单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2025-05-08	Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies Senescent Osteocytes That Trigger Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis 2024-12-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0857 PMID:39312185	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了乳腺癌骨转移中衰老骨细胞触发骨破坏的机制	首次发现乳腺癌骨转移中的骨细胞会提前衰老并表现出独特的衰老相关分泌表型（SASP），从而促进骨破坏	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证相对有限	探究乳腺癌骨转移导致骨破坏的分子机制	乳腺癌骨转移中的骨细胞	digital pathology	breast cancer	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重原位杂交、人工智能辅助分析	NA	单细胞转录组数据、图像数据	小鼠模型和乳腺癌骨转移患者的组织样本
542	2025-05-08	Deconvolution of spatial transcriptomics data via graph contrastive learning and partial least square regression 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf052 PMID:39924717	研究论文	提出了一种基于图对比学习和偏最小二乘回归的方法CLPLS，用于解卷积空间转录组数据	CLPLS能够整合空间转录组数据和单细胞多组学数据，探索空间表观基因组异质性	未明确提及具体局限性	提高空间转录组数据的解卷积精度，揭示组织内细胞异质性的空间结构	空间转录组数据和单细胞多组学数据	生物信息学	NA	空间转录组测序、单细胞多组学测序	图对比学习、偏最小二乘回归	基因表达数据、染色质可及性数据	模拟数据集和来自不同平台的真实数据集
543	2025-05-08	Single-cell transcriptional mapping reveals genetic and non-genetic determinants of aberrant differentiation in AML 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.26.573390 PMID:38234771	research paper	通过单细胞转录组测序技术，研究急性髓系白血病（AML）中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	构建了一个包含263,519个单细胞转录组的人类骨髓造血参考图谱，并利用该图谱分析了318个AML、MPAL和AEL样本的120多万个单细胞转录组，揭示了AML中12种异常分化模式的遗传和非遗传决定因素	参考图谱的精确性可能受到正常造血细胞状态参考图谱不精确和小样本量的限制	研究AML中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	急性髓系白血病（AML）、混合表型急性白血病（MPAL）和急性红系白血病（AEL）患者样本	digital pathology	leukemia	scRNA-seq	NA	single-cell transcriptomes	263,519个正常造血细胞单细胞转录组和318个AML、MPAL和AEL样本的120多万个单细胞转录组
544	2025-05-08	Inferring Characteristics of the Tumor Immune Microenvironment of Patients with HNSCC from Single-Cell Transcriptomics of Peripheral Blood 2024-09-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0092 PMID:39113621	研究论文	本研究探讨了从血液中推断肿瘤免疫微环境特征的可能性，特别是在头颈部鳞状细胞癌患者中	研究发现，可以通过外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据推断肿瘤微环境中免疫细胞的组成和基因表达谱，并发现耗竭T细胞特征可作为免疫治疗反应的预后血液生物标志物	研究样本量有限，需要更大规模的研究进一步验证	探索从血液中推断肿瘤免疫微环境特征的方法及其在癌症免疫治疗中的应用	头颈部鳞状细胞癌患者的外周血单个核细胞和肿瘤组织	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	两个数据集的头颈部鳞状细胞癌患者样本
545	2025-05-08	Multiplexed single-cell characterization of alternative polyadenylation regulators 2024-Aug-08, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.06.005 PMID:38925112	研究论文	该研究通过开发CPA-Perturb-seq方法，研究了42个CPA调节因子对多聚腺苷酸化位点选择的影响	引入了CPA-Perturb-seq方法，结合单细胞RNA测序和多路扰动筛选，开发了APARENT-Perturb深度学习模型来预测多聚腺苷酸化位点的使用	研究仅关注了42个CPA调节因子，可能未涵盖所有相关调节机制	理解多聚腺苷酸化调节蛋白如何控制多聚腺苷酸化位点的选择	42个CPA调节因子及其对多聚腺苷酸化位点选择的影响	生物信息学	NA	3'单细胞RNA测序(3' scRNA-seq)	深度神经网络(APARENT-Perturb)	单细胞RNA测序数据	NA
546	2025-05-08	Senescence of human pancreatic beta cells enhances functional maturation through chromatin reorganization and promotes interferon responsiveness 2024-Jun-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae313 PMID:38682582	研究论文	研究人类胰腺β细胞的衰老如何通过染色质重组增强功能成熟并促进干扰素反应性	揭示了p16阳性β细胞的衰老状态如何通过染色质重组激活功能成熟基因的增强子，从而增强胰岛素分泌能力，并首次发现这些细胞中干扰素刺激基因的升高	研究主要基于体外培养的β样细胞和单细胞转录组数据，未在体内模型中验证这些发现	探究人类胰腺β细胞衰老对其功能成熟和干扰素反应性的影响	人类胰腺β细胞	细胞生物学	糖尿病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	成人人类胰腺β细胞的单细胞转录组数据集
547	2025-05-08	Cabergoline targets multiple pathways to inhibit PRL secretion and increases stromal fibrosis 2024-Jun-05, European journal of endocrinology IF:5.3Q1 DOI:10.1093/ejendo/lvae055 PMID:38781434	研究论文	通过单细胞RNA测序分析卡麦角林治疗和未治疗的泌乳素瘤的细胞组成和转录景观，揭示卡麦角林抑制PRL分泌及增加间质纤维化的多途径机制	首次描述了卡麦角林治疗后CD8+ T细胞的未知激活，这可能在其抗肿瘤作用中发挥作用	样本量较小（仅5例手术切除的泌乳素瘤）	揭示多巴胺激动剂治疗在人类泌乳素瘤肿瘤及邻近间质和免疫细胞中的潜在机制	3例卡麦角林治疗患者和2例未治疗患者的5例手术切除泌乳素瘤	单细胞转录组学	泌乳素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	5例手术切除的泌乳素瘤（3例治疗，2例未治疗）
548	2025-05-08	scRNA-seq data from the larval Drosophila ventral cord provides a resource for studying motor systems function and development 2024-May-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.016 PMID:38569548	研究论文	利用高质量单细胞RNA测序技术对果蝇幼虫腹侧神经索细胞类型进行全面普查，为研究运动系统的功能和发育提供资源	首次通过scRNA-seq技术对果蝇幼虫VNC细胞类型进行全面普查，发现神经谱系在幼虫阶段已定义但静止，并鉴定出神经肌肉接头处谷氨酸受体亚基的功能	研究主要聚焦于幼虫阶段，未涉及成虫阶段VNC的发育变化	研究果蝇幼虫腹侧神经索的细胞类型及其在运动系统发育和功能中的作用	果蝇幼虫腹侧神经索细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq, FACS	NA	单细胞转录组数据	果蝇幼虫腹侧神经索细胞
549	2025-05-08	Villus myofibroblasts are developmental and adult progenitors of mammalian gut lymphatic musculature 2024-May-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.005 PMID:38537630	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和小鼠肠道的定量谱系追踪，揭示了绒毛平滑肌的形成、组装和维持机制	发现了上皮下成纤维祖细胞的局部层次结构，这些祖细胞通过中间收缩性肌成纤维细胞分化为成熟的平滑肌纤维，并揭示了NOTCH3-DLL4信号轴在平滑肌纤维与相邻乳糜管组装中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类肠道中的机制可能有所不同	探究肠道绒毛平滑肌的形成、组装和维持机制	小鼠肠道绒毛平滑肌	发育生物学	NA	单细胞RNA测序, 定量谱系追踪	NA	基因表达数据, 谱系追踪数据	小鼠肠道样本
550	2025-05-08	Single-cell Transcriptome Analysis Identifies Senescent Osteocytes as Contributors to Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis 2024-Mar-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4047486/v1 PMID:38558984	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了衰老骨细胞在乳腺癌骨转移中促进骨破坏的作用	首次发现乳腺癌骨转移中的骨细胞会提前衰老并表现出独特的衰老相关分泌表型(SASP)，促进骨破坏	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究乳腺癌骨转移中骨微环境重编程对骨细胞的影响	乳腺癌骨转移中的骨细胞	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing, multiplex hybridization, AI-assisted analysis	NA	RNA-seq数据	小鼠模型和乳腺癌骨转移患者样本
551	2025-05-08	A review of single-cell transcriptomics and epigenomics studies in maternal and child health 2024, Epigenomics IF:3.0Q2 DOI:10.1080/17501911.2024.2343276 PMID:38709139	review	本文综述了单细胞转录组学和表观基因组学在母婴健康领域的研究	总结了16个人类和哺乳动物胎盘的单细胞图谱以及31项关于母体暴露和并发症的单细胞研究	NA	综述单细胞测序技术在母婴健康领域的应用	人类和哺乳动物胎盘以及母体暴露和并发症	单细胞测序	母婴健康相关疾病	单细胞转录组学和表观基因组学	NA	单细胞测序数据	16个单细胞图谱和31项单细胞研究
552	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing and AlphaFold 3 insights into cytokine signaling and its role in uveal melanoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1458041 PMID:39916959	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和AlphaFold 3技术，揭示了葡萄膜黑色素瘤（UVM）中的细胞异质性及其与细胞因子信号传导的关系，并鉴定了预后生物标志物	首次在UVM中构建了单细胞分辨率的细胞因子反应字典，并利用AlphaFold 3预测关键蛋白的3D结构	样本量相对有限，且主要依赖生物信息学分析，需要进一步实验验证	阐明UVM的细胞异质性并鉴定预后生物标志物，为靶向治疗提供依据	葡萄膜黑色素瘤（UVM）的原发性和转移性肿瘤样本	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9筛选分析、AlphaFold 3	LASSO回归、ROC曲线分析、Kaplan-Meier生存分析	RNA-seq数据、蛋白质结构预测数据	TCGA-UVM和GSE84976队列中的样本
553	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing reveals the dysfunctional characteristics of PBMCs in patients with type 2 diabetes mellitus 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1501660 PMID:39916961	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示2型糖尿病患者外周血单个核细胞的功能异常特征	首次通过scRNA-seq技术详细描绘了T2DM患者PBMCs的转录组图谱，并识别了与疾病相关的差异表达基因和核心基因TNFRSF1A	样本量较小（仅3名健康参与者和3名T2DM患者），可能影响结果的普遍性	探索2型糖尿病患者的免疫细胞功能异常及其分子机制	健康参与者和2型糖尿病患者的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞测序	2型糖尿病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	3名健康参与者和3名T2DM患者
554	2025-05-08	Deciphering the role of metal ion transport-related genes in T2D pathogenesis and immune cell infiltration via scRNA-seq and machine learning 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1479166 PMID:39926598	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和机器学习探索了2型糖尿病（T2D）的发病机制，特别关注免疫细胞浸润	结合scRNA-seq和12种机器学习算法，识别了与金属离子转运相关的关键基因，并揭示了它们与免疫细胞的关联	研究样本量有限，仅分析了T2D和非糖尿病患者的胰岛细胞数据	探索T2D的分子机制，特别是金属离子转运相关基因在疾病中的作用	T2D和非糖尿病患者的胰岛细胞	机器学习	2型糖尿病	scRNA-seq, ssGSEA, PPI网络分析	Stepglm[backward] plus GBM	RNA测序数据	T2D和ND患者的胰岛细胞数据
555	2025-05-08	Single-cell sequencing uncovers the mechanistic role of DAPK1 in glioma and its diagnostic and prognostic implications 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1463747 PMID:39926603	研究论文	通过单细胞测序技术研究DAPK1在胶质瘤中的机制作用及其诊断和预后意义	利用单细胞RNA测序数据识别与生存相关的基因簇，并开发基于DAPK1的预后模型	DAPK1在胶质瘤中的具体机制尚未完全阐明	开发基于DAPK1的预后标志物以预测胶质瘤患者的预后	胶质瘤患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA-seq, 微阵列	LASSO, 逐步回归算法	RNA-seq数据, 微阵列数据, 单细胞RNA测序数据	来自TCGA和GEO的胶质瘤患者数据
556	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing revealed PPARG promoted osteosarcoma progression: based on osteoclast proliferation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1506225 PMID:39936154	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究PPARG在促进骨肉瘤进展中的作用，重点关注破骨细胞增殖	首次在单细胞水平上识别出C2MKI67+破骨细胞亚群，并发现PPARG作为关键转录因子在破骨细胞增殖和分化中的重要作用	研究主要基于单细胞测序数据的分析，需要进一步的体内外实验验证	寻找新的骨肉瘤治疗靶点以阻止肿瘤进展和局部扩散	骨肉瘤患者和破骨细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR, CCK-8实验, 伤口愈合实验, Transwell实验	NA	单细胞测序数据	NA
557	2025-05-08	Serum and tear autoantibodies from NOD and NOR mice as potential diagnostic indicators of local and systemic inflammation in Sjögren's disease 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1516330 PMID:39936155	研究论文	研究通过分析NOD和NOR小鼠的血清和泪液自身抗体，探讨其在干燥综合征（SjD）相关局部和全身炎症中的潜在诊断价值	首次在两种SjD小鼠模型中系统比较了血清和泪液自身抗体的差异，并发现泪液IgA同型自身抗体比IgG更具多样性	研究仅使用雄性小鼠模型，可能无法完全反映人类SjD的性别差异特征	探索干燥综合征相关自身抗体的诊断标志物	NOD和NOR小鼠的泪腺组织、血清和泪液样本	自身免疫疾病研究	干燥综合征	免疫荧光、自身抗体微阵列、scRNA-Seq	NOD和NOR小鼠模型	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	两种SjD小鼠模型（具体数量未明确说明）与健康BALB/c小鼠对照
558	2025-05-08	SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors 2023-12-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43498-3 PMID:38040699	研究论文	研究SMARCB1基因缺失如何激活恶性横纹肌样瘤(MRT)中患者特异性的远端致癌增强子	揭示了SMARCB1缺失导致患者特异性远端增强子与MYC癌基因启动子形成环状结构的机制	研究主要基于患者来源的类器官模型，可能无法完全反映体内肿瘤的复杂性	阐明SMARCB1缺失在MRT肿瘤发生中的表观遗传重编程机制	恶性横纹肌样瘤(MRT)患者来源的类器官组织和患者MRT组织	癌症表观遗传学	恶性横纹肌样瘤	多组学分析、染色体构象捕获实验、单细胞RNA-seq和ATAC-seq	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	患者来源的MRT类器官和患者MRT组织样本
559	2025-05-08	PD-1- CD45RA+ effector-memory CD8 T cells and CXCL10+ macrophages are associated with response to atezolizumab plus bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2023-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43381-1 PMID:38030622	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了接受atezo/bev治疗的晚期肝细胞癌患者的肿瘤内和周围免疫环境，揭示了与治疗反应相关的免疫细胞特征	首次在单细胞水平上揭示了atezo/bev治疗反应的免疫机制，发现了PD-1-CD45RA+效应记忆CD8 T细胞和CXCL10+巨噬细胞与治疗反应的相关性	样本量有限，需要更大规模的验证研究	探索atezo/bev在晚期肝细胞癌中产生持久治疗反应的免疫机制	晚期肝细胞癌患者	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量（晚期肝细胞癌患者）
560	2025-05-08	Integrating spatial and single-cell transcriptomics data using deep generative models with SpatialScope 2023-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43629-w PMID:38030617	research paper	提出了一种名为SpatialScope的深度生成模型方法，用于整合空间转录组学和单细胞转录组学数据	通过创新的模型和算法设计，SpatialScope能够将基于测序的空间转录组数据提升至单细胞分辨率，并为基于图像的空间转录组数据准确推断全转录组表达水平	未明确提及具体局限性	解决当前空间转录组技术在细胞分辨率或全转录组分析方面的局限性	空间转录组数据和单细胞RNA测序参考数据	digital pathology	NA	next-generation sequencing, fluorescence in situ hybridization, scRNA-seq	deep generative models	spatial transcriptomics data, single-cell transcriptomics data	NA