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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5621 | 2026-01-05 |
Macrophage-driven immunopathology in pulmonary arterial hypertension: from mechanisms to targeted therapies
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1721071
PMID:41479889
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综述 | 本文综述了巨噬细胞极化在肺动脉高压发病机制中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力 | 强调了巨噬细胞极化通过M1/M2表型驱动局部炎症和纤维化,并揭示了“肺-心免疫轴”在右心室重塑中的间接影响,同时指出巨噬细胞异质性、单细胞转录组学和精准免疫调节策略作为未来研究方向 | NA | 探讨巨噬细胞驱动的免疫病理在肺动脉高压中的机制,并评估靶向治疗策略 | 肺动脉高压的发病机制,特别是巨噬细胞在血管重塑和炎症中的作用 | NA | 肺动脉高压 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5622 | 2026-01-05 |
Dynamic genetic regulation of CD4+ T cells in obstructive sleep apnea: integrating context-specific eQTL, Mendelian randomization, single-cell sequencing, and experimental validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1691347
PMID:41479897
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研究论文 | 本研究整合了多种分析方法,探究了CD4+ T细胞在阻塞性睡眠呼吸暂停发病机制中的动态遗传调控机制 | 首次整合了情境特异性eQTL分析、孟德尔随机化、共定位分析、单细胞RNA测序和实验验证,系统揭示了CD4+ T细胞在OSA中的时间动态性和细胞类型特异性免疫调控 | 样本仅来自欧洲血统的119名供体,可能限制了结果在其他人群中的普适性;研究主要关注CD4+ T细胞,其他免疫细胞的作用未充分探讨 | 探究阻塞性睡眠呼吸暂停中CD4+ T细胞的动态遗传调控机制,特别是在间歇性缺氧诱导的免疫和炎症反应中的作用 | 来自119名欧洲血统供体的CD4+ T细胞,以及间歇性缺氧小鼠模型 | 生物信息学 | 阻塞性睡眠呼吸暂停 | 情境特异性eQTL分析, 孟德尔随机化, 共定位分析, 单细胞RNA测序, qPCR | NA | 基因表达数据, 遗传变异数据, 单细胞转录组数据 | 119名欧洲血统供体的CD4+ T细胞(在0小时、16小时、40小时和5天多个时间点) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5623 | 2026-01-04 |
Rap1b is a critical regulator of germinal vesicle breakdown in porcine oocytes
2026-Mar-01, Theriogenology
IF:2.4Q1
|
研究论文 | 本研究揭示了Rap1b通过激活p38α MAPK信号通路调控猪卵母细胞生发泡破裂的关键作用 | 首次在猪卵母细胞中鉴定Rap1b作为p38 MAPK通路的上游调控因子,并阐明其通过促进p-MKK6激活p38α MAPK信号通路来调控GVBD的分子机制 | 研究主要基于体外成熟模型,体内生理环境的影响尚未评估;且分子互作的具体机制如Rap1b如何精确调控p-MKK6仍需进一步探索 | 阐明猪卵母细胞生发泡破裂的分子调控机制 | 猪卵母细胞 | 生殖生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 未明确样本数量,但使用猪卵母细胞进行实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5624 | 2026-01-04 |
Spatial transcriptomics in epilepsy research: Early successes, opportunities, and challenges
2026-Jan-03, Epilepsia
IF:6.6Q1
DOI:10.1002/epi.70079
PMID:41483454
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5625 | 2026-01-04 |
Advancing Cardiovascular Research With Single-Cell and Spatial Transcriptomics
2026-Jan-02, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.325795
PMID:41481687
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综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学技术在心血管研究中的应用、进展及其对疾病理解的影响 | 整合了新兴的单细胞和空间转录组学技术,包括处理固定和低完整性RNA样本的方法,以及高分辨率空间分析平台如MERFISH、Xenium、Visium HD、Stereo-seq和Open-ST的应用,并结合机器学习和多组学方法揭示心血管疾病的细胞和分子动态 | NA | 概述单细胞和空间转录组学技术在心血管研究中的最新应用和影响,以促进对疾病机制的理解和治疗靶点的发现 | 心血管疾病,包括人类动脉粥样硬化、肥厚型心肌病、心肌梗死和心肌炎 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多组学方法 | 机器学习 | RNA样本, 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics, Illumina, BGI, MGI | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium HD, Stereo-seq, Open-ST | 10x Visium HD用于高分辨率空间转录组分析,Stereo-seq和Open-ST作为测序基平台提供组织级分析 |
| 5626 | 2026-01-04 |
Unraveling Cardiovascular Development and Function: Insights From Single-Cell Omics
2026-Jan-02, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.325793
PMID:41481685
|
综述 | 本文综述了单细胞组学技术如何重塑我们对心血管发育和功能的理解,并探讨了相关分析工具、临床前模型及未来技术方向 | 系统总结了单细胞组学在揭示心血管细胞异质性、发育轨迹和分子机制方面的突破性贡献,并前瞻性地讨论了空间转录组学、克隆条形码等新兴技术在该领域的应用潜力 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据,主要基于现有文献进行归纳总结 | 探讨单细胞组学技术如何推动心血管发育生物学研究,并展望未来技术发展方向 | 心血管系统(心脏与血管)的发育过程、细胞类型及其功能 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序、空间转录组学、克隆条形码谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5627 | 2026-01-04 |
CD48 is a novel immune checkpoint on tumour-associated macrophages in hepatocellular carcinoma
2026-Jan-02, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-336744
PMID:41482455
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学分析,识别了肝细胞癌中CD48+肿瘤相关巨噬细胞亚群,并揭示了其作为新型免疫检查点在肿瘤进展和免疫治疗抵抗中的关键作用 | 首次发现CD48是肿瘤相关巨噬细胞上的新型免疫检查点,并揭示了其通过MMP14相互作用激活RAP1-YAP-STAT3轴驱动免疫抑制的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和临床样本分析,尚未在更大规模的前瞻性临床试验中验证抗CD48疗法的安全性和有效性 | 识别和表征肝细胞癌中关键的肿瘤相关巨噬细胞亚群,并评估其作为治疗靶点的潜力 | 肝细胞癌临床标本、小鼠模型、肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、免疫沉淀-质谱分析、免疫荧光共定位、通路分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质相互作用数据、免疫荧光图像 | 多个独立队列的肝细胞癌临床标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5628 | 2026-01-04 |
Single-cell perturbations decipher ribosomal stress-surveillance regulators in type 2 diabetes
2026-Jan-02, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-025-01407-6
PMID:41482566
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序结合CRISPR筛选技术,系统分析了2型糖尿病相关基因和核糖体质量控制基因在人类胰腺β细胞中的功能,揭示了ZZEF1等基因在胰岛素合成和细胞应激调控中的作用 | 首次将Perturb-seq技术应用于2型糖尿病研究,系统性鉴定出KLHL42和ZZEF1等未充分表征的功能基因,并发现ZZEF1通过核糖体应激监视通路调控胰岛素合成 | 研究主要基于EndoC-βH1细胞系和小鼠模型,在人类原代胰岛中的验证仍需进一步扩展,且样本规模相对有限 | 阐明2型糖尿病的遗传架构和病理机制,寻找潜在治疗靶点 | 人类胰腺β细胞(EndoC-βH1)、全球性和β细胞特异性敲除雄性小鼠、胰岛类器官、人类胰岛 | 单细胞组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序、CRISPR筛选、Perturb-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及61个T2D相关基因和40个RQC基因的CRISPR筛选 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5629 | 2026-01-04 |
Fibroblast-Mediated MMP2 Contribution to Nonresponse in Anti-TNFα Therapy for Crohn's Disease
2026-Jan-01, Inflammatory bowel diseases
IF:4.5Q1
DOI:10.1093/ibd/izaf263
PMID:41236836
|
研究论文 | 本研究探讨了细胞外基质重塑在克罗恩病患者对anti-TNFα疗法产生耐药性中的作用 | 首次通过单细胞和空间转录组学结合体外实验,揭示了成纤维细胞亚群(CD81+成纤维细胞)通过MMP2介导的ECM重塑在anti-TNFα疗法耐药中的关键作用,并提出了MMP2作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于公共数据集和体外实验,缺乏体内验证;样本量未明确说明;机制研究尚属初步 | 探究克罗恩病患者对anti-TNFα疗法产生耐药性的分子机制 | 克罗恩病患者样本、原发性成纤维细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞转录组学、批量转录组学、空间转录组学、多重免疫荧光、体外共培养实验 | NA | 转录组数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5630 | 2026-01-04 |
Identifying vascular stiffening-sensitive macrophages through integration of single-cell transcriptomics and imaging flow cytometry
2025-Dec-31, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2025.240063
PMID:41477484
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和成像流式细胞术,识别了在血管硬化过程中对细胞外基质刚度敏感的SPP1+巨噬细胞亚群 | 首次结合单细胞转录组学与成像流式细胞术,在动脉硬化模型中系统性地识别并验证了SPP1+巨噬细胞是对细胞外基质刚度敏感的特定免疫细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型和体外培养系统,在人体样本中的验证尚不充分,且未深入探讨SPP1+巨噬细胞促进血管硬化的具体分子机制 | 旨在识别在心血管疾病中响应动脉硬化的特定免疫细胞成分和关键因子 | 硬化颈动脉斑块中的免疫细胞、不同刚度聚丙烯酰胺凝胶上培养的巨噬细胞、急性钙化小鼠模型中的血管组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,成像流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5631 | 2026-01-04 |
A competition model of multilineage priming and cell-fate decisions
2025-Dec-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116690
PMID:41481416
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综述 | 本文综述了多谱系启动和细胞命运决策的竞争模型,探讨了祖细胞如何通过基因表达程序的竞争产生多样化的细胞命运 | 提出了集体多能性作为群体自我调节以平衡胚胎发育中所有下游命运产生的新兴状态,并整合了诱导性发育与自主性命运选择模式 | NA | 探讨祖细胞和干细胞如何通过多谱系启动和基因表达程序的竞争性相互作用产生多样化的细胞命运 | 祖细胞、干细胞及其在胚胎发育中的命运决策过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学、克隆谱系追踪、多组学整合 | 竞争模型 | 转录组数据、谱系数据、多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5632 | 2026-01-04 |
Epidermal resident memory T cell fitness requires antigen encounter in the skin
2025-Dec-30, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.107096
PMID:41468295
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研究论文 | 本文研究了表皮驻留记忆T细胞(T)的适应性,发现其在皮肤中遭遇抗原的经历能增强其持久性和增殖能力 | 揭示了抗原在表皮中的遭遇如何通过TGFβ信号通路增强T细胞的持久性和增殖能力,并识别了TGFβRIII的关键作用 | NA | 探讨表皮驻留记忆T细胞适应性的机制,特别是抗原遭遇对其持久性和功能的影响 | 表皮驻留记忆T细胞(T) | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5633 | 2026-01-04 |
Quantum Generative Modeling of Single-Cell transcriptomes: Capturing Gene-Gene and Cell-Cell Interactions
2025-Dec-19, ArXiv
PMID:41281198
|
研究论文 | 本文提出了一种基于量子计算的单细胞转录组模拟器qSimCells,利用量子纠缠同时建模基因-基因和细胞-细胞相互作用 | 首次引入量子计算框架,通过参数化量子电路和CNOT门编码非线性基因调控网络和具有明确因果方向的细胞间通讯拓扑,克服了经典方法仅依赖线性相关的局限 | 未明确说明模拟数据规模与真实数据的定量对比指标,且量子计算硬件依赖可能限制实际应用 | 开发能够捕获单细胞转录组数据中非线性依赖关系的高保真模拟方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 量子生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5634 | 2026-01-04 |
Temporal single-cell analysis reveals age-associated delay in immune resolution after respiratory viral infection
2025-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.15.694321
PMID:41446064
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和高维流式细胞术,比较了年轻和老年小鼠在流感病毒感染后的肺部免疫反应,揭示了老年宿主中干扰素信号通路异常导致免疫细胞持续存在和慢性免疫病理的机制 | 首次在老年宿主中系统性地结合时间序列单细胞分析,识别出干扰素α/γ信号通路在单核细胞来源巨噬细胞和间质巨噬细胞亚群中的关键作用,并证明抑制该通路可改善长期呼吸结局 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;且主要关注肺部免疫,未全面评估全身性免疫反应 | 阐明老年宿主在急性呼吸道病毒感染后免疫病理增强和肺修复延迟的免疫决定因素 | 年轻和老年小鼠的肺部组织 | 数字病理学 | 呼吸道病毒感染 | 单细胞RNA测序, 高维流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 年轻和老年小鼠的肺部样本(具体数量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5635 | 2026-01-04 |
Host Genetic Architecture between Epstein-Barr Virus Activity and Multiple Sclerosis Reveals Shared Pathways
2025-Dec-15, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2025.12.11.25342083
PMID:41445616
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研究论文 | 本研究通过开发从全基因组测序数据量化EBV DNA的流程,进行了跨祖先的EBV DNA阳性全基因组关联研究,揭示了EBV活动与多发性硬化症风险之间的遗传和细胞联系 | 开发了从全基因组测序数据量化EBV DNA的新流程,并首次在人群规模队列中进行了跨祖先的EBV DNA阳性GWAS,同时建立了优化的单细胞RNA-seq方法用于EBV检测 | 未明确说明样本的具体临床特征或随访时间,且独立验证队列样本量较小(n=94) | 阐明EBV活动与多发性硬化症之间的宿主遗传机制和细胞通路 | EBV感染、多发性硬化症、宿主遗传变异、B细胞 | 基因组学 | 多发性硬化症 | 全基因组测序、GWAS、qPCR、单细胞RNA-seq、孟德尔随机化分析 | 多基因风险评分、孟德尔随机化 | 基因组数据、单细胞转录组数据 | 617,186名个体(GWAS),94名个体(独立验证队列),以及MS患者和健康个体的单细胞样本 | NA | 全基因组测序,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5636 | 2026-01-04 |
MisTIC: Missegmented Transcript Inference Correction for Improved Spatial Transcriptomics Analysis
2025-Dec-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.11.693759
PMID:41446065
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为MisTIC的变分贝叶斯模型,用于校正空间转录组学数据中的转录本错误分配问题,以提高分析准确性 | MisTIC模型无需重新分割细胞,即可有效校正转录本错误分配,从而提升下游分析的精度并支持新的研究视角 | NA | 开发一种校正空间转录组学数据中转录本错误分配的方法,以改善细胞类型识别、差异表达分析和细胞间通讯检测 | 空间转录组学数据中的转录本分配错误 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 变分贝叶斯模型 | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics, Vizgen, NanoString | 空间转录组学 | 10X Xenium, MERSCOPE, CosMx | NA |
| 5637 | 2026-01-04 |
SEEK-VEC: Robust Latent Structure Discovery via Ensemble Topic Modeling
2025-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.12.693799
PMID:41427368
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SEEK-VEC的集成框架,用于通过主题建模发现计数数据中的潜在结构 | SEEK-VEC通过集成多个候选主题模型,利用谱集成程序自动强化信号并减轻噪声,生成数据的共识低维嵌入,从而在信号弱时优于现有方法 | NA | 开发一个鲁棒的集成框架,用于在计数数据中检测潜在结构,以克服标准主题建模方法的限制 | 计数数据,包括自报告的心理病理症状数据、食物偏好问卷和单细胞转录组学数据 | 机器学习 | NA | 主题建模 | 集成主题模型 | 计数数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5638 | 2026-01-04 |
Spatiotemporal Atlas of Heart Development Reveals Blood-Flow-Dependent Cellular, Structural, Metabolic, and Spatial Remodeling
2025-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.09.693024
PMID:41427371
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研究论文 | 本研究通过扰动鸡胚胎心脏血流,结合单细胞和空间转录组学,构建了血流依赖的心脏发育时空图谱,揭示了血流力学如何重塑心脏组织的细胞、结构和代谢特征 | 首次在胚胎心脏发育中系统整合血流力学扰动与高分辨率空间转录组学,揭示了血流依赖的跨尺度(分子、细胞、结构)重塑机制,并识别了LOX表达心肌细胞等新的血流敏感细胞状态 | 研究基于鸡胚胎模型,其结论在哺乳动物或人类中的普适性需进一步验证;空间转录组分辨率虽高但仍存在技术限制 | 探究血流力学如何调控胚胎心脏的细胞程序、组织结构和代谢适应,阐明血流依赖的发育重塑机制 | 鸡胚胎心脏组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 空间转录组数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 5639 | 2026-01-04 |
Riemannian Metric Learning for Alignment of Spatial Multiomics
2025-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.09.693237
PMID:41427348
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研究论文 | 本文提出了一种名为Manifold Gromov-Wasserstein (MGW)的度量学习框架,用于对齐空间多组学数据中的异构模态 | MGW框架利用神经场推断模态特定的黎曼度量,并通过Gromov-Wasserstein最优传输对齐这些度量,实现了无需超参数的成本计算,并具有理论不变性 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种能够对齐空间多组学数据中不同模态的方法 | 空间多组学数据,包括转录组、表观基因组、蛋白质组和代谢组等 | 机器学习 | 结直肠癌、肾癌 | 空间转录组学、空间代谢组学 | 神经场 | 空间多模态数据 | 数千个细胞 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | NA |
| 5640 | 2026-01-04 |
Analysis of clinical, single cell, and spatial data from the Human Tumor Atlas Network (HTAN) with massively distributed cloud-based queries
2025-Nov-17, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7769205/v1
PMID:41333415
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研究论文 | 本文介绍了人类肿瘤图谱网络(HTAN)开发的基于云的基础设施,用于整合和分析大规模、多模态的癌症数据 | 引入了两个关键创新:基于来源的HTAN ID表简化了队列构建和跨检测整合;以及将BigQuery的地理空间功能创新性地应用于空间生物学,实现了肿瘤微环境的邻域和相关性分析 | 未明确提及具体的技术或应用限制 | 开发一个基于云的基础设施,以降低整合和分析大规模、多模态癌症数据的技术和计算障碍 | 人类肿瘤图谱网络(HTAN)生成的多模态癌症数据,包括单细胞转录组学、蛋白质组学、多重成像数据以及临床数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞转录组学、蛋白质组学、多重成像 | NA | 单细胞数据、空间数据、临床数据、图像数据 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | Google BigQuery | 基于Google BigQuery的云基础设施,托管于系统生物学研究所癌症云网关(ISB-CGC) |