单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 5721 - 5740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5721 | 2025-10-06 |
Selective GSK3α Inhibition Promotes Self-Renewal Across Different Stem Cell States
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.653860
PMID:40463072
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研究论文 | 本研究揭示了选择性GSK3α抑制剂BRD0705能促进多种干细胞状态的自我更新能力 | 发现选择性GSK3α抑制可独立于β-catenin信号通路促进干细胞自我更新，并建立了支持多种多能干细胞状态共培养的新体系 | 研究主要基于小鼠干细胞模型，在人类干细胞中的适用性需要进一步验证 | 探索选择性GSK3α抑制在调控不同干细胞状态自我更新中的作用 | 小鼠胚胎干细胞(ESCs)、上胚层干细胞(EpiSCs)和神经干细胞(NSCs) | 干细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学、表观基因组分析、功能实验 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | 多种小鼠干细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5722 | 2025-10-06 |
Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy
2025-May-14, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842
PMID:40187353
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研究论文 | 通过单细胞元分析揭示T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床反应的关联 | 首次在六种癌症类型中系统分析T细胞克隆动态，发现基于扩增CD8克隆的响应特征能区分治疗应答者与非应答者 | 样本来源和癌症类型有限，需要更大规模验证 | 研究T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关系 | 767,606个T细胞，来自460个样本，涵盖6种癌症类型 | 单细胞生物学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序，T细胞受体测序 | 基因轨迹分析 | 单细胞转录组数据，T细胞受体序列数据 | 460个样本，767,606个T细胞 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞T细胞受体测序 | NA | NA |
| 5723 | 2025-10-06 |
Atlas-scale metabolic activities inferred from single-cell and spatial transcriptomics
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.09.653038
PMID:40463045
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研究论文 | 开发了一个从单细胞和空间转录组数据推断代谢活性的计算框架scCellFie | 首次提出了从转录组数据推断代谢活性的可扩展计算方法，并构建了跨人类器官的综合代谢图谱 | 基于转录组数据间接推断代谢活性，而非直接测量代谢活动 | 从单细胞和空间转录组数据推断细胞代谢活性 | 人类和小鼠的细胞，特别关注子宫内膜组织 | 生物信息学 | 子宫内膜异位症，子宫内膜癌 | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | 计算框架scCellFie | 转录组数据 | 约3000万个细胞图谱 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 5724 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct senotypes and a quiescence-senescence continuum at the transcriptome level following chemotherapy
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.13.653730
PMID:40463227
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和时间推移成像技术揭示化疗后细胞存在不同的衰老类型和静息-衰老连续体 | 首次将细胞周期动态与单细胞转录组数据结合，识别出多种衰老类型并发现静息与衰老在转录组水平构成连续体 | 仅使用依托泊苷处理，未验证其他化疗药物；研究样本规模有限 | 区分化疗后细胞的静息状态和衰老状态，探索细胞周期退出机制 | 化疗处理后的细胞 | 单细胞组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，时间推移成像，伪时间轨迹分析 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据，细胞成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5725 | 2025-10-06 |
Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells
2025-05-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473
PMID:40185089
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研究论文 | 本研究通过建立成纤维细胞重编程为造血祖细胞的诱导系统，揭示了重编程过程中的基因调控网络动态竞争机制 | 首次发现重编程中间阶段存在相互竞争的命运决定，并通过抑制神经元命运相关信号通路提高了重编程效率 | 研究仅关注了SCL和LMO2两个转录因子诱导的重编程过程，可能未涵盖其他潜在重编程途径 | 探究成纤维细胞重编程为造血祖细胞的分子机制并提高重编程效率 | 成纤维细胞及其重编程过程中产生的造血祖细胞 | 基因调控与细胞重编程 | 造血系统疾病 | 单细胞RNA测序，转录组分析，表观基因组分析 | 基因调控网络分析 | 基因表达数据，表观遗传数据 | 不同重编程阶段的细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5726 | 2025-10-06 |
An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice
2025-May, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707
PMID:40245497
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研究论文 | 本研究揭示了HCK通过调控非常规T细胞轴驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的慢性阻塞性肺疾病病理机制 | 首次发现HCK作为顶端调控因子通过Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关恒定T细胞驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞轴介导的COPD病理过程 | 研究主要基于基因工程小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 阐明HCK在慢性阻塞性肺疾病发病机制中的具体作用通路 | 基因靶向小鼠（Hck功能获得性突变）、骨髓嵌合体、特异性敲除小鼠 | 病理机制研究 | 慢性阻塞性肺疾病 | 组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序 | 基因工程小鼠模型 | 组织图像、细胞表型、基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 5727 | 2025-10-06 |
The deubiquitinase OTUD3 plays a neuroprotective role by reducing ferroptosis induced by cerebral ischaemia reperfusion via stabilizing PLK1 via deubiquitination
2025-May, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70347
PMID:40462502
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研究论文 | 本研究揭示去泛素化酶OTUD3通过稳定PLK1表达抑制铁死亡，在脑缺血再灌注损伤中发挥神经保护作用 | 首次阐明OTUD3通过去泛素化PLK1（靶向K48连接的泛素化）调节PI3K/AKT通路并抑制铁死亡的神经保护机制 | NA | 探究OTUD3在脑缺血再灌注损伤中的神经保护作用机制 | 小鼠神经元、原代皮层神经元、脑缺血再灌注模型小鼠 | 神经科学 | 脑卒中 | 共免疫沉淀-质谱分析、单细胞测序、氧糖剥夺模型、泛素化实验 | NA | 分子生物学数据、行为学数据、细胞活力数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 5728 | 2025-10-06 |
Pan-cancer Analysis Identified Ectopic RUNX1T1 Associated with Lineage Plasticity
2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.18.649575
PMID:40488132
|
研究论文 | 通过泛癌分析发现异位RUNX1T1表达与肿瘤谱系可塑性相关 | 首次利用HOX代码量化肿瘤谱系可塑性，并鉴定RUNX1T1作为泛癌谱系可塑性标志物 | 研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证 | 鉴定与肿瘤谱系可塑性相关的泛癌生物标志物 | 114种癌症类型中的肿瘤细胞 | 生物信息学 | 多癌种（前列腺癌、肺癌、急性髓系白血病） | RNA测序、生物信息学分析 | NA | 基因表达数据 | 超过80,000个RNA测序样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 5729 | 2025-10-06 |
Identification of a liver fibrosis and disease progression-related transcriptome signature in non-alcoholic fatty liver disease
2025-03, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2025.106751
PMID:39909111
|
研究论文 | 本研究通过建立11个枢纽基因的转录组特征来识别非酒精性脂肪肝病患者的肝纤维化程度和疾病进展 | 首次建立了包含11个枢纽基因的转录组特征，能够区分NAFLD患者的轻度或晚期纤维化，并在单细胞水平验证了该特征与肝星状细胞活化的相关性 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据，需要进一步实验验证基因特征的临床适用性 | 建立能够识别NAFLD患者肝纤维化程度和监测疾病进展的转录组特征 | 非酒精性脂肪肝病患者和肝星状细胞 | 生物信息学 | 非酒精性脂肪肝病 | 转录组测序，单细胞转录组测序，LASSO回归分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 6个批量转录组数据集和1个单细胞转录组数据集 | NA | 批量RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5730 | 2025-10-06 |
The end of the genetic paradigm of cancer
2025-Mar, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003052
PMID:40100793
|
评论文章 | 本文讨论基因组测序和单细胞转录组学如何挑战癌症作为'遗传疾病'的传统观点 | 提出需要超越遗传范式，结合细胞状态动态和组织场概念来解释癌症发生机制 | 主要基于理论讨论，缺乏具体实验验证数据 | 探讨癌症发生机制的理论框架，挑战体细胞突变理论 | 癌症基因组数据和生物学理论 | 癌症生物学 | 癌症 | 基因组测序, 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5731 | 2025-10-06 |
A modified model of PANoptosisto identify prognosis and immunotherapy response in bladder cancer
2024-11, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2024.106672
PMID:39368544
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研究论文 | 本研究通过构建PANoptosis相关风险模型来识别膀胱癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次将PANoptosis概念应用于膀胱癌研究，并构建了包含五个关键基因的风险评分模型 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 探究PANoptosis相关修饰模式在膀胱癌中的作用机制 | 膀胱癌患者 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 转录组测序, 单细胞测序 | LASSO回归, Cox回归 | 基因表达数据, 临床数据 | 膀胱癌患者队列（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 5732 | 2025-10-06 |
Protocol to detect immune levels, abnormal metabolism, and signaling pathways in tumor tissue based on scRNA-seq obtained from patient databases
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103065
PMID:38753488
|
研究论文 | 基于GEO数据库的单细胞测序数据开发检测肿瘤组织中免疫水平、异常代谢和信号通路的分析流程 | 整合肿瘤免疫微环境评估、肿瘤纯度分析和异常信号通路识别的一体化分析方案 | 依赖公开数据库数据，缺乏实验验证 | 建立肿瘤组织免疫状态和代谢异常的检测方法 | 肿瘤组织单细胞测序数据 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5733 | 2025-10-06 |
Protocol for high-quality single-cell RNA-seq from tissue sections with DRaqL
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103050
PMID:38703368
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研究论文 | 介绍一种从组织切片中获取高质量单细胞RNA测序的DRaqL协议 | 将DRaqL与Smart-seq2结合，实现从酒精固定小鼠卵巢切片中获取高质量单细胞RNA测序数据，并提供福尔马林固定切片的可选方案 | NA | 开发高质量单细胞RNA测序实验方案 | 小鼠卵巢组织切片 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序，激光捕获显微切割 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | DRaqL-Smart-seq2，DRaqL-Protease-Smart-seq2 |
| 5734 | 2025-10-06 |
Protocol for preparing formalin-fixed paraffin-embedded musculoskeletal tissue samples from mice for spatial transcriptomics
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102986
PMID:38555590
|
研究论文 | 本文提供了一种用于小鼠骨组织和多组织肌肉骨骼FFPE样本的空间转录组学实验方案 | 开发了专门针对矿化组织脱钙的FFPE样本空间转录组学完整流程 | 实验周期较长（约18天），其中超过50%时间用于矿化组织脱钙 | 建立肌肉骨骼FFPE样本的空间转录组学标准化实验流程 | 小鼠股骨及相邻肌肉组织的FFPE样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 测序数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5735 | 2025-10-06 |
Protocol for quantifying stem-cell-derived cardiomyocyte maturity using transcriptomic entropy score
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103083
PMID:38781077
|
研究论文 | 提出一种基于单细胞RNA测序的转录组熵值评分协议，用于量化干细胞来源的心肌细胞成熟度 | 开发了基于单细胞RNA测序的熵值评分指标来量化心肌细胞成熟度，为评估干细胞分化效率提供了新工具 | 协议依赖于特定的R代码实现，可能需要一定的生物信息学技能 | 建立量化干细胞来源心肌细胞成熟度的标准化方法 | 多能干细胞来源的心肌细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5736 | 2025-10-06 |
A deep learning framework for denoising and ordering scRNA-seq data using adversarial autoencoder with dynamic batching
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103067
PMID:38748883
|
研究论文 | 提出一种基于动态批处理对抗自编码器的深度学习框架，用于单细胞RNA测序数据的去噪和排序 | 开发了动态批处理对抗自编码器(DB-AAE)，结合对抗训练和动态批处理技术改进单细胞RNA测序数据的去噪效果 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的技术噪音问题，提高数据质量 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对抗自编码器(AAE) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5737 | 2025-10-06 |
Hybrid Oncocytic Tumors (HOTs) in Birt-Hogg-Dubé Syndrome Patients-A Tale of Two Cities: Sequencing Analysis Reveals Dual Lineage Markers Capturing the 2 Cellular Populations of HOT
2024-Feb-01, The American journal of surgical pathology
DOI:10.1097/PAS.0000000000002152
PMID:37994665
|
研究论文 | 本研究通过整合分析和单细胞RNA测序鉴定出Birt-Hogg-Dubé综合征相关混合性嗜酸细胞肿瘤的双重谱系标记物 | 首次发现L1CAM和LINC01187在HOT中呈独特的棋盘格状互斥表达模式，能够捕获肿瘤中两种不同的上皮细胞群体 | 研究样本量有限，主要关注BHD综合征相关肿瘤 | 开发混合性嗜酸细胞肿瘤的诊断生物标志物 | Birt-Hogg-Dubé综合征患者的肾肿瘤和正常肾组织 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5738 | 2025-10-06 |
Demultiplexing of single-cell RNA-sequencing data using interindividual variation in gene expression
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae085
PMID:38911824
|
研究论文 | 本研究开发了一种利用个体间基因表达变异进行单细胞RNA测序数据解卷积的计算方法 | 提出基于个体间差异共表达模式的解卷积方法，无需额外实验步骤即可对混合样本进行细胞来源鉴定 | NA | 开发单细胞RNA测序混合样本的解卷积计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | 差异共表达分析 | 基因表达数据 | 6只同基因近交系小鼠和30个人类样本（脓毒症患者和健康个体） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5739 | 2025-10-06 |
Analysis of community connectivity in spatial transcriptomics data
2024, Frontiers in applied mathematics and statistics
IF:1.3Q3
DOI:10.3389/fams.2024.1403901
PMID:40475302
|
研究论文 | 本文提出了一种用于空间转录组数据分析中社区连通性分析的新方法 | 开发了首个能够表征细胞群落连通性的计算方法BANYAN，填补了现有工具无法分析群落内和群落间细胞相对相似性的空白 | 方法仅在模拟研究和有限的实际数据集上进行了验证，需要更广泛的应用验证 | 开发空间转录组数据中细胞群落连通性分析的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞群落 | 空间转录组学 | 黑色素瘤脑转移、浸润性导管癌、小细胞肺癌 | 空间转录组学 | 贝叶斯多层网络模型 | 空间转录组数据 | 多个真实数据集，包括小鼠大脑、黑色素瘤脑转移、浸润性导管癌和人类小细胞肺癌样本 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学 | 10x Visium, NanoString CosMx | 10x Visium空间转录组平台，NanoString CosMx空间分子成像平台 |
| 5740 | 2025-10-06 |
Comprehensive study of the murine MASH models' applicability by comparing human liver transcriptomes
2025-Sep-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123723
PMID:40404118
|
研究论文 | 通过比较人类肝脏转录组，全面评估多种小鼠MASH模型的适用性 | 首次系统整合多种小鼠MASH模型的转录组数据并与人类MASH数据集进行对比分析 | 仅评估了部分常用小鼠模型，未涵盖所有可能的MASH建模方法 | 建立详细的转录组参考以指导MASH研究中的模型选择和实验设计 | 小鼠MASH模型和人类MASH肝脏组织 | 转录组学 | 代谢相关脂肪性肝炎 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三种小鼠MASH模型（HFD、MCD、CDA-HFD）及CCl₄诱导模型和人类MASH数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |