单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5701	2024-12-13	Cellular MSI-H score: a robust predictive biomarker for immunotherapy response and survival in gastrointestinal cancer 2024, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/AIWP6518 PMID:39659917	研究论文	本文提出了一种基于细胞水平的MSI-H评分方法，用于预测免疫治疗反应和胃肠道癌症患者的生存率	通过单细胞RNA测序数据，开发了一种新的细胞MSI-H评分方法，相比传统的分子MSI-H评分，能够更准确地预测免疫治疗反应和生存率	需要进一步的临床试验来验证该方法在不同癌症类型和患者群体中的适用性	开发一种更准确的MSI-H评分方法，以指导胃肠道癌症的免疫治疗决策	胃肠道癌症患者的免疫治疗反应和生存率	数字病理学	胃肠道癌	单细胞RNA测序	高斯有限混合模型	基因表达数据	97名接受免疫治疗的胃肠道癌症患者
5702	2024-12-13	Effect of subcutaneous adipose tissue-associated CSRP2 on the progression of prostate cancer via the WDR5/USP44 pathway 2024, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/AHQT5920 PMID:39659944	研究论文	研究探讨了皮下脂肪组织相关蛋白CSRP2通过WDR5/USP44途径影响前列腺癌进展的机制	首次揭示了CSRP2通过抑制WDR5的去泛素化来抑制前列腺癌细胞增殖的机制	研究主要基于细胞实验和动物模型，尚未在人体中验证该机制	探讨肥胖相关蛋白CSRP2在前列腺癌进展中的作用及其分子机制	前列腺癌细胞及其相关蛋白CSRP2、WDR5和USP44	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、组织芯片、免疫共沉淀、质谱分析	NA	基因表达数据	使用了来自The Cancer Genome Atlas的前列腺癌转录组数据以及来自前列腺癌细胞的单细胞RNA测序和组织芯片数据
5703	2024-12-13	Multi-modal transcriptomics: integrating machine learning and convolutional neural networks to identify immune biomarkers in atherosclerosis 2024, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2024.1397407 PMID:39660117	研究论文	本研究通过整合机器学习和卷积神经网络技术，分析多模态转录组数据，以识别与动脉粥样硬化相关的免疫生物标志物	本研究首次揭示了与动脉粥样硬化相关的三个关键基因（CD36、S100A10、CSNK1A1），并提出了基于这些基因的两种不同亚型（C2和C1），为临床免疫药物研究提供了新范式	本研究主要基于公开的GEO数据集，样本量和数据多样性可能有限，未来需要更大规模和多样化的实验验证	建立计算模型，揭示与动脉粥样硬化相关的分子水平标志物	动脉粥样硬化相关的免疫生物标志物	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	卷积神经网络（CNN）	基因表达数据	共分析了198个样本（包括104个动脉粥样硬化病变样本和94个对照样本）以及30,498个单细胞
5704	2024-12-13	A novel molecular classification system based on the molecular feature score identifies patients sensitive to immune therapy and target therapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1466069 PMID:39660131	研究论文	本研究基于多维分子特征评分开发了一种新的分子分类系统，用于识别对免疫治疗和靶向治疗敏感的肝细胞癌患者	提出了基于多维分子特征评分的分子分类系统，并开发了实用的预测软件，识别了对免疫治疗和靶向治疗敏感的患者群体	NA	研究肝细胞癌的多维分子特征评分，并基于此进行分子分类，以指导精准医学	肝细胞癌患者的分子特征和分类	数字病理学	肝癌	RNA测序、单核苷酸变异分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因组数据	NA
5705	2024-12-13	Decoding NY-ESO-1 TCR T cells: transcriptomic insights reveal dual mechanisms of tumor targeting in a melanoma murine xenograft model 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1507218 PMID:39660132	研究论文	本研究探讨了靶向NY-ESO-1抗原的TCR-T细胞在黑色素瘤小鼠异种移植模型中的功能状态和肿瘤靶向机制	首次揭示了NY-ESO-1 TCR-T细胞通过抗原非依赖性NK样和抗原特异性CTL样反应实现双重抗肿瘤效应	研究仅在特定的小鼠模型中进行，结果的临床转化仍需进一步验证	探讨TCR-T细胞在治疗实体瘤中的作用机制	靶向NY-ESO-1抗原的TCR-T细胞及其在黑色素瘤中的作用	数字病理学	黑色素瘤	NanoString技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	SK-Mel-37异种移植模型中的TCR-T细胞
5706	2024-12-13	Single-cell transcriptomics reveals long noncoding RNAs associated with tumor biology and the microenvironment in pancreatic cancer 2023-Dec, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcad055 PMID:38023733	研究论文	研究通过单细胞转录组学揭示了与胰腺癌肿瘤生物学和微环境相关的长链非编码RNA	首次使用单细胞转录组数据全面评估了胰腺导管腺癌中的长链非编码RNA景观，并揭示了肿瘤内在生物学和肿瘤微环境中lncRNA的作用	研究仅限于胰腺导管腺癌，且样本量相对较小	探讨长链非编码RNA在胰腺导管腺癌中的作用及其与肿瘤内在生物学和微环境的关系	胰腺导管腺癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	21名胰腺导管腺癌患者的73个多区域样本
5707	2024-12-13	Single-cell, whole-embryo phenotyping of mammalian developmental disorders 2023-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06548-w PMID:37968388	研究论文	本文开发了一种基于单细胞RNA测序的全胚胎表型分析平台，用于系统性地表征小鼠遗传模型的发育异常	首次将单细胞RNA测序应用于全胚胎表型分析，提供了前所未有的广度和分辨率	研究仅限于胚胎发育的特定阶段（胚胎第13.5天），且样本量相对较小	建立一种可扩展的平台，用于系统性地表征小鼠遗传模型的发育异常	22种突变型和4种野生型小鼠胚胎的单细胞RNA测序数据	数字病理学	发育障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	101个胚胎，包括22种突变型和4种野生型
5708	2024-12-13	The cellular response to extracellular vesicles is dependent on their cell source and dose 2023-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh1168 PMID:37656796	研究论文	研究探讨了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞反应的影响	首次系统分析了不同细胞来源和剂量的外泌体对细胞转录效应的影响，并使用单细胞RNA测序技术在体内外进行了验证	研究主要集中在体外和体内实验，未涉及临床应用	探讨外泌体在细胞间通讯中的作用及其作为治疗剂的潜力	不同细胞来源和剂量的外泌体对成纤维细胞的转录效应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	12种不同细胞来源的外泌体，剂量范围为每细胞20到200,000
5709	2024-12-13	Single-cell transcriptomics identifies prothymosin α restriction of HIV-1 in vivo 2023-08-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg0873 PMID:37531416	研究论文	本研究利用单细胞转录组分析，鉴定了在体内限制HIV-1感染的宿主因子prothymosin α	首次通过单细胞转录组分析鉴定了prothymosin α作为体内限制HIV-1感染的宿主因子，并在体外实验中验证了其抑制HIV-1转录和病毒产生的作用	研究样本量相对较小，且仅限于特定HIV-1亚型和地区的参与者	鉴定在体内限制HIV-1感染的宿主因子，并探讨其对病毒传播和治愈策略的影响	HIV-1感染的宿主因子prothymosin α及其在体内外的抗病毒作用	基因组学	HIV感染	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	30名参与者（包括1名高病毒载量的参与者和28名来自泰国和美洲的HIV-1 CRF01_AE和亚型B感染者）
5710	2024-12-13	Six3 and Six6 jointly regulate the identities and developmental trajectories of multipotent retinal progenitor cells in the mouse retina 2023-May-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.03.539288 PMID:37205402	研究论文	研究了Six3和Six6在调控小鼠视网膜多能祖细胞的身份和发育轨迹中的作用	通过单细胞RNA测序和条件性基因敲除技术，揭示了Six3和Six6在视网膜祖细胞分化中的协同调控作用，并发现了新的候选基因	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类视网膜中验证这些发现	探讨Six3和Six6在视网膜发育中的分子机制，为视网膜再生治疗提供理论基础	小鼠视网膜中的多能祖细胞及其分化轨迹	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎小鼠眼杯样本
5711	2024-12-12	Identification and validation of serum MUC17 as a non-invasive early warning biomarker for screening of gastric intraepithelial neoplasia 2025-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102207 PMID:39580962	研究论文	本文研究了MUC17作为胃上皮内瘤变的非侵入性早期预警生物标志物的鉴定和验证	首次鉴定并验证了MUC17作为胃上皮内瘤变的非侵入性生物标志物，具有高胃癌特异性	研究主要基于数据库数据和临床样本的验证，未来需要更大规模的临床试验来进一步验证其有效性	寻找和验证胃上皮内瘤变的非侵入性早期预警生物标志物	MUC17在胃上皮内瘤变中的表达及其作为生物标志物的潜力	NA	胃癌	scRNA-seq, IHC, Elisa	NA	mRNA数据, 基因列表	临床患者的血清和组织样本，涵盖不同病理阶段
5712	2024-12-12	Single-cell analysis combined with transcriptome sequencing identifies autophagy hub genes in macrophages after spinal cord injury 2025-Jan, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110412 PMID:39612968	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和转录组测序联合分析，揭示了脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化	首次通过单细胞RNA测序和转录组测序的联合分析，揭示了脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化	实验仅限于脊髓损伤后的巨噬细胞，未涉及其他细胞类型或疾病模型	探索脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化及其分子机制	脊髓损伤后的巨噬细胞	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
5713	2024-12-12	Spatial transcriptomics identifies RBM39 as a gene associated with Gleason score progression in prostate cancer 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111351 PMID:39650727	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探讨了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并鉴定了与Gleason评分进展相关的基因RBM39	首次通过空间转录组学技术揭示了前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并验证了RBM39与Gleason评分进展的相关性	研究主要基于Visium空间转录组学数据，可能无法完全捕捉到肿瘤的异质性	探讨前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组模式，并鉴定与Gleason评分进展相关的基因	前列腺癌不同Gleason评分区域的转录组	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	PCA, Louvain聚类分析, inferCNV, DPT, PAGA	转录组数据	NA
5714	2024-12-12	Corneal strain influences keratocyte proliferation and migration through upregulation of ALDH3A1 expression 2024-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401392R PMID:39652089	研究论文	本研究探讨了角膜应变对角膜基质细胞增殖和迁移的影响，发现应变通过上调ALDH3A1表达抑制细胞增殖	首次揭示了角膜应变通过上调ALDH3A1表达抑制角膜基质细胞增殖和迁移的机制	研究主要集中在体外实验和动物模型，缺乏人体临床数据	探讨角膜应变对角膜基质细胞行为的影响及其分子机制	角膜基质细胞及其在角膜应变下的增殖和迁移行为	NA	NA	RT-qPCR, 免疫荧光染色, RNA干扰, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 细胞行为数据	人类角膜基质细胞, 小鼠角膜损伤模型, 圆锥角膜患者角膜基质细胞
5715	2024-12-12	Nuclear translocation of plasma membrane protein ADCY7 potentiates T cell-mediated antitumour immunity in HCC 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332902 PMID:39349007	研究论文	本文研究了ADCY7蛋白在肝细胞癌（HCC）中通过核转位增强T细胞介导的抗肿瘤免疫的作用	首次揭示了ADCY7通过核转位作为转录共激活因子促进CCL5表达，从而增强CD8+ T细胞浸润，抑制HCC进展	NA	探讨HCC中导致免疫逃逸的关键基因，并提出重塑HCC微环境的新治疗策略	肝细胞癌（HCC）中的免疫逃逸机制及ADCY7蛋白的功能	数字病理学	肝细胞癌	CRISPR筛选、单细胞RNA测序、流式细胞术、染色质免疫沉淀、共免疫沉淀	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据	使用HCC小鼠模型进行实验
5716	2024-12-12	RNA isoform diversity in human neurodegenerative diseases 2024-Dec-10, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0296-24.2024 PMID:39658200	研究论文	本文结合10X Genomics短读长单核RNA测序和PacBio长读长单核RNA测序，研究了与神经退行性疾病相关的基因在单细胞水平上的RNA异构体多样性	本文首次在单细胞水平上结合短读长和长读长测序技术，揭示了人类前额叶皮层中与神经退行性疾病相关的基因的RNA异构体多样性，并开发了一种用于检测异构体结构差异的信息学方法	本文仅比较了阿尔茨海默病、路易体痴呆和帕金森病三种神经退行性疾病，且样本量有限	研究人类神经退行性疾病中RNA异构体的多样性及其潜在的疾病特征和治疗靶点	人类前额叶皮层样本中的单核RNA异构体	数字病理学	神经退行性疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	25名阿尔茨海默病、路易体痴呆或帕金森病患者及年龄匹配的对照组样本，共分析了超过165,000个细胞
5717	2024-12-12	Single-cell RNA sequencing in stroke and traumatic brain injury: Current achievements, challenges, and future perspectives on transcriptomic profiling 2024-Dec-09, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism IF:4.9Q1 DOI:10.1177/0271678X241305914 PMID:39648853	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在卒中和创伤性脑损伤中的应用，讨论了当前的成就、挑战以及未来的发展方向	本文介绍了scRNA-seq技术的最新进展，包括空间转录组学的应用，以及如何结合蛋白质组学、代谢组学或染色质可及性数据进行未来研究	本文未详细讨论scRNA-seq技术在实际应用中的具体限制，如组织解离过程中引起的细胞应激反应	探讨scRNA-seq技术在卒中和创伤性脑损伤中的应用及其未来发展	卒中和急性创伤性脑损伤的单细胞RNA测序	数字病理学	脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
5718	2024-12-12	Advances in integrating single-cell sequencing data to unravel the mechanism of ferroptosis in cancer 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae025 PMID:38874174	综述	本文综述了单细胞测序技术在铁死亡相关癌症研究中的进展	单细胞测序技术提供了比传统批量测序更精细的细胞和分子特征信息，有助于揭示铁死亡相关的机制和途径	NA	探讨单细胞测序技术在铁死亡相关癌症研究中的应用	铁死亡相关的途径、免疫检查点、生物标志物以及与铁死亡相关的肿瘤细胞簇	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
5719	2024-12-12	A comprehensive survey of dimensionality reduction and clustering methods for single-cell and spatial transcriptomics data 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae023 PMID:38860675	综述	本文系统总结了用于单细胞和空间转录组数据降维和聚类分析的最广泛认可的算法	提供了对该领域现有工具的全面总结，为开发新工具提供了有价值的见解和思路	NA	总结单细胞和空间转录组数据降维和聚类分析的算法	单细胞转录组和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	转录组数据	NA
5720	2024-12-12	A comprehensive review of approaches for spatial domain recognition of spatial transcriptomes 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae040 PMID:39426802	综述	本文综述了空间转录组学中空间域识别方法的现状和进展	本文探讨了现有方法的优缺点，并为未来工具开发提供了建议和方向	本文未提及具体方法的局限性，而是从整体上讨论了现有方法的局限性	回顾空间域识别研究的现状和进展，探讨现有方法的优缺点，并提供未来工具开发的建议和方向	空间转录组学中的空间域识别方法	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA