单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5621	2024-12-15	Genomic tumor evolution dictates human medulloblastoma progression 2024 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdae172 PMID:39659836	研究论文	本研究通过单细胞测序数据分析了髓母细胞瘤的肿瘤进化过程，揭示了不同分子亚组的肿瘤细胞相互作用及其与拷贝数变异的关系	首次通过单细胞测序数据揭示了髓母细胞瘤的肿瘤进化轨迹，并识别了早期和晚期标记物，特别是SOX4的上调作为Group 3和Group 4髓母细胞瘤的潜在治疗靶点	研究样本量较小，且仅限于14名患者，可能无法全面代表所有髓母细胞瘤患者的情况	揭示髓母细胞瘤的肿瘤进化机制，特别是Group 3和Group 4亚组的肿瘤进展	髓母细胞瘤的肿瘤细胞及其分子亚组	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	基因组数据	14名髓母细胞瘤患者
5622	2024-12-15	Expression of programmed death receptor-1 ligand (PD-L1) in human cancer is of prognostic value and associated with macrophage infiltration 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.99781 PMID:39668828	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析评估了PD-L1在人类癌症中的预后价值及其与巨噬细胞浸润的关系	首次通过单细胞RNA测序数据分析发现PD-L1在肿瘤相关巨噬细胞上的表达与某些癌症的免疫治疗反应相关	研究依赖于现有数据库的数据，可能存在数据偏差和局限性	评估PD-L1在人类癌症中的预后价值及其与巨噬细胞浸润的关系	PD-L1在不同癌症中的表达及其与患者总体生存率和巨噬细胞浸润的关系	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5623	2024-12-15	Senescence Reprogramming by MTHFD2 Deficiency Facilitates Tumor Progression 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.99168 PMID:39668825	研究论文	研究探讨了年龄对癌症预后的影响，并开发了一个基于基因的衰老相关预后模型	首次揭示了MTHFD2在癌症衰老中的关键作用，其缺失通过诱导细胞衰老和促进衰老相关分泌表型（SASP）促进肿瘤生长	研究主要基于基因表达和单细胞RNA测序数据，可能缺乏对其他潜在因素的全面考虑	探讨年龄对癌症预后的影响，并开发衰老相关预后模型	老年和年轻癌症患者的肿瘤样本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	收集了老年和年轻癌症患者的肿瘤样本
5624	2024-12-15	Evaluating the prognostic potential of telomerase signature in breast cancer through advanced machine learning model 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1462953 PMID:39669558	研究论文	本文通过先进的机器学习模型评估端粒酶特征在乳腺癌中的预后潜力	开发了一种基于机器学习的端粒酶特征（MLTS），并展示了其在乳腺癌预后中的优越预测性能	未来研究需要进一步整合MLTS与其他分子特征以增强其临床应用	评估端粒酶特征在乳腺癌中的预后潜力	乳腺癌患者的生存预后	机器学习	乳腺癌	机器学习算法	机器学习模型	多组学数据	九个独立的乳腺癌数据集
5625	2024-12-15	The effector function of mucosal associated invariant T cells alters with aging and is regulated by RORγt 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1504806 PMID:39669566	研究论文	本研究探讨了黏膜相关恒定T细胞（MAIT细胞）在衰老过程中的转录组和功能变化，并揭示了RORγt在调节这些变化中的作用	首次揭示了衰老过程中MAIT细胞从MAIT17到MAIT1的功能转变，并发现RORγt在调节这一转变中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类肠道MAIT细胞，可能无法完全反映其他组织或物种中的情况	探讨衰老对MAIT细胞功能的影响及其潜在的分子机制	肠道中的MAIT细胞及其在衰老过程中的转录组和功能变化	免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	小鼠模型和人类肠道MAIT细胞样本
5626	2024-12-15	Integrated immunogenomic analyses of high-grade serous ovarian cancer reveal vulnerability to combination immunotherapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1489235 PMID:39669575	研究论文	本文通过综合免疫基因组分析高级别浆液性卵巢癌，揭示了其对联合免疫治疗的脆弱性	开发了一个24基因特征来预测BRCAness，并创建了一个网络应用程序和R包OvRSeq，用于全面表征卵巢癌患者样本并评估对联合免疫治疗的脆弱性	NA	研究高级别浆液性卵巢癌对联合免疫治疗的反应，并开发预测工具	高级别浆液性卵巢癌患者样本及其免疫微环境	数字病理学	卵巢癌	RNA测序、免疫荧光分析、免疫组化	机器学习分类模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	多个患者队列的数据
5627	2024-12-15	Integrative multiomics analysis reveals association of gut microbiota and its metabolites with susceptibility to keloids 2024, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2024.1475984 PMID:39669776	研究论文	本文通过多组学分析揭示了肠道微生物及其代谢产物与瘢痕疙瘩易感性之间的关联	首次通过整合粪便宏基因组、血浆代谢组和组织代谢组等多组学数据，揭示了肠道微生物及其代谢产物在瘢痕疙瘩形成中的作用	研究样本量较小，且仅限于特定人群，结果的普适性有待进一步验证	探讨肠道微生物及其代谢产物与瘢痕疙瘩易感性之间的关系	瘢痕疙瘩患者和正常瘢痕对照组的肠道微生物、血浆代谢物和组织代谢物	数字病理学	皮肤疾病	宏基因组分析、代谢组学、单细胞测序	随机森林模型	粪便宏基因组数据、血浆代谢组数据、组织代谢组数据	瘢痕疙瘩患者56例，正常瘢痕对照组60例，组织代谢组分析分别为35例和32例，靶向组织代谢组分析分别为41例和36例
5628	2024-12-15	Transitional cell states sculpt tissue topology during lung regeneration 2023-11-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.10.001 PMID:37922879	研究论文	研究探讨了肺再生过程中过渡细胞状态在组织重塑和重组中的作用	发现了SFRP1和RUNX1标记的过渡状态在组织重塑和重组中的关键作用，并揭示了RUNX1是纤维母细胞状态的关键驱动因子	NA	揭示肺再生过程中过渡细胞状态的作用及其在组织重塑中的机制	肺组织中的过渡细胞状态及其在再生过程中的作用	数字病理学	肺疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个损伤模型的样本
5629	2024-12-15	Tumor Niche Network-Defined Subtypes Predict Immunotherapy Response of Esophageal Squamous Cell Cancer 2023-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.15.528539 PMID:36824935	研究论文	本研究通过整合69名食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境单细胞转录组数据，定义了不同的ESCC亚型，并预测了免疫治疗反应	提出了基于肿瘤微环境转录网络的ESCC亚型分类方法，并验证了其对免疫治疗反应的预测能力	NA	研究食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境特征，并预测免疫检查点阻断疗法的反应	食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	食管癌	单细胞转录组	NA	转录组数据	69名食管鳞状细胞癌患者
5630	2024-12-15	HIV-1 provirus transcription and translation in macrophages differs from pre-integrated cDNA complexes and requires E2F transcriptional programs 2022-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2022.2031583 PMID:35166645	研究论文	研究了HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译差异，并探讨了E2F转录程序的作用	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）比较了未感染细胞、携带前整合复合物（PIC）的细胞和含有整合原病毒并产生晚期HIV蛋白的细胞的转录组，揭示了HIV-1整合过程中伴随的转录变化	研究主要集中在转录组水平，未深入探讨翻译和蛋白质水平的变化	探讨HIV-1在巨噬细胞中的转录和翻译机制及其与细胞微环境的关系	HIV-1在巨噬细胞中的前整合cDNA复合物与整合后原病毒的转录和翻译	分子生物学	HIV/AIDS	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	未具体说明样本数量
5631	2024-12-15	scAllele: A versatile tool for the detection and analysis of variants in scRNA-seq 2022-Sep-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abn6398 PMID:36054357	研究论文	本文介绍了一种名为scAllele的工具，用于在单细胞RNA测序数据中检测和分析变异	scAllele能够检测单核苷酸变异、插入、删除及其与剪接模式的等位基因连锁，并支持等位基因特异性剪接分析，这是其他方法不具备的独特功能	NA	开发一种能够从单细胞RNA测序数据中提取多层次信息并揭示新生物学见解的工具	单细胞RNA测序数据中的变异及其与剪接模式的关联	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5632	2024-12-14	scSFCL:Deep clustering of scRNA-seq data with subspace feature confidence learning 2025-Feb, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108292 PMID:39591807	研究论文	提出了一种基于子空间特征置信度学习的深度聚类方法scSFCL，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	通过子空间特征置信度学习结合图卷积网络和加权方法，筛选出判别性特征子集，并利用相互监督的聚类方法融合通用结构信息和特异性信息	未提及具体限制	提高单细胞RNA测序数据的深度聚类性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图卷积网络	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
5633	2024-12-14	Combined single-cell RNA sequencing and mendelian randomization to identify biomarkers associated with necrotic apoptosis in intervertebral disc degeneration 2025-Jan, The spine journal : official journal of the North American Spine Society DOI:10.1016/j.spinee.2024.09.011 PMID:39332686	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，识别与椎间盘退变中坏死性凋亡相关的生物标志物	首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，揭示了NT5E和TMEM158作为坏死性凋亡相关生物标志物与椎间盘退变的因果关系	研究为回顾性队列研究，样本量和数据集的多样性可能限制了结果的普适性	识别与椎间盘退变中坏死性凋亡相关的生物标志物，揭示其病理机制，并为诊断和治疗提供新方向	椎间盘退变中的坏死性凋亡相关生物标志物	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化分析（MR）	NA	单细胞RNA测序数据	GSE205535数据集中包含16种不同的细胞群体，进一步注释为8种细胞类型
5634	2024-12-14	Fam3a-mediated prohormone convertase switch in α-cells regulates pancreatic GLP-1 production in an Nr4a2-Foxa2-dependent manner 2025-Jan, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2024.156042 PMID:39362520	研究论文	研究探讨了Fam3a在α细胞中的作用及其通过Nr4a2-Foxa2依赖性机制调节胰高血糖素样肽-1（GLP-1）生成的机制	揭示了Fam3a在α细胞中通过Nr4a2-Foxa2依赖性途径调节胰高血糖素样肽-1（GLP-1）生成的新机制，并提出了一种重新编程α细胞胰高血糖素加工输出为GLP-1的新策略	NA	探讨Fam3a在α细胞功能中的作用及其调节机制	Fam3a敲除小鼠、人胰岛单细胞RNA测序数据、αTC1.9细胞、Fam3aα-/-小鼠及其胰岛	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组分析、核转位实验、双荧光素酶报告基因实验	NA	RNA	Fam3a敲除小鼠、Fam3aα-/-小鼠、αTC1.9细胞、人胰岛单细胞RNA测序数据
5635	2024-12-14	LRRC45 accelerates bladder cancer development and ferroptosis inhibition via stabilizing NRF2 by competitively KEAP1 interaction 2025-Jan, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2024.11.001 PMID:39522565	研究论文	研究揭示了LRRC45通过与KEAP1竞争性结合稳定NRF2，从而促进膀胱癌发展和抑制铁死亡的机制	首次揭示了LRRC45通过竞争性结合KEAP1来稳定NRF2，从而促进膀胱癌发展和抑制铁死亡	研究主要基于细胞实验，缺乏临床试验数据支持	探讨LRRC45在膀胱癌发展中的作用及其分子机制	膀胱癌细胞中的LRRC45及其与KEAP1和NRF2的相互作用	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	膀胱癌患者的单细胞RNA测序数据
5636	2024-12-14	Apolipoprotein A1-encoding recombinant adenovirus remodels cholesterol metabolism in tumors and the tumor microenvironment to inhibit hepatocellular carcinoma 2025-Jan, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.10.003 PMID:39528003	研究论文	本研究构建了一种编码Apolipoprotein A1的重组溶瘤腺病毒Ad5-ApoA1，通过调控肿瘤和肿瘤微环境中的胆固醇代谢，抑制肝细胞癌	本研究首次将Apolipoprotein A1与溶瘤腺病毒结合，通过促进胆固醇外排和减少炎症因子，显著抑制肝细胞癌的生长并延长生存期	溶瘤腺病毒Ad5-ApoA1在裸鼠中未显示出治疗效果，仅在健康免疫和人类化免疫重建的NCG小鼠中有效	研究溶瘤腺病毒Ad5-ApoA1对肝细胞癌的治疗效果及其机制	肝细胞癌及其肿瘤微环境	数字病理学	肝细胞癌	流式细胞术、转录组测序、单细胞测序	NA	基因表达数据	体外实验和多种小鼠模型
5637	2024-12-14	Multi-omics analysis unveils the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in chordoma progression 2025-Jan, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6369 PMID:39611243	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞在脊索瘤进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、多重定量免疫荧光以及体内外实验，全面揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞在脊索瘤中的异质性、空间分布及其临床意义	研究主要集中在脊索瘤中炎症性癌症相关成纤维细胞的作用，未涉及其他类型癌症中的类似机制	探讨炎症性癌症相关成纤维细胞在脊索瘤进展中的作用及其潜在的临床意义	脊索瘤中的癌症相关成纤维细胞及其与肿瘤细胞和其他细胞类型的相互作用	数字病理学	脊索瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、多重定量免疫荧光	NA	RNA	87,693个单细胞来自7个肿瘤样本和4个对照椎间盘核样本，以及126名患者的批量RNA测序数据和116名患者的多重定量免疫荧光验证数据
5638	2024-12-14	3D printed PGCL@PLA/10CSPL composite scaffolds loaded with fibronectin 1 for intervertebral disc degeneration treatment 2024-Dec-13, Biofabrication IF:8.2Q1 DOI:10.1088/1758-5090/ad998f PMID:39668784	研究论文	本文设计并制造了一种新型3D打印PGCL@PLA/10CSPL复合支架，用于椎间盘退行性疾病的治疗	本文创新性地设计了一种具有良好生物相容性和电活性的PGCL@1PAP/10CSPL支架，并加载了从单细胞转录组数据中识别出的纤维连接蛋白1（FN1），以加速异常髓核退变	NA	研究目的是开发一种新型植入系统，用于椎间盘退行性疾病的治疗	研究对象是椎间盘退行性疾病及其治疗	生物医学工程	椎间盘退行性疾病	3D打印技术	NA	单细胞转录组数据	NA
5639	2024-12-14	Paired-Related Homeobox 1-Positive Cells Are Needed for Osseointegration 2024-Dec-11, The International journal of oral & maxillofacial implants DOI:10.11607/jomi.10852 PMID:38498783	研究论文	研究Prrx1阳性细胞在成年牙槽骨中对种植体诱导骨整合过程的贡献及其潜在机制	首次揭示了Prrx1阳性细胞在骨整合过程中的作用，并发现Sema3C在Prrx1阳性细胞驱动的成骨过程中起关键作用	研究仅在啮齿动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨Prrx1阳性细胞在种植体诱导骨整合过程中的作用及其机制	Prrx1阳性细胞在成年牙槽骨中的作用	NA	NA	Cre重组酶诱导的谱系追踪、细胞消融、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	使用小鼠牙种植体模型进行实验
5640	2024-12-14	EEE1F1 could serve as a prognostic biomarker for patients with endometrial cancer: A comprehensive analysis by integrating bulk and single-cell sequencing 2024-Dec-11, Asian journal of surgery IF:3.5Q1 DOI:10.1016/j.asjsur.2024.11.065 PMID:39668036	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA