵入性诊断的可能性	2型糖尿病及其并发症，包括糖尿病肾病、糖尿病心肌病和非酒精性脂肪肝病	NA	糖尿病	多组学分析、孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质丰度数据、影像基因组数据	包括发现队列、验证队列和影像基因组队列的多个数据集
5724	2024-12-25	A protocol for time-resolved transcriptomics through metabolic labeling and combinatorial indexing 2024-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103356 PMID:39356643	研究论文	本文介绍了一种通过代谢标记和组合索引进行时间分辨转录组学的优化协议	提出了一个自动化友好的协议，结合代谢标记和单细胞RNA测序的组合索引，以捕捉单细胞水平的基因表达动态	未提及	研究基因表达的动态变化	单细胞水平的RNA代谢标记和组合索引	NA	NA	代谢标记（4-thiouridine）、单细胞RNA测序、组合索引	NA	RNA	未提及
5725	2024-12-25	Protocol for mapping T cell activation using single-cell RNA-seq 2024-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103409 PMID:39427308	研究论文	本文介绍了一种基于anti-CD3/CD28珠子刺激和单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究T细胞激活的协议	提出了使用anti-CD3/CD28珠子刺激和scRNA-seq技术来研究T细胞激活的新方法	NA	研究T细胞激活的机制	人类外周血单核细胞（PMBCs）和CD4 T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	人类外周血单核细胞（PMBCs）和CD4 T细胞
5726	2024-12-25	Protocol for isolating specific C. elegans neuron types for bulk and single-cell RNA sequencing 2024-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103439 PMID:39514392	研究论文	本文介绍了一种从C. elegans中分离特定神经元类型以进行批量和单细胞RNA测序的协议	提供了一种用于分离特定神经元类型进行基因表达分析的新协议	NA	识别驱动神经元特异性发育、功能和连接的遗传程序	C. elegans的特定神经元类型	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	幼虫和成体动物的个体细胞类型
5727	2024-12-25	A protocol for acquiring high-quality single-cell multi-omics data from human peripheral blood 2024-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103430 PMID:39488839	研究论文	本文介绍了一种从人类外周血单核细胞（PBMCs）中获取高质量单细胞多组学数据的协议	提出了一个改进的多组学样本处理方法，用于单细胞测序、全基因组测序以及代谢组和蛋白质组分析	NA	开发一种确保单细胞测序数据质量和细胞活性的稳健协议	人类外周血单核细胞（PBMCs）	NA	NA	单细胞测序、全基因组测序、代谢组和蛋白质组分析	NA	单细胞数据	NA
5728	2024-12-25	Protocol for using scCURE to construct an immunotherapy outcome prediction model 2024-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103476 PMID:39661506	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术构建免疫治疗结果预测模型的协议	提出了基于scRNA-seq的免疫治疗期间变化和不变细胞识别方法（scCURE），用于构建免疫治疗结果预测模型	NA	开发一种预测癌症患者免疫治疗结果的方法	癌症患者的免疫治疗结果	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
5729	2024-12-25	Profiling low-mRNA content cells in complex human tissues using BD Rhapsody single-cell analysis 2024-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103475 PMID:39661509	研究论文	本文介绍了一种使用BD Rhapsody单细胞RNA测序平台高效恢复低mRNA含量免疫细胞的协议	提出了针对前列腺、肺和肝脏组织的优化组织解离方法，并结合BD Rhapsody scRNA-seq平台进行单细胞捕获和数据预处理	NA	开发一种有效的单细胞RNA测序方法，以恢复复杂人体组织中低mRNA含量的免疫细胞	低mRNA含量的免疫细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	前列腺、肺和肝脏组织样本
5730	2024-12-25	Single-cell transcriptome analysis reveals reciprocal epithelial and endothelial cell evolution in ovarian cancer 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111417 PMID:39717089	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了卵巢癌中上皮细胞和内皮细胞的相互进化关系	首次揭示了输卵管上皮细胞向卵巢癌上皮细胞的潜在发展趋势，并发现了与肿瘤血管生成相关的内皮细胞亚型	研究仅限于卵巢癌中的上皮细胞和内皮细胞，未涉及其他细胞类型	探讨卵巢癌发展过程中上皮细胞和内皮细胞的相互作用	卵巢癌中的上皮细胞和内皮细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组分析	NA	转录组	87,847个上皮细胞和11,696个内皮细胞
5731	2024-12-25	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-Dec-18, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01906-9 PMID:39696694	研究论文	本文研究了BDNF增强剂逆转颅脑放射治疗引起的认知功能下降和神经退行性后果	本文首次在颅脑放射治疗模型中验证了BDNF增强剂（如利鲁唑）对认知功能下降的逆转作用，并展示了其在神经保护方面的潜力	本文仅在动物模型中进行了研究，尚未在人类中进行验证	探讨BDNF增强剂对颅脑放射治疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的影响	颅脑放射治疗后的成年小鼠	神经科学	癌症相关疾病	空间转录组学分析	NA	基因表达数据	颅脑放射治疗后的成年小鼠模型
5732	2024-12-25	Resolving the design principles that control postnatal vascular growth and scaling 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627758 PMID:39713449	研究论文	研究揭示了控制出生后血管生长和缩放的设计原则	发现了主动脉扩张遵循特定的生物学原则，并与脊柱的缩放相关，而不是动物体重；揭示了通过两波动脉细胞增殖来实现扩张的过程，并展示了细胞周期动力学的独特性；证明了内皮细胞的挤出对于稳态主动脉生长和平衡过度增殖的重要性	NA	探讨控制出生后血管生长和缩放的设计原则	主动脉的生长和缩放	NA	NA	单细胞RNA测序	数学模型	NA	NA
5733	2024-12-25	Current transcriptome database and biomarker discovery for immunotherapy by immune checkpoint blockade 2024-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.09.627506 PMID:39713380	综述	本文综述了免疫检查点阻断（ICB）疗法的当前转录组数据库和生物标志物发现，重点讨论了肿瘤基因组、肿瘤微环境和肿瘤-宿主相互作用的生物标志物，并介绍了IOhub平台用于基准分析当前生物标志物	介绍了IOhub平台，该平台整合了36个bulk和10个单细胞转录组数据集，用于生物标志物的基准分析	NA	探讨免疫检查点阻断疗法的生物标志物发现和当前转录组数据库	肿瘤基因组、肿瘤微环境和肿瘤-宿主相互作用的生物标志物	数字病理学	癌症	转录组学	NA	转录组数据	36个bulk和10个单细胞转录组数据集
5734	2024-12-25	Rates of evolution differ between cell types identified by single-cell RNAseq in threespine stickleback 2024-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.06.627160 PMID:39713298	研究论文	本文结合单细胞RNA测序（scRNAseq）和进化基因组学，研究了不同细胞类型在进化过程中的基因差异性	首次将单细胞RNA测序技术与进化基因组数据结合，揭示了免疫细胞类型的基因进化速度特别快	研究仅限于三刺鱼，结果的普适性有待进一步验证	探讨不同细胞类型在进化过程中的基因差异性	三刺鱼的不同细胞类型及其特征基因的进化速度	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因数据	多个三刺鱼种群和物种的基因数据
5735	2024-12-25	Inference and analysis of cell-cell communication of non-myeloid circulating cells in late sepsis based on single-cell RNA-seq 2024-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12109 PMID:39578684	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了晚期脓毒症中非髓系循环细胞间的细胞间通讯	揭示了脓毒症患者中细胞间相互作用的数量和强度增加，并发现了几条显著改变的信号通路，特别是传统树突状细胞和浆细胞样树突状细胞中的通路	NA	深入理解晚期脓毒症中免疫功能障碍的潜在机制	晚期脓毒症中淋巴系来源的白细胞间的细胞间通讯	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
5736	2024-12-25	Identification of CCR7 and CBX6 as key biomarkers in abdominal aortic aneurysm: Insights from multi-omics data and machine learning analysis 2024-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12106 PMID:39602349	研究论文	本研究利用多组学数据和机器学习技术，识别了腹主动脉瘤中的关键生物标志物CCR7和CBX6，并揭示了其免疫机制	首次通过多组学数据和机器学习技术识别了腹主动脉瘤中的关键生物标志物CCR7和CBX6，并揭示了它们与免疫细胞浸润的相关性	研究主要基于数据分析，缺乏实验验证	识别腹主动脉瘤的关键生物标志物并揭示其免疫机制	腹主动脉瘤中的关键生物标志物和免疫机制	机器学习	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5737	2024-12-25	Cell- and tissue-specific glycosylation pathways informed by single-cell transcriptomics 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae169 PMID:39703423	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了人类组织和细胞类型的糖基化相关基因表达，揭示了细胞和组织特异性糖基化途径	首次在糖科学领域应用单细胞转录组学，揭示了糖基化基因和途径的表达层次结构，并展示了细胞和组织特异性糖基化模式	研究依赖于Tabula Sapiens数据集，可能无法涵盖所有人类细胞类型和组织	探讨单细胞水平上糖基化相关基因的表达模式及其在不同组织和细胞类型中的特异性	人类组织和细胞类型的糖基化相关基因表达	生物学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	Tabula Sapiens数据集中的人类组织和细胞类型
5738	2024-12-25	Deep clustering representation of spatially resolved transcriptomics data using multi-view variational graph auto-encoders with consensus clustering 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.11.041 PMID:39717398	研究论文	提出了一种名为STMVGAE的新工具，结合多视图变分图自编码器和共识聚类框架，用于空间转录组数据的深度聚类表示	STMVGAE通过结合多视图变分图自编码器和共识聚类框架，有效整合了基因表达数据、组织学图像和空间坐标数据，显著提高了聚类精度和稳定性	NA	开发一种新的工具，用于准确识别空间转录组数据中的空间域，以支持下游分析	空间转录组数据中的空间域识别	数字病理学	NA	变分图自编码器（VGAE）	卷积神经网络（CNN）	图像和基因表达数据	五个真实数据集
5739	2024-12-25	CPARI: a novel approach combining cell partitioning with absolute and relative imputation to address dropout in single-cell RNA-seq data 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae668 PMID:39715686	研究论文	本文提出了一种名为CPARI的新方法，结合细胞分区与绝对和相对插值技术来解决单细胞RNA测序数据中的dropout问题	CPARI通过结合细胞分区与绝对和相对插值方法，能够有效区分真实的生物零值和dropout零值，并提高插值的准确性	NA	解决单细胞RNA测序数据中的dropout问题	单细胞RNA测序数据中的dropout零值	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	自编码器	基因表达数据	模拟和真实单细胞RNA测序数据集
5740	2024-12-25	Temporal genomic analysis of homogeneous tumor models reveals key regulators of immune evasion in melanoma 2024-Nov-20, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1422 PMID:39715301	研究论文	本文分析了低肿瘤内异质性（ITH）的鼠源肿瘤模型中免疫逃逸的机制，并识别出Mif作为关键的免疫逃逸调控因子	首次在低ITH的肿瘤模型中系统分析了免疫逃逸机制，并通过CRISPR敲除筛选识别出Mif作为关键调控因子	研究主要基于鼠源肿瘤模型，结果在人类肿瘤中的适用性需要进一步验证	揭示低ITH肿瘤模型中免疫逃逸的关键调控因子	鼠源低ITH肿瘤模型及黑色素瘤患者数据	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序，CRISPR敲除	NA	基因表达数据	鼠源肿瘤模型中的单细胞克隆及黑色素瘤患者数据