单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2025-07-21	Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover distinct cellular subtypes involved in neural invasion in pancreatic cancer 2025-Jul-15, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.020 PMID:40680743	研究论文	通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺癌神经侵袭中不同细胞亚型的作用	首次整合单细胞和空间转录组学技术，系统地描绘了胰腺癌神经侵袭中的细胞组成、谱系动态和空间组织，并鉴定出与神经侵袭相关的独特细胞亚群	样本量相对较小（25例患者，62个样本），且仅针对胰腺导管腺癌	探究胰腺癌中神经侵袭（NI）的微环境特征及其分子机制	25例胰腺导管腺癌（PDAC）患者的62个样本	数字病理	胰腺癌	单细胞/单核RNA测序（sc/snRNA-seq）和空间转录组学	NA	RNA测序数据和空间转录组数据	25例PDAC患者的62个样本
542	2025-07-21	Large-scale proteomics analysis identifies plasma protein biomarkers and potential therapeutic targets for rheumatoid arthritis: A prospective study in UK Biobank 2025-Jul-14, Bone IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.bone.2025.117593 PMID:40669587	研究论文	通过大规模蛋白质组学分析，识别血浆蛋白生物标志物及潜在治疗靶点，用于类风湿性关节炎的早期检测和干预	整合蛋白质组学、GWAS和单细胞RNA测序数据，系统性评估与RA风险相关的蛋白质，并开发了基于血浆蛋白的RA风险预测模型	预测模型的AUC为0.74，性能中等，且预测窗口为5年	识别类风湿性关节炎的生物标志物和潜在治疗靶点	706名RA患者和1410名对照	蛋白质组学	类风湿性关节炎	蛋白质组学、GWAS、单细胞RNA测序	XGBoost	血浆蛋白质数据、基因组数据、RNA测序数据	706名RA患者和1410名对照
543	2025-07-21	Paneth cells inhibit intestinal stem cell proliferation through the bone morphogenic protein 7 pathway under rotavirus-mediated intestinal injury 2025-Jul-14, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i26.107044 PMID:40678707	研究论文	本研究探讨了轮状病毒感染下潘氏细胞通过骨形态发生蛋白7通路抑制肠道干细胞增殖的机制	首次揭示了轮状病毒感染下潘氏细胞通过BMP7信号通路调控肠道干细胞增殖的新机制	研究主要基于小鼠模型和类器官，人类临床相关性需要进一步验证	阐明轮状病毒感染期间潘氏细胞调控肠道干细胞增殖的分子机制	潘氏细胞和肠道干细胞	细胞生物学	肠道感染	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、RT-qPCR	小鼠模型和类器官	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用已发表的单细胞RNA测序数据和小鼠模型
544	2025-07-21	Single-cell RNA sequencing study reveals the potential role of the RPS26 gene in attention deficit hyperactivity disorder 2025-Jul-11, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111444 PMID:40653146	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究RPS26基因在注意力缺陷多动障碍(ADHD)中的潜在作用	首次应用单细胞RNA测序技术研究ADHD生物标志物，发现RPS26基因在单核细胞中的差异表达及其对单核细胞发育和分化的调控作用	研究样本仅来自一对异卵双胞胎，样本量较小	探索ADHD与心血管疾病之间的潜在分子联系	白细胞样本(特别是单核细胞/巨噬细胞)	基因组学	注意力缺陷多动障碍(ADHD)和心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和定量PCR(qPCR)	NA	RNA测序数据	一对ADHD不一致的异卵双胞胎的白细胞样本
545	2025-07-21	EGCG-releasing nanofibrous scaffold enhances wound healing via γδ T cells modulation 2025-Jul-09, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123543 PMID:40682946	研究论文	本研究探讨了γδ T细胞在EGCG释放纳米纤维支架促进伤口愈合中的作用	开发了一种具有对齐拓扑结构的EGCG释放纳米纤维支架（APEMS），通过持续释放EGCG增强γδ T细胞活性，促进伤口修复	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	研究γδ T细胞在伤口愈合中的作用，并开发新型伤口管理材料	6-8周龄雄性C57BL/6J小鼠的伤口模型	生物医学工程	伤口愈合	单细胞RNA测序，Cellchat分析	NA	基因表达数据，细胞信号数据	小鼠伤口模型
546	2025-07-21	Mature megakaryocytes acquire immune characteristics in a mouse model of aplastic anemia 2025-Jul-08, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015621 PMID:40086077	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示了成熟巨核细胞在再生障碍性贫血中获得的免疫特性及其对造血干细胞的影响	发现成熟巨核细胞在骨髓衰竭状态下获得免疫激活特性，并可能作为抗原呈递细胞激活T细胞	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索巨核细胞在免疫性骨髓衰竭中的非血小板生成功能	小鼠模型和再生障碍性贫血患者的巨核细胞	血液学	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、电子显微镜	小鼠骨髓衰竭模型	基因表达数据、显微镜图像	未明确说明具体数量，包括小鼠模型和人类患者样本
547	2025-07-21	Lars2 Deficiency-Induced Mitochondrial Dysfunction Drives the Emergence of a Pro-Inflammatory Stroke-Specific Microglial Subpopulation 2025-Jul-04, Aging and disease IF:7.0Q1 DOI:10.14336/AD.2025.0387 PMID:40681356	研究论文	本文研究了Lars2缺乏引起的线粒体功能障碍如何驱动中风特异性促炎小胶质细胞亚群的出现	发现了一个具有低Lars2表达和促炎特征的卒中诱导小胶质细胞亚群Mc，并揭示了Lars2作为连接卒中诱导小胶质细胞重编程与神经炎症的线粒体检查点的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究卒中后小胶质细胞免疫状态的改变及其与线粒体功能障碍的关系	出血性、缺血性和对照小鼠的纹状体小胶质细胞	神经科学	中风	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，涉及出血性、缺血性和对照小鼠
548	2025-07-21	scRDAN: a robust domain adaptation network for cell type annotation across single-cell RNA sequencing data 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf344 PMID:40671175	研究论文	提出了一种名为scRDAN的鲁棒域适应网络，用于跨单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	scRDAN通过三个模块（去噪域适应模块、细粒度判别模块和鲁棒性增强模块）有效解决了单细胞RNA测序分析中的噪声和批次效应问题	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	域适应网络（对抗学习）	单细胞RNA测序数据	模拟数据集、跨平台数据集和跨物种数据集
549	2025-07-21	scRECL: representative ensembles with contrastive learning for scRNA-seq data clustering analysis 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf346 PMID:40671174	研究论文	提出了一种名为scRECL的对比集成学习方法，用于scRNA-seq数据的聚类分析	结合对比学习和集成学习，利用Siamese神经网络和多重图筛选噪声和冗余细胞，提高聚类分析的鲁棒性和效率	未提及具体的数据集或实验规模，可能影响方法的普适性验证	提高单细胞RNA测序数据聚类分析的鲁棒性和效率	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	Siamese神经网络	基因表达数据	NA
550	2025-07-21	KMT2D Regulates Tooth Enamel Development 2025-Jul, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345251320922 PMID:40103013	研究论文	本研究探讨了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用及其与Kabuki综合征中牙釉质发育不良的关联	首次通过条件性敲除小鼠模型揭示了KMT2D在牙釉质形成中的关键调控作用，并鉴定了其直接调控的8个靶基因	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明KMT2D在牙釉质发育过程中的分子机制	Kmt2d条件性敲除小鼠模型及其牙釉质发育过程	发育生物学	Kabuki综合征/牙釉质发育不良	条件性基因敲除、micro-CT、扫描电镜、RNA测序、CUT&RUN测序、单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	影像数据、转录组数据、表观遗传数据	Kmt2d-cKO小鼠及其对照组
551	2025-07-21	Anomaly detection in spatial transcriptomics via spatially localized density comparison 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf242 PMID:40662796	研究论文	提出了一种名为Sardine的方法，用于检测空间转录组数据中的空间局部异常	Sardine通过空间局部密度估计来识别不同条件下细胞状态的局部空间变化，相比现有方法更准确地捕捉表达变化的空间模式	未明确提及具体局限性	开发一种能够识别空间转录组数据中局部异常变化的方法	空间转录组数据，特别是小鼠大脑皮层损伤前后和小鼠脊髓电疗过程中的数据	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠大脑皮层和脊髓的数据
552	2025-07-21	Inactivation of Histone Chaperone HIRA Unmasks a Link Between Normal Embryonic Development of Melanoblasts and Maintenance of Adult Melanocyte Stem Cells 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70070 PMID:40669469	研究论文	本研究探讨了组蛋白伴侣HIRA在小鼠色素系统中的双重作用，揭示了其在胚胎发育和成年黑色素干细胞维持中的关键功能	首次揭示了HIRA在胚胎发育阶段对黑色素细胞谱系特性和成年干细胞维持的长效影响，建立了胚胎发育与成年组织稳态的直接联系	研究仅限于小鼠模型，人类系统中的相关性尚待验证	阐明组蛋白伴侣HIRA在发育生物学和干细胞维持中的双重作用机制	小鼠黑色素细胞谱系（黑色素母细胞和黑色素干细胞）	发育生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、ATAC-seq、基因敲除模型	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确说明具体样本数量，使用转基因小鼠模型和体外培养的melb-a黑色素母细胞
553	2025-07-21	Itaconate suppresses neonatal intestinal inflammation via metabolic reprogramming of M1 macrophage 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70419 PMID:40673634	研究论文	该研究揭示了衣康酸（ITA）通过调控巨噬细胞代谢重编程对新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）的保护作用	首次发现ITA通过调节巨噬细胞代谢重编程（特别是线粒体功能和氧化磷酸化）来抑制M1型巨噬细胞极化，从而缓解NEC的肠道炎症损伤	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究ITA在NEC中的免疫调节机制及治疗潜力	新生儿坏死性小肠结肠炎（NEC）患者样本和ACOD1基因修饰小鼠模型	免疫代谢	坏死性小肠结肠炎	免疫荧光染色、液相色谱-质谱联用技术、单细胞测序	ACOD1-/-和ACOD1fl/flLysMcre基因敲除小鼠模型	蛋白质表达数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	临床NEC样本（未明确数量）和转基因小鼠模型
554	2025-07-21	PPARγ controls ESCRT-dependent fibroblast-like synoviocyte exosome biogenesis and alleviates chondrocyte osteoarthritis mediated by exosomal ANXA1 2025-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.06.008 PMID:40678612	研究论文	本研究探讨了运动疗法通过PPARγ调控ESCRT依赖的成纤维样滑膜细胞外泌体生物发生，以及外泌体中的ANXA1蛋白如何减轻软骨细胞的骨关节炎	揭示了PPARγ通过ESCRT通路调控外泌体生物发生的新机制，并发现外泌体中的ANXA1蛋白通过抑制ERK磷酸化激活自噬和减少软骨细胞凋亡	研究未涉及PPARγ/ESCRT-FLSs外泌体ANXA1-ERK轴在人体中的验证	探索运动疗法对骨关节炎的治疗机制及外泌体在其中的作用	成纤维样滑膜细胞(FLSs)和软骨细胞	细胞生物学	骨关节炎	单细胞转录组测序、定量蛋白质组学、数据非依赖性采集	NA	转录组数据、蛋白质组数据	NA
555	2025-07-21	Mesenchymal stem/stromal cell therapy improves immune recovery in a feline model of severe coronavirus infection 2025-Jun-25, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szaf025 PMID:40659357	研究论文	本研究评估了同种异体间充质干细胞/基质细胞（MSC）疗法联合抗病毒治疗在猫传染性腹膜炎（FIP）中的安全性和有效性	首次在猫传染性腹膜炎模型中证明MSC疗法可增强免疫恢复，并通过单细胞RNA测序揭示免疫 rejuvenation的转录组变化	研究结束时仍存在残余细胞因子升高，表明慢性免疫调节异常特征可能未被完全解决	探索MSC疗法对严重冠状病毒感染引起的免疫功能障碍的改善作用	患有渗出性猫传染性腹膜炎的猫	兽医学与转化医学	冠状病毒感染（猫传染性腹膜炎）	单细胞RNA测序，血清细胞因子分析，流式细胞术	NA	转录组数据，细胞因子数据，免疫表型数据	未明确提及具体样本量（猫传染性腹膜炎患猫）
556	2025-07-21	Cathepsin K as a key regulator of myocardial fibrosis in dilated cardiomyopathy and a promising therapeutic target 2025-Jun-25, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110421 PMID:40578558	研究论文	本研究探讨了组织蛋白酶K（CTSK）在扩张型心肌病（DCM）心肌纤维化中的关键调控作用及其作为治疗靶点的潜力	首次通过整合加权基因共表达网络分析和基因本体注释，发现CTSK在DCM心肌纤维化中的关键作用，并验证其作为治疗靶点的潜力	CTSK敲除对TGF-β1诱导的心脏成纤维细胞向肌成纤维细胞转分化无抑制作用	探究DCM中心肌纤维化的潜在机制并寻找治疗靶点	扩张型心肌病患者的心脏组织和人类心脏成纤维细胞	心血管疾病研究	扩张型心肌病	加权基因共表达网络分析、基因本体注释、scRNA-seq、Masson三色染色、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、组织染色图像	DCM患者左心室组织样本和人类心脏成纤维细胞
557	2025-07-21	Regulatory network analysis of Dclk1 gene expression reveals a tuft cell-ILC2 axis that inhibits pancreatic tumor progression 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115734 PMID:40408246	研究论文	本研究通过Dclk1报告小鼠模型和单细胞RNA测序（scRNA-seq）定义了Dclk1表达细胞，揭示了其在胰腺肿瘤进展中的双重作用	揭示了Dclk1在胰腺肿瘤中的双重作用，并发现了一个保护性的tuft细胞-ILC2轴	未提及具体样本量，且研究结果可能仅适用于特定类型的胰腺肿瘤	研究Dclk1基因表达在胰腺肿瘤进展中的作用	Dclk1表达细胞及其在胰腺肿瘤中的功能	分子生物学	胰腺肿瘤	scRNA-seq	Dclk1报告小鼠模型	RNA测序数据	NA
558	2025-07-21	The glycolytic reaction PGAM restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115799 PMID:40482033	研究论文	本研究探讨了糖酵解反应PGAM如何调控Th17细胞的致病性及其在自身免疫性疾病中的作用	发现PGAM酶与Th17细胞致病性呈负相关，这与其它糖酵解酶的作用相反	研究主要基于小鼠模型，人类Th17细胞的类似机制需要进一步验证	阐明糖酵解反应对Th17细胞致病性的调控机制	Th17细胞及其在实验性自身免疫性脑脊髓炎中的作用	免疫代谢	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序, Compass算法分析	实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)小鼠模型	基因表达数据	NA
559	2025-07-21	Tumor suppressors in Sox2-mediated lung cancers promote distinct cell-intrinsic and immunologic remodeling 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171364 PMID:40327401	研究论文	本研究探讨了肿瘤抑制基因Trp53和Pten在SOX2介导的非小细胞肺癌（NSCLC）中的协同作用及其对肿瘤微环境的影响	揭示了Trp53和Pten在SOX2介导的NSCLC肿瘤进展中的协同作用，以及它们对肿瘤粘蛋白产生和免疫微环境重塑的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类患者中的适用性需要进一步验证	探究肿瘤抑制基因Trp53和Pten在SOX2介导的NSCLC中的作用机制	小鼠模型中的非小细胞肺癌（NSCLC）	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠遗传模型	基因表达数据	多种遗传背景的小鼠模型（SNL, SNL-Trp53, SNL-Pten, LN2A）
560	2025-07-21	Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Jun-11, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364 PMID:40513949	研究论文	本研究探讨了EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用	揭示了EXOSC10在维持精子发生过程中转录组正常功能的新机制	研究仅限于小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	探究EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂调控中的作用	小鼠雄性生殖细胞	生殖生物学	男性不育症	条件性基因敲除、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量的小鼠生殖细胞