单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2025-09-10	Rethinking large-scale phylogenomics with EukPhylo v.1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages 2025-Aug-27, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01770-25 PMID:40862604	研究论文	介绍EukPhylo v.1.0工具包，用于真核生物谱系发育基因组学数据管理和分析	提供模块化、用户友好的流程，通过系统发育信息指导的污染去除和同源基因家族估计，提升真核生物系统树重建的准确性和可重复性	未明确说明工具在处理特定复杂微生物群落数据时的局限性或计算资源需求	解决微生物真核生物（特别是不可培养谱系）在 phylogenomic 分析中的数据污染和可重复性挑战	真核生物、细菌和古菌的多样化谱系，包括1000个物种	生物信息学	NA	单细胞测序、同源基因家族分析、系统发育树构建	NA	基因组序列数据、基因家族数据	1000个物种（包括真核生物、细菌和古菌），基于约15,000个古老基因家族
542	2025-09-10	Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-cell/nuclei RNA Sequencing Data 2025-Aug-26, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf077 PMID:40857558	研究论文	本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确度和准确性，并提出了优化研究设计的实用指南	首次基于大规模数据（23个数据集，3,682,576个细胞）系统评估sc/snRNA-seq的定量性能，开发了VICE工具来评估数据质量和估计差异表达真阳性率	研究主要基于技术重复和样本匹配数据评估，可能无法完全反映真实生物样本的复杂性	提高单细胞RNA测序数据的可靠性和可重复性	单细胞和单核RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, RNA-seq	NA	基因表达数据	23个数据集，包含3,682,576个细胞，来自339个样本
543	2025-09-10	Robust and adaptive non-parametric tests for detecting general distributional shifts in gene expression 2025-Aug-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101147 PMID:40902592	研究论文	提出一种名为QRscore的非参数统计框架，用于检测基因表达中的分布偏移，包括均值偏移和方差偏移	扩展Mann-Whitney检验，通过负二项和零膨胀负二项分布推导模型信息权重，能同时检测均值和方差变化	NA	开发更强大的差异表达分析方法，检测基因表达中的各种分布变化	基因表达数据	生物信息学	NA	RNA-seq，单细胞RNA-seq	非参数统计框架	基因表达数据	GTEx项目的大量RNA-seq数据和AIDA项目的单细胞RNA-seq数据
544	2025-09-10	Large-scale single-cell profiling of stem cells identifies redundant regulators of shoot development and yield trait variation 2025-Aug-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.024 PMID:40865519	研究论文	通过大规模单细胞分析鉴定植物茎尖干细胞调控因子及其与产量性状的关联	首次在玉米和拟南芥中高效捕获CLAVATA3和WUSCHEL表达干细胞，并进行跨物种保守性分析和等位变异关联研究	NA	鉴定植物茎尖干细胞调控因子并解析其与产量性状的遗传关联	玉米和拟南芥的茎尖干细胞	单细胞生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	数千个CLAVATA3和WUSCHEL表达细胞（包含突变体和多种玉米种质）
545	2025-09-10	An engineered glioblastoma model yields macrophage-secreted drivers of invasion 2025-Aug-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181903 PMID:40857405	研究论文	通过工程化胶质母细胞瘤模型揭示巨噬细胞分泌的侵袭驱动因子	结合工程化3D水凝胶肿瘤微环境模型与多组学分析，首次鉴定出TGFBI作为巨噬细胞分泌的可靶向促癌因子	模型系统虽能模拟肿瘤微环境，但仍可能与体内真实情况存在差异	探究肿瘤相关巨噬细胞（TAM）在胶质母细胞瘤侵袭中的作用机制	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）和M2极化巨噬细胞	肿瘤微环境研究	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学、蛋白质组学、3D水凝胶工程模型	工程化3D肿瘤微环境模型	转录组数据、蛋白质组数据	胶质母细胞瘤患者单细胞数据（具体数量未明确说明）
546	2025-09-10	Subcellular spatial transcriptomics reveals immune-stromal crosstalk within the synovium of patients with juvenile idiopathic arthritis 2025-Aug-08, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.05.25332835 PMID:40894156	研究论文	通过亚细胞分辨率空间转录组学分析幼年特发性关节炎患者滑膜组织，揭示免疫与基质细胞的空间互作机制	开发新型空间共定位分析流程，首次在JIA滑膜中发现NOTCH信号介导的内皮-成纤维细胞互作、CXCL9-CXCR3信号轴及三级淋巴结构	研究聚焦活动期患者样本，未涵盖疾病不同阶段或治疗后的动态变化	解析幼年特发性关节炎滑膜组织的空间分子架构与细胞互作网络	活动期幼年特发性关节炎患者的滑膜组织样本	空间转录组学	幼年特发性关节炎	空间转录组学分析	空间共定位分析流程（新开发的计算方法）	空间转录组数据	活动期JIA患者滑膜组织（具体样本量未明确说明）
547	2025-09-10	Obesity hinders the efficacy of adipose-derived stem cells for knee osteoarthritis by reducing the proportion of DPP4+ stem cells 2025-Jul-24, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szaf004 PMID:40913785	研究论文	本研究探讨肥胖如何通过减少DPP4+干细胞比例削弱脂肪源性干细胞对膝骨关节炎的治疗效果	首次揭示肥胖通过特异性减少DPP4+干细胞亚群而影响干细胞疗效的机制	研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探究肥胖对脂肪源性干细胞治疗骨关节炎疗效的影响机制	野生型和ob/ob肥胖小鼠的脂肪源性干细胞	再生医学	骨关节炎	单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选(FACS)	NA	基因表达数据、行为学数据、组织学数据	野生型和ob/ob小鼠的脂肪源性干细胞样本
548	2025-09-10	Synovial tissue atlas in juvenile idiopathic arthritis reveals pathogenic niches associated with disease severity 2025-Jul-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6050 PMID:40601776	研究论文	通过单细胞RNA测序等技术构建幼年特发性关节炎滑膜组织图谱，揭示与疾病严重程度相关的致病微环境	首次结合单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学分析初治JIA患儿滑膜组织，识别出与关节炎严重程度相关的空间组织微环境和特定细胞群体	研究样本限于疾病早期未接受治疗的患儿，可能无法代表所有JIA亚型或疾病阶段	解析幼年特发性关节炎滑膜组织的细胞组成和空间结构，指导精准靶向治疗	初治幼年特发性关节炎患儿的滑膜组织活检样本、滑液及外周血	数字病理学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	未明确样本数量的初治JIA患儿滑膜组织活检
549	2025-09-10	Chikungunya virus persists in joint-associated macrophages and promotes chronic disease 2025-Jun-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6917990/v1 PMID:40678223	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，发现基孔肯雅病毒在关节相关巨噬细胞中持续存在并促进慢性疾病	首次证实关节相关巨噬细胞中存有复制性病毒RNA，并揭示CD4 T细胞在慢性关节炎症中的潜在作用	研究基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究甲病毒引起慢性关节疾病的机制	甲病毒感染小鼠的关节相关组织	病毒学与免疫学	病毒性关节炎	scRNA-seq, spatial transcriptomics, flow cytometry	NA	基因表达数据、细胞表型数据	甲病毒感染小鼠的关节组织样本
550	2025-09-10	Comparative single cell analysis of transcriptional bursting reveals the role of genome organization on de novo transcript origination 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591771 PMID:38746255	研究论文	通过比较单细胞转录爆发分析揭示基因组组织对新生转录本起源的作用	开发新统计方法识别跨物种细胞类型核心基因集，并首次揭示X染色体转录爆发动力学的进化保守性降低	仅针对三种近缘物种进行研究，时间跨度2500-3000万年	探究基因组组织对精子发生过程中转录爆发和新生基因起源的调控机制	三种近缘物种的精子发生过程细胞	单细胞基因组学	NA	scRNA-Seq, RNA FISH, 成像技术	统计模型	单细胞转录组数据	三种近缘物种的精子发生细胞
551	2025-09-10	NAD+ prevents chronic kidney disease by activating renal tubular metabolism 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181443 PMID:40059824	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示NAD+补充通过激活肾近端小管代谢（特别是脂肪酸氧化）延缓慢性肾脏病进展的机制	首次在Alport综合征模型中结合单核RNA测序和空间转录组学技术，发现NAD+补充对近端小管细胞的特异性保护作用并揭示性别差异	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	探究NAD+补充防治慢性肾脏病的分子机制及作用细胞类型	Alport综合征模型小鼠的肾组织及近端小管细胞	代谢组学	慢性肾脏病	RNA测序（bulk RNA-seq、单核RNA-seq）、空间转录组学、正交成像技术、生化检测	NA	转录组数据、空间基因表达数据、生化指标	Alport综合征模型小鼠（未注明具体数量，含两性样本）
552	2025-09-10	Metabolic stress and age drive inflammation and cognitive decline in mice and humans 2025-Mar, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.70060 PMID:40110679	研究论文	本研究探讨代谢应激和年龄如何通过炎症机制导致小鼠和人类认知功能下降	结合小鼠高脂饮食模型和人类尸检样本的空间转录组学与单细胞RNA测序，揭示了代谢应激诱导认知障碍的炎症机制，并发现SPP1基因作为潜在治疗靶点	研究主要基于动物模型和有限的人类尸检样本，可能需要更大样本量验证	阐明代谢应激因素（肥胖、代谢综合征、糖尿病）导致认知障碍的免疫炎症机制	高脂饮食喂养的小鼠模型以及阿尔茨海默病和2型糖尿病患者的死后脑组织	神经科学	阿尔茨海默病和2型糖尿病	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类尸检脑组织样本（具体数量未明确说明）
553	2025-09-10	mTOR signaling regulates multiple metabolic pathways in human lung fibroblasts after TGF-β and in pulmonary fibrosis 2025-Feb-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00189.2024 PMID:39745695	研究论文	本研究探讨mTOR和ATF4在TGF-β处理后的人肺成纤维细胞中调控多种代谢通路的机制及其在肺纤维化中的作用	首次全面揭示mTOR和ATF4不仅调控氨基酸稳态，还影响糖酵解和线粒体电子传递链等代谢途径，并通过单细胞RNA-seq数据验证其在患者肺中的病理相关性	研究主要基于体外细胞模型和公共数据集分析，缺乏直接体内功能验证	阐明mTOR信号通路在肺成纤维细胞代谢重编程中的作用机制	人肺成纤维细胞和特发性肺纤维化(IPF)患者肺组织	分子生物学	肺纤维化	RNA测序(RNA-seq)、代谢组学分析、单细胞RNA-seq数据分析	NA	转录组数据、代谢物数据、单细胞测序数据	人肺成纤维细胞系及公共IPF患者单细胞RNA-seq数据集
554	2025-09-10	Diethylhexyl phthalate induces immune dysregulation and is an environmental immune disruptor 2024-12-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136244 PMID:39442302	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯（DEHP）对小鼠免疫系统的抑制作用及其在脓毒症中的恶化效应	首次在单细胞分辨率层面系统阐述DEHP通过抑制炎症信号和热休克蛋白表达导致免疫失调的机制，并建立其与环境免疫干扰现象的关联	研究局限于小鼠模型，人类免疫系统的直接响应仍需进一步验证	探究DEHP对免疫系统的影响及其作为环境免疫干扰物的潜在危害	小鼠脾脏组织及外周血免疫细胞	免疫毒理学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），盲肠结扎穿刺（CLP）模型	NA	基因表达数据	小鼠脾脏组织样本（具体数量未明确说明）
555	2025-09-10	Pulmonary surfactant biogenesis blockage mediated polyhexamethylene guanidine disinfectant induced pulmonary fibrosis 2024-12-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136307 PMID:39488979	研究论文	本研究探讨了聚六亚甲基胍消毒剂通过阻断肺表面活性物质生物合成诱导肺纤维化的机制	首次揭示PHMG通过破坏自噬流导致肺表面活性物质生物合成阻断的具体分子机制	NA	阐明PHMG消毒剂吸入暴露诱导肺纤维化的毒理学机制	肺泡II型上皮细胞(AT2细胞)	毒理学	肺纤维化	scRNA-seq分析	NA	单细胞转录组数据	NA
556	2025-09-10	Lupus dermal fibroblasts are proinflammatory and exhibit a profibrotic phenotype in scarring skin disease 2024-Feb-15, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.173437 PMID:38358820	研究论文	本研究探讨了狼疮患者皮肤成纤维细胞的炎症反应和纤维化表型在瘢痕形成中的作用	揭示了SLE成纤维细胞对炎症的过度反应特性，并发现瘢痕与非瘢痕患者存在差异反应机制，TGF-β被鉴定为关键上游调节因子	样本量有限（22例患者和34例对照），仅针对皮肤组织进行分析	阐明皮肤红斑狼疮患者瘢痕形成的细胞机制和成纤维细胞的作用	系统性红斑狼疮（SLE）和皮肤红斑狼疮（CLE）患者的皮肤成纤维细胞	细胞生物学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、体外细胞因子刺激实验	NA	基因表达数据、细胞实验数据	22例SLE和CLE患者非皮损皮肤样本，34例健康对照样本
557	2025-09-10	Single cell RNA sequencing of AML initiating cells reveals RNA-based evolution during disease progression 2021-10, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-021-01338-7 PMID:34244611	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究急性髓系白血病（AML）起始细胞的RNA层面演化，揭示疾病进展中的转录组克隆进化现象	首次在AML起始细胞（LICs）中发现RNA克隆进化现象，突破以往仅关注DNA突变层面的研究局限	研究样本量有限，且部分发现仍需在更大队列中验证	探究AML疾病复发机制并寻找潜在治疗靶点	急性髓系白血病起始细胞（LICs）	单细胞组学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	匹配的诊断期和复发期患者样本（具体数量未明确说明）
558	2025-09-09	TCGAimmunosurv: An R package to identify genes associated with patient survival and immune cell state transitions using TCGA and single-cell RNA-seq data 2025-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108568 PMID:40623343	研究论文	开发了一个名为TCGAimmunosurv的R包，用于整合TCGA大块RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，识别与患者生存和免疫细胞状态转换相关的基因	开发了首个整合大块和单细胞RNA-seq数据的系统性计算框架，能够进行突变特异性免疫动态分析并连接两种数据分析方法	NA	识别与癌症进展相关的驱动基因，并研究突变特异性免疫动力学	癌症患者基因组数据和免疫细胞状态	生物信息学	癌症	RNA-seq，单细胞RNA-seq，假时间轨迹分析	NA	基因组测序数据，单细胞测序数据	基于TCGA数据库的泛癌种样本和用户提供的单细胞数据集
559	2025-09-09	Crustacean cardioactive peptide (CCAP) negatively regulates sand-diving behaviour in kuruma shrimp, Penaeus japonicus 2025 Oct-Dec, Comparative biochemistry and physiology. Part B, Biochemistry & molecular biology DOI:10.1016/j.cbpb.2025.111143 PMID:40812679	研究论文	研究甲壳动物心脏活性肽(CCAP)对日本对虾沙潜行为的负向调控作用	首次通过基因干扰和过表达实验证实CCAP对甲壳动物沙潜行为的负向调节作用	NA	探究CCAP基因表达与日本对虾沙潜行为的关系	日本对虾(Penaeus japonicus)	分子生物学	NA	RT-qPCR, 原位杂交, RNA干扰, 基因过表达	NA	基因表达数据, 行为观察数据	NA
560	2025-09-09	Reactive Oxygen Species-Responsive Hydrogel Microspheres Loaded with Epigallocatechin Gallate for Effective Osteoarthritis Therapy 2025-Sep-08, ACS biomaterials science & engineering IF:5.4Q2 DOI:10.1021/acsbiomaterials.5c00564 PMID:40813306	研究论文	开发了一种活性氧响应型水凝胶微球系统，用于靶向递送表没食子儿茶素没食子酸酯（EGCG）以治疗骨关节炎	首次将ROS响应型水凝胶微球与WYRGRL肽修饰相结合，实现软骨靶向递送，并通过单细胞转录组学和代谢组学揭示Tomm70上调及ER-线粒体-钙稳态恢复的作用机制	研究目前仅限于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	开发智能递送系统改善骨关节炎治疗	软骨细胞和骨关节炎小鼠模型	生物医学工程	骨关节炎	单细胞转录组学、代谢组学、肽修饰技术	NA	分子生物学数据、体内外实验数据	骨关节炎小鼠模型（具体数量未明确说明）