单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2025-09-13	Molecular and spatial analysis of ganglion cells on retinal flatmounts: diversity, topography, and perivascularity 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.15.628587 PMID:39763751	研究论文	本研究通过结合成像空间转录组学和免疫组化共染色技术，分析视网膜神经节细胞（RGCs）的分子分类、空间分布及其与血管的邻近关系	首次系统性地揭示了45种小鼠RGC类型的二维空间分布模式，并发现特定RGC类型在血管周围富集且具有进化保守性，同时揭示了血管邻近性在神经退行性损伤中的保护作用	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展；空间转录组技术的分辨率可能限制微环境分析的精度	探究视网膜神经节细胞类型的空间分布规律及其与局部微环境（特别是血管）的相互作用	小鼠和人类的视网膜神经节细胞（RGCs）	空间转录组学与神经解剖学	神经退行性疾病	MERFISH（成像空间转录组学）、免疫组化共染色、计算建模	空间数据分析与注册算法	空间转录组数据、免疫荧光图像	覆盖45种分子定义的小鼠RGC类型，其中34种显示非均匀分布，并识别出7种血管周围富集的RGC亚型
542	2025-09-13	Fibroblast-specific TGF-β signaling mediates cardiac dysfunction, fibrosis, and hypertrophy in obese diabetic mice 2024-12-14, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae210 PMID:39373248	研究论文	本研究探讨了成纤维细胞特异性TGF-β信号在肥胖糖尿病小鼠心脏功能障碍、纤维化和肥厚中的关键作用	首次通过成纤维细胞特异性TbR2和Smad3缺失模型，揭示TGF-β/Smad3信号通路在糖尿病心肌病中的核心机制，并发现其通过旁分泌作用影响心肌细胞	体外实验显示血栓孢蛋白-4（TSP-4）对心脏成纤维细胞无显著激活作用，与转录组预测结果存在不一致	阐明TGF-β诱导的成纤维细胞活化在糖尿病心肌病发病机制中的作用	肥胖db/db糖尿病小鼠模型及成纤维细胞特异性基因敲除小鼠	心血管疾病研究	心血管疾病	转录组学分析、scRNA-seq、 ingenuity pathway analysis (IPA)、体外实验	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、功能生理数据	使用瘦型和肥胖db/db小鼠模型进行实验
543	2025-09-13	Restoring Mitochondrial Quantity and Quality to Reverse Warburg Effect and Drive Tumor Differentiation 2024-Dec-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5494402/v1 PMID:39711563	研究论文	本研究通过恢复线粒体功能，使用视黄酸和线粒体解偶联剂协同驱动神经母细胞瘤分化并抑制增殖	提出以线粒体为中心的治疗策略，首次证明通过协同增强线粒体生物合成和呼吸作用可逆转Warburg效应并促进肿瘤分化	研究主要基于神经母细胞瘤模型，在其他肿瘤类型中的适用性尚需验证	探索恢复肿瘤中线粒体质量和数量以驱动肿瘤分化的治疗方法	神经母细胞瘤细胞和原位异种移植模型	癌症生物学	神经母细胞瘤	U-C-葡萄糖/谷氨酰胺同位素示踪、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、代谢数据	原位神经母细胞瘤异种移植模型
544	2025-09-13	Cross-species single-cell RNA sequencing reveals divergent phenotypes and activation states of adaptive immunity in human carotid and experimental murine atherosclerosis 2024-11-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae154 PMID:39041203	研究论文	通过跨物种单细胞RNA测序比较人类颈动脉和实验性小鼠动脉粥样硬化的免疫细胞组成和激活状态	首次整合人类和小鼠scRNA-seq数据，揭示物种间免疫细胞表型和激活状态的显著差异，并质疑标准小鼠模型的转化价值	研究主要基于人类颈动脉样本，可能不直接适用于其他血管床的动脉粥样硬化	比较人类和小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫的细胞组成和功能状态	人类颈动脉粥样硬化斑块和小鼠动脉粥样硬化血管组织	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 免疫组化, 多色流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	43例接受颈动脉内膜切除术的患者验证队列
545	2025-09-13	Regulation of Ptbp1-controlled alternative splicing of pyruvate kinase muscle by liver kinase B1 governs vascular smooth muscle cell plasticity in vivo 2024-11-25, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae187 PMID:39189621	研究论文	本研究揭示了Lkb1通过调控Ptbp1依赖的PKM选择性剪接抑制血管平滑肌细胞可塑性，维持其收缩表型	首次发现Lkb1-Ptbp1-PKM轴在调控VSMC可塑性和命运决定中的关键作用，并证明PKM2激活剂可逆转病理表型	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限；分子机制细节仍需进一步探索	探究调控血管平滑肌细胞可塑性的关键分子机制及其在血管疾病中的作用	血管平滑肌细胞（VSMC）和小鼠模型	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、谱系追踪、基因敲除模型	NA	基因表达数据、影像数据	Lkb1flox/flox;Myh11-Cre/ERT2转基因小鼠模型及人类主动脉瘤组织样本
546	2025-09-13	A deep neural network to de-noise single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624552 PMID:39605470	研究论文	提出一种名为ZiPo的深度神经网络，用于去除单细胞RNA测序数据中的噪声	引入可调节的零膨胀分布捕获dropout，采用尺度不变损失项使权重稀疏化，提高模型生物可解释性	NA	解决scRNA-seq数据中的测量dropout问题，提高数据质量	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	深度自编码器神经网络	基因表达数据	三个数据集（具体数量未说明）
547	2025-09-13	FOXP Genes Regulate Purkinje Cell Diversity in Cerebellar Development and Evolution 2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.07.622485 PMID:39574602	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了FOXP基因在小脑发育中调控浦肯野细胞多样性的关键作用	首次鉴定出11种胚胎小鼠小脑浦肯野细胞亚型，并开发新型无监督方法进行三维空间映射，发现FOXP基因缺失会破坏细胞多样性	研究主要基于小鼠模型，人类和小鸡数据的比较分析相对有限	探究小脑浦肯野细胞异质性及其分子调控机制	小鼠、人类和小鸡的小脑浦肯野细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序，无监督三维映射方法	NA	基因表达数据，空间分布数据	胚胎小鼠小脑细胞（具体数量未明确说明），跨物种比较（人、小鼠、小鸡）
548	2025-09-13	Olfr2-positive macrophages originate from monocytes proliferate in situ and present a pro-inflammatory foamy-like phenotype 2024-11-05, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae153 PMID:39229899	研究论文	本研究探讨了表达嗅觉受体2（Olfr2）的血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型和起源	首次揭示Olfr2+巨噬细胞来源于单核细胞，具有原位增殖能力和促炎泡沫样表型，并证实其与人类动脉粥样硬化斑块的相关性	研究主要基于Apoe-/-小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	解析Olfr2+血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的生物学特性和来源	Apoe-/-小鼠的主动脉巨噬细胞和单核细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、RNA-seq、过继转移实验、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据	Apoe-/-小鼠模型，Western饮食喂养12周，涉及CD45.1和CD45.2标记的移植实验
549	2025-09-13	Learning antibody sequence constraints from allelic inclusion 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619760 PMID:39484623	研究论文	本研究利用等位基因包含现象，通过机器学习模型识别抗体序列中的异常序列，并探索其与抗体特性的关联	首次大规模利用单细胞测序数据发现数千个等位基因包含的naive-B细胞，比现有数据集大一个数量级，并证明这些数据包含新的有用信息	NA	学习抗体序列约束并探索其与抗体功能特性的关系	人类和小鼠的B细胞及其抗体序列	机器学习	NA	单细胞测序	机器学习模型	序列数据	数千个naive-B细胞（人类数据）及小鼠重链数据
550	2025-09-13	Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.07.611010 PMID:39282370	研究论文	通过单细胞测序分析揭示多发性硬化症中克隆扩增CD8+ T细胞的抗原特异性	首次结合无偏和靶向抗原发现方法，鉴定出识别EBV抗原和新型模拟表位的MS特异性CD8+ T细胞克隆型	样本仅限于未经治疗的MS患者，需进一步验证临床适用性	探究多发性硬化症中CD8+ T细胞的克隆特性、功能及抗原特异性	多发性硬化症患者和对照组的脑脊液及血液样本	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA-seq, TCR-seq	NA	单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据	一组未经治疗的多发性硬化症患者及对照组参与者
551	2025-09-13	Proximity-dependent labeling identifies dendritic cells that drive the tumor-specific CD4+ T cell response 2024-10-04, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adq8843 PMID:39365874	研究论文	利用LIPSTIC单细胞转录组学识别在肿瘤引流淋巴结和肿瘤微环境中驱动CD4+ T细胞应答的树突状细胞	首次应用LIPSTIC技术实现在单细胞水平追踪树突状细胞与T细胞的相互作用，并揭示检查点阻断疗法通过增强CD40驱动的DC激活促进抗肿瘤免疫	NA	探究树突状细胞在肿瘤特异性CD4+ T细胞应答中的具体作用机制	树突状细胞、CD4+ T细胞、肿瘤引流淋巴结、肿瘤微环境	免疫学	肿瘤	LIPSTIC（基于SorTagging的细胞接触标记技术）、单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
552	2025-09-13	Single-cell RNA sequencing identifies interferon-inducible monocytes/macrophages as a cellular target for mitigating the progression of abdominal aortic aneurysm and rupture risk 2024-09-21, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae117 PMID:38836630	研究论文	通过单细胞RNA测序识别干扰素诱导性单核细胞/巨噬细胞作为减轻腹主动脉瘤进展和破裂风险的细胞靶点	发现并鉴定了一种新型干扰素诱导性单核细胞/巨噬细胞(IFNICs)群体，并阐明其通过cGAS-STING和JAK-STAT通路在腹主动脉瘤发展中的关键作用	研究基于AngII灌注的ApoE-/-小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究腹主动脉瘤发展和进展中的细胞类型和信号通路	AngII灌注的ApoE-/-小鼠的腹主动脉标本	单细胞基因组学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序），基因集变异分析，骨髓移植	NA	单细胞转录组数据	AngII灌注的ApoE-/-小鼠模型，使用骨髓特异性Sting1敲除(Lyz2-Cre+/-; Sting1flox/flox)小鼠
553	2025-09-13	Description of Bacterial RNA Transcripts Detected in Mycobacterium tuberculosis - Infected Cells from Peripheral Human Granulomas using Single Cell RNA Sequencing 2024-Aug-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608852 PMID:39229107	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术检测人类结核肉芽肿细胞中结核分枝杆菌的RNA转录本及其序列变异	首次在临床样本中系统检测并分析结核分枝杆菌rRNA序列变异，提出其可能作为细菌适应宿主环境的机制	研究仅基于医院病理实验室确认的结核感染患者样本，变异机制尚属假设需进一步验证	探索结核分枝杆菌在感染宿主细胞中的转录特征和序列变异模式	来自巴布亚新几内亚莫尔兹比港总医院结核病诊所患者的细针穿刺样本	传染病基因组学	结核病	单细胞RNA测序（10X Genomics），酸镜显微镜，GeneXpert分析	NA	RNA测序数据	经医院病理实验室确认的结核感染患者临床样本（具体数量未说明）
554	2025-09-13	Coxsackievirus B infection invokes unique cell-type specific responses in primary human pancreatic islets 2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.23.604861 PMID:39211206	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了柯萨奇病毒B感染在人原代胰岛中引发细胞类型特异性转录反应	首次在单细胞分辨率上证明CVB感染虽以相似速率感染所有胰岛细胞类型，但诱导独特的细胞特异性转录反应，特别是β、α和导管细胞反应最强	研究使用人尸体胰岛，可能无法完全反映活体生理状态；实验时间限于48小时内	探究柯萨奇病毒B感染对不同胰岛细胞类型的特异性影响及其与1型糖尿病的关系	人原代胰岛细胞（包括β细胞、α细胞、导管细胞等）	生物医学研究	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人尸体胰岛样本，经CVB或poly(I:C)处理24和48小时
555	2025-09-13	Immune disease dialogue of chemokine-based cell communications as revealed by single-cell RNA sequencing meta-analysis 2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.17.603936 PMID:39071425	研究论文	通过单细胞RNA测序元分析揭示免疫疾病中基于趋化因子的细胞通讯机制	首次通过跨疾病和组织的scRNA-seq元分析系统揭示疾病特异性和共享的免疫细胞趋化与迁移模式	依赖公开数据，可能受样本来源和技术差异影响	解析免疫细胞迁移相关的疾病特异性细胞通讯网络	多种免疫疾病患者组织样本（皮肤、肺、结肠、肾脏）	生物信息学	免疫性疾病	scRNA-seq, 配体-受体互作分析	NA	单细胞转录组数据	多疾病公共scRNA-seq数据集（涵盖特应性皮炎、银屑病、COPD等8种疾病）
556	2025-09-13	Cellular and transcriptional profiles of peripheral blood mononuclear cells pre-vaccination predict immune response to preventative MUC1 vaccine 2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.598031 PMID:38948837	研究论文	通过单细胞RNA测序分析疫苗接种前外周血单核细胞，预测MUC1预防性疫苗的免疫反应	首次在癌前病变人群中揭示免疫系统可能存在类似癌症的抑制状态，并发现CD4+初始T细胞等预测性生物标志物	样本量较小（仅32人），需进一步验证候选生物标志物	评估MUC1肿瘤抗原疫苗的安全性和免疫原性，并探索免疫反应预测因素	有晚期结肠腺瘤病史的个体	免疫学	结肠癌	scRNA-seq, 差异基因表达分析, 转录因子推断分析, 贝叶斯网络分析	NA	单细胞RNA测序数据	32名参与者（16名应答者+16名无应答者）的疫苗接种前PBMC样本
557	2025-09-13	Cellular age explains variation in age-related cell-to-cell transcriptome variability 2023-12-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278144.123 PMID:37973195	研究论文	通过分析小鼠单细胞转录组数据，研究细胞年龄如何解释不同细胞类型在衰老过程中转录组变异性的差异	提出了一个基于细胞更新率差异的新概念框架，解释为什么某些细胞类型的转录组会显示衰老迹象而其他不会	研究基于小鼠数据，在人类中的适用性需要进一步验证	理解不同细胞类型衰老速率差异的机制	小鼠多种组织和年龄的单细胞转录组	生物信息学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	启发式模型	转录组数据	多种小鼠组织和年龄的单细胞样本
558	2025-09-13	Spatially distinct molecular patterns of gene expression in idiopathic pulmonary fibrosis 2023-Nov-17, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-023-02572-6 PMID:37978501	研究论文	利用空间转录组学技术揭示特发性肺纤维化（IPF）肺部不同病理区域的基因表达差异	首次在IPF中应用空间转录组学（GeoMx Nanostring）技术，实现比单细胞或批量RNA-Seq更高分辨率的空间转录信号解析	样本量有限（32例IPF和12例对照），且仅基于FFPE组织	解析IPF肺部病理异质性区域的转录组差异，以理解纤维化分布机制并识别潜在治疗靶点	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照组的肺组织样本	空间转录组学	特发性肺纤维化	GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling，免疫荧光染色	NA	空间转录组数据，组织图像	32例IPF患者和12例对照的FFPE组织，共231个感兴趣区域（ROIs）
559	2025-09-13	An Integrated Map of Cell Type-Specific Gene Expression in Pancreatic Islets 2023-11-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db23-0130 PMID:37582230	研究论文	构建了一个胰腺胰岛细胞类型特异性基因表达的综合图谱，基于单细胞RNA测序数据	首次提供了来自65名供体的192,203个细胞的综合参考图谱，包含多种糖尿病状态，并提供了开放访问的分析工具	NA	创建胰腺胰岛细胞类型特异性基因表达的规范参考资源，便于研究人员查询和用于生物信息学分析	人类胰腺胰岛细胞，包括无糖尿病、1型糖尿病自身抗体阳性、1型糖尿病和2型糖尿病供体	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	192,203个细胞，来自65名供体
560	2025-09-13	CIARA: a cluster-independent algorithm for identifying markers of rare cell types from single-cell sequencing data 2023-06-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.201264 PMID:37294170	研究论文	提出一种名为CIARA的聚类独立算法，用于从单细胞测序数据中识别稀有细胞类型的标志基因	开发了不依赖聚类步骤的算法直接识别稀有细胞类型标志基因，并能与现有聚类方法整合	NA	提高单细胞测序数据中稀有细胞类型的检测能力	单细胞测序数据中的稀有细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，单细胞组学数据	聚类独立算法	单细胞测序数据	人类原肠胚和小鼠胚胎干细胞样本