单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 5601 - 5620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5601 | 2024-12-10 |
Unraveling plant-microbe symbioses using single-cell and spatial transcriptomics
2024-Dec, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2024.06.008
PMID:38991926
|
研究论文 | 本文讨论了单细胞和空间转录组学技术在研究植物-微生物共生关系中的优势 | 利用单细胞和空间转录组学技术，能够以前所未有的细节水平研究共生相互作用 | 主要限制在于同时捕获植物和微生物转录本的技术挑战 | 探讨新型空间和单细胞转录组学技术在研究植物-微生物内共生关系中的应用 | 植物-微生物共生关系 | NA | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 5602 | 2024-12-10 |
AOPPs induces EMT and fibrosis by activating oxidative stress through ERK/p38 MAPK signaling pathway in endometriosis
2024-Dec, Reproductive biology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.repbio.2024.100950
PMID:39241657
|
研究论文 | 研究探讨了高级氧化蛋白产物（AOPPs）通过激活ERK/p38 MAPK信号通路诱导子宫内膜异位症（EMs）中的上皮-间质转化（EMT）和纤维化的机制 | 首次揭示了AOPPs在EMs中通过氧化应激激活ERK/p38 MAPK信号通路诱导EMT和纤维化的机制 | 研究主要基于临床样本、单细胞测序和体内外模型，缺乏更大规模的人体临床试验验证 | 探讨AOPPs在子宫内膜异位症中诱导EMT和纤维化的分子机制 | 子宫内膜异位症（EMs）中的上皮-间质转化（EMT）和纤维化 | NA | 子宫内膜异位症 | 单细胞测序 | NA | 临床样本 | 使用正常大鼠进行慢性给药研究 |
| 5603 | 2024-12-10 |
The relationship between Sjögren's syndrome and recurrent pregnancy loss: a bioinformatics analysis
2024-Dec, Reproductive biomedicine online
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.rbmo.2024.104363
PMID:39299134
|
研究论文 | 研究Sjögren综合征与复发性流产之间的基因关联 | 首次揭示Sjögren综合征与复发性流产共享生物学途径，并鉴定出关键基因KCNN3 | NA | 探讨Sjögren综合征与复发性流产之间的基因关联 | Sjögren综合征和复发性流产的基因数据 | 生物信息学 | 自身免疫性疾病 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA）、limma分析、基因本体论和京都基因与基因组百科全书分析 | NA | 基因表达数据 | 从Gene Expression Omnibus数据库获取的基因数据 |
| 5604 | 2024-12-10 |
ATN-161 alleviates caerulein-induced pancreatitis
2024-Dec, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2024.10.002
PMID:39396744
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研究论文 | 研究显示ATN-161通过阻断Integrin-α5信号减轻caerulein诱导的急性胰腺炎病理状况 | 首次揭示了ATN-161作为Integrin-α5拮抗剂在减轻急性胰腺炎症状中的治疗潜力 | NA | 探索减轻急性胰腺炎病理状况的药物干预方法 | ATN-161对caerulein诱导的急性胰腺炎的影响 | NA | 胰腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 5605 | 2024-12-10 |
Targeting cancer-associated fibroblasts with pirfenidone: A novel approach for cancer therapy
2024-Dec, Tissue & cell
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.tice.2024.102624
PMID:39581071
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研究论文 | 本文探讨了使用吡非尼酮靶向癌症相关成纤维细胞（CAFs）作为癌症治疗的新方法 | 本文提出了一种新的癌症治疗方法，通过吡非尼酮靶向CAFs，并结合化疗药物和纳米载体递送系统，以提高疗效和减少副作用 | 尽管吡非尼酮显示出抗肿瘤潜力，但其安全性和有效性仍需通过临床试验进一步验证 | 研究吡非尼酮在癌症治疗中的应用，特别是通过靶向CAFs来抑制癌症进展 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在癌症进展中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA | NA |
| 5606 | 2024-12-10 |
Endothelial KDM5B Regulated by Piezo1 Contributes to Disturbed Flow Induced Atherosclerotic Plaque Formation
2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70237
PMID:39643939
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研究论文 | 研究了Piezo1调控的内皮细胞KDM5B在扰流诱导的动脉粥样硬化斑块形成中的作用 | 首次揭示了Piezo1通过上调KDM5B表达促进动脉粥样硬化斑块形成的机制 | 研究主要集中在细胞和动物模型上，尚未在人体中验证 | 探讨扰流诱导的动脉粥样硬化斑块形成中的表观遗传调控机制 | 内皮细胞中的KDM5B表达及其在动脉粥样硬化中的作用 | NA | 心血管疾病 | scRNA-seq | NA | RNA | 使用了HUVECs细胞和小鼠模型 |
| 5607 | 2024-12-09 |
Statistical and computational methods for enabling the clinical and translational application of spatial transcriptomics
2024-Dec, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70119
PMID:39644148
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5608 | 2024-12-10 |
M2 macrophage derived HMOX1 defines chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2024-Dec, Clinical and translational allergy
IF:4.6Q2
DOI:10.1002/clt2.70014
PMID:39644500
|
研究论文 | 本研究旨在开发与慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）相关的巨噬细胞诊断特征 | 提出了基于M2巨噬细胞来源的HMOX1作为CRSwNP的创新诊断标志物 | NA | 开发与CRSwNP相关的巨噬细胞诊断特征 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者和健康对照组的转录组数据 | NA | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 转录组分析、基因集富集分析、加权基因共表达网络分析、单细胞RNA测序、免疫荧光染色 | 诊断模型 | 转录组数据 | 54名CRSwNP患者和37名健康对照组，以及29个验证样本 |
| 5609 | 2024-12-10 |
Decoding Functional and Developmental Trajectories of Tissue-Resident Uterine Dendritic Cells Through Integrative Omics
2024-Nov-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5424920/v1
PMID:39606471
|
研究论文 | 本文通过综合组学方法解码了组织驻留的子宫树突状细胞的功能和发育轨迹 | 首次通过单细胞RNA测序和CITE-seq技术，揭示了子宫树突状细胞在不同月经周期和早期妊娠阶段的亚型及其功能角色 | 研究主要集中在子宫树突状细胞的功能和发育轨迹，未涉及其在疾病中的具体应用 | 揭示子宫树突状细胞的分子特征及其在人类子宫内膜中的特定作用 | 子宫树突状细胞及其在不同月经周期和早期妊娠阶段的亚型 | NA | NA | 单细胞RNA测序、CITE-seq | NA | RNA | 涉及不同月经周期和早期妊娠阶段的子宫组织样本 |
| 5610 | 2024-12-10 |
Single-cell spatial transcriptomics of fixed, paraffin-embedded biopsies reveals colitis-associated cell networks
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.11.623014
PMID:39605355
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研究论文 | 本文开发了一种用于分析固定石蜡包埋（FFPE）组织样本的单细胞空间转录组学（iSCST）框架，并应用于炎症性肠病（IBD）患者的临床FFPE黏膜活检样本 | 本文首次将iSCST技术应用于FFPE组织样本，并展示了其在识别和量化不同细胞亚群及疾病状态中的差异表达基因方面的优势 | 本文仅分析了57个FFPE黏膜活检样本，样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 开发一种适用于FFPE组织样本的单细胞空间转录组学框架，并应用于炎症性肠病患者的临床样本分析 | 炎症性肠病（IBD）患者的FFPE黏膜活检样本 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞空间转录组学（iSCST） | NA | 转录组数据 | 57个FFPE黏膜活检样本，包括9个非IBD对照组和11个溃疡性结肠炎患者 |
| 5611 | 2024-12-10 |
The Risk Genes S1PR5, CMC1, and ASAH1 as Potential Targets for the Diagnosis, Immunotherapy, and Treatment of Colon Adenocarcinoma by Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Analysis
2024-11-07, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究利用单细胞和批量RNA测序数据构建了一个新的免疫细胞功能风险模型，用于预测结肠腺癌的预后和免疫治疗效果 | 本研究首次提出了S1PR5、CMC1和ASAH1作为结肠腺癌的新型治疗靶点，并通过单细胞和批量RNA测序数据验证了其潜在的临床应用价值 | 本研究仅在特定的数据集和临床队列中验证了模型的有效性，未来需要在更多独立队列中进行验证 | 开发新的风险模型以预测结肠腺癌的预后和免疫治疗效果，并发现新的治疗靶点 | 结肠腺癌患者的预后和免疫治疗效果 | 数字病理学 | 结肠腺癌 | 单细胞RNA测序和批量RNA测序 | Lasso回归分析 | RNA测序数据 | 使用了来自Tumour Immune Single Cell Hub数据库的COAD单细胞数据集GSE146771，并在多个独立队列中进行了验证 |
| 5612 | 2024-12-10 |
Analysis of the heterogeneity and complexity of murine extraorbital lacrimal gland via single-cell RNA sequencing
2024-Oct, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2024.06.005
PMID:38945476
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠眶外泪腺的细胞异质性和复杂性 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了小鼠眶外泪腺的细胞多样性，并构建了细胞异质性的图谱 | 研究仅限于C57BL/6J小鼠的眶外泪腺，未涉及其他物种或组织 | 研究小鼠眶外泪腺的细胞类型和异质性，以了解其对维持眼表健康的作用 | 小鼠眶外泪腺的细胞类型和异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 43,850个高质量细胞 |
| 5613 | 2024-12-10 |
Joint Bayesian estimation of cell dependence and gene associations in spatially resolved transcriptomic data
2024-04-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-60002-z
PMID:38664448
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研究论文 | 本文提出了一种联合贝叶斯方法，用于同时估计空间转录组数据中的基因关联和细胞依赖性 | 本文的创新点在于提出了一种联合贝叶斯方法，能够同时估计基因和空间细胞的相关性，从而保留基因表达的依赖结构 | 本文的局限性在于仅通过模拟和真实数据集进行了方法的验证，未探讨其在其他类型数据上的适用性 | 本文的研究目的是开发一种新的方法，用于分析空间转录组数据中的基因关联和细胞依赖性 | 本文的研究对象是空间转录组数据中的基因表达和细胞空间位置 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据 | 多个真实空间转录组数据集 |
| 5614 | 2024-12-10 |
Cross-modality mapping using image varifolds to align tissue-scale atlases to molecular-scale measures with application to 2D brain sections
2024-Apr-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47883-4
PMID:38664422
|
研究论文 | 本文提出了一种在分子尺度转录组学和组织尺度图谱之间建立对应关系的方法 | 通过将空间转录组数据表示为编码位置和高维特征（基因、细胞类型）身份的广义函数，解决了传统图像表示无法有效建模高维数据的问题 | NA | 解决在图谱构建和跨样本/技术对齐中，由于样本稀少和传统图像表示无法有效建模高维数据的问题 | 小鼠脑图谱与基于基因和细胞的转录组数据（来自MERFISH和BARseq技术）以及组织病理学和跨物种图谱 | 数字病理学 | NA | LDDMM | NA | 图像 | NA |
| 5615 | 2024-12-10 |
Glioblastoma-instructed microglia transition to heterogeneous phenotypic states with phagocytic and dendritic cell-like features in patient tumors and patient-derived orthotopic xenografts
2024-04-02, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01321-8
PMID:38566128
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研究论文 | 研究了胶质母细胞瘤（GBM）患者肿瘤和患者来源的同种异体移植瘤中，GBM诱导的微胶质细胞向具有吞噬和树突状细胞样特征的异质表型状态的转变 | 首次系统地描述了GBM患者肿瘤和PDOX中肿瘤微环境（TME）的单细胞和空间水平特征，揭示了GBM细胞与宿主细胞之间的相互作用及其在TME中的异质性 | 研究主要集中在GBM患者肿瘤和PDOX中的TME，未涉及其他类型的肿瘤或更广泛的免疫细胞群体 | 深入了解GBM生态系统及其在临床前模型中的再现，以提高临床试验的准确性和成功率 | GBM患者肿瘤和患者来源的同种异体移植瘤中的肿瘤微环境（TME） | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多色流式细胞术、免疫组化 | NA | 基因表达数据 | 不同肿瘤表型的GBM PDOX和患者肿瘤样本 |
| 5616 | 2024-12-10 |
Integrated analysis of disulfidptosis-related immune genes signature to boost the efficacy of prognostic prediction in gastric cancer
2024-Mar-25, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03294-5
PMID:38528532
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研究论文 | 研究探讨了二硫化物应激相关免疫基因在胃癌中的潜在生物标志物价值，并构建了一个预测模型 | 首次揭示了二硫化物应激相关免疫基因在胃癌中的潜在生物标志物价值 | NA | 探索二硫化物应激与免疫相关基因在胃癌中的内在关联，并评估其作为生物标志物的潜力 | 胃癌患者及其肿瘤组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | Cox和LASSO分析 | 基因表达数据 | 63对胃癌组织样本 |
| 5617 | 2024-12-10 |
Integrative genotyping of cancer and immune phenotypes by long-read sequencing
2024-01-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44137-7
PMID:38167262
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研究论文 | 本文介绍了一种名为nanoranger的长读长测序工作流程和分析管道，用于整合癌症和免疫表型的基因分型 | 开发了一种灵活的长读长测序工作流程和分析管道nanoranger，能够检测细胞系定义特征，如单核苷酸变异、融合基因、异构体等 | NA | 提高单细胞肿瘤和免疫细胞共进化的追踪能力 | 急性髓系白血病（AML）的亚克隆和骨髓浸润免疫细胞的异质性异构体景观 | 数字病理学 | 血液病 | 长读长测序 | NA | 基因组数据 | 数千个骨髓浸润免疫细胞 |
| 5618 | 2024-12-10 |
Single-cell sequencing reveals the evolution of immune molecules across multiple vertebrate species
2024-01, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2023.02.017
PMID:36871615
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了多个脊椎动物物种免疫细胞的转录组特征，揭示了免疫分子在进化过程中的变化 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术，系统地比较了多个脊椎动物物种的免疫细胞转录组特征，揭示了免疫分子在进化过程中的保守性和特异性 | 本文仅分析了七个脊椎动物物种的免疫细胞，可能无法全面代表所有脊椎动物的免疫进化特征 | 研究免疫系统在不同脊椎动物物种中的进化特征 | 七个脊椎动物物种的免疫细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 七个脊椎动物物种的免疫细胞 |
| 5619 | 2024-12-10 |
Cytotoxic CD4+ tissue-resident memory T cells are associated with asthma severity
2023-Dec-08, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2023.09.003
PMID:37865091
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研究论文 | 研究探讨了细胞毒性CD4+组织驻留记忆T细胞与哮喘严重程度之间的关系 | 发现了在严重哮喘患者中，CD4+组织驻留记忆T细胞（TRM）显著增加，并且这些细胞表达与细胞毒性和炎症相关的基因 | 研究样本仅包括30名患者，可能不足以代表所有哮喘患者的情况 | 探讨不同CD4+ T细胞亚群在哮喘发病机制中的作用 | 从30名轻度和重度哮喘患者中提取的50,000多个气道CD4+ T细胞 | NA | 哮喘 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 30名轻度和重度哮喘患者 |
| 5620 | 2024-12-10 |
Differential abundance testing on single-cell data using k-nearest neighbor graphs
2022-02, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01033-z
PMID:34594043
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Milo的统计框架，通过在k近邻图上分配细胞到部分重叠的邻域来进行单细胞数据的差异丰度测试 | Milo能够识别被离散化成簇的细胞所掩盖的扰动，并保持批次效应下的错误发现率控制，优于其他差异丰度测试策略 | NA | 开发一种新的统计框架，用于在单细胞数据中进行差异丰度测试，以克服现有方法的局限性 | 单细胞RNA测序数据和模拟数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞数据 | NA |