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当前共找到 40345 篇文献，本页显示第 541 - 560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2026-06-07 |
Oxidative stress-associated genes TPPP3 and VEGFA in COPD revealed by bulk and single-cell sequencing analysis
2026-Jan-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-37375-4
PMID:41620539
|
研究论文 | 通过整体和单细胞测序分析，揭示氧化应激相关基因TPPP3和VEGFA在慢性阻塞性肺疾病中的作用 | 首次整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，结合机器学习算法筛选出12个与氧化应激相关的COPD核心基因，并实验验证TPPP3和VEGFA在上皮细胞中的高表达及其在组织重塑中的潜在作用 | 基于公开数据库的二次分析，缺乏大规模临床队列验证；实验验证仅在细胞模型中进行，未在动物或人体组织中进一步确认 | 识别并验证COPD中关键的氧化应激相关基因和通路 | COPD患者样本数据（来自GEO数据库）以及人支气管上皮细胞（BEAS-2B） | 机器学习 | 慢性阻塞性肺疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO回归, 随机森林 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 来自GEO数据库的COPD公共数据集（具体数量未披露） | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 542 | 2026-06-07 |
Integrated single-cell and bulk RNA sequencing unravels neutrophil heterogeneity and validates SPP1 as a prognostic biomarker in cervical cancer
2026-Jan-30, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-026-15636-9
PMID:41612311
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研究论文 | 整合单细胞与bulk RNA测序揭示宫颈癌中嗜中性粒细胞异质性并验证SPP1作为预后生物标志物 | 首次在宫颈癌中描绘出四种功能不同的嗜中性粒细胞亚群，并发现SPP1-CD44轴介导的嗜中性粒细胞-肿瘤细胞串扰机制，基于此构建的预后模型展现出临床风险分层价值 | 未明确提及，但可能是单细胞样本量较小（n=5）以及对SPP1功能的体外验证仍需更多临床样本支持 | 解析宫颈癌肿瘤微环境中嗜中性粒细胞的异质性及其与肿瘤细胞的相互作用，鉴定新的预后生物标志物 | 宫颈癌组织中的嗜中性粒细胞亚群及其微环境 | 机器学习 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序，LASSO-Cox回归 | LASSO-Cox回归模型，Seurat聚类 | 基因表达数据 | 5例宫颈癌组织（单细胞RNA测序），TCGA-CESC和GTEx队列（bulk RNA测序） | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | NA | NA |
| 543 | 2026-06-07 |
From origins to nomenclature: illuminating the landscape of CNS fibroblasts and fibroblast-like cells
2026-Jan-30, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-026-02236-8
PMID:41618474
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综述 | 综述中枢神经系统成纤维细胞及成纤维样细胞的起源、亚型、命名及功能 | 系统梳理了中枢神经系统成纤维细胞及其类似细胞（如血管软脑膜细胞和A型周细胞）的命名混乱问题，并重点探讨了PVF细胞的发育来源 | 未明确说明局限性 | 澄清中枢神经系统成纤维细胞及相关细胞的命名问题，提供细胞亚型和功能的全面见解 | 中枢神经系统成纤维细胞、血管软脑膜细胞、A型周细胞等成纤维样细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 544 | 2026-06-07 |
RNA2seg: a generalist model for cell segmentation in image-based spatial transcriptomics
2026-Jan-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03908-9
PMID:41618375
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研究论文 | 提出一种名为RNA2seg的通用细胞分割模型，用于基于成像的空间转录组学中准确分配RNA分子 | 采用教师-学生训练方案，整合RNA点云与膜和核染色数据，在MERFISH和CosMx数据集的4百万细胞上训练，展现出零样本和少样本学习的卓越性能 | NA | 解决基于成像的空间转录组学中细胞分割的挑战 | 来自七个器官的MERFISH和CosMx数据集中的细胞 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学，MERFISH，CosMx | 教师-学生网络 | 图像，RNA点云 | 超过400万细胞 | NA | 空间转录组学 | MERFISH, CosMx | 基于成像的空间转录组学平台 |
| 545 | 2026-06-07 |
Resolving clonal evolution and selection of extrachromosomal DNA at single-cell resolution
2026-Jan-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-03933-2
PMID:41606654
|
研究论文 | 本研究提出一种计算方法ecSingle，利用标准单细胞RNA测序中的等位基因失衡和异常表达，在单细胞水平解析染色体外DNA的肿瘤异质性 | 首次通过单细胞RNA测序数据在单细胞水平解析染色体外DNA的克隆进化与选择，结合单分子长读长测序提升分辨率 | 未明确提及研究局限性 | 在单细胞水平解析染色体外DNA的肿瘤内异质性和克隆选择 | 肿瘤样本中的染色体外DNA以及携带癌基因的克隆 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序、单分子长读长测序 | NA | 基因表达数据、测序数据 | 肿瘤样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 标准单细胞RNA测序平台 |
| 546 | 2026-06-07 |
Preventing surgery-induced natural killer cell suppression and metastases by inhibiting PI3K-gamma signaling in myeloid-derived suppressor cells
2026-Jan-29, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013304
PMID:41611243
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研究论文 | 通过抑制髓源性抑制细胞中的PI3K-γ信号通路，防止手术引起的自然杀伤细胞抑制和转移 | 首次功能性表征手术诱导的MDSCs，并通过小分子筛选发现PI3K-γ抑制剂可有效逆转其免疫抑制活性，为术后治疗提供新策略 | 未提及具体局限性 | 功能性表征手术诱导的MDSCs并识别潜在治疗策略以减轻其免疫抑制效应 | 癌症手术患者的sx-MDSCs及术后自然杀伤细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序、多色流式细胞术、小分子库筛选 | NA | 基因表达数据、细胞功能数据 | 55名癌症手术患者，以及临床前小鼠模型 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序用于患者样本分析 |
| 547 | 2026-06-07 |
A tri-omics and machine learning framework identifies prognostic biomarkers and metabolic signatures in sepsis
2026-Jan-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-37342-z
PMID:41611834
|
研究论文 | 通过整合转录组、蛋白质组、代谢组和单细胞转录组的多组学数据，构建机器学习框架以识别脓毒症相关生物标志物和代谢特征 | 首次使用三组学（转录组、蛋白质组、代谢组）联合机器学习及单细胞分析框架，系统识别脓毒症候选生物标志物TPR和ERN1，并构建基因-代谢物联合预测模型 | 尚缺乏独立多组学匹配队列的外部验证，且基于ITCM数据库的化合物筛选仅为计算模拟，需后续实验验证 | 建立多组学整合分析框架以识别脓毒症相关候选生物标志物，并生成可验证的机制和转化研究假设 | 脓毒症患者的多组学数据（转录组、蛋白质组、代谢组）及单细胞转录组数据 | 机器学习 | 脓毒症 | 转录组测序、蛋白质组学、代谢组学、单细胞转录组测序 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA）、LASSO回归、支持向量机递归特征消除（SVM-RFE）、逻辑回归、随机森林 | 转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据 | 内部队列及外部GEO公共数据库队列 | NA | bulk RNA-seq、蛋白质组学、非靶向代谢组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 548 | 2026-06-07 |
DUSP22 dephosphorylates LGALS1 to enhance T cell-driven antitumor immunity
2026-Jan-28, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013142
PMID:41611244
|
研究论文 | 本研究通过全基因组转座子突变筛选发现DUSP22通过去磷酸化LGALS1增强CD8+ T细胞驱动的抗肿瘤免疫 | 首次发现DUSP22通过去磷酸化LGALS1的Ser8和Thr58位点促进其降解，解除LGALS1介导的免疫抑制，揭示了一种新的DUSP22-LGALS1轴重编程肿瘤免疫微环境的机制 | 未明确说明研究局限性，但可能包括需要进一步验证在人类其他癌症类型中的适用性以及临床转化的潜在障碍 | 鉴定肿瘤细胞内在调控T细胞浸润的新型因子并阐明其作用机制 | 小鼠乳腺癌模型及人类乳腺癌样本 | 分子生物学 | 乳腺癌 | 睡美人转座子突变筛选, 质谱分析, 免疫共沉淀, 逆转录定量PCR, 蛋白质印迹, 流式细胞术, 免疫组化, 多重免疫组化, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | 小鼠乳腺癌模型及人类乳腺癌样本（具体数量未提供） | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 549 | 2026-06-07 |
Substantial unannotated noncoding transcripts in tumors may transcriptionally regulate cancer-related genes
2026-Jan-28, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-026-02524-8
PMID:41606598
|
研究论文 | 通过泛癌分析，发现大量未注释的非编码转录本可能通过转录调控影响癌症相关基因表达 | 系统性揭示了肿瘤中未注释非编码转录本（UNTs）的普遍存在及其转录调控机制，并通过CRISPR/Cas9实验验证了其功能影响 | 仅测试了三种UNTs在两种癌细胞系中的作用，需进一步扩展验证；机制解析主要依赖预测的DNA结合域，未直接检测分子互作 | 探究肿瘤中未注释非编码转录本是否及如何通过转录调控影响癌症相关基因 | 四种肿瘤的细胞系和组织（泛癌分析），以及三种特定UNTs（MSTRG.2513.6、MSTRG.4401.1、MSTRG.34636.7） | 机器学习 | 癌症 | RNA-seq, scRNA-seq, CRISPR/Cas9 | NA | RNA序列数据 | 纳入四种肿瘤的细胞系和组织样本（具体数量未说明） | NA | NA | NA | NA |
| 550 | 2026-06-07 |
Kynurenine mediates the chemotherapy-induced intestinal toxicity through modulation of gut microbiota
2026-Jan-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68741-5
PMID:41593057
|
研究论文 | 本研究揭示犬尿氨酸通过调节肠道菌群介导化疗引起的肠道毒性 | 首次发现L-犬尿氨酸在化疗诱导的肠道毒性中通过调节肠道微生物群（特别是罗伊氏乳杆菌的缺失）发挥关键作用，并提出了靶向该代谢途径的治疗策略 | 未提及具体局限性 | 阐明化疗诱导肠道毒性的全身代谢与局部肠道损伤之间的联系机制，并探索潜在治疗靶点 | 化疗后出现严重肠道毒性患者及小鼠模型 | 数字病理学 | 化疗诱导的肠道毒性 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 测序数据 | 涉及患者和动物模型样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序平台 |
| 551 | 2026-06-07 |
A spatially resolved atlas of gastric cancer characterises a lymphocyte-aggregated region
2026-Jan-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68612-z
PMID:41593079
|
研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学，在胃癌中鉴定出四个空间区域，并重点描绘了淋巴细胞聚集区的细胞组成和空间分布特征 | 首次以空间分辨率解析胃癌肿瘤微环境，发现淋巴细胞聚集区中不同淋巴细胞亚群与两种转录组学不同的组别存在相关性 | NA | 探究胃癌肿瘤微环境的细胞组成和空间组织及其对免疫治疗的影响 | 胃癌肿瘤样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3',10x Visium |
| 552 | 2026-06-07 |
omnideconv: a unifying framework for using and benchmarking single-cell-informed deconvolution of bulk RNA-seq data
2026-Jan-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-03955-w
PMID:41582216
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研究论文 | 提出omnideconv统一框架，用于使用和基准测试基于单细胞信息的批量RNA-seq数据反卷积 | 首次全面基准测试第二代反卷积工具，使用多样化的真实和模拟数据面板分离不同变异和偏差来源，并提供整合的工具生态系统 | 未提及具体局限性，但可能依赖于模拟数据与真实数据的一致性以及工具选择的广泛性 | 评估和比较基于单细胞RNA测序数据的第二代反卷积方法的性能，并简化其应用和基准测试 | 多种真实和模拟的批量RNA-seq数据，涵盖不同细胞类型、组织和生物体 | 机器学习 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 反卷积模型 | 基因表达数据 | 使用多个数据集，包括真实和模拟样本，具体数量未明确 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 553 | 2026-06-07 |
Identification and characterization of fibroblast-related biomarkers and pro-inflammatory subpopulations in periodontitis by integrated transcriptomic and single-cell analysis
2026-Jan-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-37385-2
PMID:41588193
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research paper | 综合转录组和单细胞分析鉴定牙周炎中成纤维细胞相关生物标志物和促炎亚群 | 首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，利用LASSO回归鉴定出六种成纤维细胞相关基因，并发现CXCL13+成纤维细胞促炎亚群 | 研究基于公开数据集，样本量有限，且缺乏功能验证实验 | 探索牙周炎中成纤维细胞相关生物标志物和促炎亚群，为靶向诊断和治疗提供潜在策略 | 牙周炎患者组织样本中的成纤维细胞及其亚群 | digital pathology | 牙周炎 | scRNA-seq, LASSO回归, qRT-PCR, 免疫组化, 荧光原位杂交 | LASSO回归, Nomogram | 转录组和单细胞转录组数据 | GSE10334、GSE16134和GSE173078三个数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 554 | 2026-06-07 |
Research on the molecular mechanism of celastrol targeting CTNNB1/STAT3 to inhibit uveal melanoma based on network pharmacology and multi-omics analysis
2026-Jan-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-37061-5
PMID:41580492
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研究论文 | 基于网络药理学和多组学分析，研究雷公藤红素靶向CTNNB1/STAT3抑制葡萄膜黑色素瘤的分子机制 | 结合网络药理学、转录组数据、机器学习及单细胞RNA测序，首次揭示雷公藤红素通过靶向CTNNB1/STAT3通路抑制葡萄膜黑色素瘤的作用机制 | 未提及 | 阐明雷公藤红素在葡萄膜黑色素瘤中的治疗分子机制 | 葡萄膜黑色素瘤（UM）及雷公藤红素 | 机器学习 | 葡萄膜黑色素瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟, qPCR, Western blot | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 555 | 2026-06-07 |
Single-Cell Sequencing Reveals the Crosstalk Between MuSCs and FAPs in Ruminant Skeletal Muscle Development
2026-Jan-22, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15020206
PMID:41597280
|
研究论文 | 首次通过单细胞RNA测序构建山羊背最长肌14个发育阶段的转录组图谱，揭示肌肉卫星细胞与纤维-脂肪祖细胞间的相互作用 | 首次在反刍动物中构建覆盖从胚胎期到衰老全过程的骨骼肌单细胞转录组图谱，发现早期胚胎特有的MuSCs__high亚群及衰老相关MuSCs__high亚群，并阐明DLK1-NOTCH3配体-受体对在维持MuSC静息态中的关键作用 | 未提及具体局限性 | 揭示反刍动物骨骼肌发育过程中肌肉卫星细胞与纤维-脂肪祖细胞的细胞互作机制 | 山羊背最长肌中的肌肉卫星细胞与纤维-脂肪祖细胞 | 单细胞组学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 120,944个细胞，覆盖14个发育阶段（胚胎第30天至11岁） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 556 | 2026-06-07 |
4D single-cell spatial transcriptomics reveals dynamic morphogenetic gradients and regenerative domains in planarians
2026-Jan-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag064
PMID:42172041
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研究论文 | 利用高分辨率空间转录组技术构建了包含超过350万个细胞的四维再生图谱，揭示了涡虫全身再生过程中动态形态发生梯度和再生域 | 首次在生物体尺度上实现连续时空动态重建，发现由Mediator 8调控的前沿再生区，并揭示位置控制基因以欠阻尼控制系统类似的自组织动力学恢复 | NA | 解析涡虫全身再生过程中基因表达和细胞反应的时空动态机制 | 涡虫（plannarians）全身再生过程 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 超过350万个细胞，来自8个不同再生时间点的完整涡虫 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 高清晰度空间转录组学平台 |
| 557 | 2026-06-07 |
Integrative single-cell transcriptomics and proteomics reveal an immunometabolic framework for MSC-exosome-mediated remodeling of expanded NK cells
2026-Jan-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag049
PMID:42008150
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和蛋白质组学整合分析，揭示了间充质干细胞外泌体对扩增NK细胞免疫代谢重塑的机制 | 首次结合单细胞转录组与蛋白质组学系统解析MSC-Exos对NK细胞功能状态的调控，发现其通过FcγR/CD16信号和NRF2氧化还原程序增强NK细胞杀伤活性 | 仍需进一步的因果验证实验来确认外泌体组成与表型变化之间的直接关联 | 探究间充质干细胞外泌体对离体扩增后NK细胞存活率及功能状态的影响机制 | 人NK细胞和间充质干细胞来源的外泌体 | 单细胞组学，蛋白质组学 | 肿瘤免疫治疗 | 单细胞RNA测序，蛋白质组学分析 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白质组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于单细胞转录组学的10x Chromium平台 |
| 558 | 2026-06-07 |
BCG vaccination induces antibacterial effector functions among Vδ1/3 T cells that are associated with protection against tuberculosis
2026-Jan-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102536
PMID:41529694
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research paper | 研究发现BCG疫苗能诱导Vδ1/3 T细胞产生抗菌效应功能，从而保护机体免受结核分枝杆菌感染 | 首次揭示Vδ1/3 T细胞在BCG疫苗接种后的克隆扩增和分化，以及与结核保护作用的关联 | 研究主要基于婴儿和猕猴模型，还需验证在人类成年人群中的普适性 | 探究BCG疫苗诱导Vδ1/3 T细胞在抗结核免疫中的作用机制 | 人类婴儿和猕猴中的Vδ1/3 γδ T细胞 | machine learning | tuberculosis | single-cell RNA-seq, mass cytometry, flow cytometry | NA | single-cell RNA sequencing data, mass cytometry data, flow cytometry data | 人类婴儿和猕猴样本，具体数量未提及 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq, mass cytometry | 10x Chromium | 多模态单细胞RNA测序平台，结合质谱流式和流式细胞术 |
| 559 | 2026-06-07 |
Robust and interpretable prediction of gene markers and cell types from spatial transcriptomics data
2026-Jan-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68487-0
PMID:41545411
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研究论文 | 提出STimage框架，从H&E图像直接预测空间基因表达和细胞类型，增强鲁棒性和可解释性 | 通过集成基础模型估计基因表达分布并量化两种不确定性（数据驱动的偶然不确定性和模型驱动的认知不确定性），结合单细胞分辨率的归因分析与组织病理学注释、功能基因和潜在表征实现可解释性 | NA | 开发从常规H&E图像预测空间基因表达和分类细胞类型的可解释且鲁棒的方法，以推进数字病理学 | 来自不同平台的空间转录组数据集及对应的H&E图像 | 数字病理学, 计算机视觉, 机器学习 | NA | 空间转录组学, H&E染色 | 基础模型, 集成模型 | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 560 | 2026-06-07 |
Unveiling cholesterol metabolism-related gene ACOX2: a multi-omics discovery of a novel biomarker in IgA nephropathy
2026-Jan-15, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-026-00639-0
PMID:41540492
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研究论文 | 通过多组学整合框架发现胆固醇代谢相关基因ACOX2作为IgA肾病的新型保护性生物标志物 | 首次将GWAS、SMR、贝叶斯共定位、单细胞RNA测序、分子对接和分子动力学模拟等多组学方法系统整合，揭示ACOX2在IgAN中的保护作用及FAD作为潜在治疗配体 | 未提及具体局限性 | 揭示胆固醇代谢在IgA肾病中的作用并鉴定关键调控基因 | 胆固醇代谢相关基因ACOX2在IgA肾病中的表达和功能 | 机器学习 | 肾病 | GWAS, SMR, MR, 贝叶斯共定位, scRNA-seq, 分子对接, 分子动力学模拟 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |