本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
5701 | 2025-10-06 |
Sample collection protocol for single-cell RNA sequencing of functionally identified neuronal populations in vivo
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103135
PMID:38875113
|
研究论文 | 介绍一种在体功能鉴定神经元群体的单细胞RNA测序样本收集协议 | 结合病毒传递的活性依赖性标记工具(CaMPARI2)和虚拟现实环境,实现在体功能鉴定神经元群体的单细胞RNA测序 | NA | 开发功能鉴定神经元群体的单细胞RNA测序样本收集方法 | 小鼠神经元群体 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序,荧光激活细胞分选(FACS) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5702 | 2025-10-06 |
Enhancing Vasculogenesis in Dental Pulp Development: DPSCs-ECs Communication via FN1-ITGA5 Signaling
2024-05, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-024-10695-6
PMID:38418738
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示了牙髓干细胞与血管内皮细胞通过FN1-ITGA5信号通路促进牙髓发育过程中血管生成的新机制 | 首次发现牙髓干细胞通过FN1-ITGA5信号通路与血管内皮细胞进行细胞间通讯,促进牙髓血管生成 | 研究主要基于体外实验和动物模型,临床转化仍需进一步验证 | 探索牙髓发育过程中血管形成的调控机制 | 牙髓干细胞(DPSCs)和血管内皮细胞(ECs) | 组织工程与再生医学 | 牙科疾病 | 单细胞测序, 免疫组织化学, Western blot, RT-PCR, 细胞增殖检测, 划痕实验, 管形成实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞功能数据 | 发育期和成熟期牙髓样本,小鼠动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5703 | 2025-10-06 |
Identification and validation of an immunotherapeutic signature for colon cancer based on the regulatory patterns of ferroptosis and their association with the tumor microenvironment
2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research
DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119698
PMID:38387508
|
研究论文 | 本研究基于铁死亡调控模式构建了结肠癌免疫治疗特征,并验证其与肿瘤微环境的关联 | 首次系统识别结肠癌中铁死亡的三种调控模式,构建FRG-score量化体系,发现APOL6作为铁死亡相关药物敏感靶点 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 开发基于铁死亡调控模式的结肠癌免疫治疗特征 | 结肠癌样本和细胞系 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 1623个结肠癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5704 | 2025-10-06 |
Genetically supported causality between gut microbiota, prefrontal cortex and depression: insights from multiple Mendelian randomization, multi-omics analysis, and network pharmacology
2025-Oct-01, Journal of affective disorders
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.jad.2025.119458
PMID:40419156
|
研究论文 | 通过多组学分析和网络药理学方法研究肠道菌群与前额叶皮层在抑郁症中的因果关系 | 首次整合孟德尔随机化、多组学分析和网络药理学方法,系统阐明肠道菌群通过前额叶皮层影响抑郁症的因果机制 | 研究主要基于欧洲人群的GWAS数据,结果可能受人群异质性限制 | 探究肠道菌群与前额叶皮层在抑郁症发生发展中的因果关系和生物学机制 | 人类基因组数据、脑影像表型、抑郁症患者前额叶组织样本、CUMS诱导的小鼠模型 | 生物信息学 | 抑郁症 | 全基因组关联分析(GWAS)、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序、RT-qPCR、免疫荧光分析、分子对接 | NA | 基因组数据、脑影像数据、基因表达数据 | GM数据(n=5959)、抑郁症数据(43,280病例,329,192对照)、脑影像表型数据(n=33,224) | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
5705 | 2025-10-06 |
Endothelial Nrf2 deficiency promotes atherosclerotic lesion formation by shaping a proinflammatory niche
2025-Aug-15, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123725
PMID:40404122
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型证明内皮细胞Nrf2缺失通过诱导炎症特性和改变血管细胞通讯促进动脉粥样硬化形成 | 首次在单细胞水平揭示内皮Nrf2缺失通过改变内皮细胞转录组和细胞间通讯促进动脉粥样硬化的机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究内皮细胞特异性Nrf2缺失在动脉粥样硬化形成中的作用机制 | Nrf2Cdh5tKO基因敲除小鼠和对照Nrf2flox/flox小鼠 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 组织学分析 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 基因工程小鼠模型 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
5706 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics and metabolomics reveal the potential role of ASRGL1 in metabolic reprogramming and invasion of nasopharyngeal carcinoma cells
2025-08, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2025.106788
PMID:40320045
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和代谢组学分析揭示了ASRGL1在鼻咽癌细胞代谢重编程和侵袭中的潜在作用 | 首次在鼻咽癌中系统研究ASRGL1的表达特征和功能,发现其通过影响氨基酸代谢促进肿瘤侵袭 | 研究主要基于公共数据集和细胞系实验,缺乏体内实验验证 | 探究ASRGL1在鼻咽癌进展中的具体作用和机制 | 鼻咽癌细胞系C666-1和公共单细胞测序数据集 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序, 代谢组学, GC-MS, siRNA干扰, 细胞功能实验 | NA | 单细胞转录组数据, 代谢组数据, 细胞实验数据 | 公共数据集GSE150430和C666-1细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 代谢组学 | NA | NA |
5707 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptional profiling reveals cellular senescence and inflammatory persistence as key features of type 1 diabetes partial remission
2025-Jul, Diabetes, obesity & metabolism
DOI:10.1111/dom.16384
PMID:40183401
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析1型糖尿病部分缓解期的免疫机制 | 首次在单细胞水平揭示1型糖尿病部分缓解期存在细胞衰老和持续性炎症反应的特征 | 样本量相对有限,主要关注单核细胞亚群 | 探究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制 | 健康对照、新诊断1型糖尿病患者和部分缓解期患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | 轨迹推断、转录网络重建 | 单细胞转录组数据 | 健康对照、新诊断T1D患者和PR期患者的外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5708 | 2025-10-06 |
CD44 Deficiency Induces Combinatory NRF2 Inhibition and Endoplasmic Reticulum Stress-Associated Dyserythropoiesis
2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202500228R
PMID:40488748
|
研究论文 | 本研究揭示了CD44缺失通过抑制NRF2通路和诱导内质网应激导致红细胞生成异常的作用机制 | 首次阐明CD44在终末红细胞生成中通过调控PI3K/AKT/NRF2和p62/NRF2通路维持氧化还原稳态和蛋白质稳态的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类红细胞生成中的验证尚不充分 | 探究CD44在红细胞生成中的具体功能和分子机制 | CD44基因敲除小鼠、红细胞前体细胞、小鼠胎肝细胞 | 分子生物学 | 溶血性贫血 | 单细胞测序、基因敲除、体外红细胞分化实验 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | CD44KO小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5709 | 2025-10-06 |
Loss of ARNTL Enhances ER Stress and Apoptosis in CKD Through Disruption of NRF2 Signaling
2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202403398RRR
PMID:40489010
|
研究论文 | 本研究揭示了ARNTL通过调控NRF2信号通路在慢性肾病中抑制内质网应激和细胞凋亡的保护机制 | 首次发现ARNTL直接结合NRF2启动子区域并通过蛋白互作调控NRF2激活,在慢性肾病中形成关键保护轴 | 研究主要基于细胞模型和动物模型,临床转化价值需要进一步验证 | 探索慢性肾病中内质网应激导致肾小管细胞凋亡的分子机制 | 慢性肾病患者的肾脏组织、CKD模型小鼠、HK2人肾小管上皮细胞 | 分子生物学 | 慢性肾病 | 单细胞测序, 蛋白互作分析, 启动子结合实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白水平数据, 单细胞测序数据 | CKD患者和模型小鼠的肾脏组织样本,HK2细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5710 | 2025-10-06 |
Integrative Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal Functional and Spatial Heterogeneity of Atrial and Ventricular Cardiomyocytes in the Heart
2025-Jun-09, Molecular biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12033-025-01443-3
PMID:40488964
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示心脏中房性和室性心肌细胞的功能与空间异质性 | 首次结合单细胞RNA测序与空间定位技术,系统解析心肌细胞亚群的空间分布特征及细胞间通讯网络 | 研究基于分离的心脏细胞,可能丢失部分原生组织环境信息 | 阐明房性和室性心肌细胞的空间分布模式及其在能量代谢、泵功能和调节功能中的特异性作用 | 心脏组织中的房性心肌细胞(aCM)和室性心肌细胞(vCM) | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, PCA分析, t-SNE聚类, 配体-受体相互作用分析 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间定位数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
5711 | 2025-10-06 |
A spatially organized Cd24a+/Pax9+ stem cell core governs postnatal tooth establishment
2025-Jun-06, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adu5653
PMID:40479070
|
研究论文 | 本研究揭示了Cd24a+/Pax9+干细胞核心在出生后牙齿建立过程中的空间组织与功能 | 首次发现并表征了空间组织的Cd24a+/Pax9+干细胞核心在哺乳动物牙齿发育中的关键作用 | NA | 探究出生后牙齿建立过程中干细胞的空间组织与发育机制 | 小鼠和人类牙齿组织 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,CUT&Tag,空间图谱 | NA | 基因表达数据,表观遗传数据,空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5712 | 2025-10-06 |
Cathepsin C correlates with M2 macrophage infiltration and regulates the tumor growth and metastasis in non-small cell lung cancer
2025-Jun-05, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14341-3
PMID:40474091
|
研究论文 | 本研究探讨组织蛋白酶C在非小细胞肺癌中的作用机制及其与M2巨噬细胞浸润的关系 | 首次通过单细胞测序揭示CTSC在非小细胞肺癌免疫微环境中的表达特征,并证实其与M2巨噬细胞浸润的正相关性 | 未明确CTSC调控M2巨噬细胞浸润的具体分子机制 | 阐明CTSC在非小细胞肺癌进展和转移中的调控作用 | 非小细胞肺癌细胞系、临床患者组织样本 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 基因集富集分析, 细胞功能实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 临床数据 | 临床非小细胞肺癌队列组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5713 | 2025-10-06 |
Targeting CD39 boosts PD-1 blockade antitumor therapeutic efficacy via strengthening CD8 + TILs function and recruiting B cells in cervical cancer
2025-Jun-03, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03500-0
PMID:40462160
|
研究论文 | 本研究通过靶向CD39增强PD-1阻断在宫颈癌中的抗肿瘤疗效 | 发现CD39高表达与CD8+T细胞耗竭相关,并开发了含POM-1的脂质体增强治疗效果 | 样本量较小(仅10例患者),需更大规模研究验证 | 寻找增强免疫检查点抑制剂治疗宫颈癌疗效的新策略 | 宫颈癌患者样本和皮下肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 10例宫颈癌患者(本中心队列)+TCGA数据库队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5714 | 2025-10-06 |
PSMB10 maintains the stemness of chemotherapeutic drug-resistant leukemia cells by inhibiting senescence and cytotoxic T lymphocyte-mediated killing in a ubiquitinated degradation manner
2025-Jun-03, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03420-9
PMID:40462177
|
研究论文 | 本研究揭示了PSMB10通过泛素化降解方式维持化疗耐药白血病细胞干性、抑制衰老和细胞毒性T淋巴细胞杀伤的新机制 | 首次发现PSMB10在化疗后非衰老白血病干细胞中特异性高表达,并阐明其通过调控SLC22A16介导的药物内吞和MHC-I蛋白降解双重机制维持白血病干细胞干性 | 研究主要基于体外实验和动物模型,临床转化仍需进一步验证 | 探索化疗耐药白血病干细胞维持干性的分子机制,寻找新的治疗靶点 | 急性髓系白血病细胞、白血病干细胞、细胞毒性T淋巴细胞 | 癌症生物学 | 白血病 | 单细胞RNA-seq、RT-qPCR、流式细胞术、免疫共沉淀、荧光素酶报告基因检测、定量蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能数据 | AML患者临床样本、人类AML异种移植模型、PSMB10敲除同源小鼠骨髓移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5715 | 2025-10-06 |
A resource for whole-body gene expression map of human tissues based on integration of single cell and bulk transcriptomics
2025-Jun-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03616-4
PMID:40462185
|
研究论文 | 基于单细胞和批量转录组学整合构建人体组织全基因表达图谱资源 | 通过整合单细胞和批量转录组学数据,采用组织混合分析方法增强转录组覆盖深度,首次系统性地绘制了人体主要组织和器官的蛋白质编码基因表达图谱 | NA | 构建人体全组织基因表达图谱,探索基因和蛋白质在细胞中的空间分布 | 人体31种主要组织和器官的蛋白质编码基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序, 批量转录组测序, 抗体分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 31种人体组织,识别出557个独特细胞簇 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
5716 | 2025-10-06 |
Transcriptional landscape of aniridia-associated keratopathy through single-cell RNA sequencing
2025-Jun-03, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2025.05.008
PMID:40473205
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示先天性无虹膜相关角膜病变的转录组景观 | 首次在单细胞水平上表征AAK患者角膜上皮细胞的基因表达谱,发现中央角膜区域存在表达角膜特异性角蛋白的细胞亚群 | 单例病例研究,样本量有限 | 阐明先天性无虹膜相关角膜病变的分子机制 | 48岁女性先天性无虹膜患者的角膜上皮组织 | 数字病理学 | 角膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例患者(中央角膜和角膜缘组织) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5717 | 2025-10-06 |
Exploring the Molecular Mechanisms of Fisetin in Treating Periodontitis Through Multiomics and Network Pharmacology
2025-Jun, International dental journal
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.identj.2024.12.012
PMID:39755534
|
研究论文 | 本研究通过多组学和网络药理学方法探索非瑟酮治疗牙周炎的分子机制 | 首次结合网络药理学、动物模型和单细胞/空间转录组学技术系统研究非瑟酮治疗牙周炎的作用机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未在临床患者中验证 | 探索非瑟酮治疗牙周炎的分子机制和疗效 | 牙周炎大鼠模型和人牙周膜成纤维细胞 | 多组学分析 | 牙周炎 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 网络药理学分析 | 动物疾病模型 | 转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
5718 | 2025-10-06 |
Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes
2025-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08720-w
PMID:40074895
|
研究论文 | 本研究通过建立高灵敏度单细胞RNA测序方法,揭示了非洲锥虫抗原表达层次性的基因组决定因素 | 首次建立了针对布氏锥虫的高灵敏度单细胞RNA测序方法,能够在单细胞水平追踪抗原转换事件中的转录组变化和基因组重排 | 研究局限于模型原生动物寄生虫布氏锥虫,方法在其他病原体的适用性有待验证 | 揭示非洲锥虫抗原表达层次性的分子机制和基因组决定因素 | 布氏锥虫(Trypanosoma brucei)寄生虫 | 基因组学 | 寄生虫感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5719 | 2025-10-06 |
Characterizing resistant cellular states in nasopharyngeal carcinoma during EBV lytic induction
2025-Jun, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03341-z
PMID:40133476
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学分析鼻咽癌细胞对EBV裂解诱导的异质性反应 | 首次发现并表征了EBV裂解诱导不敏感细胞状态,鉴定出SOX2和NTRK2作为该状态的关键标志物 | 研究仅使用NPC43细胞系,未在更多细胞模型或体内验证 | 探究鼻咽癌细胞对EBV裂解诱导治疗的异质性反应机制 | EBV阳性鼻咽癌细胞系NPC43 | 单细胞转录组学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NPC43细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5720 | 2025-10-06 |
sEV-mediated intercellular transformation from MGAT4AHigh to MGAT4ALow tumor cells via the HOTAIRM1/miR-196b-5p axis promotes apoptosis resistance in CTCL
2025-Jun, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03356-6
PMID:40155530
|
研究论文 | 本研究揭示了sEV介导的HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴通过调控N-糖基化修饰诱导CTCL细胞凋亡抵抗的机制 | 首次发现MGAT4AHigh肿瘤细胞通过sEV传递miR-196b-5p将MGAT4ALow良性细胞转化为凋亡抵抗细胞,并开发了工程化sEV靶向治疗策略 | NA | 探究HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)凋亡抵抗中的作用机制 | CTCL肿瘤细胞、良性CD4+T细胞、小细胞外囊泡(sEVs) | 分子生物学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 全转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |