单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5581	2025-02-12	Single-cell and spatial transcriptomics of vulvar lichen sclerosus reveal multi-compartmental alterations in gene expression and signaling cross-talk 2024-Aug-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.14.607986 PMID:39211101	研究论文	本文利用单细胞和空间转录组学技术，分析了外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤，揭示了VLS的分子发病机制	首次使用单细胞和空间转录组学技术全面分析VLS的分子异质性，并揭示了不同细胞类型中的分子变化和信号通路激活	研究样本量有限，且未进行长期随访以验证潜在生物标志物和治疗靶点的临床效果	揭示外阴硬化性苔藓（VLS）的分子发病机制，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤	数字病理学	皮肤病	单细胞转录组学, 空间转录组学	单层和器官型培养模型	基因表达数据	VLS患者和健康对照的外阴皮肤样本
5582	2025-02-12	Defining the Regulatory Logic of Breast Cancer Using Single-Cell Epigenetic and Transcriptome Profiling 2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598858 PMID:38948758	研究论文	本文通过单细胞表观遗传和转录组分析，定义了乳腺癌的调控逻辑	引入了一种新的方法，使用线性混合效应模型系统量化恶性细胞与正常乳腺上皮细胞中染色质可及性区域与基因表达之间的关联	NA	提高对肿瘤生物学的理解，特别是乳腺癌的调控机制	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织	生物信息学	乳腺癌	scATAC-seq, scRNA-seq	线性混合效应模型	单细胞表观遗传和转录组数据	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织样本
5583	2025-02-12	Gene regulatory landscape of cerebral cortex folding 2024-Jun-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn1640 PMID:38838158	研究论文	本文研究了大脑皮层折叠的基因调控景观，揭示了其在哺乳动物大脑发育和进化中的关键作用	首次描述了大脑皮层折叠的转录组原图在早期胚胎阶段的出现及其涉及的细胞命运信号通路，并揭示了H3K27ac表观遗传景观在发育细胞命运限制中的作用	研究主要基于雪貂模型，可能不完全适用于人类大脑发育	探索大脑皮层折叠的基因调控机制及其在神经系统疾病中的作用	雪貂大脑皮层的基因表达和表观遗传景观	表观遗传学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5584	2025-02-12	Age-related loss of Notch3 underlies brain vascular contractility deficiencies, glymphatic dysfunction, and neurodegeneration in mice 2024-Jan-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI166134 PMID:38015629	研究论文	本文探讨了年龄相关的Notch3信号丢失如何导致小鼠脑血管收缩功能缺陷、淋巴功能障碍和神经退行性变	揭示了Notch3信号在脑血管老化中的关键作用，并发现其缺失导致血管反应性下降和神经退行性变	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证仍需进一步研究	研究年龄相关Notch3信号丢失对脑血管功能和神经退行性变的影响	小鼠和人类脑血管	神经科学	血管性痴呆	单细胞转录组学、MRI	Notch3-null小鼠模型	基因表达数据、影像数据	小鼠和人类脑血管样本
5585	2025-02-11	Exploring Origin-Dependent Susceptibility of Smooth Muscle Cells to Aortic Diseases Through Intersectional Genetics 2025-Feb-10, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.070782 PMID:39925267	研究论文	本文通过开发一种先进的双重组酶介导的交集遗传系统，研究不同发育起源的平滑肌细胞对主动脉疾病的易感性	开发了一种新的双重组酶介导的交集遗传系统，能够精确靶向不同发育起源的平滑肌细胞，并结合单细胞RNA测序技术研究TGF-β信号在不同主动脉段的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索不同发育起源的平滑肌细胞对主动脉疾病的易感性，并研究其机制	小鼠的平滑肌细胞	遗传学	主动脉疾病	双重组酶介导的交集遗传系统，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
5586	2025-02-11	Key Considerations on CITE-Seq for Single-Cell Multiomics 2025-Feb-09, Proteomics IF:3.4Q2 DOI:10.1002/pmic.202400011 PMID:39924789	综述	本文综述了CITE-Seq技术，一种同时分析单个细胞中基因表达和蛋白质丰度的先进单细胞测序方法	本文详细介绍了CITE-Seq的工作流程，并提供了使用抗体衍生标签（ADTs）染色细胞的关键考虑因素	本文主要基于微孔单细胞分析系统，可能不涵盖所有CITE-Seq应用场景	探讨CITE-Seq技术在单细胞多组学分析中的应用	单个细胞中的基因表达和蛋白质丰度	单细胞测序	NA	CITE-Seq, 单细胞mRNA测序, 抗体衍生标签（ADTs）	NA	基因表达数据, 蛋白质丰度数据	NA
5587	2025-02-11	Integration of single-cell and bulk RNA-sequencing data to construct and validate a signature based on NK cell marker genes to predict immunotherapy response and prognosis in colorectal cancer 2025-Feb-07, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01842-7 PMID:39920524	研究论文	本研究旨在构建基于NK细胞标记基因的签名，以预测结直肠癌患者的免疫治疗反应和预后	通过整合单细胞RNA测序数据和TCGA结直肠癌样本的WGCNA分析，识别出NK细胞相关的核心基因和特征基因，并构建了一个新的预后签名	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	预测结直肠癌患者的免疫治疗反应和预后	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	LASSO回归分析	RNA测序数据	587个TCGA结直肠癌样本，124和201个GEO验证样本
5588	2025-02-11	TAp63γ is the primary isoform of TP63 for tumor suppression but not development 2025-Feb-06, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02326-x PMID:39915463	研究论文	本文探讨了TP63基因的不同亚型在肿瘤抑制和发育中的作用，特别是TAp63γ的功能	首次通过CRISPR-cas9技术生成p63γ缺陷小鼠模型，揭示了TAp63γ在肿瘤抑制中的主要作用，而非发育	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探索TP63基因不同亚型在肿瘤抑制和发育中的具体功能	TP63基因的不同亚型，特别是TAp63γ	分子生物学	肿瘤	CRISPR-cas9, 单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	p63γ缺陷小鼠
5589	2025-02-11	MiR-18a-LncRNA NONRATG-022419 pairs targeted PRG-1 regulates diabetic induced cognitive impairment by regulating NGF\BDNF-Trkb signaling pathway 2025-Feb-06, Proteome science IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12953-025-00239-2 PMID:39915794	研究论文	本研究探讨了糖尿病诱导的认知功能障碍（DCD）中PRG-1的分子机制和细胞异质性，以及其在突触可塑性调节中的作用	揭示了PRG-1通过NGF/BDNF-Trkb信号通路在DCD中的突触可塑性调节作用，并发现了miR-18a-LncRNA NONRATG-022419对PRG-1的靶向调控	研究主要基于体外高糖诱导的HT22细胞损伤模型，尚未在体内模型中验证	探讨糖尿病诱导的认知功能障碍（DCD）的分子机制和细胞异质性，以及PRG-1在该过程中的功能作用	海马细胞、HT22细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA转录组分析	NA	RNA测序数据	NA
5590	2025-02-11	Retinoic acid antagonizes estrogen signaling to maintain adult uterine cell fate 2025-Feb-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2416089122 PMID:39874292	研究论文	本研究通过遗传学证据揭示了视黄酸（RA）和雌激素信号在维持成年小鼠子宫上皮细胞命运中的拮抗作用	首次提供了RA和雌激素信号在维持成年子宫上皮细胞命运中拮抗作用的遗传学证据，并揭示了RA信号缺失导致的细胞命运转变和免疫细胞浸润	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨RA和雌激素信号在维持成年子宫上皮细胞命运中的作用	小鼠子宫上皮细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三种相关小鼠遗传模型
5591	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of human blood eosinophils reveals plasticity and absence of canonical cell subsets 2025-Feb, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16213 PMID:38934897	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5592	2025-02-10	Single-cell Sequencing Traces Mitochondrial Transfers 2025-Jan-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae092 PMID:39724171	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5593	2025-02-11	Single-cell transcriptomes of dissecting the intra-tumoral heterogeneity of breast cancer microenvironment 2024-Dec-26, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06015-7 PMID:39724260	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，探讨了乳腺癌微环境中的肿瘤内异质性机制	识别了恶性上皮细胞的六种常见表达程序和六种亚型特异性表达程序，揭示了乳腺癌中髓系细胞谱系的深刻细胞异质性	样本量较小，仅包括4名恶性和4名非恶性患者的样本	研究乳腺癌异质性发展的机制及其在单细胞转录组中的作用	乳腺癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	非负矩阵分解（NMF）	单细胞转录组数据	54,055个高质量细胞，来自4名恶性和4名非恶性患者的临床样本
5594	2025-02-11	Integrated analysis reveals prognostic correlation and immune characteristics of a tumor-associated macrophage-based risk signature in triple-negative breast cancer 2024-Oct-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1037 PMID:39525038	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据识别了三阴性乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞簇，构建了与预后相关的风险特征，并验证了其与免疫特征的关系	首次基于单细胞RNA测序数据识别了三阴性乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞簇，并构建了一个8基因风险特征，验证了其作为独立预后因素的价值	研究主要基于单细胞RNA测序数据，样本量和数据来源可能限制了结果的普适性	探索三阴性乳腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的特性，构建与预后相关的风险特征，并验证其与免疫特征的关系	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），逆转录聚合酶链反应（RT-PCR），蛋白质印迹（Western blot），免疫组织化学	LASSO回归	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
5595	2025-02-11	Cystic fibrosis-related diabetes is associated with reduced islet protein expression of GLP-1 receptor and perturbation of cell-specific transcriptional programs 2024-10-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-76722-1 PMID:39463434	研究论文	本文研究了囊性纤维化相关糖尿病（CFRD）中胰岛GLP-1受体蛋白表达的减少及其对胰岛素分泌的影响	通过空间转录组学技术揭示了CFRD患者胰岛中α和β细胞基因的差异表达，并发现GLP-1受体蛋白水平的降低可能是胰岛素分泌受损的原因	研究样本量未明确说明，且仅针对CFRD患者，未涉及其他类型的糖尿病	探讨CFRD中胰岛GLP-1及其信号成分的表达变化，以改善CFRD的治疗方法	CFRD患者的胰腺组织	生物医学	囊性纤维化相关糖尿病	免疫组织化学、空间转录组学	NA	组织样本、基因表达数据	未明确说明
5596	2025-02-11	Sympathetic neuropeptide Y protects from obesity by sustaining thermogenic fat 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07863-6 PMID:39198648	研究论文	本文揭示了交感神经元中的神经肽Y（NPY）如何通过维持产热脂肪来防止肥胖的机制	发现了NPY在交感神经元中通过维持血管周围细胞来保护肥胖的新机制，并揭示了NPY在能量消耗中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究NPY在交感神经元中防止肥胖的机制	小鼠的棕色脂肪组织（BAT）和白色脂肪组织（WAT）	生物医学	肥胖	单细胞RNA测序、成像技术	小鼠模型	基因表达数据、成像数据	小鼠脂肪组织样本
5597	2025-02-11	The CD8+ T cell tolerance checkpoint triggers a distinct differentiation state defined by protein translation defects 2024-06-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.04.026 PMID:38776918	研究论文	本文研究了外周CD8+ T细胞耐受性检查点，揭示了其与自身免疫疾病和抗癌免疫的关系	通过流式细胞术、单细胞RNA测序和染色质可及性分析，发现耐受性触发了一种与耗竭、记忆和功能性效应细胞不同的分化状态	研究主要关注于小鼠模型，可能需要在人类样本中进一步验证	探讨外周CD8+ T细胞耐受性检查点的分子机制及其在自身免疫疾病和抗癌免疫中的作用	外周CD8+ T细胞	免疫学	自身免疫疾病, 癌症	流式细胞术, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 染色质可及性分析	NA	RNA测序数据, 染色质可及性数据	NA
5598	2025-02-11	β-cell Jagged1 is sufficient but not necessary for islet Notch activity and insulin secretory defects in obese mice 2024-Mar, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101894 PMID:38311286	研究论文	本文研究了肥胖小鼠和2型糖尿病患者胰岛中Jagged1的表达及其对Notch信号通路和胰岛素分泌缺陷的影响	研究发现Jagged1是肥胖小鼠和2型糖尿病患者胰岛中Notch活性增加的唯一配体，并通过中和抗体实验证明抑制Jagged1-Notch信号可能具有治疗益处	遗传功能丧失实验表明β细胞可能不是Jagged1信号的来源，这限制了Jagged1作为治疗靶点的潜力	研究Jagged1在肥胖小鼠和2型糖尿病患者胰岛中的表达及其对Notch信号通路和胰岛素分泌缺陷的影响	肥胖小鼠和2型糖尿病患者的胰岛	生物医学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），葡萄糖耐量测试，单克隆中和抗体	NA	基因表达数据，生理数据	高脂饮食喂养的小鼠和瘦素受体缺陷小鼠，以及有和无2型糖尿病患者的胰岛
5599	2025-02-11	Single-cell RNA-seq and single-cell bisulfite-sequencing reveal insights into yak preimplantation embryogenesis 2024-01, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2023.105562 PMID:38097189	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞亚硫酸盐测序揭示了牦牛胚胎植入前发育过程中的基因表达和DNA甲基化变化	结合单细胞DNA甲基化和转录组分析，鉴定了43个可能与胚胎发育相关的候选甲基化驱动基因，并确定了与组蛋白去乙酰化酶HDAC1/2相关的表观遗传修饰对胚胎发育的重要性	研究主要聚焦于牦牛胚胎，可能限制了其在其他物种中的普适性	研究牦牛胚胎植入前发育过程中的表观遗传重编程及其对转录调控网络的影响	牦牛的卵母细胞和不同发育阶段的胚胎	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序, 单细胞亚硫酸盐测序	NA	单细胞基因表达数据, 单细胞DNA甲基化数据	牦牛的卵母细胞和一系列不同发育阶段的胚胎
5600	2025-02-11	Human placental cells are resistant to SARS-CoV-2 infection and replication 2024, Wellcome open research DOI:10.12688/wellcomeopenres.20514.2 PMID:39640372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和共聚焦显微镜技术，探讨了人类胎盘细胞对SARS-CoV-2感染的易感性及其支持病毒释放的能力	首次量化了胎盘细胞对SARS-CoV-2感染的易感性，并确定了其支持病毒释放的能力	研究主要依赖于体外实验，可能无法完全反映体内情况	探讨SARS-CoV-2在胎盘细胞中的感染和复制能力	人类胎盘细胞	生物医学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNAseq），共聚焦显微镜	NA	RNA测序数据，显微镜图像	包括早期妊娠和足月胎盘细胞，以及JEG-3、JAR和HUVEC细胞系