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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2026-03-13 |
Integrating single-cell atlases and machine learning to construct 'in silico patients' for predicting individualized drug responses
2026-Mar-06, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2026.117873
PMID:41796725
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综述 | 本文综述了整合单细胞图谱与机器学习构建‘硅基患者’以预测个体化药物反应的新兴概念 | 提出了整合大规模单细胞图谱、药物基因组数据库和患者特异性单细胞数据的‘硅基患者’预测框架,并利用AI(特别是深度学习和迁移学习)作为核心驱动力 | NA | 为开发下一代个体化药物反应预测工具提供全面的概念蓝图 | 肿瘤生态系统、肿瘤微环境、细胞系数据、患者单细胞数据 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 深度学习,迁移学习 | 单细胞RNA测序数据,药物基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 542 | 2026-03-13 |
MT2A buffering exhaustion marks cuproptosis in severe COVID-19: Multi-omics integration, computational modeling, and experimental validation
2026-Mar-05, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据、计算建模和实验验证,揭示了MT2A在严重COVID-19中通过铜缓冲耗竭触发铜死亡的作用机制 | 提出了“铜缓冲-执行失衡”假说,首次将MT2A耗竭与铜死亡联系起来,并利用单细胞转录组学、蛋白质组学和计算模拟验证了这一机制 | 研究主要基于公开数据集和小鼠模型,缺乏大规模临床样本的直接验证,且LUS放射组学作为宏观标志物的特异性有待进一步确认 | 阐明严重COVID-19中铜死亡的分子机制,并识别新的氧化还原检查点作为治疗干预靶点 | 严重COVID-19患者的外周血单核细胞、支气管肺泡灌洗液和肺组织样本,以及LPS诱导的小鼠模型 | 计算生物学 | COVID-19 | 单细胞转录组学, 蛋白质组学, 计算建模, 虚拟敲除模拟, 床边肺超声放射组学 | scTenifoldKnk, 单细胞伪时间分析 | 转录组数据, 蛋白质组数据, 影像数据 | 三个独立数据集:GSE158055(PBMC单细胞转录组,24个基因)、GSE145926(BALF单细胞转录组,31个基因)、Nie2021(肺组织蛋白质组,26个蛋白质),以及LPS诱导的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 543 | 2026-03-13 |
Spatial Proteomics Using S4P
2026-Mar-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5620
PMID:41815837
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研究论文 | 本文介绍了一种名为S4P的稀疏采样空间蛋白质组学方法,该方法结合多角度组织条带显微切割和基于深度学习的图像重建技术 | 提出了一种创新的稀疏采样策略,通过多角度组织条带投影和深度学习重建,在显著减少采样需求的情况下实现全组织切片覆盖 | 空间分辨率目前为525微米,可能无法解析更精细的细胞结构;方法主要在小鼠脑组织上验证 | 开发高效的空间蛋白质组学方法以克服蛋白质不可扩增性和质谱灵敏度限制 | 小鼠脑组织 | 空间蛋白质组学 | NA | 质谱蛋白质组学、显微切割、深度学习图像重建 | 深度学习模型 | 蛋白质质谱数据、组织图像 | 未明确样本数量(小鼠脑组织) | NA | 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 544 | 2026-03-13 |
Bispecific BAFF-R/BCMA CAR T cells control growth of heterogeneous plasma cells in multiple myeloma
2026-Mar-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.12.005
PMID:41376157
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研究论文 | 本研究开发了一种双特异性BAFF-R/BCMA CAR T细胞疗法,用于控制多发性骨髓瘤中异质性浆细胞的生长 | 首次提出同时靶向BCMA和BAFF-R的双特异性CAR T细胞策略,以克服BCMA免疫逃逸并靶向更早期分化的浆细胞 | 研究主要基于临床前模型,尚未在大型临床试验中验证其长期安全性和有效性 | 开发一种能克服抗原逃逸并有效清除异质性恶性浆细胞的新型CAR T细胞疗法 | 多发性骨髓瘤细胞系、原代多发性骨髓瘤细胞及临床样本 | 免疫治疗 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | CAR T细胞 | 基因表达数据、细胞功能数据 | 复发难治性多发性骨髓瘤病例及原代细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 545 | 2026-03-13 |
A pH-responsive hyaluronic acid hydrogel facilitates lesion-localized integrin α5β1 agonism to attenuate osteopontin signaling and fibrosis in intrauterine adhesions
2026-Mar-03, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2026.03.001
PMID:41786064
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研究论文 | 本研究开发了一种pH响应的透明质酸水凝胶,用于递送α5β1选择性激动剂肽,以局部调节巨噬细胞功能并减轻子宫粘连中的纤维化 | 首次将pH响应性脂质体透明质酸水凝胶与α5β1选择性激动剂肽相结合,实现病灶局部、持续的整合素激动,以巨噬细胞为中心重塑免疫-基质通讯 | 研究基于大鼠IUA模型,其向人类临床转化的有效性尚需进一步验证 | 开发一种新型治疗策略,通过局部调节巨噬细胞功能和抑制纤维化信号通路来治疗子宫粘连 | 子宫粘连大鼠模型、巨噬细胞、子宫内膜基质细胞 | 生物医学工程 | 子宫粘连 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 546 | 2026-03-13 |
Neutrophil CAPNS1 regulates cardiac inflammation and injury by promoting NETosis in CVB3-induced myocarditis
2026-Mar-03, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本研究揭示了中性粒细胞中的CAPNS1通过促进NETosis和炎症因子释放,加剧CVB3诱导的心肌炎损伤的机制 | 首次发现中性粒细胞特异性CAPNS1在病毒性心肌炎中通过钙蛋白酶介导的Nesprin 1降解促进NET形成和炎症反应 | 研究主要基于小鼠模型,人体临床相关性需进一步验证;机制研究虽深入,但具体信号通路细节仍有待完善 | 探究CVB3诱导心肌炎的免疫机制,寻找新的治疗靶点 | CVB3感染的小鼠模型、骨髓来源的多形核中性粒细胞、心脏成纤维细胞和心肌细胞 | 免疫学 | 心肌炎 | 单细胞测序、条件性基因敲除、共免疫沉淀、体外细胞培养 | 条件性基因敲除小鼠模型(CAPNS1; Lyz2-Cre) | 单细胞测序数据、体内外实验数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及小鼠模型和体外细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 547 | 2026-03-13 |
Comparison of single-cell sequencing technologies for allele-specific expression analysis in rabbit spermatids
2026-Mar-02, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2026.111224
PMID:41780767
|
研究论文 | 本文比较了短读长和长读长单细胞测序技术在兔子精子细胞等位基因特异性表达分析中的应用 | 首次在兔子精子细胞中利用长读长测序技术进行等位基因特异性表达分析,并识别出与生育相关的候选基因 | 研究仅针对兔子精子细胞,未在其他物种或细胞类型中验证,且未来需要进一步评估基因在遗传生物控制中的适用性 | 识别兔子精子细胞中等位基因特异性表达的候选基因,以支持遗传生物控制应用 | 兔子精子细胞 | 单细胞测序 | NA | 短读长测序, 长读长测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | NA | Illumina | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 548 | 2026-03-13 |
Multi-omics profiling reveals cholic acid-mediated immunosuppression driven by peritumoral ductular reactions in hepatocellular carcinoma
2026-Mar-02, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2026.218393
PMID:41780844
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了肝细胞癌中由肿瘤周围导管反应介导的胆酸驱动的免疫抑制机制 | 整合人工智能病理学、单核多组学、空间转录组学和代谢组学,首次发现胆酸通过NR1H4依赖性PD1上调诱导CD8 T细胞功能障碍,并证明NR1H4抑制与抗PD1疗法在动物模型中具有协同抗肿瘤作用 | 研究主要基于临床样本和动物模型,人类临床试验数据尚未提供,且机制细节需进一步验证 | 探究肝细胞癌肿瘤周围微环境中导管反应的生物学功能及其对免疫抑制和疾病进展的影响 | 肝细胞癌患者的肿瘤及周围组织样本,以及小鼠模型 | 数字病理学 | 肝癌 | 单核多组学, 空间转录组学, 代谢组学 | 人工智能病理学 | 图像, 转录组数据, 代谢组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及人类肝细胞癌组织和小鼠模型 | NA | 单核多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 549 | 2026-03-13 |
scGPT: end-to-end protocol for fine-tuned retinal cell type annotation
2026-Mar, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01220-1
PMID:40665101
|
研究论文 | 本文提供了一个用于在单细胞RNA测序数据中微调scGPT模型进行细胞类型分类的完整端到端协议 | 提出了首个针对视网膜单细胞数据微调scGPT模型的完整自动化协议,实现了99.5%的F1分数,并提供命令行脚本和Jupyter Notebook简化使用流程 | 需要中等生物信息学知识,对Python和Linux有基本要求,主要针对视网膜数据集进行验证 | 开发高精度单细胞类型注释方法 | 视网膜单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer (scGPT) | 单细胞RNA测序数据 | 自定义视网膜数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 550 | 2026-03-13 |
Single-cell spatiotemporal transcriptomic and chromatin accessibility profiling in developing postnatal human and macaque prefrontal cortex
2026-Mar, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02150-7
PMID:41381947
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研究论文 | 本研究构建了人类和猕猴出生后前额叶皮层发育的单细胞基因表达、染色质可及性和空间转录组学比较数据库 | 首次在单细胞分辨率下对人类和猕猴出生后前额叶皮层发育进行多组学(基因表达、染色质可及性、空间转录组)比较分析,揭示了物种特异的发育轨迹和调控网络 | 研究主要关注出生后发育阶段,未涵盖胚胎期发育过程;样本来源和数量可能限制某些罕见细胞类型的发现 | 解析人类前额叶皮层发育的细胞和分子特征,理解人类认知能力及神经精神疾病易感性的基础 | 人类和猕猴出生后前额叶皮层组织 | 空间转录组学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 染色质可及性数据, 空间转录组数据 | 人类和猕猴出生后前额叶皮层样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 551 | 2026-03-13 |
CRISPRi screening in cultured human astrocytes uncovers distal enhancers controlling genes dysregulated in Alzheimer's disease
2026-Mar, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02154-3
PMID:41413662
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研究论文 | 本研究结合CRISPRi、单细胞RNA测序和机器学习,构建了人类原代星形胶质细胞中增强子-基因相互作用的资源AstroREG,并开发了预测模型EGrf | 首次在人类原代星形胶质细胞中通过CRISPRi功能筛选系统鉴定增强子-基因调控关系,并利用获得的真实数据训练机器学习模型进行全基因组预测 | 研究仅针对人类原代星形胶质细胞这一特定细胞类型,未涵盖其他神经细胞类型 | 揭示远端增强子在星形胶质细胞中的功能状态及其调控的靶基因,特别是与阿尔茨海默病相关的基因 | 人类原代星形胶质细胞 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | CRISPR抑制(CRISPRi)、单细胞RNA测序、机器学习 | 随机森林(RF) | 基因表达数据 | 近1000个PsychENCODE增强子 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 552 | 2026-03-13 |
Neuro-epithelial circuits promote sensory convergence and intestinal immunity
2026-Mar, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09921-z
PMID:41501470
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研究论文 | 本研究揭示了TRPV1痛觉感受器与上皮簇细胞之间的神经-上皮回路在驱动2型炎症和抗蠕虫免疫中的关键作用 | 首次发现TRPV1痛觉感受器通过化学感应上皮簇细胞启动组织反应级联,揭示了神经元与上皮细胞之间感觉汇聚的新机制 | 研究主要聚焦于肠道抗蠕虫免疫,其他屏障表面(如呼吸道)的类似机制尚未验证 | 探究不同类型感觉输入(上皮、神经元、免疫细胞)如何协调整合以驱动2型炎症 | TRPV1痛觉感受器、肠道上皮簇细胞、蠕虫感染模型 | 免疫学 | 寄生虫感染 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 553 | 2026-03-13 |
Sarcoidosis: Disease mechanisms, diagnostic pathway and treatment
2026-Mar, Autoimmunity reviews
IF:9.2Q1
DOI:10.1016/j.autrev.2026.103993
PMID:41651390
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综述 | 本文综述了结节病的疾病机制、诊断路径和治疗方法 | 整合了最新的免疫学研究,包括单细胞RNA测序和空间转录组学,以深入理解疾病发病机制 | 由于疾病罕见性、临床病程异质性以及缺乏预后生物标志物,设计和实施新疗法临床试验存在困难 | 探讨结节病的病因、诊断挑战和治疗策略 | 结节病患者及其疾病机制 | 数字病理学 | 结节病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 554 | 2026-03-13 |
Polystyrene nanoplastics disrupt ovarian development via cytoskeletal remodeling and epigenetic reprogramming particularly in granulosa cells
2026-Mar-01, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2026.141467
PMID:41707395
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研究论文 | 本研究通过体内外模型,系统探究了聚苯乙烯微/纳米塑料(PS-M/NPs)对青春期雌性小鼠卵巢发育和功能的影响,揭示了纳米塑料通过细胞骨架重塑和表观遗传重编程(尤其在颗粒细胞中)破坏卵巢发育的分子机制 | 首次在单细胞分辨率水平绘制了PS-NPs介导的卵巢毒性图谱,揭示了纳米塑料通过细胞骨架损伤和表观遗传重编程破坏生殖功能的新机制,并确定了STAT1作为关键转录调节因子 | 研究主要聚焦于聚苯乙烯纳米塑料对小鼠卵巢的毒性,其结论在人类或其他物种中的普适性仍需进一步验证,且环境暴露的长期效应和剂量反应关系有待更深入探究 | 探究微/纳米塑料对哺乳动物生殖系统(特别是卵巢发育和功能)的毒性作用及其分子机制 | 青春期雌性小鼠的卵巢组织及体外培养的颗粒细胞 | 单细胞组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, RNA-seq | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 转录组数据 | 青春期雌性小鼠(具体数量未在摘要中明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 555 | 2026-03-13 |
Single-cell transcriptomics reveals phenotypic and functional alterations of erythroid progenitor cells in tuberculosis patients
2026-Mar, Tuberculosis (Edinburgh, Scotland)
DOI:10.1016/j.tube.2026.102746
PMID:41734583
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了结核病患者红细胞祖细胞的表型和功能改变 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘了不同结核病阶段和不同组织区室中红细胞祖细胞的异质性,并揭示了其与免疫细胞的双向互作网络,建立了贫血、免疫调节与红细胞祖细胞生物学之间的联系 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平的功能验证;样本量相对有限,特别是播散性结核病队列 | 探究结核病相关贫血的细胞机制,特别是红细胞祖细胞的动态变化及其与免疫系统的相互作用 | 健康对照、潜伏性结核感染患者、结核病患者和播散性结核病患者的PBMC,以及结核病肺组织样本 | 单细胞转录组学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个队列的PBMC样本及结核病肺组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 556 | 2026-03-13 |
Advances in predicting omics profiles from imaging data
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag090
PMID:41802282
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综述 | 本文全面综述了利用成像数据预测分子组学(包括DNA变异、批量转录组、单细胞转录组和空间转录组)的当前方法 | 首次跨疾病背景和成像模态,系统性地综述了从成像数据预测多种组学谱的方法,并强调了深度学习策略的应用 | 作为一篇综述文章,未提出新的预测模型或方法,主要总结现有研究 | 探索并总结从医学成像数据直接预测分子组学谱的方法,以替代成本较高或难以实施的分子检测 | 医学成像数据(如组织病理学图像)与对应的分子组学数据(DNA、转录组等) | 数字病理学 | NA | 深度学习,现代统计框架 | 深度学习模型(如CNN等) | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 557 | 2026-03-13 |
CBX3:IL1RN Reflects Distinct Cellular States That Defines the Clinical Outcome of Oral Squamous Cell Carcinoma
2026-Mar, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.71705
PMID:41803005
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研究论文 | 本研究提出了一种基于CBX3:IL1RN表达比率的简化口腔鳞状细胞癌分类系统,用于预后预测和个性化治疗 | 利用基因对CBX3:IL1RN的表达比率有效捕获肿瘤分子亚型特征,简化了临床分类的复杂性 | 样本量相对较小(33例患者),且依赖于多个单细胞数据集的整合,可能影响结果的普适性 | 开发一种简化的口腔鳞状细胞癌分子亚型分类方法,以改善临床预后评估和治疗策略 | 口腔鳞状细胞癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫荧光检测 | TSP算法 | 单细胞数据、空间转录组数据、免疫荧光图像 | 33例原发性口腔鳞状细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 558 | 2026-03-13 |
Heterogeneity and Clinical Relevance of Human Adipose Stromal and Progenitor Cells
2026-Mar, Diabetes & metabolism journal
IF:6.8Q1
DOI:10.4093/dmj.2025.1182
PMID:41813260
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综述 | 本文综述了人类脂肪基质和祖细胞的异质性及其临床相关性,整合了单细胞转录组学等先进方法的最新发现 | 通过系统比较近期单细胞数据集,首次识别出至少八种不同的ASPC亚型,并关联其与代谢疾病的临床功能 | 不同研究间存在细胞类型检测不一致的情况,反映了生物学和方法学变异性,需要进一步验证研究 | 阐明脂肪基质和祖细胞的异质性及其在代谢疾病中的临床意义 | 人类白色脂肪组织中的脂肪基质和祖细胞 | 单细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 559 | 2026-03-13 |
Mapping biology in space: from spatial transcriptomics platforms to analytical tools and databases
2026-02-28, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2026.01.034
PMID:41611568
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综述 | 本文系统总结了空间转录组学(ST)领域的实验平台、分析工具和数据库,并介绍了新开发的集成平台SpatialToolDB | 提供了截至2025年9月对77种ST技术和594种分析工具的系统性总结,并开发了持续更新的集成平台SpatialToolDB,以促进技术选择和方法比较 | 作为一篇综述文章,其局限性在于主要总结现有技术和方法,而非提出全新的实验或计算框架 | 梳理空间转录组学领域的技术发展、分析流程和工具资源,为生物医学研究提供数据驱动的基础 | 空间转录组学技术、分析工具及相关数据库 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 560 | 2026-03-13 |
Efficacy of transarterial chemoembolization combined with PD-1 versus PD-L1 inhibitors in mass-forming intrahepatic cholangiocarcinoma: a multicenter retrospective study
2026-Feb-28, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-2025-1917
PMID:41815126
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研究论文 | 本研究是一项多中心回顾性研究,旨在比较经动脉化疗栓塞术联合PD-1抑制剂与PD-L1抑制剂治疗肿块型肝内胆管癌的疗效和安全性 | 首次在真实世界数据中直接比较TACE联合PD-1抑制剂与PD-L1抑制剂对肿块型肝内胆管癌的疗效,并结合单细胞RNA测序和流式细胞术探索了潜在的免疫机制 | 研究为回顾性设计,样本量较小(50例患者),且为单中心研究,可能存在选择偏倚 | 评估TACE联合不同免疫检查点抑制剂在肿块型肝内胆管癌中的疗效和安全性,并探索预后相关的临床因素及联合治疗的初步免疫机制 | 肿块型肝内胆管癌患者 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | LASSO回归,Cox比例风险模型,Kaplan-Meier生存分析 | 临床数据,单细胞RNA测序数据,流式细胞术数据 | 50例患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |