本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5621 | 2026-03-28 |
Spatial and single-cell transcriptomics reveals senescence-associated changes in MIA-induced ASD male mouse brain
2026-Mar-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117191
PMID:41886454
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组和单核RNA测序分析,揭示了母体免疫激活诱导的自闭症谱系障碍小鼠大脑中衰老相关的变化机制 | 首次结合空间转录组和单核RNA测序技术,系统性地识别了MIA诱导的ASD大脑中衰老相关基因通路和细胞类型特异性调控机制 | 研究仅基于雄性小鼠模型,未涵盖雌性个体;机制验证主要在动物模型中进行,人类临床转化需进一步探索 | 探索母体免疫激活诱导的自闭症谱系障碍的神经生物学特征和调控机制 | MIA诱导的ASD雄性小鼠大脑组织 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | 空间转录组测序, 单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5622 | 2026-03-28 |
p53: defender of lineage fidelity and foe of plasticity in cancer and regeneration
2026-Mar-25, Trends in cancer
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.trecan.2026.02.004
PMID:41887985
|
综述 | 本文综述了p53在肿瘤抑制和组织修复中,通过调控细胞状态变化来维持谱系保真度和抑制可塑性的新功能 | 揭示了p53在可塑的过渡细胞状态中,通过驱动肺泡1型细胞分化来抑制肺癌和促进肺损伤修复,并扩展了其在其他组织损伤修复中的作用 | p53肿瘤抑制功能的分子程序仍未完全阐明,且研究主要基于基因工程小鼠模型和单细胞RNA测序 | 探讨p53在肿瘤抑制和组织修复中的分子机制与功能 | p53蛋白、肺腺癌、肺损伤修复、损伤诱导的肠道再生干细胞 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5623 | 2026-03-28 |
A single-cell transcriptional reference for the functional and developmental diversity of neonatal innate lymphoid cells
2026-Mar-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117000
PMID:41706587
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序结合发育和功能分析,深入解析了脐带血中循环先天淋巴细胞的复杂性和多样性 | 首次在免疫学上未成熟的脐带血中,通过单细胞转录组学详细描绘了循环先天淋巴细胞的亚群多样性,并利用人工胸腺器官模型揭示了cILC1s的发育潜力仅限于NK细胞 | 研究主要基于脐带血样本,可能无法完全代表成人或其他组织中的先天淋巴细胞状态 | 旨在建立新生儿先天淋巴细胞的功能和发育多样性的单细胞转录参考图谱 | 脐带血中的循环先天淋巴细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但基于脐带血 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5624 | 2026-03-28 |
Single-cell transcriptional and epigenomic landscape of human blood immune cells across the lifespan
2026-Mar-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117072
PMID:41818242
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术,绘制了从胎儿中期到成年晚期人类外周血单个核细胞的转录组和表观基因组图谱,揭示了免疫细胞组成随年龄的动态变化 | 首次在单细胞水平上全面描绘了人类整个生命周期中外周血免疫细胞的转录和表观遗传景观,并识别了多个年龄相关的免疫细胞亚群和特征 | 研究仅基于健康供体的外周血单个核细胞,未涉及组织特异性免疫细胞或疾病状态,样本量可能有限 | 探究人类生命周期中免疫细胞组成的动态变化及其与年龄相关的特征 | 健康供体的外周血单个核细胞,涵盖从胎儿中期到成年晚期的不同年龄阶段 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 来自健康供体的外周血单个核细胞样本,覆盖多个年龄阶段 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 5625 | 2026-03-28 |
Spatiotemporal molecular profiling of macrophage-fibroblast crosstalk defines checkpoints orchestrating onset and resolution of inflammation
2026-Mar-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117091
PMID:41832953
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术解析了炎症性关节炎中巨噬细胞与成纤维细胞在炎症起始和消退阶段的时空分子互作网络 | 首次结合单细胞RNA测序与单细胞ATAC测序技术,系统描绘了滑膜巨噬细胞与成纤维细胞亚群在炎症不同阶段的异质性信号回路,揭示了巨噬细胞亚群在促炎与消退过程中的双重功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证尚不充分;未深入探究其他免疫细胞类型在炎症回路中的作用 | 阐明炎症性疾病中巨噬细胞与成纤维细胞相互作用的分子机制与时空动态 | 炎症性关节炎模型中的滑膜巨噬细胞与滑膜成纤维细胞亚群 | 单细胞组学 | 炎症性关节炎 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 生物信息学建模 | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | 未明确(基于炎症不同阶段的滑膜组织样本) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 5626 | 2026-03-28 |
Dendritic Cells Remodel Eccrine Sweat Gland Niche Metabolism Via Oxidative Phosphorylation During Aging
2026-Mar-24, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2026.03.011
PMID:41887396
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和功能实验,揭示了树突状细胞通过氧化磷酸化调控汗腺代谢的免疫-上皮回路,并阐明其在衰老过程中的失调机制 | 首次发现树突状细胞作为汗腺代谢稳态的守护者,通过NAMPT-INSR信号轴促进氧化磷酸化,并揭示衰老过程中MIF-CD74-CYBB信号通路导致细胞功能障碍的可逆机制 | 研究主要基于小鼠爪部和人类手掌皮肤样本,可能无法完全代表其他皮肤区域或物种的衰老过程 | 探究衰老过程中汗腺功能下降的细胞和分子机制,特别是与年龄相关的微环境重塑 | 小鼠爪部汗腺和人类手掌皮肤中的汗腺细胞及树突状细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 空间转录组学, scRNA-seq, 免疫染色, 多组学分析 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据, 单细胞RNA-seq数据, 图像数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及老年小鼠爪部和人类手掌皮肤 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5627 | 2026-03-28 |
Protocol to evaluate mouse brain spatial cell type-resolved transcriptomic discoveries using 10× Visium spatial transcriptomics and FLEX scRNA-seq
2026-Mar-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104277
PMID:41456279
|
研究论文 | 本文介绍了一种结合10× Genomics Visium空间转录组学和FLEX单细胞RNA测序技术,用于研究小鼠脑组织中空间区域基因表达和细胞间信号变化的实验方案 | 整合了空间转录组学和单细胞RNA测序技术,提供了一种系统性的实验方案来解析小鼠脑组织在疾病状态下的空间分子特征 | NA | 研究疾病组织中空间区域基因表达和细胞间信号的变化机制 | 小鼠脑组织 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | 10x Visium, 10x FLEX | 10× Genomics Visium空间转录组学和10× Genomics FLEX单细胞RNA测序 |
| 5628 | 2026-03-28 |
Protocol for dual spatial transcriptomic profiling of infected tissues
2026-Mar-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104282
PMID:41538322
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于感染组织的双重空间转录组学分析协议,旨在分析宿主和病原体的转录模式 | 开发了一种双重空间转录组学分析协议,能够同时分析宿主和病原体的转录模式,并建立病理适应特征以预测感染结果 | 协议的具体应用效果和局限性未在摘要中详细说明,需参考原始文献 | 建立感染组织中宿主和病原体转录模式的分析方法 | 感染组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5629 | 2026-03-28 |
Protocol for the generation of a human-derived nasal epithelial model and induction of tissue-resident memory-like T cells in a co-culture system
2026-Mar-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2026.104401
PMID:41758640
|
研究论文 | 本文介绍了一种生成人源性鼻上皮模型并在共培养系统中诱导组织驻留记忆样T细胞的实验方案 | 开发了一种体外模型系统,用于研究人源性组织驻留记忆T细胞(TRMs),通过共培养诱导TRM样T细胞 | NA | 研究人源性组织驻留记忆T细胞(TRMs)的诱导和分析方法 | 人源性鼻上皮模型和自体免疫细胞 | NA | NA | 流式细胞术、单细胞RNA测序、细胞因子释放分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5630 | 2026-03-28 |
Transcriptional landscape of CD4+ T cells in Systemic Sclerosis
2026-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.03.697349
PMID:41889800
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术深入表征了系统性硬化症患者中CD4+ T细胞的亚群,揭示了疾病相关的转录组特征和细胞状态变化 | 采用新颖的单细胞RNA测序方法,首次全面描绘了系统性硬化症中CD4+ T细胞的转录景观,并结合TCR库分析,提供了前所未有的疾病细胞和分子机制见解 | 样本量相对较小(8名患者和8名健康对照),可能限制结果的普适性;研究主要关注CD4+ T细胞,未涵盖其他免疫细胞类型 | 探究系统性硬化症中CD4+ T细胞的转录组特征和亚群变化,以揭示疾病的细胞和分子基础 | 系统性硬化症患者和健康对照者的CD4+ T细胞 | 数字病理学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 超过80,000个CD4+ T细胞,来自8名系统性硬化症患者和8名健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5631 | 2026-03-28 |
Patches: A Representation Learning Framework for Decoding Shared and Condition-Specific Transcriptional Programs in Wound Healing
2026-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.23.630186
PMID:41889850
|
研究论文 | 本文提出了一个名为Patches的表示学习框架,用于解码伤口愈合过程中共享和条件特异性的转录程序 | 开发了条件子空间学习方法,能够同时解析共享和条件特异性转录模式,特别适用于具有缺失数据、不匹配细胞群或复杂属性组合的实验设计 | 未明确说明框架的计算复杂度或在大规模数据集上的可扩展性限制 | 解码伤口愈合过程中共享和条件特异性的转录程序 | 皮肤损伤模型中的单细胞转录组数据 | 计算生物学 | 伤口愈合 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 条件子空间学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5632 | 2026-03-28 |
Single-cell-based identification of drug synergy with immunotherapy via tumor microenvironment remodeling
2026-Mar-18, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014132
PMID:41850739
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和L1000平台筛选,建立了一个评估肿瘤微环境重塑的框架,并识别出增强免疫疗法疗效的药物组合 | 开发了一个基于单细胞RNA测序的免疫调节药物资源库和MP评分算法,首次系统性地量化肿瘤微环境对治疗干预的响应,并发现痛风药物别嘌醇能显著增强抗PD-1疗法的效果 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证;样本量相对有限,可能影响结果的普适性 | 识别在复杂肿瘤微环境中有效的治疗药物,特别是通过重塑肿瘤微环境来增强免疫疗法疗效的药物协同作用 | 肿瘤微环境中的细胞类型,包括髓源性抑制细胞等免疫细胞,以及739种免疫调节化合物 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,L1000平台筛选 | MP评分算法 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及多种癌症的小鼠模型,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5633 | 2026-03-28 |
Cell-type-specific transposon demethylation and TAD remodeling in aging mouse brain
2026-Mar-11, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2026.02.015
PMID:41819104
|
研究论文 | 本研究通过生成小鼠大脑衰老的单细胞表观基因组图谱,揭示了细胞类型特异的转座子去甲基化和染色质构象变化 | 整合了单细胞甲基组、染色质构象、转录组和染色质可及性数据,构建了跨模态细胞分类,并开发了基于深度学习模型预测衰老相关基因表达变化 | 使用2月龄小鼠作为基线,可能无法完全反映更早或更晚生命阶段的衰老过程 | 探究大脑衰老的表观遗传机制,特别是转座子甲基化和染色质构象变化 | 小鼠大脑多个区域的细胞 | 表观遗传学 | 神经退行性疾病 | 单细胞甲基组测序、染色质构象分析、空间转录组学 | 深度学习模型 | 甲基组数据、染色质构象数据、转录组数据、染色质可及性数据 | 132,551个单细胞甲基组和72,666个联合染色质构象-甲基组细胞核,以及895,296个细胞的空间转录组数据 | NA | 单细胞甲基组测序、染色质构象分析、空间转录组学 | NA | NA |
| 5634 | 2026-03-28 |
Vascular STING activation facilitates NK cell anti-tumor immunity in small cell lung cancer
2026-Mar-05, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2026.02.008
PMID:41791380
|
研究论文 | 本文研究了小细胞肺癌(SCLC)中血管STING激活如何促进NK细胞的抗肿瘤免疫,揭示了微血管作为限制NK细胞外渗/招募的主要检查点 | 开发了动态单细胞RNA测序技术(DynaMITE-seq)并结合空间转录组学,首次揭示了SCLC中微血管对NK细胞浸润的调控作用,并提出通过激活血管STING信号来克服免疫屏障的新策略 | 研究主要基于实验模型和患者样本分析,尚未进行大规模临床试验验证,且具体机制细节需进一步探索 | 探索小细胞肺癌中NK细胞抗肿瘤免疫的调控机制,并寻找克服免疫屏障的治疗策略 | 小细胞肺癌(SCLC)细胞、NK细胞、微血管系统及患者组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | RNA-seq数据、空间转录组数据 | 患者组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5635 | 2026-03-28 |
Targeted Ferroptosis Improves RPE Phagocytosis via MERTK/NFE2L2/HMOX1 Axis to Alleviate Retinitis Pigmentosa
2026-Mar-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.3.42
PMID:41848364
|
研究论文 | 本研究通过整合RCS大鼠体内模型和人类原代RPE细胞体外模型,利用单细胞RNA测序揭示了铁死亡在MERTK缺陷型视网膜色素变性中的关键致病作用,并验证了靶向铁死亡可改善RPE吞噬功能 | 首次在视网膜色素变性模型中系统揭示了铁死亡通过MERTK/NFE2L2/HMOX1轴驱动RPE功能障碍的分子机制,并证明铁死亡抑制剂Fer-1的治疗潜力 | 研究主要基于RCS大鼠模型和体外细胞模型,尚未在更广泛的RP亚型或临床患者中进行验证 | 探究视网膜色素变性中RPE细胞的致病性改变,并寻找潜在的治疗策略 | 皇家外科学院大鼠、人类原代视网膜色素上皮细胞 | 单细胞组学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | RCS大鼠与RDY大鼠的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5636 | 2026-03-28 |
Identifying Clones in Myelodysplastic Syndromes by Using Single-Cell RNA Sequencing
2026-Mar, Hematological oncology
IF:3.3Q2
DOI:10.1002/hon.70189
PMID:41886772
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5637 | 2026-03-28 |
A Single-Cell Perspective on Remapping Human Adult Neurogenesis and Its Clinical Implications
2026-02-22, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom16020331
PMID:41750399
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在成人海马神经发生研究中的应用,及其对神经系统疾病机制和治疗策略的启示 | 整合了单细胞RNA测序技术提供的细胞和分子层面见解,为神经系统疾病的靶向治疗开发提供了新视角 | NA | 探讨成人海马神经发生的细胞和分子景观,以及神经系统疾病的病理机制及其治疗意义 | 成人海马神经发生、神经系统疾病(如癌症、心血管疾病和神经系统疾病) | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5638 | 2026-03-28 |
Lactate-Driven Reprogramming of Monocyte Bridges Bone Loss in Inflammatory Comorbidities
2026-02-14, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom16020308
PMID:41750376
|
研究论文 | 本研究揭示了乳酸驱动的单核细胞重编程在牙周炎和类风湿关节炎等炎症共病中连接免疫激活与骨吸收加剧的分子机制 | 首次将乳酸代谢与炎症共病(牙周炎和类风湿关节炎)的骨丢失联系起来,并鉴定出SAT1、TET2和HIF1A作为核心乳酸相关基因和潜在生物标志物 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据,需要在更大规模的人类队列中进行验证 | 揭示炎症共病中骨破坏的分子驱动机制 | 牙周炎和类风湿关节炎作为炎症疾病共病的临床相关模型 | 生物信息学 | 牙周炎, 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | 多种机器学习方法 | 基因表达数据 | PD和RA队列的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5639 | 2026-03-28 |
Neonatal Hyperoxia Induces Metabolic Reprogramming in Senescent Alveolar Macrophages, Leading to Persistent Lung Injury
2026-Feb-10, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL48370
PMID:41761973
|
研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序数据,揭示了新生小鼠高氧暴露诱导衰老肺泡巨噬细胞的代谢重编程,并证明靶向代谢或清除衰老细胞可减轻持续性肺损伤 | 首次在新生小鼠高氧模型中,利用单细胞RNA测序技术系统描绘了衰老肺泡巨噬细胞的异质性、代谢重编程特征及其在持续性肺损伤中的作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,其结论在人类早产儿支气管肺发育不良中的直接适用性仍需进一步验证 | 探究新生儿高氧暴露诱导的衰老肺泡巨噬细胞的分子与功能特征,及其在持续性肺损伤发生发展中的作用 | 新生小鼠的肺组织,特别是高氧暴露后分离的衰老肺细胞(以巨噬细胞为主) | 数字病理学 | 肺损伤/支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,通路富集分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,图像数据 | 数据集GSE207866中的样本,包括高氧暴露后第7天(SD7)、年龄匹配的空气暴露对照(AirD7)及未富集衰老细胞的高氧暴露组(O2D7)小鼠肺细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5640 | 2026-03-28 |
Integration of imaging-based and sequencing-based spatial omics mapping on the same tissue section via DBiTplus
2026-Jan-15, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02948-0
PMID:41540123
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DBiTplus的新型整合多模态空间组学方法,可在同一组织切片上结合测序型空间转录组学与多重蛋白成像技术 | 开发了DBiTplus整合工作流程,首次实现同一组织切片上测序型空间转录组与多重蛋白成像的同步分析,并采用RNase H介导的cDNA回收技术以保留组织架构 | 方法在极具挑战性的临床样本(如FFPE组织)中的全面性能仍需进一步验证 | 开发一种整合成像与测序的空间组学映射技术,以在单细胞分辨率下探索细胞异质性和功能 | 冷冻小鼠胚胎、福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的人体淋巴结及淋巴瘤组织 | 空间组学 | 淋巴瘤 | 空间条形码技术、RNase H介导的cDNA回收、多重蛋白成像、空间转录组学 | NA | 空间转录组数据、蛋白成像数据 | 多种样本类型,包括小鼠胚胎和人类淋巴组织 | NA | 空间转录组学, 多重蛋白成像 | DBiTplus | DBiTplus整合工作流程,支持测序型空间转录组学与成像型蛋白分析在同一组织切片上进行 |