单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2025-04-25	Understanding the development of enzalutamide resistance based on a functional single-cell approach 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619319 PMID:39484437	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药的机制	发现了一小部分低表达或无表达雄激素受体（AR）的细胞亚群，这些细胞表现出对恩杂鲁胺的耐药性，并揭示了其潜在的转录响应和治疗脆弱性	研究主要基于LNCaP细胞系，可能无法完全反映临床前列腺癌的复杂性	探究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药的分子机制	LNCaP前列腺癌细胞系	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	LNCaP细胞系中的单细胞亚群
542	2025-04-25	Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.19.558457 PMID:37786690	研究论文	研究发现人类癌症中桥粒基因频繁发生遗传变异，尤其在皮肤黑色素瘤中突变率超过70%，并探讨这些突变如何通过微环境影响黑色素瘤细胞增殖	首次揭示桥粒基因突变通过改变肿瘤微环境中的角质形成细胞，间接促进黑色素瘤细胞增殖的新机制	未明确桥粒基因突变导致角质形成细胞功能改变的具体分子通路	探究桥粒基因突变在黑色素瘤发生发展中的作用及其微环境调控机制	人类皮肤黑色素瘤组织样本及角质形成细胞与黑色素瘤细胞共培养体系	肿瘤生物学	黑色素瘤	空间转录组学、蛋白质免疫荧光、基因敲除、细胞共培养	NA	基因表达数据、蛋白质定位数据、细胞增殖数据	未明确样本量（人类黑色素瘤活检组织及体外培养细胞）
543	2025-04-25	Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2024-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608866 PMID:39229219	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制	发现了鸡肺特有的KRT14表达的新型肺泡细胞类型（命名为管腔细胞），并揭示了其与肺泡2型细胞和1型细胞在空间上的同心分布模式	研究仅聚焦于鸡肺发育过程，未与其他鸟类物种进行直接比较	探索鸟类肺脏单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向气流的差异	鸡肺发育过程中的形态发生、分子特征和细胞类型	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
544	2025-04-25	SUB1 promotes colorectal cancer metastasis by activating NF-κB signaling via UBR5-mediated ubiquitination of UBXN1 2024-06, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2429-5 PMID:38240906	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，发现转录共激活因子SUB1与结直肠癌（CRC）转移相关，并揭示了SUB1通过激活NF-κB信号通路促进CRC转移的机制	首次发现SUB1通过调控UBR5介导的UBXN1泛素化降解，激活NF-κB信号通路，从而促进CRC转移	研究未涉及SUB1在其他癌症类型中的作用，且体内外实验的转化效果需进一步验证	探究SUB1在结直肠癌转移中的作用及其分子机制	结直肠癌细胞及转移过程	癌症生物学	结直肠癌	单细胞RNA-seq (scRNA-seq), 批量RNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
545	2025-04-25	scRNA-seq reveals transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages 2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596468 PMID:38853846	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫的转录动态	首次在单细胞水平上揭示了宿主和寄生虫在感染过程中的转录变化，提供了寄生虫发育的蓝图	研究仅关注了人类巨噬细胞的反应，未涉及其他可能的宿主细胞类型或体内环境	探究微孢子虫感染过程中宿主和寄生虫的转录变化	Encephalitozoon intestinalis寄生虫和人类巨噬细胞	基因组学	机会性感染疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了单细胞RNA测序技术
546	2025-04-25	Targeting SCD triggers lipotoxicity of cancer cells and enhances anti-tumor immunity in breast cancer brain metastasis mouse models 2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.06.592766 PMID:38766019	研究论文	研究通过抑制SCD酶来触发乳腺癌脑转移细胞的脂毒性并增强抗肿瘤免疫	首次发现SCD抑制可重塑乳腺癌细胞的脂质组，并通过增强抗原提呈和改变肿瘤微环境中的免疫细胞组成来增强抗肿瘤免疫	研究仅在体外和小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索SCD抑制作为治疗乳腺癌脑转移的新策略	乳腺癌细胞和乳腺癌脑转移小鼠模型	癌症研究	乳腺癌脑转移	脂质组学、qPCR、Western blot、单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但使用了体外培养的乳腺癌细胞和BCBM小鼠模型
547	2025-04-25	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591541 PMID:38746119	research paper	利用单细胞测序技术研究CAR信号传导，揭示影响体内持久性的驱动因素	通过单细胞测序系统地研究了不同细胞内信号域（ICD）结构如何指导T细胞功能，并识别出与持久性和疗效相关的独特信号特征	研究结果仅适用于液体肿瘤，不适用于实体瘤	解码CAR信号传导的设计原则，优化下一代ICD结构的功能	表达嵌合抗原受体（CARs）的工程化T细胞	单细胞测序	液体肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
548	2025-04-25	IL-12/IL23 blockade reveals patterns of asynchronous inflammation in pyoderma gangrenosum 2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.591387 PMID:38746177	research paper	本研究探讨了IL-12/IL-23阻断在坏疽性脓皮病(PG)中的免疫调节作用及其对炎症模式的影响	首次描述了PG病变皮肤中B细胞的主要浸润和三级淋巴结构的形成，并揭示了IL-12/IL-23阻断对不同炎症通路的异质性影响	研究样本量较小(仅2名患者)，且未阐明B细胞在PG耐药性中的具体作用机制	阐明PG的免疫失调机制及IL-12/IL-23阻断对病变皮肤的影响	坏疽性脓皮病患者的病变皮肤组织	免疫学	坏疽性脓皮病	空间转录组学，比较计算分析	NA	转录组数据	2名患者的病变皮肤活检样本(治疗前后)
549	2025-04-25	Multi-organ single-cell RNA sequencing in mice reveals early hyperglycemia responses that converge on fibroblast dysregulation 2024-02-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202302003R PMID:38305779	研究论文	通过小鼠多器官单细胞RNA测序研究高血糖早期反应，揭示成纤维细胞失调的共性机制	首次在单细胞分辨率下进行多器官分析，揭示1型糖尿病早期高血糖引起的跨器官成纤维细胞保守性失调模式	研究仅使用雄性小鼠模型且观察时间限于8周，未涵盖性别差异和疾病晚期阶段	解析高血糖驱动的糖尿病并发症早期分子机制	链脲佐菌素诱导的1型糖尿病雄性小鼠模型的心脏、肾脏、肝脏和脾脏细胞	单细胞组学	糖尿病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	67,611个细胞（来自糖尿病和对照组小鼠的四个器官）
550	2025-04-25	Single cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation 2023-Dec-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3656139/v1 PMID:38106071	research paper	该研究通过单细胞空间转录组学技术，探究了Trem2R47H突变对阿尔茨海默病风险基因在非神经元和神经元细胞中引起的转录失调模式	首次在单细胞水平上揭示了Trem2R47H突变独立于淀粉样蛋白病理引起的神经元转录变化，并发现了该突变对BDNF信号通路的特异性影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Trem2R47H突变对阿尔茨海默病相关细胞类型特异性转录调控的影响	小鼠脑组织切片（野生型、Trem2R47H突变型、5xFAD模型及双突变模型）	digital pathology	geriatric disease	MERFISH空间转录组学	NA	空间转录组数据	15个小鼠脑切片样本
551	2025-04-25	The Histone Methyltransferase SETDB2 Modulates Tissue Inhibitors of Metalloproteinase-Matrix Metalloproteinase Activity During Abdominal Aortic Aneurysm Development 2023-09-01, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000005963 PMID:37325923	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶SETDB2在腹主动脉瘤(AAA)发展过程中对金属蛋白酶组织抑制剂-基质金属蛋白酶活性的调控作用	首次揭示了SETDB2通过调控TIMP1-3基因启动子上的组蛋白H3K9三甲基化标记来影响AAA发展的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明巨噬细胞特异性表观遗传酶在AAA发展中的作用机制	人类主动脉组织样本和髓系特异性SETDB2缺陷小鼠模型	表观遗传学	心血管疾病	单细胞RNA测序	髓系特异性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类AAA组织样本和小鼠模型
552	2025-04-25	Macrophage-mediated PDGF Activation Correlates With Regenerative Outcomes Following Musculoskeletal Trauma 2023-08-01, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000005704 PMID:36111847	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了与肌肉骨骼损伤后再生或纤维化愈合相关的巨噬细胞亚群和基因特征	发现了两种纤维化样和三种再生样巨噬细胞亚群，并揭示了这些亚群在转录水平上的差异，以及它们在损伤后微环境调控中的作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	识别与肌肉骨骼损伤后不同愈合结果相关的巨噬细胞亚群和分子机制	小鼠肌肉骨骼损伤模型中的巨噬细胞亚群	生物医学	肌肉骨骼损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Harmony, MacSpectrum, Seurat	NA	基因表达数据	多种肌肉骨骼损伤小鼠模型(包括再生性和纤维化模型)
553	2025-04-24	Construction and validation of renal cell carcinoma tumor cell differentiation-related prognostic classification (RCC-TCDC): an integrated bioinformatic analysis and clinical study 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2490830 PMID:40248945	研究论文	该研究构建并验证了一个基于肾细胞癌肿瘤细胞分化相关预后基因的分子分类系统RCC-TCDC	首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，开发了基于肿瘤细胞分化特征的肾细胞癌预后分类系统	研究样本量有限，需要更大规模的外部验证	开发基于肿瘤细胞分化特征的肾细胞癌分子分类系统以实现精准风险分层和个体化治疗	肾细胞癌患者	生物信息学	肾细胞癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 免疫组化染色	Lasso回归, 多变量预后模型	基因表达数据	TCGA-KIRC队列和新华队列370例肾肿瘤患者
554	2025-04-24	Mitigating ambient RNA and doublets effects on single cell transcriptomics analysis in cancer research 2025-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217693 PMID:40185305	research paper	该论文探讨了在癌症研究中单细胞转录组学分析中环境RNA和双联体效应的问题，并提出了几种计算方法来缓解这些问题	提出使用计算方法如SoupX、DecontX和CellBender来评估和消除环境RNA污染，其中CellBender采用深度学习技术同时处理环境RNA污染和背景噪声	未提及具体方法的比较或在实际应用中的局限性	旨在提高单细胞转录组学数据的质量，以更准确地描述肿瘤微环境	单细胞转录组学数据	digital pathology	cancer	scRNA-seq	deep learning	gene expression profiles	NA
555	2025-04-24	Apigenin inhibits recurrent bladder cancer progression by targeting VEGF-β 2025-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217676 PMID:40185304	研究论文	研究芹菜素通过靶向VEGF-β抑制复发性膀胱癌的进展	首次发现芹菜素通过靶向VEGF-β抑制膀胱癌进展，并揭示了VEGF-β在复发性膀胱癌中的上调及其与肿瘤恶性程度的相关性	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探讨芹菜素抑制复发性膀胱癌进展的分子机制	复发性膀胱癌	癌症研究	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接、体外实验	NA	基因表达数据、体外实验数据	NA
556	2025-04-24	Single-cell transcriptomic analysis identifies tissue-specific fibroblasts as the main modulators of myeloid cells in peritoneal metastasis of different origin 2025-Jun-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217678 PMID:40154914	研究论文	通过单细胞转录组分析，识别了不同来源腹膜转移中组织特异性成纤维细胞作为髓系细胞的主要调节者	发现了一种新型成纤维细胞亚群，仅在CRC腹膜转移和正常腹膜中检测到，并展示了其免疫调节特性	研究样本可能不足以代表所有腹膜转移情况，且体外共培养实验可能无法完全模拟体内微环境	探究CRC腹膜转移微环境中不同细胞类型间的相互作用	CRC腹膜转移患者和CRC患者的肿瘤及远处正常组织	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	CRC腹膜转移患者和CRC患者的肿瘤及远处正常组织样本
557	2025-04-24	Exploring OLR1-mediated inflammatory mechanisms in the hematoma microenvironment of acute intracerebral hemorrhage 2025-May-07, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.03.035 PMID:40113072	研究论文	本研究探讨了氧化低密度脂蛋白受体1（OLR1）在急性脑出血血肿微环境中的作用及其对免疫反应和疾病进展的影响	首次全面分析了OLR1在脑出血血肿微环境中的表达及其与单核细胞和巨噬细胞活性的相关性，提出了OLR1作为生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析和实验室验证，缺乏临床干预实验验证治疗效果	探索OLR1在脑出血病理机制中的作用，为开发新的治疗策略提供依据	脑出血患者的血肿微环境、外周血和脑组织样本	生物信息学	脑出血	生物信息学分析、scRNA-seq、qRT-PCR	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集，包括外周血、脑组织和血肿样本
558	2025-04-24	Using Single-Cell RNA sequencing with Drosophila, Zebrafish, and mouse models for studying Alzheimer's and Parkinson's disease 2025-May-07, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.03.042 PMID:40154937	综述	本文综述了利用果蝇、斑马鱼和小鼠模型以及单细胞RNA测序技术研究阿尔茨海默病和帕金森病的优势和局限性	重点讨论了单细胞RNA测序技术如何通过提供疾病细胞和转录组特征的新见解革新该领域	未提及具体实验数据或样本量的限制	推进阿尔茨海默病和帕金森病的研究，以加速成功治疗干预的开发	果蝇、斑马鱼和小鼠模型	数字病理学	阿尔茨海默病和帕金森病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
559	2025-04-24	Single-cell RNA sequencing and functional analysis reveal the role of altered glycosylation levels of hepatic macrophages in liver cirrhosis 2025-May, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-025-02218-y PMID:39888412	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和功能分析，揭示了肝巨噬细胞糖基化水平改变在肝硬化中的作用	首次在单细胞水平上分析了肝硬化中糖基化相关基因的变化及其功能通路富集特征，并揭示了巨噬细胞在免疫调控中的核心作用	研究样本量有限，且未进行体内功能验证实验	探究肝硬化中糖基化修饰对免疫细胞行为的影响	肝硬化患者和健康对照者的肝组织样本	digital pathology	liver cirrhosis	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	肝硬化患者和健康对照者的肝组织样本（具体数量未提及）
560	2025-04-24	Maternal COVID-19 infection associated with offspring neurodevelopmental disorders 2025-May, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-024-02822-z PMID:39521839	research paper	该研究探讨了孕期母体COVID-19感染与后代神经发育障碍（NDDs）风险增加之间的关联及其潜在机制	揭示了COVID-19感染通过改变母体和胎儿免疫环境平衡，影响星形胶质细胞、内皮细胞和兴奋性神经元，从而增加后代NDDs风险的机制，并建立了基于47个独特基因的风险评分模型	潜在机制尚未完全阐明，且研究样本量未明确说明	探究孕期母体COVID-19感染与后代神经发育障碍的因果关系及分子机制	孕期感染COVID-19的母亲及其后代	医学研究	COVID-19, 神经发育障碍	单细胞转录组测序, 基于汇总数据的孟德尔随机化分析, 全表型关联研究	风险评分模型	转录组数据	NA