单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5641	2024-12-22	Induction of a Müller Glial Cell-Specific Protective Pathway Safeguards the Retina From Diabetes-Induced Damage 2025-Jan-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0199 PMID:39446557	研究论文	研究探讨了糖尿病对视网膜细胞类型的特异性影响，特别是Müller胶质细胞通过Zfp36基因的保护作用	首次揭示了Müller胶质细胞在糖尿病诱导的视网膜损伤中通过Zfp36基因的保护作用	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中验证	探讨糖尿病对视网膜细胞类型的特异性影响及其分子机制	视网膜细胞类型，特别是Müller胶质细胞	NA	糖尿病性视网膜病变	单细胞转录组学	NA	转录组数据	大鼠模型中的不同视网膜细胞类型
5642	2024-12-22	Single-cell profiling of the amphioxus digestive tract reveals conservation of endocrine cells in chordates 2024-Dec-20, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq0702 PMID:39705360	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了文昌鱼消化道的细胞特征，揭示了脊椎动物消化系统内分泌细胞的保守性	首次通过单细胞RNA测序揭示了文昌鱼消化道中的内分泌样细胞，并发现了与脊椎动物胰岛素样生长因子1（Igf1）相似的文昌鱼Ilp1	未提及具体的研究局限性	探索脊椎动物消化系统的进化起源及其内分泌细胞的保守性	文昌鱼消化道的细胞特征	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	未提及具体样本数量
5643	2024-12-22	S100A11 is a potential prognostic biomarker and correlated with tumor immunosuppressive microenvironment in glioma 2024-Dec-20, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040701 PMID:39705426	研究论文	本研究探讨了S100A11作为胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）潜在生物标志物的角色及其与GAMs浸润的相关性	首次揭示了S100A11在胶质瘤免疫抑制微环境中的重要作用，并提出其可能作为GAMs的潜在标志物	研究主要基于现有数据和分析，缺乏体内实验验证	更好地理解胶质瘤的免疫微环境	S100A11在胶质瘤相关巨噬细胞中的表达及其与GAMs浸润的关系	NA	脑肿瘤	Western blot, 免疫组织化学, 免疫荧光分析, 单细胞测序, 免疫浸润分析	NA	蛋白质, 单细胞数据	未明确提及具体样本数量
5644	2024-12-22	Evaluating predictive patterns of antigen-specific B cells by single-cell transcriptome and antibody repertoire sequencing 2024-Dec-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.11.005 PMID:39662471	研究论文	本文通过单细胞转录组和抗体库测序评估了抗原特异性B细胞的预测模式	引入了带有抗原特异性或非特异性标签的单细胞转录组和抗体库测序数据集，并评估了基于基因表达和抗体库特征的不同机器学习模型的性能	需要足够的带有抗原特异性标签的训练数据	加速抗原特异性B细胞的预测过程	抗原特异性B细胞	机器学习	NA	单细胞转录组测序，抗体库测序	线性和非线性机器学习模型	基因表达数据，抗体序列数据	来自免疫小鼠的B细胞
5645	2024-12-22	Tracking the gene expression programs and clonal relationships that underlie mast, myeloid, and T lineage specification from stem cells 2024-Dec-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.11.001 PMID:39615483	研究论文	本文利用多能干细胞分化系统，研究了T细胞谱系分化过程中的转录动力学和细胞命运限制事件	首次通过时间分辨的单细胞RNA测序揭示了T细胞谱系分化过程中多能造血程序的下调、90多个谱系相关转录因子的上调以及细胞周期退出的高度协调发展窗口，并发现了YBX1在T细胞谱系分化中的作用	研究主要基于体外多能干细胞分化系统，可能与体内环境存在差异	揭示T细胞谱系分化过程中的基因表达程序和克隆关系	T细胞、肥大细胞和髓系细胞的分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5646	2024-12-22	Barcoding Notch signaling in the developing brain 2024-Dec-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203102 PMID:39575683	研究论文	本文介绍了一种名为SABER-seq的CRISPR-Cas分子记录器，用于在发育中的大脑中记录Notch信号，并通过单细胞转录组学进行后期解构	SABER-seq是一种新型的平台，能够快速、可扩展且高分辨率地映射发育过程中的信号活动	传统的基于荧光的信号报告器在可扩展性和细胞类型的分子分辨率方面存在局限性	开发一种新的技术来记录和分析发育过程中的信号输入	在发育中的斑马鱼大脑中记录Notch信号	NA	NA	CRISPR-Cas, 单细胞转录组学	NA	基因组数据	斑马鱼大脑中的细胞
5647	2024-12-22	Reprogramming of cells during embryonic transfating: overcoming a reprogramming block 2024-Dec-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203152 PMID:39628450	研究论文	本文研究了海胆胚胎在细胞转分化过程中克服重编程障碍的机制	首次揭示了转分化过程中基因调控状态的转变序列，并发现信号时序对色素细胞重编程的影响	研究仅限于海胆胚胎，未探讨其他物种或细胞类型的转分化过程	探讨胚胎发育中细胞转分化的分子机制	海胆胚胎中的微细胞（骨骼细胞前体）和早期内胚层细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	多个海胆胚胎的单细胞样本
5648	2024-12-22	CD34+CLDN5+ tumor associated senescent endothelial cells through IGF2-IGF2R signaling increased cholangiocellular phenotype in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-12, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.008 PMID:39674501	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌（HCC）中胆管细胞表型（CCA）的形成机制，特别是通过单细胞RNA测序识别了与CCA形成相关的特定细胞类型及其功能	首次揭示了肿瘤相关衰老内皮细胞通过IGF2-IGF2R信号通路招募间充质干细胞，增强HCC细胞的癌症干细胞样特征，并促进CCA的形成	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏更大规模的临床验证	识别肝细胞癌中胆管细胞表型形成的特定细胞类型及其功能	肝细胞癌中的肿瘤相关衰老内皮细胞和间充质干细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
5649	2024-12-22	RAG-seq: NSR-primed and Transposase Tagmentation-mediated Strand-specific Total RNA Sequencing in Single Cells 2024-Dec-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae072 PMID:39388199	研究论文	本文介绍了一种名为RAG-seq的创新性链特异性总RNA测序技术，结合NSR引物和Tn5转座酶介导的标签化，用于单细胞RNA测序	RAG-seq克服了现有方法在捕获全长转录本和辨别链方向上的局限性，提供了全面的转录本覆盖并保持链方向，这对于准确量化重叠基因和检测反义转录本至关重要	NA	开发一种新的单细胞RNA测序技术，以提高对复杂生物背景下转录组分析的准确性和敏感性	单细胞中的总RNA	RNA测序	NA	RAG-seq	NA	RNA	小鼠卵母细胞和早期胚胎
5650	2024-12-22	Interpreting single-cell and spatial omics data using deep neural network training dynamics 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00721-5 PMID:39633094	研究论文	本文开发了一种名为Annotatability的框架，通过监测深度神经网络在注释数据上的训练动态，识别注释错误并表征生物数据结构	提出了Annotatability框架，通过分析深度神经网络的训练动态来识别注释错误和中间细胞状态，并开发了一种信号感知图嵌入方法用于下游生物信号分析	NA	解决单细胞和空间组学数据解释中的关键挑战，揭示细胞多样性和集体细胞行为	单细胞RNA测序和空间组学数据	机器学习	NA	深度神经网络	深度神经网络	单细胞RNA测序数据和空间组学数据	八个单细胞RNA测序和空间组学数据集
5651	2024-12-22	Apocrine Gland Damage and the Release of Specific Keratins in Early Stage Indicate the Crucial Involvement of Apocrine Glands in Hidradenitis Suppurativa 2024-Nov-14, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.021 PMID:39547394	研究论文	本研究通过免疫组织化学和单细胞测序技术，探讨了顶泌汗腺在化脓性汗腺炎发病机制中的潜在作用	首次提供了顶泌汗腺在化脓性汗腺炎早期病变中受损并释放特定角蛋白的证据	样本量较小，且仅限于早期病变皮肤的研究	探讨顶泌汗腺在化脓性汗腺炎发病机制中的作用	化脓性汗腺炎患者的非病变皮肤和早期病变皮肤以及健康对照组的皮肤	NA	化脓性汗腺炎	免疫组织化学、单细胞测序	NA	组织样本	化脓性汗腺炎患者12例，健康对照组8例，血清样本20例
5652	2024-12-22	starTracer is an accelerated approach for precise marker gene identification in single-cell RNA-Seq analysis 2024-09-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06790-6 PMID:39266658	研究论文	本文介绍了一种名为starTracer的新算法，用于加速单细胞RNA-seq数据中标记基因的识别	starTracer算法通过减少冗余计算，显著提高了计算效率、特异性和准确性，相比Seurat算法速度提升了2~3个数量级	NA	提高单细胞RNA-seq数据中标记基因识别的效率、特异性和准确性	单细胞RNA-seq数据中的标记基因	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	三个独立数据集和一个模拟测试数据集
5653	2024-12-22	Integrating large-scale single-cell RNA sequencing in central nervous system disease using self-supervised contrastive learning 2024-09-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06813-2 PMID:39251817	研究论文	本文介绍了一种自监督对比学习方法scCM，用于整合大规模中枢神经系统单细胞RNA测序数据	提出了scCM方法，通过比较基因表达的变化，将功能相关的细胞聚集在一起，同时将不相似的细胞分开，有效揭示了中枢神经系统细胞类型/亚型的异质性关系	NA	整合大规模中枢神经系统单细胞RNA测序数据，揭示细胞和分子机制	中枢神经系统细胞类型/亚型	单细胞RNA测序	中枢神经系统疾病	单细胞RNA测序	自监督对比学习	基因表达数据	20个中枢神经系统数据集，涵盖4个物种和10种中枢神经系统疾病
5654	2024-12-22	PHD2 safeguards modest mesendoderm development 2024-09-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06824-z PMID:39244636	研究论文	本文研究了PHD2在调节HIF-1α水平和调控中胚层发育中的关键作用	首次揭示了PHD2在调控中胚层发育中的负向调节作用，并阐明了其通过HIF-1α调控Wnt/β-catenin通路的机制	研究主要集中在体外模型和早期胚胎阶段，缺乏对更晚期发育阶段的验证	探讨PHD2在中胚层发育中的作用及其与低氧和HIF-1α的相互作用	PHD2、HIF-1α、中胚层发育、Wnt/β-catenin通路	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了小鼠胚胎干细胞（mESCs）、胚胎体和鼠胚
5655	2024-12-22	Deficient RPE mitochondrial energetics leads to subretinal fibrosis in age-related neovascular macular degeneration 2024-09-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06773-7 PMID:39223298	研究论文	研究揭示了视网膜色素上皮（RPE）线粒体能量代谢缺陷与年龄相关性新生血管性黄斑变性中亚视网膜纤维化的关系	首次揭示了VLDLR通过抑制TGFβ诱导的代谢重编程来抑制纤维化，并提出CPT1A作为治疗亚视网膜纤维化的潜在靶点	NA	探讨视网膜色素上皮代谢紊乱与亚视网膜纤维化的潜在机制	视网膜色素上皮细胞中的线粒体脂肪酸氧化相关基因	NA	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	RNA	Vldlr小鼠模型
5656	2024-12-22	Single-cell analysis of chromatin and expression reveals age- and sex-associated alterations in the human heart 2024-08-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06582-y PMID:39187646	研究论文	研究通过单细胞核组合索引（sci）ATAC-Seq和RNA-Seq分析，揭示了人类心脏中与年龄和性别相关的染色质和表达变化	首次大规模分析了人类心脏中单细胞水平的年龄和性别相关变化，并结合了多个已发表的数据集进行综合分析	研究仅限于健康成年心脏样本，未涵盖疾病状态下的心脏变化	探讨人类心脏中不同细胞类型在年龄和性别影响下的分子程序变化	人类心脏样本中的单细胞核染色质和基因表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞核组合索引（sci）ATAC-Seq和RNA-Seq	预测模型	基因表达数据和染色质可及性数据	9名捐赠者的心脏样本，并结合了5个已发表的单核RNA-Seq数据集
5657	2024-12-22	SLIVER: Unveiling large scale gene regulatory networks of single-cell transcriptomic data through causal structure learning and modules aggregation 2024-08, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108690 PMID:38879931	研究论文	本文提出了一种名为SLIVER的算法，通过因果结构学习和模块聚合来揭示单细胞转录组数据的大规模基因调控网络	SLIVER算法通过引入因子节点来整合基因之间的调控关系，将基因调控网络简化为两个低维矩阵的乘积，从而降低了计算复杂度	NA	从因果角度推断基因调控网络	单细胞转录组数据中的基因调控网络	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序	结构因果模型	基因表达数据	12个真实单细胞转录组数据集
5658	2024-12-22	Barcoding Notch signaling in the developing brain 2024-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.10.593533 PMID:38766256	研究论文	本文介绍了一种名为SABER-seq的CRISPR-Cas分子记录器，用于在发育中的斑马鱼大脑中记录Notch信号，并通过单细胞转录组学进行后期解构	SABER-seq是一种新型平台，能够快速、可扩展且高分辨率地映射发育过程中的信号活动	传统的基于荧光的信号报告器在可扩展性和细胞类型的分子分辨率方面存在局限性	开发一种新的技术来记录和分析发育过程中的信号输入	斑马鱼大脑中的Notch信号	NA	NA	CRISPR-Cas, 单细胞转录组学	NA	基因组数据	斑马鱼大脑中的细胞
5659	2024-12-22	The conserved wobble uridine tRNA thiolase Ctu1 is required for angiogenesis and embryonic development 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0315854 PMID:39705244	研究论文	本文研究了保守的摇摆尿苷tRNA硫醇酶Ctu1在血管生成和胚胎发育中的作用	首次发现Ctu1对脊椎动物的血管生成和胚胎发育至关重要	对Ctu1在脊椎动物模型中的生物学功能研究尚不充分	探讨Ctu1在血管生成和胚胎发育中的作用	Ctu1在斑马鱼胚胎和人类内皮细胞中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	斑马鱼胚胎和人类内皮细胞
5660	2024-12-21	A diagnostic signatures for intervertebral disc degeneration using TNFAIP6 and COL6A2 based on single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq analyses 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2443568 PMID:39704340	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序分析，识别与椎间盘退变相关的潜在生物标志物和信号通路	首次通过单细胞和批量RNA测序结合的方法，识别出TNFAIP6和COL6A2作为椎间盘退变的诊断标志物，并验证了ZEB2作为转录因子在调控这些关键基因中的潜在作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本偏倚和数据质量问题	识别与椎间盘退变相关的潜在生物标志物和信号通路，以辅助诊断和预测疾病活动	椎间盘退变病例的生物标志物和信号通路	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、批量RNA测序、RT-qPCR、免疫组化（IHC）	NA	RNA	多个数据集（GSE70362、GSE124272）和组织样本