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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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5681 | 2025-10-06 |
Cholangiocytes contribute to hepatocyte regeneration after partial liver injury during growth spurt in zebrafish
2025-Jun-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60334-y
PMID:40480975
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研究论文 | 本研究通过建立斑马鱼部分肝损伤模型,揭示了在快速生长期胆管细胞通过转分化为肝细胞参与肝脏再生的机制 | 首次在快速生长期动物模型中证明胆管细胞是新生肝细胞的主要来源,并发现mTORC1信号通路调控胆管细胞可塑性 | 研究仅限于斑马鱼模型,尚未在哺乳动物中验证 | 探究快速生长期肝脏再生的细胞来源和分子机制 | 斑马鱼肝脏 | 发育生物学 | 肝损伤 | 单细胞转录组测序,谱系追踪,基因组编辑 | NA | 基因表达数据,谱系追踪数据 | 斑马鱼部分肝损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5682 | 2025-10-06 |
RAN potentiates nuclear export of phosphorylated AMPK, reshaping lipid metabolism and impairing immune efficacy in lung adenocarcinoma
2025-Jun-06, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00977-8
PMID:40481101
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研究论文 | 本研究探讨RAN通过调节磷酸化AMPK核输出影响脂质代谢,从而削弱肺腺癌免疫治疗效果的机制 | 首次揭示RAN通过调控p-AMPK核输出重塑脂质代谢并影响免疫治疗效果的分子机制 | 样本量较小(n=15),需要更大规模研究验证 | 探索肺腺癌免疫治疗反应差异的代谢机制 | 肺腺癌患者和细胞系 | 单细胞转录组学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 15例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5683 | 2025-10-06 |
Identification of immune-associated genes and single-cell sequencing analysis in diagnosing Behçet's disease
2025-Jun-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-05086-x
PMID:40481130
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研究论文 | 通过批量测序和单细胞测序分析白塞病的免疫景观并鉴定新的诊断生物标志物 | 首次在单细胞分辨率下探索单核细胞在白塞病发生发展中的作用,并通过机器学习筛选出5个新的潜在诊断标志物 | 研究主要依赖公共数据库数据,实验验证仅限于小鼠模型 | 识别白塞病的免疫相关基因并开发诊断方法 | 白塞病患者和小鼠模型 | 生物信息学 | 白塞病 | 批量测序,单细胞测序,qRT-PCR | LASSO | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的白塞病数据和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
5684 | 2025-10-06 |
BNT162b2 COVID-19 vaccination elicits the expansion of CD16+CD8+ T cells endowed with natural killer cell features
2025-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.024
PMID:39894227
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研究论文 | 本研究揭示了BNT162b2 mRNA疫苗接种可诱导具有自然杀伤细胞特征的CD16+CD8+ T细胞扩增 | 首次发现mRNA疫苗能诱导产生兼具适应性免疫和天然免疫特征的CD16+CD8+ T细胞亚群 | 样本量较小(30名健康个体),未评估长期免疫持久性 | 表征BNT162b2 mRNA疫苗接种后出现的非常规T细胞亚群 | 接受两剂BNT162b2 mRNA疫苗的健康人类个体 | 免疫学 | COVID-19 | 多参数流式细胞术,单细胞转录组分析 | NA | 流式细胞数据,单细胞转录组数据 | 30名健康个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5685 | 2025-10-06 |
Kinesin family member 4 a drives Cancer stem cell characteristics in breast Cancer: Insights from scRNA-Seq and experimental validation
2025-Jun, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144308
PMID:40383330
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据识别乳腺癌癌症干细胞标志基因,并验证KIF4A在癌症干细胞特性中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序结合实验验证揭示KIF4A是乳腺癌癌症干细胞特性的关键调控因子 | 研究主要基于公共数据集和有限实验验证,需要进一步临床样本验证 | 识别乳腺癌癌症干细胞标志基因并验证其功能 | 乳腺癌细胞系和裸鼠模型 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,加权基因共表达网络分析 | NA | 基因表达数据 | GSE180286单细胞数据集和TCGA乳腺癌数据集 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
5686 | 2025-10-06 |
Integrative genome-wide association studies, proteome-wide Mendelian randomization, and single-cell RNA sequencing identify interleukin-6 receptor protein as a therapeutic target in aortic aneurysm
2025-Jun, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144380
PMID:40409638
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研究论文 | 本研究通过整合基因组关联研究、蛋白质组孟德尔随机化和单细胞RNA测序,识别白细胞介素-6受体蛋白作为主动脉瘤的潜在治疗靶点 | 首次将GWAS、PW-MR和单细胞RNA测序整合应用于主动脉瘤研究,发现IL6R在疾病机制中的关键作用 | 靶向IL6R的药物可能存在副作用需要进一步评估 | 识别主动脉瘤的新生物标志物和治疗靶点 | 主动脉瘤患者和健康对照人群 | 生物信息学 | 心血管疾病 | GWAS, PW-MR, 单细胞RNA测序 | 孟德尔随机化模型, 多性状共定位分析 | 基因组数据, 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | 8125例AA患者和381,977例对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5687 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveals an anti-tumor neutrophil subgroup in microwave thermochemotherapy-treated lip cancer
2025-05-13, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-025-00366-8
PMID:40360503
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学揭示微波热化疗治疗唇癌中抗肿瘤中性粒细胞亚群的作用机制 | 首次发现微波热化疗通过增强血液灌注诱导抗肿瘤中性粒细胞(N1-TANs)浸润,并鉴定MX2作为N1-TANs标志物,开发了基于H&E图像的深度学习预测模型 | 研究样本量有限,机制验证主要基于转录组数据,需要进一步实验验证 | 探究微波热化疗治疗唇鳞状细胞癌的免疫调节机制 | 唇鳞状细胞癌患者肿瘤组织中的免疫细胞和肿瘤微环境 | 数字病理 | 唇癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 深度学习 | 深度学习模型 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, H&E染色图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
5688 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing systematically analyzed the mechanism of Emdogain on the restoration of delayed replantation periodontal membrane
2025-04-17, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-024-00345-5
PMID:40246878
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序系统分析Emdogain在延迟再植牙周膜修复中的作用机制 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示EMD通过调控Vtn+成纤维细胞、促进骨生成和血管生成通路的作用机制 | 研究仅基于大鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究Emdogain促进延迟再植牙周膜修复的细胞和分子机制 | 大鼠延迟牙齿再植模型 | 单细胞测序 | 牙周病 | 单细胞RNA测序,micro-CT,HE染色,TRAP染色,免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据,影像数据,组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5689 | 2025-10-06 |
Generation of a fluorescent hESC reporter line (Kle033-A-1) for the isolation of distinct midbrain progenitor cell types
2024-12, Stem cell research
IF:0.8Q4
DOI:10.1016/j.scr.2024.103523
PMID:39383604
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研究论文 | 本研究通过CRISPR/Cas9技术构建了荧光标记的人胚胎干细胞报告系,用于分离中脑多巴胺能前体细胞 | 首次利用CRISPR/Cas9技术构建特异性荧光报告细胞系,实现两种中脑多巴胺能前体细胞(Rgl1和ProgM)的分离 | NA | 开发帕金森病细胞替代疗法的精确策略 | 人胚胎干细胞、中脑多巴胺能前体细胞 | 干细胞研究 | 帕金森病 | CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5690 | 2025-10-06 |
Multi-sample non-negative spatial factorization
2024-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.01.599554
PMID:39005356
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研究论文 | 提出多样本非负空间因子分解(mNSF)框架,用于分析多样本空间转录组数据 | 将单样本空间因子分解(NSF)扩展到多样本数据集,无需空间对齐,包含样本特异性空间相关性建模 | 未明确说明具体的数据规模限制和计算复杂度 | 开发多样本空间转录组数据分析方法 | 多样本空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 非负空间因子分解 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5691 | 2025-10-06 |
VisualZoneR: A computational protocol to identify compartmental zones from single-cell spatial transcriptomics using R
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103196
PMID:39067026
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研究论文 | 介绍一种基于R语言的VisualZoneR计算协议,用于从单细胞空间转录组数据中识别区室化区域 | 开发了专门用于分析Visium和Visium HD空间转录组数据的R语言工具,能够识别从健康组织到转移区域的不同区室 | NA | 建立从单细胞空间转录组数据中识别区室化区域的计算方法 | 肝脏组织,包括健康肝组织和转移区域 | 空间转录组学 | 肝癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium, Visium HD | 10x Visium空间转录组技术 |
5692 | 2025-10-06 |
Protocol for analysis of single-cell sequencing data by Seqtometry
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103209
PMID:39096493
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研究论文 | 介绍用于单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据分析的Seqtometry分析平台协议 | 提出基于基因特征高级评分的Seqtometry分析平台,可直接通过生物学可解释维度识别和表征特定细胞 | NA | 开发单细胞测序数据分析协议 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
5693 | 2025-10-06 |
Protocol to achieve high-resolution single-cell transcriptomics of cardiomyocytes in multiple species
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103194
PMID:39096494
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研究论文 | 提供从多种物种中获取心肌细胞高分辨率单细胞转录组测序的详细实验方案 | 开发了适用于稀有心肌细胞群体(如再生/分裂细胞)的scRNA-seq方案,支持跨物种应用 | NA | 建立高质量单细胞转录组测序的实验流程 | 小鼠和斑马鱼心脏以及诱导多能干细胞中的心肌细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
5694 | 2025-10-06 |
Protocol to study the immune profile of syngeneic mouse tumor models
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103139
PMID:38878286
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研究论文 | 本文提供了一个用于研究同源小鼠肿瘤模型免疫特征的实验方案 | 整合了流式细胞术和单细胞RNA测序等多种技术来全面表征肿瘤微环境的免疫特征 | NA | 建立标准化流程来研究小鼠肿瘤模型的免疫特征 | 荷瘤小鼠的肿瘤组织和免疫相关器官 | 数字病理学 | 肿瘤 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 单细胞悬液制备 | NA | 单细胞数据, 流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5695 | 2025-10-06 |
Protocol for preparing mammalian skin samples encompassing hair follicles for spatial transcriptomics
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103254
PMID:39146191
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方法论文 | 本文提出了一种用于空间转录组学的哺乳动物皮肤样本制备方案,特别关注包含毛囊的样本 | 针对皮肤组织空间转录组学分析的挑战,开发了专门的样本制备流程 | 仅提供实验方案,未包含实际应用数据验证 | 建立适用于皮肤组织空间转录组学分析的标准化样本制备方法 | 哺乳动物皮肤组织样本,特别是包含毛囊的区域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5696 | 2025-10-06 |
Somatic epigenetic drift during shoot branching: a cell lineage-based model
2024-Aug-07, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyae091
PMID:38809088
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研究论文 | 提出基于细胞谱系的模型研究植物分枝过程中的体细胞表观遗传漂变 | 首次形式化分离分生组织模型中细胞随机采样过程,揭示分枝过程中细胞谱系混合现象 | 理论模型需要实验验证,未考虑环境因素对表观遗传的影响 | 研究植物分枝过程中体细胞表观遗传变异的积累机制 | 植物顶端分生组织细胞 | 计算生物学 | NA | 理论建模 | 细胞谱系模型 | 理论模拟数据 | NA | NA | 单细胞测序,批量测序 | NA | NA |
5697 | 2025-10-06 |
Sample collection protocol for single-cell RNA sequencing of functionally identified neuronal populations in vivo
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103135
PMID:38875113
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研究论文 | 介绍一种在体功能鉴定神经元群体的单细胞RNA测序样本收集协议 | 结合病毒传递的活性依赖性标记工具(CaMPARI2)和虚拟现实环境,实现在体功能鉴定神经元群体的单细胞RNA测序 | NA | 开发功能鉴定神经元群体的单细胞RNA测序样本收集方法 | 小鼠神经元群体 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序,荧光激活细胞分选(FACS) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5698 | 2025-10-06 |
Enhancing Vasculogenesis in Dental Pulp Development: DPSCs-ECs Communication via FN1-ITGA5 Signaling
2024-05, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-024-10695-6
PMID:38418738
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示了牙髓干细胞与血管内皮细胞通过FN1-ITGA5信号通路促进牙髓发育过程中血管生成的新机制 | 首次发现牙髓干细胞通过FN1-ITGA5信号通路与血管内皮细胞进行细胞间通讯,促进牙髓血管生成 | 研究主要基于体外实验和动物模型,临床转化仍需进一步验证 | 探索牙髓发育过程中血管形成的调控机制 | 牙髓干细胞(DPSCs)和血管内皮细胞(ECs) | 组织工程与再生医学 | 牙科疾病 | 单细胞测序, 免疫组织化学, Western blot, RT-PCR, 细胞增殖检测, 划痕实验, 管形成实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞功能数据 | 发育期和成熟期牙髓样本,小鼠动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5699 | 2025-10-06 |
Identification and validation of an immunotherapeutic signature for colon cancer based on the regulatory patterns of ferroptosis and their association with the tumor microenvironment
2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research
DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119698
PMID:38387508
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研究论文 | 本研究基于铁死亡调控模式构建了结肠癌免疫治疗特征,并验证其与肿瘤微环境的关联 | 首次系统识别结肠癌中铁死亡的三种调控模式,构建FRG-score量化体系,发现APOL6作为铁死亡相关药物敏感靶点 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 开发基于铁死亡调控模式的结肠癌免疫治疗特征 | 结肠癌样本和细胞系 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 1623个结肠癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5700 | 2025-10-06 |
Genetically supported causality between gut microbiota, prefrontal cortex and depression: insights from multiple Mendelian randomization, multi-omics analysis, and network pharmacology
2025-Oct-01, Journal of affective disorders
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.jad.2025.119458
PMID:40419156
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研究论文 | 通过多组学分析和网络药理学方法研究肠道菌群与前额叶皮层在抑郁症中的因果关系 | 首次整合孟德尔随机化、多组学分析和网络药理学方法,系统阐明肠道菌群通过前额叶皮层影响抑郁症的因果机制 | 研究主要基于欧洲人群的GWAS数据,结果可能受人群异质性限制 | 探究肠道菌群与前额叶皮层在抑郁症发生发展中的因果关系和生物学机制 | 人类基因组数据、脑影像表型、抑郁症患者前额叶组织样本、CUMS诱导的小鼠模型 | 生物信息学 | 抑郁症 | 全基因组关联分析(GWAS)、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序、RT-qPCR、免疫荧光分析、分子对接 | NA | 基因组数据、脑影像数据、基因表达数据 | GM数据(n=5959)、抑郁症数据(43,280病例,329,192对照)、脑影像表型数据(n=33,224) | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |