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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2026-03-28 |
Genome and Single-Cell Transcriptome Reveal the Evolution of Holoparasitic Plants: A Case Study of Cistanche deserticola
2026-Apr, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70464
PMID:41334776
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研究论文 | 本研究通过构建染色体级别基因组图谱和单细胞转录组图谱,揭示了肉苁蓉作为全寄生植物的分子与细胞进化机制 | 首次构建了肉苁蓉的染色体级别基因组图谱,并结合单细胞转录组技术揭示了寄生相关细胞的阶段特异性分化过程 | 研究主要聚焦于单一物种,未与其他寄生植物进行广泛比较,且数据库功能可能受限于当前数据整合范围 | 探索全寄生植物肉苁蓉在分子和细胞水平的进化机制 | 肉苁蓉(Cistanche deserticola)及其基因组与单细胞转录组数据 | 植物基因组学与单细胞生物学 | NA | 基因组测序、单细胞RNA-seq | NA | 基因组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 542 | 2026-03-28 |
Optimizing Single-Cell Long-Read Sequencing for Enhanced Isoform Detection in Pancreatic Islets
2026-Apr-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db25-0424
PMID:41563441
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研究论文 | 本研究优化了单细胞长读长测序协议,以增强胰腺胰岛中异构体的检测能力 | 通过优化5'文库制备协议并采用胰岛素转录本靶向耗竭策略,提高了长读长测序在单细胞水平上的转录本检测效率和准确性 | 技术挑战包括读长不足和较高错误率,可能影响某些低丰度转录本的识别 | 优化单细胞长读长测序协议,以改善胰腺胰岛中异构体的检测和基因表达分析 | 胰腺胰岛中的各种细胞类型,特别是胰岛内分泌细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞长读长测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 543 | 2026-03-28 |
Activation of the Pancreatic "Metabolic Synapse" Aggravates Type 2 Diabetes Mellitus by Inducing PANoptosis in β-Cells
2026-Apr-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db25-0863
PMID:41701561
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研究论文 | 本文通过单细胞测序和体外实验,揭示了胰腺成纤维细胞通过分泌过量谷氨酸激活β细胞中的NMDAR,从而触发PANoptosis并加速2型糖尿病进展的新机制 | 首次提出“代谢突触”概念来描述胰腺成纤维细胞与β细胞间的相互作用,并发现谷氨酸-NMDAR轴在2型糖尿病发病中的关键作用 | 研究主要基于体外实验和单细胞测序数据,缺乏大规模临床验证;人类胰腺样本的NMDAR表达变化仅作为相关性观察,未进行功能验证 | 探究胰腺成纤维细胞对β细胞功能障碍和2型糖尿病进展的贡献,并阐明减肥手术改善糖尿病的机制 | 胰腺β细胞、胰腺成纤维细胞、2型糖尿病患者胰腺样本 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据、体外实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 544 | 2026-03-28 |
Endogenous oestrogens as neuroprotective modulators in the human retina: Evidence from transcriptomic profiling and aromatase inhibition
2026-Apr, Journal of neuroendocrinology
IF:3.3Q2
DOI:10.1111/jne.70171
PMID:41877439
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人类视网膜中类固醇激素代谢和雌激素信号通路基因的表达,并利用芳香化酶抑制剂letrozole在小鼠视网膜外植体中验证局部雌激素合成的功能相关性 | 首次在人类视网膜单细胞水平系统分析类固醇激素代谢和雌激素信号通路基因的细胞类型特异性表达,并实验证明局部雌激素合成对光感受器维持和免疫调节的潜在保护作用 | 研究主要基于转录组数据,需要进一步的功能验证;小鼠外植体模型可能无法完全模拟人类视网膜的生理环境 | 探究人类视网膜中内源性雌激素的神经保护作用机制 | 人类视网膜细胞和小鼠视网膜外植体 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数据集E-MTAB-7316(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 545 | 2026-03-28 |
FAM216A and CCDC166 are not essential for male fertility
2026-Mar-31, Reproduction, fertility, and development
DOI:10.1071/RD25178
PMID:41630526
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研究论文 | 本研究通过基因敲除小鼠模型探究了FAM216A和CCDC166基因在雄性生育力中的作用 | 首次系统评估了FAM216A和CCDC166这两个睾丸富集基因在雄性生育中的功能,并发现其敲除不影响小鼠生育力 | 研究仅在小鼠模型中进行,未直接在牛等牲畜中验证,且可能存在物种特异性差异 | 探究FAM216A和CCDC166基因在雄性生育力中的功能 | 基因敲除小鼠模型 | 生殖生物学 | 生育障碍 | 系统发育分析、序列比对、单细胞转录组数据分析、RT-PCR、基因敲除、组织化学染色、生育力分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因序列数据、转录组数据、组织切片图像 | 未明确说明具体样本数量,但涉及基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 546 | 2026-03-28 |
Pathogenic GM-CSF drives functional diversification of inflammatory macrophages in autoimmune arthritis
2026-Mar-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aec0986
PMID:41880492
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,揭示了在自身免疫性关节炎中,GM-CSF如何驱动炎症巨噬细胞的功能多样化,从而加剧关节炎症和疼痛 | 首次阐明GM-CSF在自身免疫性关节炎中促进Ly6C单核细胞分化为功能不同的巨噬细胞亚群,并识别出两个GM-CSF依赖的致病性巨噬细胞亚群,包括独特的EpCAM巨噬细胞亚群,后者表达与关节炎疼痛相关的促痛介质 | 研究基于T辅助17细胞介导的自身免疫性关节炎模型,可能不完全反映所有类型的关节炎或人类疾病情况,且单细胞RNA测序数据可能受样本大小和技术限制影响 | 探究自身免疫性关节炎中巨噬细胞发育和功能多样化的机制,特别是GM-CSF在其中的作用 | 关节浸润的Ly6C单核细胞和GM-CSF依赖的致病性滑膜巨噬细胞亚群 | 单细胞生物学 | 自身免疫性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 547 | 2026-03-28 |
Machine learning-directed massively parallel programmable nucleic acid amplification
2026-Mar-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aec9175
PMID:41880514
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研究论文 | 本研究开发了一种基于热力学的可编程核酸扩增技术,通过机器学习优化调控扩增效率,应用于DNA数据存储和临床RNA变异分析 | 提出通过引物标签补偿策略将序列特异性与杂交能量调控解耦,实现连续精确的扩增效率调控;构建机器学习模型显著提升预测精度;在DNA数据存储中实现近一个数量级的信息预览密度提升和稳健的文件隐写 | 未明确说明技术在实际临床样本中的大规模验证情况;单细胞测序和空间转录组学的扩展应用仅为预期方向 | 开发可动态调控扩增效率的分子诊断和DNA数据存储技术 | 核酸扩增过程、DNA数据存储系统、宫颈癌RNA变异 | 机器学习 | 宫颈癌 | 可编程核酸扩增技术、机器学习建模 | 机器学习模型 | 实验数据、测序数据 | 基于2483个实验数据构建模型,临床验证中进行了模拟测序深度测试 | NA | NA | NA | NA |
| 548 | 2026-03-28 |
Risk assessment of secondary primary malignancies: results from two large prospective European cohorts
2026-Mar-27, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01380-7
PMID:41888349
|
研究论文 | 本研究利用孟德尔随机化分析,基于两个大型欧洲前瞻性队列数据,探讨了原发性肿瘤与继发性原发性恶性肿瘤之间的因果关系 | 首次系统性地使用孟德尔随机化方法验证了胃癌与特定继发性癌症(如食管癌和直肠癌)之间的因果关联,并进一步通过单细胞测序分析识别了PLK1癌症干细胞作为潜在驱动因素 | 研究主要基于欧洲人群数据,结果可能不适用于其他种族或地区人群,且孟德尔随机化分析依赖于遗传工具变量的假设 | 评估原发性肿瘤与继发性原发性恶性肿瘤之间的因果关系,以优化癌症幸存者的精准随访策略 | 涵盖八大人类器官系统的癌症类型,包括胃癌、食管癌、直肠癌等 | 遗传流行病学 | 多种癌症 | 孟德尔随机化分析,单细胞测序 | 孟德尔随机化模型 | 遗传数据,流行病学数据 | 两个大型欧洲前瞻性队列:UK Biobank(31种癌症类型)和FinnGen(28种癌症类型) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 549 | 2026-03-28 |
Preterm birth skews the developmental trajectory of myeloid-derived suppressor cells in the first 48 hours of life: single-cell transcriptomics and inferred intercellular communication
2026-Mar-27, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-026-01459-8
PMID:41888646
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 550 | 2026-03-28 |
Scalable cell-specific coexpression networks for granular regulatory pattern discovery with NeighbourNet
2026-Mar-26, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281171.125
PMID:41786602
|
研究论文 | 本文提出了一种名为NeighbourNet (NNet)的新方法,用于从单细胞RNA测序数据构建细胞特异性共表达网络,以发现精细的调控模式 | NNet方法不依赖预定义的细胞簇或状态,而是通过主成分分析和K近邻局部回归为每个细胞构建特异性共表达网络,从而捕捉细胞间动态、细微的调控变异 | 方法性能可能受单细胞RNA测序数据固有噪声和稀疏性的影响,且K近邻回归在小样本情况下存在挑战 | 开发一种可扩展的计算方法,用于从单细胞分辨率数据中推断基因调控网络,以更精细地理解基因表达调控机制 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达谱 | 生物信息学,单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 主成分分析 (PCA), K近邻回归 (KNN regression) | 基因表达数据 (单细胞RNA测序数据) | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 551 | 2026-03-28 |
Identifying prognosis-associated spatial patterns by integrating bulk RNA-seq and spatial transcriptomic data
2026-Mar-26, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3677899
PMID:41886327
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研究论文 | 本研究提出了一种名为stSurvTrans的深度迁移学习框架,用于识别与预后相关的空间模式,通过整合bulk RNA-seq和空间转录组数据 | 利用条件变分自编码器(CVAE)整合bulk RNA-seq和空间转录组数据,并采用Weibull模块将临床生存信息从bulk样本迁移到空间数据中 | NA | 将空间特征与生存信息关联起来,以识别与预后相关的空间模式 | 肝细胞癌(HCC)的空间转录组数据 | 空间转录组学 | 肝细胞癌 | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | 条件变分自编码器(CVAE), Weibull模块 | bulk RNA-seq数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 552 | 2026-03-28 |
Smad7 Downregulation Promotes Ferroptosis in Pulmonary Arterial Hypertension via the TGF-β1-Smad2/3 Pathway
2026-Mar-26, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002832
PMID:41886369
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研究论文 | 本研究探讨了Smad7下调通过TGF-β1-Smad2/3通路促进肺动脉高压中铁死亡的作用机制 | 整合单细胞转录组测序、蛋白质组学和孟德尔随机化分析,首次揭示SMAD7作为PAH中铁死亡的负调控因子 | 研究主要基于动物模型和体外细胞实验,人体样本验证不足 | 探究铁死亡在肺动脉高压中的致病机制及其对肺血管细胞景观的影响 | 肺动脉内皮细胞、单细胞转录组数据、蛋白质组数据、MCT诱导的PAH大鼠模型、缺氧诱导的PAEC模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序、蛋白质组学、孟德尔随机化分析 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 | MCT诱导的PAH大鼠模型和缺氧诱导的PAEC模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 553 | 2026-03-28 |
Spatial transcriptomics in the human adult ovary: insights into key signalling pathways during follicular atresia
2026-Mar-26, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deag051
PMID:41886635
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,探究了人类成年卵巢中卵泡闭锁过程中的关键信号通路(WNT、TGFβ/BMP、NOTCH、HH)的变化 | 首次在人类成年卵巢中应用空间转录组学技术,系统性地研究了卵泡闭锁过程中关键信号通路的时空表达变化 | 研究使用的卵巢组织来自跨性别男性捐赠者,无法排除睾酮治疗对卵泡动态的影响 | 探究人类成年卵巢卵泡闭锁过程中关键信号通路(WNT、TGFβ/BMP、NOTCH、HH)的参与情况 | 人类成年卵巢组织中的健康及处于不同闭锁阶段的小窦状卵泡(直径0.5-4 mm) | 空间转录组学 | 卵巢相关疾病/生殖衰老 | 空间转录组学,单分子荧光原位杂交,苏木精-伊红染色 | NA | 空间转录组数据,组织切片图像 | 6名捐赠者的卵巢组织,共16个区域,包含21个小窦状卵泡 | Resolve BioSciences | 空间转录组学 | Molecular Cartography平台 | Resolve BioSciences Molecular Cartography平台,基于冷冻切片的单分子荧光原位杂交多重检测 |
| 554 | 2026-03-28 |
Enhancing Proteasome Activity in T Cells Alleviates Exhaustion and Improves Antitumor Immunity
2026-Mar-26, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-1246
PMID:41886620
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研究论文 | 本研究通过增强T细胞中的蛋白酶体活性,延缓了T细胞耗竭,改善了其功能,并转化为更强的抗肿瘤免疫和肿瘤控制 | 首次提出并验证了蛋白酶体活性是T细胞耗竭的关键调节因素,并证明通过药理学和遗传学方法增强蛋白酶体活性可以改善T细胞功能和抗肿瘤免疫 | 研究主要在体外模型和单细胞转录组学分析中进行,体内验证和临床转化效果需要进一步研究 | 探究T细胞耗竭的机制并寻找改善抗肿瘤免疫的新策略 | 耗竭T细胞 (TEX) 和非耗竭T细胞 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞转录组学分析 | NA | 转录组数据 | 涵盖16种肿瘤类型的单细胞转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 555 | 2026-03-28 |
Defective HNF1A hinders GLI3 processing favoring duodenal versus pancreatic fate, thus leading to intestinal elongation in vivo
2026-Mar-26, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.353153.125
PMID:41887801
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研究论文 | 本文通过整合转录组学、显微镜技术、生理学和遗传细胞追踪方法,揭示了HNF1A与Hedgehog信号通路之间的自调控环路在调控后前肠细胞命运决定中的关键作用 | 发现HNF1A缺陷通过干扰GLI3加工,导致前肠细胞命运向十二指肠而非胰腺方向偏移,并鉴定出相关选择基因网络的失调 | 未明确提及研究的具体局限性,如样本量或模型系统的潜在偏差 | 探究后前肠中Hedgehog信号调控细胞谱系分离的分子机制 | 人诱导多能干细胞分化模型和小鼠转基因模型 | 发育生物学 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 显微镜技术, 生理学实验, 遗传细胞追踪 | NA | 转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 556 | 2026-03-28 |
High-fidelity bidirectional translation between single-cell transcriptomes and DNA methylomes with scBOND
2026-Mar-26, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.281350.125
PMID:41887797
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scBOND的双向跨模态翻译框架,用于在单细胞转录组和DNA甲基化组之间进行高保真转换 | scBOND通过混合专家模块捕获上下文依赖的调控模式,并利用自注意力机制和特征重校准模块增强生物信号保真度,解决了现有方法的单向性、上下文建模不足、评估忽视生物相关性及配对数据稀缺时性能差的问题 | NA | 开发一种计算框架,以克服单细胞多组学测序技术因技术挑战和高成本带来的应用限制,实现单细胞RNA测序与DNA甲基化数据之间的双向高精度转换 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞DNA甲基化(scDNAm)数据 | 机器学习 | NA | 单细胞多组学测序 | 混合专家模型、自注意力机制 | 单细胞转录组数据、DNA甲基化数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞DNA甲基化 | NA | NA |
| 557 | 2026-03-28 |
Integrated single-cell transcriptomic atlas of human gastric and colorectal tissues across diverse phenotypes
2026-Mar-26, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-026-07108-3
PMID:41888163
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研究论文 | 本研究构建了一个全面的人类胃和结直肠组织单细胞转录组图谱,涵盖多种表型 | 提供了迄今为止最大规模的人类胃和结直肠组织单细胞转录组数据集,整合了超过100万个细胞和多种细胞类型,并进行了严格的数据验证和标准化注释 | 研究未提及具体的实验验证或功能机制探索,主要侧重于数据集的构建和描述 | 探索胃肠道癌症(特别是胃癌和结直肠癌)的肿瘤微环境复杂细胞景观,以促进单细胞分辨率下的元分析 | 人类胃组织和结直肠组织样本,涵盖多种表型 | 数字病理学 | 胃癌, 结直肠癌 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 229个胃组织样本(574,532个细胞)和220个结直肠组织样本(479,629个细胞) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 558 | 2026-03-28 |
Microbiota-Driven microglia reprogramming reverses depressive-like behaviors through Peripheral-to-Central immune crosstalk
2026-Mar-26, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-026-03545-z
PMID:41888425
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研究论文 | 本研究通过肠道微生物干预逆转慢性不可预测轻度应激诱导的抑郁样行为,揭示了微生物群驱动的微胶质细胞重编程通过外周-中枢免疫轴调控抑郁表型 | 首次构建了中枢与外周免疫细胞单细胞图谱,发现稳态微胶质细胞2亚型通过激活轨迹调控微胶质状态,并鉴定Klf2作为单核细胞和HM2微胶质亚型的主调控因子 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床转化需进一步验证;微生物干预的具体机制尚未完全阐明 | 探究肠道微生物干预如何通过免疫轴调控改善抑郁样行为 | 小鼠脑组织、颅骨和外周血单核细胞中的微胶质细胞及非微胶质免疫细胞 | 神经免疫学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序、染色质开放性测序、CD45免疫细胞分选 | NA | 单细胞转录组数据、表观基因组数据 | 未明确样本数量,使用慢性不可预测轻度应激小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 559 | 2026-03-28 |
Spatial and single-cell transcriptomics reveals senescence-associated changes in MIA-induced ASD male mouse brain
2026-Mar-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117191
PMID:41886454
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研究论文 | 本研究通过空间转录组和单核RNA测序分析,揭示了母体免疫激活诱导的自闭症谱系障碍小鼠大脑中衰老相关的变化机制 | 首次结合空间转录组和单核RNA测序技术,系统性地识别了MIA诱导的ASD大脑中衰老相关基因通路和细胞类型特异性调控机制 | 研究仅基于雄性小鼠模型,未涵盖雌性个体;机制验证主要在动物模型中进行,人类临床转化需进一步探索 | 探索母体免疫激活诱导的自闭症谱系障碍的神经生物学特征和调控机制 | MIA诱导的ASD雄性小鼠大脑组织 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | 空间转录组测序, 单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 560 | 2026-03-28 |
CAR-M2 immunotherapy resolves renal fibrosis via revascularization and apoptosis of profibrotic Cxcr2+ endothelial cells
2026-Mar-25, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102698
PMID:41887221
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研究论文 | 本文探讨了CAR-M2免疫疗法通过靶向FAP并分泌IL-4,在肾纤维化中促进血管再生并诱导Cxcr2+内皮细胞凋亡,从而缓解肾纤维化的机制 | 创新点包括开发了CAR-M2免疫疗法,首次揭示了Cxcr2+内皮细胞亚群在肾纤维化中的作用,并阐明了CAR-M2通过MMP2激活Rxra通路诱导线粒体自噬和凋亡的新机制 | NA | 研究目标是开发针对肾纤维化微环境的免疫治疗策略,以缓解慢性肾病导致的肾纤维化 | 研究对象包括肾纤维化微环境中的基质细胞、内皮细胞(特别是Cxcr2+亚群)以及CAR-M2巨噬细胞 | 数字病理学 | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |