单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2025-07-19	Targeting HK3 in tumor-associated macrophages enhances antitumor immunity through augmenting antigen cross-presentation in cervical cancer 2025-Jul-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011948 PMID:40664447	研究论文	本研究探讨了靶向肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的HK3如何通过增强抗原交叉提呈来增强抗肿瘤免疫	揭示了HK3在TAMs和CD8+ T细胞之间的交叉调控作用，以及HK3抑制与免疫检查点阻断联合治疗的协同效应	研究主要基于临床前肿瘤模型，尚未在人体临床试验中验证	探索宫颈癌中TAMs的免疫调节机制及潜在治疗策略	宫颈癌患者样本和临床前肿瘤模型	肿瘤免疫学	宫颈癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫共沉淀、共聚焦显微镜成像	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、显微镜图像	119名宫颈癌患者样本及临床前肿瘤模型
542	2025-07-19	High-resolution mapping of single cells in spatial context 2025-Jul-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61667-4 PMID:40664667	研究论文	开发了一种名为CMAP的方法，通过整合单细胞和空间数据，高效地将大规模单个细胞映射到其精确的空间位置	CMAP方法通过分而治之的策略整合单细胞和空间数据，解决了基因恢复不足或难以实现完整单细胞分辨率的问题，并能够处理单细胞和空间转录组数据之间的差异	未明确提及具体限制，但可能依赖于单细胞和空间数据的质量和匹配度	开发一种高效的方法，用于在空间背景下映射单个细胞，以解析组织微环境中的分子调控和细胞相互作用	单个细胞及其在组织微环境中的空间位置	空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据整合	分而治之策略	单细胞数据和空间数据	模拟和真实数据集
543	2025-07-19	A pluripotent stem cell atlas of multilineage differentiation 2025-Jul-15, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05549-w PMID:40664685	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术构建了一个多谱系分化的人类多能干细胞图谱	首次提供了从多能性到多谱系分化的全面单细胞转录组分析，为体外分化研究提供了新的基准参考	研究仅基于体外培养系统，可能与体内发育存在差异	研究发育信号通路在多谱系分化中的作用机制	人类多能干细胞及其分化过程中的细胞群体	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过60,000个细胞，涵盖所有胚层的分化时间过程
544	2025-07-19	Exploring the mechanism of metabolic cell death-related genes AKR1C2 and MAP1LC3A as biomarkers in Parkinson's disease 2025-Jul-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11481-1 PMID:40664780	research paper	该研究探索了代谢细胞死亡相关基因AKR1C2和MAP1LC3A作为帕金森病生物标志物的机制	首次整合帕金森病相关差异表达基因与代谢细胞死亡相关基因，通过蛋白质-蛋白质相互作用网络和机器学习识别关键生物标志物	研究结果需要进一步的实验验证，样本来源可能有限	探索代谢细胞死亡相关基因在帕金森病发病机制中的作用	帕金森病患者和代谢细胞死亡相关基因	生物信息学	帕金森病	蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、机器学习、单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	GSE7621数据集中的样本
545	2025-07-19	A novel cancer-associated membrane signature predicts prognosis and therapeutic response for lung adenocarcinoma 2025-Jul-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11105-8 PMID:40664871	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组和大块RNA测序数据，识别了肺腺癌特异性膜蛋白，并构建了一个预后标志物LCaMPS，用于预测患者预后和治疗反应	首次在单细胞和空间分辨率水平上揭示了肺腺癌膜表达模式的重要性，并开发了基于9个膜基因的预后模型LCaMPS	研究结果需要在前瞻性临床研究中进一步验证	开发肺腺癌预后预测和治疗分层的生物标志物	肺腺癌患者	数字病理	肺癌	scRNA-seq, 空间转录组, bulk RNA-seq	LCaMPS (基于9个膜基因的预后模型)	RNA测序数据	多个肺腺癌队列数据集
546	2025-07-19	Deciphering cancer therapy resistance via patient-level single-cell transcriptomics with CellResDB 2025-Jul-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08457-2 PMID:40664938	research paper	介绍了一个名为CellResDB的患者来源平台，用于研究癌症治疗抵抗的机制	提供了包含近470万个细胞的患者级别单细胞转录组数据，并集成了智能机器人CellResDB-Robot以增强数据可访问性	NA	研究癌症治疗抵抗的潜在机制	1391名患者的样本，涵盖24种癌症类型	digital pathology	cancer	单细胞转录组测序	LLMs	单细胞RNA-seq数据	近470万个细胞，来自1391名患者样本
547	2025-07-19	Unraveling the role of gut microbiota on the formation of nephrolithiasis: insights from integrated analysis of GWAS, single-cell transcriptomics, bulk RNA sequencing and network Pharmacology 2025-Jul-15, Urolithiasis IF:2.0Q2 DOI:10.1007/s00240-025-01809-x PMID:40664942	研究论文	本研究通过整合GWAS、单细胞转录组学、批量RNA测序和网络药理学分析，探讨了肠道微生物群在肾结石形成中的分子机制	首次通过Mendelian randomization等方法确定了35种与肾结石有因果关系的肠道微生物群，并鉴定出PALLD和R3HDM1作为关键基因	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到原始数据质量和样本量的限制	探索与肠道微生物群相关的关键基因在肾结石中的分子机制	肾结石患者和肠道微生物群	生物信息学	肾结石	GWAS, 单细胞转录组学, RNA测序, 网络药理学, Mendelian randomization	NA	基因组数据, 转录组数据	来自公开数据库的数据集(ukb-b-18372, GSE73680, GSE117518, GSE231569)
548	2025-07-19	In silico analysis of the oncogenic role of myoferlin (MYOF) and suggestion of folate as a potential therapeutic for brain cancer in the Caucasian population 2025-Jul-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03091-0 PMID:40665025	研究论文	通过生物信息学分析探讨肌铁蛋白（MYOF）在脑癌中的致癌作用，并提出叶酸作为潜在治疗药物	首次全面研究MYOF敲低通过叶酸进行靶向治疗的新方法，结合计算药物发现和生成人工智能实验	研究主要针对高加索人群，可能不适用于其他种族	探讨MYOF在脑癌中的致癌作用及叶酸作为潜在治疗药物的可能性	肌铁蛋白（MYOF）及其在脑癌中的表达和突变	生物信息学	脑癌	生物信息学分析、计算药物发现、空间转录组学、生成人工智能	生成人工智能	基因表达数据、突变数据	NA
549	2025-07-19	Integration of phospho-signaling and transcriptomics in single cells reveals distinct Th17 cell fates 2025-Jul-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116006 PMID:40674215	研究论文	本文介绍了一种名为Vivo-seq的创新平台，该平台整合了单细胞RNA测序和细胞内转录组及表位测序，以捕捉转录和磷酸化信号状态	开发了Vivo-seq平台，首次实现了在单细胞水平同时捕捉转录和磷酸化信号状态	未明确提及样本量是否足够大以覆盖所有Th17细胞亚群	研究Th17细胞在发育过程中的信号传导和功能可塑性	T helper 17 (Th17)细胞	单细胞组学	NA	scRNA-seq, 细胞内转录组和表位测序	NA	单细胞转录组数据, 磷酸化信号数据	未明确提及具体样本量
550	2025-07-19	Single-Cell Transcriptional Profiling Reveals PAX5-Mediated Naïve B Cell Differentiation Defect in Severe Adenoid Hypertrophy 2025-Jul-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114675 PMID:40675241	research paper	本研究通过单细胞RNA测序揭示了严重腺样体肥大中PAX5介导的幼稚B细胞分化缺陷	首次在严重腺样体肥大中发现幼稚B细胞积累和PAX5过表达导致的B细胞分化阻滞	样本量相对有限，且未进行功能验证实验	探究腺样体肥大的分子机制	儿科患者的腺样体组织样本	digital pathology	adenoid hypertrophy	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	45,917个单细胞转录组（来自SHA和MHA患者）
551	2025-07-19	OmicsTweezer: A distribution-independent cell deconvolution model for multi-omics Data 2025-Jul-08, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100950 PMID:40675159	研究论文	本文介绍了一种名为OmicsTweezer的分布无关的细胞反卷积模型，用于多组学数据	通过结合最优传输和深度学习，OmicsTweezer在共享潜在空间中对齐模拟和真实数据，有效缓解数据偏移和组学间分布差异	NA	开发一种高效且强大的工具，用于研究疾病微环境	多组学数据（包括RNA-seq、蛋白质组学和空间转录组学）	生物信息学	前列腺癌和结肠癌	RNA-seq、蛋白质组学、空间转录组学	深度学习	多组学数据	模拟和真实数据集
552	2025-07-19	Role of PRC2 in the stochastic expression of Aire target genes and development of mimetic cells in the thymus 2025-Jul-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20240817 PMID:40244172	研究论文	本文探讨了PRC2在Aire靶基因随机表达和胸腺模拟细胞发育中的作用	揭示了PRC2通过染色质抑制对Aire介导的随机基因表达及模拟细胞发育的重要作用	未明确PRC2与Aire相互作用的分子机制细节	阐明Aire在胸腺髓质上皮细胞中的耐受性功能机制	胸腺髓质上皮细胞(mTECs)和模拟细胞	分子生物学	自身免疫疾病	单细胞多组学方法结合深度scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
553	2025-07-19	Current insight into HIV-1 persistence from single-cell transcriptome profiling in acutely treated cohorts of infection 2025-Jul-07, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000962 PMID:40638066	综述	本文综述了利用单细胞转录组学技术研究急性HIV-1感染队列中病毒持久性的最新进展	利用单细胞RNA测序技术揭示了HIV-1感染急性期治疗队列中免疫反应的纵向变化，发现了新的限制和潜伏因子，并鉴定了携带病毒的细胞标志物和病毒库大小	NA	研究HIV-1在宿主中的持久性机制	HIV-1感染者的单细胞	生物信息学	HIV感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	来自急性HIV-1感染队列的数十万个单细胞
554	2025-07-19	Alternative splicing as a novel pathogenic mechanism in chronic kidney disease 2025-Jul-03, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111972 PMID:40614890	综述	本文综述了选择性剪接（AS）在慢性肾脏病（CKD）中的新型致病机制及其潜在治疗策略	提出选择性剪接（AS）作为CKD的新型致病机制，并探讨其作为治疗靶点的潜力	未来研究需进一步探究AS及其调节因子在CKD中的动态变化和功能贡献	阐明AS与CKD之间的功能联系，探索AS靶向治疗策略	肾小管上皮细胞	生物医学	慢性肾脏病	单细胞测序	NA	NA	NA
555	2025-07-19	Myeloma cell-intrinsic ANXA1 elevation and T cell dysfunction contribute to BCMA-negative relapse after CAR-T therapy 2025-Jul-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.03.001 PMID:40057828	研究论文	本研究探讨了多发性骨髓瘤（MM）在抗BCMA CAR-T细胞治疗后复发的原因，发现ANXA1的高表达与BCMA阴性复发相关	首次发现ANXA1在BCMA阴性多发性骨髓瘤复发中的关键作用，并验证了ANXA1作为潜在治疗靶点的可能性	研究样本量有限，需要更大规模的临床验证	探究多发性骨髓瘤在CAR-T治疗后BCMA阴性复发的机制	多发性骨髓瘤患者和细胞模型	肿瘤免疫治疗	多发性骨髓瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	1例CAR-T治疗后复发的MM患者样本
556	2025-07-19	Targeting IGF1-Induced Cellular Senescence to Rejuvenate Hair Follicle Aging 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70053 PMID:40159808	研究论文	本研究探讨了胰岛素样生长因子-1（IGF-1）信号通路在毛囊衰老中的作用及其潜在的治疗策略	揭示了IGF-1通过诱导毛囊干细胞衰老导致毛囊老化的新机制，并提出了针对IGF-1信号通路的干预措施	研究主要基于小鼠模型，人类皮肤中的具体机制需要进一步验证	探究IGF-1信号通路如何调控器官衰老，特别是毛囊老化过程	小鼠和人类皮肤中的毛囊干细胞	衰老生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但涉及转基因小鼠和人类皮肤样本
557	2025-07-19	Pyrroloquinoline Quinone Reprograms the Single-Cell Landscape of Immune Aging in Hematopoietic Immune System 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70050 PMID:40192736	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了吡咯喹啉醌（PQQ）对造血免疫系统衰老的单细胞景观的重编程作用	首次利用单细胞RNA测序技术全面解析PQQ对衰老免疫系统的调控机制，并鉴定出关键分子靶点如ASPP1、Yy1和CD62L	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索PQQ作为抗氧化剂在改善免疫衰老和恢复免疫稳态方面的潜在治疗作用	小鼠的脾脏和骨髓细胞	免疫学	衰老相关免疫功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型（未明确说明具体类型）	单细胞转录组数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
558	2025-07-19	Deciphering Immunosenescence From Child to Frailty: Transcriptional Changes, Inflammation Dynamics, and Adaptive Immune Alterations 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70082 PMID:40285422	研究论文	本研究通过整合分析从儿童到虚弱老年人的PBMCs的bulk-cell和single-cell RNA-seq数据，探讨了与年龄相关的免疫系统变化	首次全面描绘了从儿童到虚弱老年人PBMCs的转录组动态变化，揭示了免疫衰老的复杂机制	研究样本可能不足以代表所有人群的免疫衰老特征	解析免疫衰老的转录变化、炎症动态和适应性免疫改变	从儿童到虚弱老年人的外周血单个核细胞(PBMCs)	免疫学	老年疾病	bulk-cell RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	涵盖从儿童到虚弱老年人的多个年龄段样本
559	2025-07-19	C-COUNT: a convolutional neural network-based tool for automated scoring of erythroid colonies 2025-Jul, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104786 PMID:40287006	research paper	介绍了一种基于卷积神经网络（CNN）的工具C-COUNT，用于自动评分红细胞集落形成实验（CFA）中的集落	开发了C-COUNT工具，通过CNN自动识别和评分CFU-e集落，提高了传统手动方法的效率和准确性	未明确提及工具在不同实验室环境或不同样本类型中的泛化能力	提高红细胞集落形成实验的评分效率和准确性，以支持血液学研究和临床诊断	红细胞集落形成实验中的CFU-e集落	digital pathology	NA	automated microscopy, convolutional neural network	CNN	image	未明确提及具体样本数量，但涉及CFU-e集落和骨髓集落的混合样本
560	2025-07-19	Spatial Analysis Identifies CD147 as a Novel Marker of High-Grade Childhood Posterior Fossa Ependymoma 2025-Jul, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104175 PMID:40250710	research paper	该研究通过空间表型分析，发现CD147是儿童后颅窝高级别室管膜瘤的一个新型标志物	首次将CD147与儿童后颅窝高级别室管膜瘤的肿瘤微环境特征及疾病进展联系起来	样本量较小（G2 n=5，G3 n=7），且仅针对后颅窝A型室管膜瘤	探索儿童后颅窝室管膜瘤肿瘤微环境的异质性及其与肿瘤分级的关系	儿童后颅窝A型室管膜瘤（WHO 2级和3级）样本	digital pathology	ependymoma	multiplex immunofluorescence, single-cell RNA sequencing	NA	image, RNA-seq	12例肿瘤样本（5例G2，7例G3）