单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2025-04-24	Mitigating ambient RNA and doublets effects on single cell transcriptomics analysis in cancer research 2025-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217693 PMID:40185305	research paper	该论文探讨了在癌症研究中单细胞转录组学分析中环境RNA和双联体效应的问题，并提出了几种计算方法来缓解这些问题	提出使用计算方法如SoupX、DecontX和CellBender来评估和消除环境RNA污染，其中CellBender采用深度学习技术同时处理环境RNA污染和背景噪声	未提及具体方法的比较或在实际应用中的局限性	旨在提高单细胞转录组学数据的质量，以更准确地描述肿瘤微环境	单细胞转录组学数据	digital pathology	cancer	scRNA-seq	deep learning	gene expression profiles	NA
542	2025-04-24	Apigenin inhibits recurrent bladder cancer progression by targeting VEGF-β 2025-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217676 PMID:40185304	研究论文	研究芹菜素通过靶向VEGF-β抑制复发性膀胱癌的进展	首次发现芹菜素通过靶向VEGF-β抑制膀胱癌进展，并揭示了VEGF-β在复发性膀胱癌中的上调及其与肿瘤恶性程度的相关性	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探讨芹菜素抑制复发性膀胱癌进展的分子机制	复发性膀胱癌	癌症研究	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接、体外实验	NA	基因表达数据、体外实验数据	NA
543	2025-04-24	Single-cell transcriptomic analysis identifies tissue-specific fibroblasts as the main modulators of myeloid cells in peritoneal metastasis of different origin 2025-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217678 PMID:40154914	研究论文	通过单细胞转录组分析，识别了不同来源腹膜转移中组织特异性成纤维细胞作为髓系细胞的主要调节者	发现了一种新型成纤维细胞亚群，仅在CRC腹膜转移和正常腹膜中检测到，并展示了其免疫调节特性	研究样本可能不足以代表所有腹膜转移情况，且体外共培养实验可能无法完全模拟体内微环境	探究CRC腹膜转移微环境中不同细胞类型间的相互作用	CRC腹膜转移患者和CRC患者的肿瘤及远处正常组织	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	CRC腹膜转移患者和CRC患者的肿瘤及远处正常组织样本
544	2025-04-24	Exploring OLR1-mediated inflammatory mechanisms in the hematoma microenvironment of acute intracerebral hemorrhage 2025-May-07, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.03.035 PMID:40113072	研究论文	本研究探讨了氧化低密度脂蛋白受体1（OLR1）在急性脑出血血肿微环境中的作用及其对免疫反应和疾病进展的影响	首次全面分析了OLR1在脑出血血肿微环境中的表达及其与单核细胞和巨噬细胞活性的相关性，提出了OLR1作为生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析和实验室验证，缺乏临床干预实验验证治疗效果	探索OLR1在脑出血病理机制中的作用，为开发新的治疗策略提供依据	脑出血患者的血肿微环境、外周血和脑组织样本	生物信息学	脑出血	生物信息学分析、scRNA-seq、qRT-PCR	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集，包括外周血、脑组织和血肿样本
545	2025-04-24	Using Single-Cell RNA sequencing with Drosophila, Zebrafish, and mouse models for studying Alzheimer's and Parkinson's disease 2025-May-07, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.03.042 PMID:40154937	综述	本文综述了利用果蝇、斑马鱼和小鼠模型以及单细胞RNA测序技术研究阿尔茨海默病和帕金森病的优势和局限性	重点讨论了单细胞RNA测序技术如何通过提供疾病细胞和转录组特征的新见解革新该领域	未提及具体实验数据或样本量的限制	推进阿尔茨海默病和帕金森病的研究，以加速成功治疗干预的开发	果蝇、斑马鱼和小鼠模型	数字病理学	阿尔茨海默病和帕金森病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
546	2025-04-24	Single-cell RNA sequencing and functional analysis reveal the role of altered glycosylation levels of hepatic macrophages in liver cirrhosis 2025-May, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-025-02218-y PMID:39888412	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和功能分析，揭示了肝巨噬细胞糖基化水平改变在肝硬化中的作用	首次在单细胞水平上分析了肝硬化中糖基化相关基因的变化及其功能通路富集特征，并揭示了巨噬细胞在免疫调控中的核心作用	研究样本量有限，且未进行体内功能验证实验	探究肝硬化中糖基化修饰对免疫细胞行为的影响	肝硬化患者和健康对照者的肝组织样本	digital pathology	liver cirrhosis	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	肝硬化患者和健康对照者的肝组织样本（具体数量未提及）
547	2025-04-24	Maternal COVID-19 infection associated with offspring neurodevelopmental disorders 2025-May, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-024-02822-z PMID:39521839	research paper	该研究探讨了孕期母体COVID-19感染与后代神经发育障碍（NDDs）风险增加之间的关联及其潜在机制	揭示了COVID-19感染通过改变母体和胎儿免疫环境平衡，影响星形胶质细胞、内皮细胞和兴奋性神经元，从而增加后代NDDs风险的机制，并建立了基于47个独特基因的风险评分模型	潜在机制尚未完全阐明，且研究样本量未明确说明	探究孕期母体COVID-19感染与后代神经发育障碍的因果关系及分子机制	孕期感染COVID-19的母亲及其后代	医学研究	COVID-19, 神经发育障碍	单细胞转录组测序, 基于汇总数据的孟德尔随机化分析, 全表型关联研究	风险评分模型	转录组数据	NA
548	2025-04-24	A Single-Cell Atlas Revealed Altered B Cells and Neutrophils Immune Signatures and Inflammatory Responses in SFTSV Infection 2025-May, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70354 PMID:40263930	research paper	该研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了SFTSV感染期间B细胞和中性粒细胞的免疫特征及炎症反应的改变	首次在单细胞水平上描绘了SFTSV感染的免疫图谱，特别关注了B细胞和中性粒细胞的免疫特征变化	研究仅基于住院患者的PBMCs样本，可能无法完全反映体内所有免疫细胞的变化	探究SFTSV感染的免疫病理机制及其对免疫细胞的影响	SFTSV感染患者的PBMCs样本	免疫学	SFTSV感染	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	住院SFTSV感染患者的PBMCs样本（具体数量未提及）
549	2025-04-24	RFX3 is essential for the generation of functional human pancreatic islets from stem cells 2025-Apr-23, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06424-4 PMID:40263183	research paper	该研究探讨了调控因子X3（RFX3）在人类胰岛发育中的功能，使用诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的胰岛类器官进行研究	首次揭示了RFX3在人类胰岛细胞分化中的关键作用及其对EC规范的抑制作用	研究主要基于体外模型，未涉及体内验证	研究RFX3在人类胰岛发育中的功能	人类胰岛类器官	干细胞研究	糖尿病	CRISPR/Cas9, RNA-seq, 单细胞RNA-seq	RFX3敲除和过表达模型	基因表达数据	iPSC衍生的胰岛类器官
550	2025-04-24	Single-cell transcriptomic data reveal the cellular heterogeneity of glutamine metabolism in gastric premalignant lesions and early gastric cancer 2025-Apr-23, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2025061 PMID:40264416	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据揭示了胃前病变和早期胃癌中谷氨酰胺代谢的细胞异质性	首次在单细胞水平上系统分析了胃前病变和早期胃癌中的谷氨酰胺代谢特征，并鉴定出ERO1LB作为关键调控因子	样本量相对有限（22511个细胞），且仅聚焦于慢性萎缩性胃炎和早期胃癌病变	探究胃前病变和早期胃癌中谷氨酰胺代谢的细胞异质性及其在胃癌发生中的作用	慢性萎缩性胃炎(CAG)和早期胃癌(EGC)病变中的细胞	癌症代谢	胃癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	22511个来自胃前病变和早期恶性病变的细胞
551	2025-04-24	Immune checkpoint inhibitor-associated pneumonitis: focus on diagnosis and underlying mechanisms 2025-Apr-23, Current opinion in pulmonary medicine IF:2.8Q2 DOI:10.1097/MCP.0000000000001175 PMID:40265506	review	本文综述了免疫检查点抑制剂（ICI）相关肺炎的诊断、风险因素和治疗策略，特别关注其潜在的病理生理机制	通过单细胞RNA测序和生物标志物（如自身抗体）的鉴定，更新了对ICI相关肺炎的理解，揭示了细胞介导和体液机制在病理生理中的作用	尽管皮质类固醇是一线治疗，但类固醇难治性肺炎仍然常见且死亡率高，治疗策略仍需改进	提供ICI相关肺炎的最新研究进展，以指导靶向治疗和未来研究方向	免疫检查点抑制剂（ICI）相关肺炎	NA	lung cancer	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
552	2025-04-24	CXCR4-targeted sensitive magnetic particle imaging for abdominal aortic aneurysm early detection and prognosis evaluation by recognizing total inflammatory cells 2025-Apr-22, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae255 PMID:39658102	research paper	本研究通过单细胞测序识别CXCR4作为腹主动脉瘤（AAA）炎症的有效标记物，并开发了靶向CXCR4的多模态成像探针，用于AAA的早期检测和预后评估	利用CXCR4作为标记物开发了新型Fe3O4-anti-CXCR4-PE探针，实现了腹主动脉瘤的多模态成像（MPI/FLI）和早期诊断	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	开发腹主动脉瘤的早期检测和预后评估新方法	腹主动脉瘤（AAA）小鼠模型和人类主动脉瘤单细胞测序数据	digital pathology	cardiovascular disease	scRNAseq, MPI, FLI	mouse model	imaging data, sequencing data	人类主动脉瘤数据集GSE155468和GSE166676，以及AAA小鼠模型
553	2025-04-24	Vitamin A treatment restores vision failures arising from Leber's hereditary optic neuropathy-linked mtDNA mutation 2025-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188962 PMID:40036074	研究论文	本文探讨了维生素A治疗对由Leber遗传性视神经病变（LHON）相关mtDNA突变引起的视力障碍的恢复作用	揭示了LHON相关ND6P25L突变导致视网膜细胞特异性缺陷的机制，并首次证明维生素A补充能显著改善这些缺陷	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索LHON相关mtDNA突变的视网膜细胞特异性效应机制，并寻找有效治疗方法	携带LHON相关ND6P25L突变的小鼠模型	NA	Leber遗传性视神经病变	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
554	2025-04-24	NEDDylation regulates CD8+ T cell metabolism and anti-tumor immunity 2025-Apr-22, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0127 PMID:40261130	研究论文	本文研究了NEDDylation在CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用	揭示了NEDDylation作为CD8+ T细胞代谢和抗肿瘤免疫的关键调节机制	未探讨NEDDylation在其他免疫细胞类型中的作用	阐明NEDDylation在抗肿瘤免疫中的具体作用机制	CD8+ T细胞	免疫学	癌症	单细胞RNA测序、LC MS/MS蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	小鼠和人类CD8+ T细胞
555	2025-04-24	Mechanistic Insights into Hippo-YAP Pathway Activation for Enhanced DFU Healing 2025-Apr-22, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.01067.2024 PMID:40261295	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，探讨了TFAP2A-LIFR-Hippo-YAP信号轴在调控巨噬细胞M2极化及其在糖尿病足溃疡(DFU)伤口愈合中的关键作用	揭示了TFAP2A在DFU中的新型免疫调节作用，并提供了治疗慢性糖尿病伤口的有潜力的治疗靶点	NA	探讨TFAP2A-LIFR-Hippo-YAP信号轴在调控巨噬细胞M2极化及其在DFU伤口愈合中的作用	糖尿病足溃疡(DFU)样本中的免疫细胞，特别是巨噬细胞	生物医学研究	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
556	2025-04-24	Integrated Analysis of PSMB8 Expression and Its Potential Roles in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-22, Digestive diseases and sciences IF:2.5Q2 DOI:10.1007/s10620-025-09040-9 PMID:40261568	研究论文	该研究通过多组学分析探讨了PSMB8在肝细胞癌中的表达及其潜在作用	首次全面分析了PSMB8在肝细胞癌中的表达模式及其与免疫检查点分子和蛋白稳态的关联	PSMB8在肝细胞癌中的具体分子机制仍需进一步研究	阐明PSMB8在肝细胞癌中的功能作用和临床意义	肝细胞癌组织和相关免疫细胞	癌症研究	肝细胞癌	多组学分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、组织微阵列图像数据	来自The Cancer Genome Atlas和GSE76427数据集的肝细胞癌样本
557	2025-04-24	Genomic and Single-Cell Analyses Characterize Patient-Derived Tumor Organoids to Enable Personalized Therapy for Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Apr-22, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2850 PMID:40261963	研究论文	本研究通过基因组和单细胞分析表征患者来源的肿瘤类器官，以促进头颈部鳞状细胞癌的个性化治疗	利用患者来源的肿瘤类器官（PDOs）作为模型，揭示了混合上皮-间质转化（hEMT）样程序与顺铂耐药性的关联，并鉴定出amphiregulin（AREG）作为潜在治疗靶点	样本量相对较小（31例患者），且研究结果需进一步临床验证	提高对头颈部鳞状细胞癌生物学特性的理解并开发个性化治疗方案	头颈部鳞状细胞癌患者来源的肿瘤类器官（PDOs）	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序	患者来源的肿瘤类器官（PDOs）模型	基因组数据、单细胞转录组数据	31例头颈部鳞状细胞癌患者
558	2025-04-24	AI-based phenotyping of hepatic fiber morphology to inform molecular alterations in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025-Apr-22, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001360 PMID:40262132	research paper	该研究利用AI技术对代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中的肝纤维形态进行表型分析，以揭示其分子改变	使用FibroNest算法量化肝纤维形态表型，并通过多组学分析揭示与MASLD相关的分子改变，特别是发现FibroPC4与HCC发生的基因特征相关	样本量较小（94例活检，其中12例并发HCC），可能影响结果的普遍性	全面表征MASLD中肝纤维形态表型及其相关分子改变	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）患者的肝活检样本	digital pathology	metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease	multi-layer omics analyses, spatial single-cell transcriptome (CosMx)	FibroNest algorithm	image, transcriptomics data	94例MASLD患者的肝活检样本（其中12例并发HCC）
559	2025-04-24	Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data 2025-Apr-22, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279857.124 PMID:40262896	研究论文	本文提出了一种名为stMLnet的方法，用于从空间转录组数据中解析多层细胞间通讯及信号反馈环路	stMLnet整合空间信息和多层信号调控机制，首次在空间转录组数据中识别多层细胞间通讯的信号反馈环路	方法性能可能受限于空间转录组数据的分辨率和基因覆盖度	开发新方法以更好地解析空间转录组数据中的细胞间通讯机制	空间转录组数据和其中的细胞间通讯网络	空间转录组学	COVID-19	seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq	扩散模型和质量作用模型	空间转录组数据	多种空间转录组技术产生的数据，包括COVID-19感染的肺组织数据
560	2025-04-24	Proteomic Profiles of Neutrophils from Behcet's Uveitis Patients and their Sex Differences 2025-Apr-22, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02305-5 PMID:40263198	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析揭示了Behcet葡萄膜炎(BU)患者中性粒细胞的蛋白质表达变化及其性别差异	首次全面描述了BU患者中性粒细胞的蛋白质组学特征，并揭示了性别差异相关的功能变化	样本量可能有限，且机制研究仍需进一步验证	探究BU患者中性粒细胞的蛋白质组学特征及其在疾病发病机制中的作用	活动期BU患者和健康对照者的外周血中性粒细胞	蛋白质组学	Behcet葡萄膜炎	蛋白质组学分析，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	蛋白质组数据，RNA测序数据	BU患者和健康对照者的中性粒细胞样本(具体数量未明确说明)