单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2025-07-20	Fast and scalable Wasserstein-1 neural optimal transport solver for single-cell perturbation prediction 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf253 PMID:40662778	research paper	提出了一种基于Wasserstein-1（W1）对偶公式的新型求解器，用于单细胞扰动预测，解决了Wasserstein-2（W2）最优传输求解器在优化过程中的复杂性和收敛速度慢的问题	利用W1对偶公式简化了优化问题，避免了耗时的min-max优化，并通过对抗训练恢复传输映射，实现了比W2 OT求解器更快的速度和更高的可扩展性	W1对偶求解仅揭示了传输方向，不直接提供唯一的最优传输映射，需要通过额外步骤恢复	开发一种快速且可扩展的Wasserstein-1神经最优传输求解器，用于单细胞扰动预测	单细胞数据分布	machine learning	NA	Wasserstein-1 (W1) neural optimal transport solver	NA	single-cell RNA-seq data	NA
542	2025-07-20	Incorporating hierarchical information into multiple instance learning for patient phenotype prediction with single-cell RNA-sequencing data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf241 PMID:40662783	research paper	该论文提出了一种将层次信息整合到基于注意力的多实例学习框架中的新方法，用于单细胞RNA测序数据的患者表型预测	在基于注意力的多实例学习框架中整合了单细胞RNA测序数据的层次结构信息，提高了模型性能和可解释性	未明确提及具体局限性	改进患者表型预测方法，特别是利用单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据和患者表型数据	machine learning	NA	scRNA-seq	attention-based MIL	RNA测序数据	未明确提及具体样本量，但提到对有限样本量具有鲁棒性
543	2025-07-20	Refinement strategies for Tangram for reliable single-cell to spatial mapping 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf194 PMID:40662790	research paper	本文改进了Tangram工具，以提高单细胞RNA测序与空间转录组数据整合的可靠性和一致性	通过基因子集训练、细胞过滤、正则化引入和邻域信息整合，提高了Tangram在细胞映射中的一致性	研究结果依赖于基因表达稀疏性，可能不适用于所有类型的数据集	提高单细胞RNA测序与空间转录组数据整合工具的可靠性和一致性	Tangram工具及其在单细胞RNA测序与空间转录组数据整合中的应用	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学	Tangram	基因表达数据	真实和模拟的小鼠数据集
544	2025-07-20	Predicting fine-grained cell types from histology images through cross-modal learning in spatial transcriptomics 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf201 PMID:40662792	research paper	提出了一种跨模态统一表示学习框架（CUCA），用于从组织学图像中识别细粒度细胞类型	利用跨模态嵌入对齐范式，协调形态学和分子模态的嵌入空间，弥合图像模式与分子表达特征之间的差距	可能忽略了基因表达数据中的关键分子特征	通过组织学图像预测细粒度细胞类型，以深入了解肿瘤生物学	组织学图像和空间转录组学数据	digital pathology	tumor	spatial transcriptomics	cross-modal unified representation learning framework (CUCA)	image, gene expression data	三个数据集
545	2025-07-20	Spatial transcriptomics deconvolution methods generalize well to spatial chromatin accessibility data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf268 PMID:40662813	研究论文	本研究评估了五种空间转录组去卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性，并开发了一个模拟框架进行比较	首次系统评估RNA去卷积方法在染色质可及性数据上的表现，并开发了跨模态比较的模拟框架	在解析稀有细胞类型时，染色质可及性去卷积表现略逊于RNA去卷积	评估现有空间转录组去卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性	空间染色质可及性数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	空间染色质可及性分析、空间转录组分析	Cell2location、RCTD	空间多组学数据	基于模拟框架生成的数据集（具体数量未说明）
546	2025-07-20	Cancer stem cells: Bridging microenvironmental interactions and clinical therapy 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70406 PMID:40665579	综述	本文综述了癌症干细胞（CSCs）的生物学特性、分子调控机制及其与肿瘤微环境的复杂相互作用，并探讨了靶向CSCs的治疗策略及其临床转化挑战	系统整合了CSC的基础机制与临床转化研究，为理解肿瘤生物学和开发精准治疗策略提供了全面框架	未明确提及具体研究的样本量或实验数据限制	探讨癌症干细胞在肿瘤发生、转移、复发和治疗抵抗中的作用，并评估靶向CSCs的治疗策略	癌症干细胞（CSCs）及其与肿瘤微环境的相互作用	肿瘤生物学	癌症	多组学分析、谱系追踪、单细胞测序技术	NA	NA	NA
547	2025-07-20	The CXCL16/CXCR6 axis is linked to immune effector cell-associated neurotoxicity in chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapy 2025-Jun-30, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01498-6 PMID:40588764	研究论文	探讨CXCL16/CXCR6轴在CAR T细胞治疗中免疫效应细胞相关神经毒性综合征(ICANS)中的作用	首次发现CXCR6+ T细胞在ICANS中的富集及其与CXCL16表达髓系细胞的空间关联，为ICANS的发病机制提供了新的分子机制解释	样本量较小(n=11)，且部分数据来自单个死亡病例的尸检组织	阐明CAR T细胞治疗中ICANS的潜在分子机制	接受CAR T细胞治疗后发生ICANS的患者(n=11)及其对照样本	免疫治疗	神经毒性综合征	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、多模态空间转录组学、免疫荧光	NA	外周血和脑脊液样本、尸检脑组织	11例ICANS患者(分级:1级3例，2级4例，3级1例，4级3例)及对照组样本
548	2025-07-20	Machine learning-guided single-cell multiomics uncovers GDF15-driven immunosuppressive niches in NSCLC: A translational framework for overcoming anti-PD-1 resistance 2025-Jun-28, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102459 PMID:40582068	研究论文	通过机器学习引导的单细胞多组学分析，揭示了非小细胞肺癌(NSCLC)中GDF15驱动的免疫抑制微环境，并提出了克服抗PD-1耐药的转化框架	开发了一种Accelerated Oblique Random Survival Forest模型，在预测准确性上优于传统Cox回归和深度学习方法，并首次将GDF15定位为预测ICB耐药的一流生物标志物	研究样本量相对较小(n=156)，且功能研究仅基于Lewis肺癌细胞，未涵盖其他NSCLC亚型	识别免疫检查点阻断(ICB)疗效的决定因素，并开发预测NSCLC免疫治疗反应的生物标志物	非小细胞肺癌(NSCLC)患者样本和Lewis肺癌细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、机器学习	Accelerated Oblique Random Survival Forest	多组学数据、单细胞数据	156例NSCLC患者样本
549	2025-07-20	The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia 2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.16.647417 PMID:40568142	research paper	该研究揭示了前庭毛细胞中动纤毛的双重分子特性，结合了初级纤毛和运动纤毛的结构与功能特征	首次定义了动纤毛作为一种独特细胞器，具有初级纤毛和运动纤毛的分子特征，并支持其作为毛束内主动力生成元件的新作用	动纤毛在结构和分子组成方面的定义仍不完全	阐明前庭毛细胞中动纤毛的结构、分子组成和功能特性	前庭毛细胞和耳蜗毛细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	成年前庭和耳蜗毛细胞、斑马鱼和人类前庭毛细胞、牛蛙和小鼠壶腹嵴毛细胞
550	2025-07-20	Regulatory TCRαβ+ Double Negative T Cells Suppress γδ T Cells and Alleviate Colitis 2025-Jun-10, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101553 PMID:40505772	研究论文	研究探讨了调节性TCRαβ+双阴性T细胞（DNT）在结肠炎中的作用及其通过抑制γδ T细胞缓解炎症的机制	揭示了DNT细胞通过E-cadherin和NKG2D增强对γδ T细胞的细胞毒性，从而缓解结肠炎的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类DNT细胞的作用尚需进一步验证	探究调节性DNT细胞在结肠炎中的免疫调节作用及其治疗潜力	小鼠结肠炎模型中的DNT细胞和γδ T细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序和细胞过继转移	NA	基因表达数据和细胞表型数据	小鼠模型中的DNT细胞和γδ T细胞群体
551	2025-07-20	Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts Contribute to Microvascular Proliferation in Glioblastoma and are Correlated with Immunosuppression and Poor Outcome 2025-Jun-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743 PMID:40131028	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中的微血管增殖（MVP）机制，揭示了间充质干细胞和成纤维细胞在MVP中的作用及其与免疫抑制和不良预后的关联	首次在胶质母细胞瘤中通过单细胞RNA测序鉴定了与MVP相关的间充质干细胞和成纤维细胞，并发现了PDGFRB作为驱动基因的新作用	研究样本量较小（16例），且仅针对原发性胶质瘤患者	探究胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其与免疫抑制的关系	16例原发性胶质瘤患者的CD45-CD105+血管/血管周围基质细胞和CD45+CD105±免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，RNA速度分析，数字空间分析	NA	RNA测序数据	16例原发性胶质瘤患者样本
552	2025-07-20	Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01561-5 PMID:39976844	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响	首次揭示了紫杉醇通过诱导内皮细胞衰老导致血脑屏障功能障碍的转录组学机制，并发现VTN和PTN通路在衰老状态中的富集	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何影响血脑屏障完整性的基因表达模式	紫杉醇处理的小鼠脑毛细血管内皮细胞	转录组学	化疗相关认知障碍	scRNA-seq	小鼠模型	转录组数据	紫杉醇处理组和对照组小鼠的脑组织样本
553	2025-07-20	scRNA-seq reveals transcriptional plasticity of var gene expression in Plasmodium falciparum for host immune avoidance 2025-Jun, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02008-5 PMID:40379932	研究论文	通过单细胞转录组学技术揭示疟原虫var基因表达的可塑性及其在宿主免疫逃避中的作用	首次在单细胞水平上揭示了疟原虫var基因表达的多样性，包括单等位基因表达、多基因共表达及低表达状态	研究仅使用了实验室克隆株3D7和IT4，未涵盖自然感染情况下的寄生虫多样性	探究疟原虫var基因表达调控机制及其在免疫逃避中的作用	恶性疟原虫克隆株3D7和IT4	单细胞转录组学	疟疾	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	实验室克隆株3D7和IT4寄生虫系
554	2025-07-20	Meningeal-derived retinoic acid regulates neurogenesis via suppression of Notch and Sox2 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115637 PMID:40310723	研究论文	该研究揭示了脑膜来源的视黄酸通过抑制Notch和Sox2信号通路调控神经发生的新机制	首次发现脑膜来源的视黄酸通过抑制Notch信号通路和Sox2表达来促进神经发生	研究主要基于Foxc1突变胚胎模型，可能不完全反映正常发育情况	阐明脑膜来源的视黄酸调控大脑皮层神经发生的分子机制	端脑神经前体细胞	神经发育生物学	神经发育障碍	空间转录组学、RARα DNA结合分析、子宫内电穿孔	Foxc1突变胚胎模型	基因表达数据	NA
555	2025-07-20	Decoding muscle-resident Schwann cell dynamics during neuromuscular junction remodeling 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.06.561193 PMID:38370853	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析了肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的作用	发现了一种新型的终末雪旺细胞亚型，其在去神经-再神经循环中起关键作用，并揭示了SPP1信号作为神经肌肉接头动态的关键调节因子	研究主要基于动物模型，结果向人类应用的转化需要进一步验证	探索肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的贡献	肌肉驻留雪旺细胞和神经肌肉接头	生物医学研究	神经肌肉和神经退行性疾病	scRNA-Seq	NA	RNA测序数据	NA
556	2025-07-20	Engineered vasculature induces functional maturation of pluripotent stem cell-derived islet organoids 2025-May-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.024 PMID:40412386	研究论文	该研究通过工程化血管系统，促进了多能干细胞来源的胰岛类器官的功能成熟	首次在非灌注模型和微流体装置中构建了三维血管化的SC-胰岛类器官，并揭示了血管化对SC-β细胞功能成熟的关键作用	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索血管化对多能干细胞来源胰岛类器官功能成熟的影响及其机制	人多能干细胞来源的胰岛类器官、人原代内皮细胞和成纤维细胞	组织工程	糖尿病	scRNA-seq、微流体技术	3D血管化类器官模型	基因表达数据、钙信号数据	未明确说明具体样本数量，涉及SC-胰岛细胞、内皮细胞和成纤维细胞的组合
557	2025-07-20	Reactivation of CTLA4-expressing T cells accelerates resolution of lung fibrosis in a humanized mouse model 2025-May-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181775 PMID:40100323	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，发现CTLA4在CD8+ T细胞中的上调与肺纤维化相关，并证明靶向CTLA4的药物ipilimumab能加速肺上皮再生和减少纤维化	首次发现CTLA4在CD8+ T细胞中的表达与肺纤维化区域相邻，并证明ipilimumab治疗能通过扩增Cd3e+ T细胞和减少衰老细胞积累来促进纤维化消退	研究仅在人类化小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究CTLA4表达T细胞在肺纤维化消退中的作用机制	人类特发性肺纤维化患者样本和重复博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	免疫学	肺纤维化	空间转录组学、蛋白质组学	人类化CTLA4敲入小鼠模型	转录组数据、蛋白质表达数据	人类特发性肺纤维化患者样本和重复博来霉素诱导的小鼠模型
558	2025-07-20	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	利用空间转录组学技术揭示人类大脑皮层分层和区域特化的分子基础	首次结合MERFISH空间转录组与深度学习核分割技术，在单细胞分辨率构建了涵盖7个发育时间点、8个皮层区域、超1800万细胞的空间图谱，发现了皮层区域分化的两种新模式（连续梯度式与V1-V2间的离散突变式），并挑战了传统的中孕期皮层区域化仅存在梯度变化的观点	研究仅聚焦胎儿发育阶段，未涵盖出生后皮层发育过程；MERFISH技术检测的基因数量有限于预选panel	解析人类大脑皮层分层与区域特化的时空发育规律	人类胎儿大脑皮层（7个发育时间点，8个皮层区域）	空间转录组学	NA	MERFISH（多重抗错荧光原位杂交）、单核RNA测序、深度学习核分割	深度学习（核分割）	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	超过1800万个单细胞，覆盖7个发育时间点和8个皮层区域
559	2025-07-20	[Single-cell analysis of immune-lineage features in T-cell large granular lymphocytic leukemia] 2025-May-14, Zhonghua xue ye xue za zhi = Zhonghua xueyexue zazhi DOI:10.3760/cma.j.cn121090-20241125-00479 PMID:40623905	研究论文	通过单细胞转录组测序技术研究T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）免疫谱系的变化及其致病机制	首次在单细胞水平上揭示了T-LGLL患者的免疫谱系特征，包括效应CD8+ T细胞的异常激活与扩增、Treg细胞比例减少及功能受损，以及APCs和NK细胞对T淋巴细胞的正向调控作用	样本量较小（5例患者和3例健康对照），且仅基于转录组数据，未进行蛋白水平验证	探究T-LGLL的免疫谱系变化及其致病机制	T-LGLL患者和健康对照的外周血免疫细胞	单细胞转录组学	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序（10× Genomics）	NA	单细胞转录组数据	5例T-LGLL患者（治疗前后）和3例健康对照
560	2025-07-20	POPARI: Modeling multisample variation in spatial transcriptomics 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652741 PMID:40462963	研究论文	介绍了一种名为Popari的概率图模型，用于多样本空间转录组数据的因子分解，以捕捉空间组织的条件特异性变化	Popari模型通过差异先验和空间降采样技术，实现了多分辨率层次分析，并在多样本和多分辨率空间指标上优于现有方法	未明确提及	开发一种用于多样本空间转录组数据整合和分析的方法	多样本空间转录组数据	空间转录组学	阿尔茨海默病（AD）、卵巢癌	空间转录组学技术（STARmap PLUS、Slide-TCR-seq、CosMx）	概率图模型	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠大脑、胸腺和卵巢癌样本