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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2026-05-16 |
Brain macrophages and pial fibroblasts promote inflammation in a hypomyelination model
2025-07-04, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02063-3
PMID:40615895
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研究论文 | 本研究通过条件性失活Pdgfra基因导致前脑髓鞘形成不足,探究脑巨噬细胞与软脑膜成纤维细胞在髓鞘形成障碍模型中的促炎作用 | 首次揭示脑膜边界相关巨噬细胞(BAMs)和软脑膜成纤维细胞在髓鞘形成障碍模型中通过细胞间相互作用促进慢性炎症和组织损伤 | 未提及具体限制 | 阐明脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在髓鞘形成不足所致进行性神经功能障碍中的机制 | 新生小鼠大脑皮层,特别是脑膜边界相关巨噬细胞、小胶质细胞和软脑膜成纤维细胞 | 数字病理学 | 神经疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 新生小鼠 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 542 | 2026-05-16 |
A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis
2025-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09002-1
PMID:40369080
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研究论文 | 本研究通过基因编辑小鼠、人类及黑猩猩神经祖细胞和皮层类器官模型,证明人类特有的HARE5增强子通过调节WNT信号通路,精细调控放射状胶质细胞增殖能力,从而影响皮层发育和连通性 | 首次揭示人类加速区HARE5增强子中4个人类特异性变异通过扩增经典WNT信号,驱动神经祖细胞增殖并增加皮层兴奋性神经元数量,为理解人类皮层扩张的分子机制提供新视角 | 未明确说明,但可能包括小鼠模型与人类发育的差异、类器官模型的局限性以及仅聚焦单一增强子的窄聚焦 | 探究人类加速区HARE5增强子在皮层发育中的物种特异性功能及其对神经祖细胞增殖和皮层扩张的调控机制 | 人类、小鼠和黑猩猩的神经祖细胞及皮层类器官 | 神经发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序、基因编辑、活体成像、谱系分析 | 基因敲入小鼠模型、人类和黑猩猩皮层类器官模型 | 单细胞转录组数据、活体成像数据、组织学数据 | 包括基因编辑小鼠、人类和黑猩猩神经祖细胞及皮层类器官,具体样本量未详细说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 543 | 2026-05-16 |
A statistical framework for inferring genetic requirements from embryo-scale single-cell sequencing experiments
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.03.646654
PMID:40236139
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研究论文 | 提出从胚胎尺度单细胞测序实验中推断遗传需求的统计框架 | 开发了Hooke和Platt两种软件工具,利用单细胞数据集中的统计模式来表征实验干预的直接分子和细胞后果 | NA | 建立统计框架以识别直接受遗传、化学或环境扰动影响的基因和细胞类型 | 斑马鱼胚胎的单细胞图谱 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | 数千个扰动斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 544 | 2026-05-16 |
Oncogenic and tumor-suppressive forces converge on a progenitor-orchestrated niche to shape early tumorigenesis
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.656791
PMID:40661354
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研究论文 | 整合谱系追踪、单细胞和空间转录组学,揭示胰腺导管腺癌起始过程中祖细胞样细胞协调的微环境如何汇聚致癌和抑癌力量,塑造早期肿瘤发生 | 首次通过多组学整合方法识别出祖细胞样群体作为致癌突变、可塑性和组织重塑的汇聚点,并揭示KRAS抑制与p53抑制对肿瘤起始微环境的相反调控作用 | 主要基于小鼠模型,其结果在人类胰腺导管腺癌中的直接适用性需进一步验证;研究聚焦于肿瘤起始阶段,对后续恶性进展的机制阐述有限 | 阐明良性向恶性转化过程中分子、细胞和组织水平事件如何促进或抑制恶性肿瘤形成的机制 | 胰腺导管腺癌小鼠模型中的Kras突变细胞、祖细胞样细胞及肿瘤微环境 | 机器学期 | 胰腺导管腺癌 | 谱系追踪, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 谱系追踪数据 | 涉及多时间点、多基因型的小鼠胰腺组织样本(具体数量未在摘要中说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium (用于单细胞测序), 10x Visium (用于空间转录组学) | 利用10x Chromium进行单细胞RNA测序分析,并使用10x Visium进行空间转录组分析 |
| 545 | 2026-05-16 |
Substrate stiffness dictates unique doxorubicin-induced senescence-associated secretory phenotypes and transcriptomic signatures in human pulmonary fibroblasts
2025-06, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01507-x
PMID:39826027
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研究论文 | 探究基质刚度如何影响人肺成纤维细胞中阿霉素诱导的衰老相关分泌表型和转录组特征 | 首次揭示了机械张力(通过底物刚度模拟)对衰老相关分泌表型和转录组特征的影响,特别是在高刚度条件下发现独特的胶原蛋白富集特征 | 研究主要基于体外细胞培养模型,体内验证仅限于小鼠模型和公共数据集分析,缺乏更直接的临床样本验证 | 研究机械环境对细胞衰老和衰老相关分泌表型的影响 | 人原代肺成纤维细胞(IMR-90细胞) | 机器学习 | 肺纤维化 | 质谱分析、转录组测序、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 不同刚度底物上培养的IMR-90细胞样本;博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型组织样本;人间质性肺疾病的单细胞RNA测序公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 546 | 2026-05-16 |
A multi-omic single-cell landscape of the aging mouse ovary
2025-06, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01556-2
PMID:39934558
|
研究论文 | 结合小鼠年轻和年老卵巢的单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,构建了卵巢老化的多组学单细胞图谱,揭示了细胞类型特异的转录变化及其调控元件 | 首次结合单细胞转录组和染色质可及性数据,全面表征小鼠卵巢老化过程中七种主要细胞类型的分子特征,并鉴定调控这些转录变化的顺式和反式调控元件 | NA | 研究卵巢老化的分子机制,特别是细胞类型特异的转录变化及其调控元件 | 年轻和年老小鼠的卵巢细胞 | 单细胞组学 | 卵巢老化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-seq) | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 小鼠年轻和年老卵巢样本 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 547 | 2026-05-16 |
Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain
2025-06, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-025-01561-5
PMID:39976844
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响 | 首次在单细胞水平揭示紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老通过转录组改变(如下调细胞连接组装通路、上调细胞外基质重塑和炎症信号通路)导致血脑屏障功能障碍的机制 | 研究基于小鼠模型,可能需要进一步验证在人类中的适用性 | 探究紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何改变与血脑屏障完整性相关的基因表达模式 | 紫杉醇处理小鼠与对照组小鼠的脑毛细血管内皮细胞 | 数字病理学 | 化疗引起的认知障碍(化学脑) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 紫杉醇处理组和对照组小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 548 | 2026-05-16 |
Machine Learning and Mendelian Randomization Reveal a Tumor Immune Cell Profile for Predicting Bladder Cancer Risk and Immunotherapy Outcomes
2025-06, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.01.016
PMID:40122457
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研究论文 | 利用肿瘤浸润免疫细胞相关基因构建模型,预测膀胱癌风险和免疫治疗效果 | 首次结合20种机器学习算法与孟德尔随机化方法,基于肿瘤浸润免疫细胞特征评分构建膀胱癌预后及免疫治疗预测模型 | 未提及明确局限性 | 开发基于肿瘤浸润免疫细胞的膀胱癌预测模型 | 膀胱癌患者 | 机器学习 | 膀胱癌 | RNA-seq, scRNA-seq | 机器学习集成模型(20种算法) | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | 多组RNA表达数据和单细胞RNA数据(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 549 | 2026-05-16 |
Identifying Immunomodulatory Subpopulations of Adipose Stromal Vascular Fraction and Stem/Stromal Cells Through Single-Cell Transcriptomics and Bulk Proteomics
2025-Jun, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-025-10889-6
PMID:40366552
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和蛋白质组学整合分析,鉴定脂肪基质血管成分和干细胞/基质细胞中具有免疫调节功能的亚群 | 首次将单细胞RNA测序与蛋白质组学数据结合,利用Scissor算法识别出未培养SVF中存在的两种新型ASC亚群——Scissor阳性(类似细胞因子刺激的免疫调节细胞)和Scissor阴性(以细胞外基质重塑为特征) | 未明确说明局限性 | 解析脂肪组织中基质血管成分来源的ASC的异质性免疫调节潜力,为治疗策略提供依据 | 人脂肪组织来源的基质血管成分及其中的脂肪干细胞/基质细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 蛋白质组数据 | 培养的P2代ASC(暴露于炎症细胞因子)和未培养的P0代SVF样本 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 550 | 2025-05-22 |
Corrigendum to "Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics"
2025-Jun, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2025.100088
PMID:40393347
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 551 | 2026-05-16 |
Exploring genetic and immune cell dynamics in systemic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection via machine learning
2025-05-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae537
PMID:39361430
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研究论文 | 通过机器学习探索系统性红斑狼疮合并EB病毒感染患者的遗传和免疫细胞动态变化 | 首次利用机器学习识别出IFI27作为SLE合并EBV感染的关键基因,并结合单细胞RNA测序揭示其在CD4 CTL和B细胞亚群中的表达模式 | 未提供具体局限性信息 | 识别SLE合并EBV感染患者中的关键基因和免疫细胞 | 系统性红斑狼疮合并EB病毒感染患者 | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 来源于GEO数据库的多个数据集(GSE50772、GSE81622、GSE85599、GSE45918) | NA | NA | NA | NA |
| 552 | 2026-05-16 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies APOC1 as a biomarker and therapeutic target for G0/G1 cell cycle arrest in cholangiocarcinoma
2025-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111028
PMID:40064358
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research paper | 通过整合单细胞和批量RNA测序,确定了APOC1作为胆管癌G0/G1细胞周期阻滞的生物标志物和治疗靶点 | 首次识别APOC1为胆管癌G0/G1期阻滞的特征基因,并利用单细胞RNA测序验证其表达峰与细胞周期的关联 | NA | 探索胆管癌中诱导G0/G1期阻滞的分子机制以及鉴定G0/G1期特征生物标志物 | 胆管癌细胞 | machine learning | 胆管癌 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 553 | 2026-05-16 |
Morphogenic, molecular and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung
2025-04-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204346
PMID:40177910
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研究论文 | 通过多尺度3D成像和单细胞转录组学,揭示了鸡肺单向气流适应性的形态发生、分子和细胞特征 | 首次阐明了鸡肺中支气管末梢融合形成副支气管的过程,并发现了一种鸡特有的KRT14阳性肺泡腔细胞类型 | 研究主要基于鸡肺,对于其他鸟类或物种的泛化性有限,且功能验证尚未深入 | 探索禽类肺单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向呼吸肺的差异 | 鸡肺的关键发育阶段样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学,空间转录组学 | NA | 3D图像,单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 多关键发育阶段的鸡肺样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒,Stereo-seq空间转录组学 |
| 554 | 2026-05-16 |
Restorative Effects of Short-Chain Fatty Acids on Corneal Homeostasis Disrupted by Antibiotic-Induced Gut Dysbiosis
2025-04, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.010
PMID:39732390
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research paper | 本研究探讨了抗生素诱导的肠道菌群失调对小鼠角膜稳态的影响,并发现短链脂肪酸可恢复角膜功能 | 首次系统揭示了肠道菌群通过短链脂肪酸信号调控角膜昼夜节律基因表达、屏障完整性和神经密度的分子机制 | 未在人体样本中验证,且短链脂肪酸对无菌小鼠的治疗效果未涉及 | 研究肠道菌群失调对角膜稳态的影响及短链脂肪酸的恢复作用 | 小鼠角膜组织及肠道菌群 | digital pathology | geriatric disease | RNA-seq, single-cell sequencing | NA | gene expression data | 未明确说明样本量 | Illumina | RNA-seq, single-cell RNA-seq | Illumina NovaSeq | RNA测序和单细胞测序 |
| 555 | 2026-05-16 |
Identifying novel therapeutic targets in cystic fibrosis through advanced single-cell transcriptomics analysis
2025-Mar, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109748
PMID:39921941
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研究论文 | 通过先进的单细胞转录组学分析技术,本研究揭示了囊性纤维化气道上皮中的新型基因和调控网络,为开发靶向治疗策略提供了新靶点 | 本研究采用改进的分析方法,整合多源数据并利用全面的肺部参考面板进行标准化和映射,发现了此前未与囊性纤维化气道疾病关联的新型基因和调控网络 | NA | 通过增强的单细胞转录组学分析阐明囊性纤维化相关的分子机制,并识别新的治疗靶点 | 囊性纤维化患者和健康对照的肺组织样本 | 机器学习 | 囊性纤维化 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 556 | 2026-05-16 |
Efficient Predictor for Immunotherapy Efficacy: Detecting Pan-Clones Effector Tumor Antigen-Specific T Cells in Blood by Nanoparticles Loading Whole Tumor Antigens
2025-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409913
PMID:39498880
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研究论文 | 开发一种通过纳米颗粒加载全肿瘤抗原检测血液中泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞的方法,用于预测免疫治疗效果 | 首次提出利用纳米颗粒加载全细胞肿瘤抗原来激活和检测血液中泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞,将ETASTs与其他T细胞的区别转化为激活和非激活状态,通过检测激活状态和细胞毒性功能标记物实现区分 | 检测方法可能受ETASTs与其他T细胞表型重叠影响;研究仅在肺癌中验证,其他癌症类型需进一步确认;样本量信息未明确 | 开发一种高效、非侵入性的生物标志物,用于预测免疫治疗疗效 | 肺癌患者、健康个体、良性肺结节患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 纳米颗粒加载全肿瘤抗原,单细胞测序 | NA | 细胞数据 | 未明确 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 557 | 2026-05-16 |
Deficiency of FABP7 Triggers Premature Neural Differentiation in Idiopathic Normocephalic Autism Organoids
2025-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202406849
PMID:39556706
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研究论文 | 该研究通过分析正常头围自闭症谱系障碍个体来源的脑类器官,发现FABP7缺失会触发神经干细胞过早分化,并揭示了FABP7/MEK通路在其中的作用 | 首次从正常头围自闭症患者的前瞻性出生队列中建立iPSC来源的脑类器官模型,结合多细胞系和时间序列单细胞RNA测序,揭示了FABP7/MEK通路在神经干细胞异常分化中的关键作用 | 未提及具体局限性 | 探究正常头围自闭症谱系障碍个体中神经发育异常的分子机制 | 正常头围自闭症谱系障碍个体的诱导多能干细胞来源的脑类器官 | 机器学习 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | 多细胞系和时间序列样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 558 | 2026-05-16 |
Spatial and Single-Cell Transcriptomics Unraveled Spatial Evolution of Papillary Thyroid Cancer
2025-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202404491
PMID:39540244
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研究论文 | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学,揭示甲状腺乳头状癌的空间演化机制 | 首次结合单细胞RNA测序与空间转录组学解析甲状腺乳头状癌的空间异质性和演化路径,发现肿瘤细胞通过增强有氧代谢、抑制mRNA翻译及蛋白质合成、以及细胞间相互作用驱动多路径演化,并识别出恶性与转移基因足迹 | 单细胞RNA测序丢失空间信息,空间转录组学分辨率有限,可能遗漏稀有细胞亚型;需要更大样本验证足迹的诊断价值 | 阐释甲状腺乳头状癌的空间异质性、恶性进展和转移机制,提出改进的诊断策略 | 甲状腺乳头状癌肿瘤细胞及其正常甲状腺细胞 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 559 | 2026-05-16 |
Same-Slide Spatial Multi-Omics Integration Reveals Tumor Virus-Linked Spatial Reorganization of the Tumor Microenvironment
2024-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629650
PMID:39764057
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研究论文 | 提出IN-DEPTH方法,实现同一玻片上的空间多组学整合,揭示肿瘤病毒相关的肿瘤微环境空间重组 | 首次开发了IN-DEPTH方法,实现了同一玻片上单细胞空间蛋白质组学和空间转录组学的迭代捕获,并引入SGCC方法进行多模态空间多组学分析 | 当前方法在多重视图、空间分辨率及分析方法上仍有限制,但IN-DEPTH已在一定程度上克服了这些限制 | 开发可扩展、资源高效的空间多组学方法,用于剖析肿瘤微环境并推动临床相关发现 | 淋巴组织和EBV阳性及EBV阴性弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | SGCC | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | IN-DEPTH方法兼容各种空间平台 |
| 560 | 2026-05-16 |
Reprogramming of cells during embryonic transfating: overcoming a reprogramming block
2024-12-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203152
PMID:39628450
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研究论文 | 研究海胆胚胎细胞转分化的重编程过程,揭示其分子机制及信号时序对重编程成功的影响 | 通过单细胞RNA测序随时间追踪,首次揭示胚胎细胞转分化的完整重编程序列,并发现Delta信号在Nodal之前表达可恢复色素细胞缺失 | 未提供明确数据量和统计分析,且研究中仅针对海胆特定细胞类型,结论推广性有限 | 阐明胚胎转分化过程中重编程的分子机制及调控因素 | 海胆16细胞期的小裂球(成骨细胞前体)及内胚层、中胚层和色素细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未知(研究中未明确样本量) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序随时间追踪 |