单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5581	2025-02-08	Single-cell RNA transcriptomics in mice reveals embryonic origin of fibrosis due to maternal obesity 2024-Nov, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105421 PMID:39476533	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了母体肥胖导致后代纤维化的胚胎起源	首次在胚胎水平上揭示了母体肥胖导致后代纤维化的细胞机制，并提出了AMPK作为潜在的治疗靶点	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究母体肥胖对后代纤维化的影响及其机制	C57BL/6J雌性小鼠及其胚胎	单细胞RNA测序	纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	C57BL/6J雌性小鼠及其胚胎（E9.5, E11.5, E13.5）
5582	2025-02-08	NME4 suppresses NFκB2-CCL5 axis, restricting CD8+ T cell tumour infiltration in oesophageal squamous cell carcinoma 2024-10, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13838 PMID:39016535	研究论文	本文研究了NME4在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的免疫学意义，揭示了NME4通过调控NFκB2-CCL5轴阻止CD8+ T细胞浸润肿瘤微环境的机制	首次在肿瘤微环境中描述了NME4的免疫学作用，并揭示了其通过NFκB2-CCL5轴调控CD8+ T细胞浸润的分子机制	NME4在ESCC患者中的临床病理和预后重要性有限，且研究主要基于小鼠模型，人类数据较少	探讨NME4在食管鳞状细胞癌中的免疫学作用及其分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	食管鳞状细胞癌	多重免疫组化、定量蛋白质组学、蛋白质微阵列筛选、单细胞RNA测序	小鼠同源肿瘤模型	蛋白质组数据、RNA测序数据	ESCC患者和小鼠模型
5583	2025-02-08	FANCD2 as a ferroptosis-related target for recurrent implantation failure by integrated bioinformatics and Mendelian randomization analysis 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70119 PMID:39400935	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和孟德尔随机化方法，探讨了铁死亡相关基因在复发性着床失败（RIF）中的表达及其意义	首次将铁死亡相关基因与RIF联系起来，并通过机器学习模型和单细胞RNA测序揭示了MUC1、GJA1和FANCD2作为潜在诊断标志物的重要性	研究结果需要进一步的实验验证，且样本量可能限制了结果的普遍性	探讨铁死亡相关基因在复发性着床失败中的作用及其潜在治疗策略	复发性着床失败患者和健康个体的基因表达数据	生物信息学	生殖系统疾病	生物信息学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	NA
5584	2025-02-08	Single Cell RNAseq Analysis of Cytokine-Treated Human Islets: Association of Cellular Stress with Impaired Cytokine Responsiveness 2024-Jul-11, Function (Oxford, England) DOI:10.1093/function/zqae015 PMID:38985000	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了细胞因子处理的人类胰岛细胞的基因表达变化，发现人类胰岛细胞对细胞因子的反应显著减弱	首次在人类胰岛细胞中发现细胞因子反应的减弱，并揭示了与应激反应基因的高表达相关	研究未详细探讨供体死亡原因和胰岛分离方法对细胞应激的具体影响	研究人类胰岛细胞在细胞因子刺激下的基因表达变化及其与细胞应激的关系	人类胰岛细胞	单细胞RNA测序	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
5585	2025-02-08	The dysfunction of CD8+ T cells triggered by endometriotic stromal cells promotes the immune survival of endometriosis 2024-07, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13786 PMID:38544333	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了子宫内膜异位症的细胞异质性，并探讨了CD8 T细胞在疾病进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术全面描绘了子宫内膜异位症的细胞景观，并揭示了CD8 T细胞通过STAT1/PDCD1通路和代谢重编程在疾病中的关键作用	样本量较小，仅包括三名卵巢子宫内膜异位症患者	探讨子宫内膜异位症的细胞异质性及CD8 T细胞在疾病进展中的作用	子宫内膜异位症患者和裸鼠模型	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	三名卵巢子宫内膜异位症患者
5586	2025-02-08	A Regularized Bayesian Dirichlet-multinomial Regression Model for Integrating Single-cell-level Omics and Patient-level Clinical Study Data 2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.04.597391 PMID:38895417	研究论文	本文提出了一种正则化贝叶斯Dirichlet-多项式回归模型，用于整合单细胞水平的组学数据和患者水平的临床研究数据	该模型采用了一种新颖的层次树结构，以在不同细胞类型水平上识别单细胞RNA测序数据与临床数据之间的关系	当前整合单细胞水平组学数据与临床变量的方法不足	研究单细胞RNA测序数据与患者水平临床数据之间的关系	单细胞RNA测序数据和患者临床数据	生物信息学	肺纤维化, COVID-19, 非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	正则化贝叶斯Dirichlet-多项式回归模型	单细胞RNA测序数据, 临床数据	涉及三种不同疾病的患者数据
5587	2025-02-08	Single-cell RNA sequencing reveals the altered innate immunity in immune checkpoint inhibitor-related myocarditis 2024-06, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13770 PMID:38425094	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了免疫检查点抑制剂相关心肌炎中先天免疫的改变	首次使用单细胞RNA测序技术对免疫检查点抑制剂相关心肌炎的转录组特征进行表征，并识别出S100A蛋白家族作为潜在血清标志物	样本量较小，仅包括四组患者，且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性	研究免疫检查点抑制剂相关心肌炎的病理生理机制和潜在治疗靶点	外周血单核细胞（PBMC）样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk-RNA sequencing）	NA	RNA测序数据	四组患者的外周血单核细胞样本，具体样本量未明确说明
5588	2025-02-08	Early life vaccination reprograms the metabolism and function of myeloid cells in neonates 2024-06, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13772 PMID:38424694	研究论文	本文研究了新生儿接种疫苗对髓系细胞代谢和功能的重编程作用	揭示了BCG疫苗通过上调mTOR/HIF1a信号通路和增强糖酵解来促进新生儿髓系细胞成熟的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类新生儿中进行验证	探讨新生儿接种疫苗对免疫系统的影响	新生小鼠的髓系细胞	免疫学	NA	单细胞转录组分析、代谢物分析、功能分析	NA	转录组数据、代谢物数据	新生小鼠的髓系细胞
5589	2025-02-08	TRPV4-Expressing Tissue-Resident Macrophages Regulate the Function of Collecting Lymphatic Vessels via Thromboxane A2 Receptors in Lymphatic Muscle Cells 2024-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.21.595189 PMID:38826322	研究论文	本文研究了TRPV4通道在收集淋巴管中的表达及其对淋巴管收缩功能的调节作用	揭示了TRPV4通道在淋巴系统中的新作用，特别是其在组织驻留巨噬细胞中的表达及其通过血栓素A2受体调节淋巴管收缩功能的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	表征TRPV4通道在收集淋巴管中的表达并确定其对淋巴管收缩功能的调节程度	收集淋巴管及其周围的细胞	生物医学	淋巴水肿	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	来自小鼠、大鼠和非人灵长类动物的淋巴管样本
5590	2025-02-08	Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach 2024-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.28.582604 PMID:38464095	研究论文	本文介绍了SciDAP平台，一个用户友好的单细胞测序数据分析工具，旨在简化scRNA-Seq、scATAC-Seq和scMultiome数据的分析过程	SciDAP平台通过使用Common Workflow Language (CWL)编写的可移植和可重复的管道，为非计算专业的生物学家提供了无需编码的单细胞测序数据分析方法	本文未明确提及SciDAP平台在处理特定类型数据或大规模数据集时的性能限制	开发一个用户友好的平台，以简化单细胞测序数据的分析过程，提高分析结果的可重复性	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-Seq）和单细胞多组学测序（scMultiome）数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq, scMultiome	NA	单细胞测序数据	NA
5591	2025-02-08	Leveraging single-cell transcriptomic data to uncover immune suppressive cancer cell subsets in triple-negative canine breast cancers 2024, Frontiers in veterinary science IF:2.6Q1 DOI:10.3389/fvets.2024.1434617 PMID:39376916	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，识别并表征了三阴性犬乳腺癌中的免疫抑制亚群	首次在三阴性犬乳腺癌中识别出免疫抑制亚群，并揭示了其通过抗炎和M2样巨噬细胞等机制促进免疫逃逸的潜在途径	研究依赖于已发布的单细胞RNA测序数据集，样本量较小（30只犬），可能限制了结果的普适性	识别和表征三阴性犬乳腺癌中的免疫抑制亚群，以揭示其免疫逃逸机制	三阴性犬乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	30只犬的样本
5592	2025-02-08	Idiopathic subglottic stenosis arises at the epithelial interface of host and pathogen 2023-May-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2945067/v1 PMID:37292825	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制，揭示了上皮细胞变化与微生物群位移、免疫激活和局部纤维化之间的关系	首次利用单细胞RNA测序技术对iSGS患者的近端气道瘢痕进行无偏倚的细胞亚群表征，并详细描述了其分子表型，揭示了上皮细胞变化与微生物群位移、免疫激活和局部纤维化之间的关系	疾病罕见性和患者地理分布广泛限制了iSGS发病机制的实质性机制研究	研究特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制	特发性声门下狭窄（iSGS）患者的近端气道瘢痕组织	生物医学	特发性声门下狭窄	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	国际iSGS患者队列的致病性黏膜样本
5593	2025-02-08	Epitenon-derived cells comprise a distinct progenitor population that contributes to both tendon fibrosis and regeneration following acute injury 2023-Feb-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.30.526242 PMID:36778469	研究论文	本文通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术，识别了一种源自腱外膜的双向祖细胞群，该细胞群在急性肌腱损伤后既参与腱周纤维化，也参与肌腱的再生愈合	首次识别出一种源自腱外膜的双向祖细胞群，并揭示了其在肌腱损伤愈合过程中的双重作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	探索肌腱损伤愈合过程中细胞群的作用，以改善肌腱愈合的治疗方法	小鼠和人类的腱外膜细胞及腱周纤维化组织	生物医学	肌腱损伤	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型及人类腱周纤维化组织样本
5594	2025-02-07	The use of deidentified organ donor testes for research 2025-Feb-06, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70008 PMID:39912553	综述	本文讨论了使用去识别化的人类睾丸捐赠组织进行基础科学研究的情况	强调了使用去识别化的人类睾丸捐赠组织进行研究的价值，特别是在人类睾丸发育和功能研究中的独特优势	使用去识别化的人类睾丸捐赠组织可能面临伦理和获取难度的问题	探讨人类睾丸发育和功能，以改进不育症的治疗和诊断	去识别化的人类睾丸捐赠组织	生殖医学	不育症	单细胞转录组和表观基因组分析	NA	组织样本	NA
5595	2025-02-07	Loss of 18q Alters TGFβ Signalling Affecting Anteroposterior Neuroectodermal Fate in Human Embryonic Stem Cells 2025-Feb-05, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13813 PMID:39908990	研究论文	本文研究了染色体18q缺失如何影响人类胚胎干细胞（hESCs）向视网膜祖细胞分化的能力，并探讨了TGFβ信号通路在此过程中的作用	首次揭示了18q缺失通过影响TGFβ信号通路，导致hESCs在前后神经外胚层命运决定中的异常	研究仅限于实验室条件下的hESCs，未涉及体内环境或临床样本	探究染色体异常对hESCs分化能力的影响，特别是18q缺失对神经外胚层命运决定的作用	人类胚胎干细胞（hESCs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具有复杂核型的hESCs细胞系
5596	2025-02-07	SCovid v2.0: a comprehensive resource to decipher the molecular characteristics across tissues in COVID-19 and other human coronaviruses 2025-Feb-04, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.01933-24 PMID:39714149	研究论文	SCovid v2.0是一个更新的数据库，旨在通过转录组测序帮助研究人员揭示2019冠状病毒病（COVID-19）在不同组织中的分子特征	SCovid v2.0相较于其前身，增加了全面的数据、实用的功能，并重建了分析流程，包括更多的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，以及与其他人类冠状病毒的比较分析	NA	揭示COVID-19在不同组织中的分子特征，并进行与其他人类冠状病毒的比较分析	COVID-19及其他人类冠状病毒的分子特征	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	3,544,360个细胞来自45个单细胞RNA测序数据集，涵盖15个组织的789个样本；1,688个样本来自12个组织的62个COVID-19批量RNA测序数据；7个与其他人类冠状病毒相关的批量RNA测序数据集
5597	2025-02-07	Development of a prognostic model based on four genes related to exhausted CD8+ T cell in triple-negative breast cancer patients: a comprehensive analysis integrating scRNA-seq and bulk RNA-seq 2025-Feb-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01812-z PMID:39899181	研究论文	本研究旨在开发基于与耗竭CD8+ T细胞相关的四个基因的三阴性乳腺癌（TNBC）预后模型，并探讨其临床和免疫相关性	通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，筛选出与TNBC患者生存显著相关的四个基因，构建了一个新的预后模型	研究主要依赖于公开数据集，缺乏独立的外部验证队列	开发一个基于耗竭CD8+ T细胞相关基因的TNBC预后模型，并评估其临床和免疫相关性	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	TCGA队列和外部队列的TNBC患者数据
5598	2025-02-07	EMT-driven plasticity prospectively increases cell-cell variability to promote therapeutic adaptation in breast cancer 2025-Feb-03, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03637-w PMID:39901189	研究论文	本文研究了上皮-间质转化（EMT）驱动的细胞可塑性在三阴性乳腺癌（TNBC）治疗适应中的作用	首次揭示了EMT驱动的可塑性如何增加细胞间表型多样性，并在化疗前产生罕见的预适应状态	研究仅基于体外模型，未涉及体内环境	探讨EMT驱动的可塑性在TNBC治疗适应中的作用	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	两个TNBC体外模型
5599	2025-02-07	Oxygen-dependent alternative mRNA splicing and a cone-specific motor protein revealed by single-cell RNA sequencing in hypoxic retinas 2025-Feb, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110190 PMID:39638278	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了缺氧条件下小鼠视网膜中特定细胞类型的反应，揭示了氧依赖的mRNA选择性剪接和锥体特异性运动蛋白Kif4的表达	首次在缺氧视网膜中发现了锥体特异性运动蛋白Kif4的强烈诱导表达，并揭示了RNA结合蛋白Rbm3和Cirbp在缺氧条件下的异构体转换	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类视网膜的缺氧反应	理解特定视网膜细胞类型在缺氧条件下的反应机制	小鼠视网膜细胞	单细胞RNA测序	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠视网膜细胞
5600	2025-02-07	CRISPR-Cas9 screening identifies the role of FER as a tumor suppressor 2025-Feb, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6374 PMID:39648412	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9筛选技术鉴定了FER作为肿瘤抑制基因的作用，并揭示了其在肿瘤发生和进展中的关键角色	首次通过体内全基因组CRISPR-Cas9筛选技术鉴定FER为肿瘤抑制基因，并揭示了其在肿瘤发生和进展中的具体机制	研究主要基于实验模型，尚未在临床样本中广泛验证	系统识别肿瘤抑制基因以增进对肿瘤发生的理解，并开发早期诊断和疾病进展缓解策略	FER基因及其在肿瘤发生和进展中的作用	肿瘤生物学	肿瘤	CRISPR-Cas9筛选, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA