单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5561	2024-12-11	Doxorubicin resistance involves modulation of interferon signaling, transcriptional bursting, and gene co-expression patterns of U-ISGF3-related genes 2024-12, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101071 PMID:39405604	研究论文	研究了多柔比星（DOX）在人结肠癌细胞中诱导的转录组变化，揭示了与U-ISGF3相关基因的表达变化及其在化疗耐药中的潜在作用	首次揭示了U-ISGF3相关基因在多柔比星耐药中的作用，并发现HSH2D作为不良预后标志物在耐药细胞中的高表达	研究仅限于人结肠癌细胞，未探讨其他癌症类型中的适用性	探讨多柔比星诱导的化疗耐药机制及其潜在治疗靶点	人结肠癌细胞在亚毒性多柔比星处理后的转录组变化	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序	数学模型	转录组数据	人结肠癌细胞
5562	2024-12-11	Systematic analysis of human colorectal cancer scRNA-seq revealed limited pro-tumoral IL-17 production potential in gamma delta T cells 2024-12, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101072 PMID:39454432	研究论文	本研究重新分析了九个已发表的人类结直肠癌全组织单细胞RNA测序数据集，揭示了γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中产生促肿瘤IL-17的潜力有限	首次系统分析了人类结直肠癌中单细胞RNA测序数据，发现γδ T细胞在肿瘤微环境中主要表现为细胞毒性效应细胞，而非IL-17产生细胞	研究仅基于已发表的数据集，未进行新的实验验证	探讨γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中产生促肿瘤IL-17的作用	γδ T细胞在结直肠癌肿瘤微环境中的功能	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	165名结直肠癌患者的肿瘤和邻近正常组织中的951,785个细胞，其中18,483个为γδ T细胞
5563	2024-12-11	Neutrophils with low production of reactive oxygen species are activated during immune priming and promote development of arthritis 2024-Dec, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2024.103401 PMID:39471640	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了骨髓来源的中性粒细胞在II型胶原诱导的关节炎模型中的表型特征，揭示了ROS在免疫启动中的保护作用及其对关节炎发展的影响	首次系统性地揭示了ROS调控下中性粒细胞的功能和炎症表型特征，并发现了Ncf1缺陷中性粒细胞的代谢重编程与关节炎发展的关联	研究主要基于小鼠模型，结果的外推性和临床应用尚需进一步验证	探讨中性粒细胞在类风湿性关节炎发展中的作用及其分子机制	骨髓来源的中性粒细胞在II型胶原诱导的关节炎模型中的表型特征	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞测序技术	NA	基因表达数据	包括免疫启动和加强的小鼠模型中的中性粒细胞样本
5564	2024-12-11	Elucidating tobacco smoke-induced craniofacial deformities: Biomarker and MAPK signaling dysregulation unraveled by cross-species multi-omics analysis 2024-Dec, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.117343 PMID:39549573	研究论文	本研究使用斑马鱼幼体模型，通过多组学分析揭示了烟草烟雾引起的颅面畸形与MAPK信号通路失调之间的关系	首次通过跨物种多组学分析揭示了烟草烟雾引起的颅面畸形相关的新型生物标志物和MAPK信号通路的失调	研究主要基于斑马鱼模型和人类胚胎腭间充质细胞，可能需要进一步的人体临床研究验证	揭示烟草烟雾引起的颅面畸形的发生机制，并寻找相关的生物标志物和信号通路	斑马鱼幼体和人类胚胎腭间充质细胞	NA	NA	多组学分析（mRNA-miRNA分析、单细胞转录组学、定量实时PCR）	NA	基因、蛋白质、代谢物	斑马鱼幼体和人类胚胎腭间充质细胞
5565	2024-12-11	Fate (or state) of CA2 neurons in a mineralocorticoid receptor knockout 2024-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.29.626110 PMID:39651204	研究论文	研究了矿皮质激素受体（MR）条件性敲除对海马CA2区神经元命运（或状态）的影响	首次通过空间转录组学方法揭示了MR缺失导致CA2神经元获得类似CA1的分子表型	研究仅限于小鼠模型，未探讨MR敲除对人类CA2神经元的影响	探讨MR条件性敲除对CA2神经元命运或状态的影响	海马CA2区神经元及其在MR敲除后的变化	神经科学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
5566	2024-12-11	Single cell RNA-sequencing reveals no evidence for meiotic sex chromosome inactivation in the threespine stickleback fish 2024-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.26.625488 PMID:39651240	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了三刺鱼中减数分裂性染色体失活（MSCI）现象的存在与否	首次在三刺鱼中发现MSCI现象不存在，并揭示了Y染色体基因在精子发生多个阶段的表达模式与哺乳动物不同	研究仅限于三刺鱼，未涉及其他鱼类物种	探讨三刺鱼中减数分裂性染色体失活现象的存在与否	三刺鱼的X和Y染色体在减数分裂中的基因表达模式	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5567	2024-12-11	PIEZO1 overexpression in hereditary hemorrhagic telangiectasia arteriovenous malformations 2024-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625696 PMID:39651206	研究论文	本文研究了PIEZO1在遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT）动静脉畸形（AVM）中的过度表达及其作用	首次揭示了PIEZO1在HHT2中的过度表达及其信号传导对AVM形成的关键作用，并提出了通过阻断PIEZO1来预防AVM的潜在治疗方法	研究主要基于小鼠模型和人类病变样本，尚未在临床试验中验证PIEZO1阻断疗法的有效性	探讨ALK1突变相关的血管疾病机制，并寻找预防AVM形成的新疗法	遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT）患者及其动静脉畸形（AVM）	NA	遗传性出血性毛细血管扩张症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠视网膜的单细胞RNA测序数据及人类HHT病变样本
5568	2024-12-11	Childhood-onset lupus nephritis is characterized by complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells 2024-Nov-27, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adl1666 PMID:39602512	研究论文	本文利用空间转录组技术生成儿童期狼疮性肾炎（cLN）患者肾脏组织的空间分辨单细胞图谱，揭示了肾脏间质与浸润免疫细胞之间的复杂相互作用	首次通过空间转录组技术解析了cLN患者肾脏组织中免疫细胞的空间分布及其与肾脏间质细胞的相互作用	组织学评分与单个肾小球细胞转录组特征之间的相关性较低	研究儿童期狼疮性肾炎中肾脏间质与浸润免疫细胞之间的相互作用	儿童期狼疮性肾炎患者的肾脏组织	NA	自身免疫性疾病	空间转录组	NA	单细胞转录组数据	8名cLN患者和4名对照个体
5569	2024-12-11	OrthologAL: A Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2024-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.25.625000 PMID:39651293	研究论文	本文介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据进行质量控制的人类同源转换	OrthologAL利用BioMart数据库访问Ensembl的不同基因集，无需用户生成代码即可实现服务器间的交互，并能高效转换单细胞、单核和空间转录组数据	NA	开发一个工具，将非人类临床前研究中的基因表达数据转换为人类同源数据，以便利用现有的人类注释数据库进行功能性小分子预测	单细胞、单核和空间转录组数据，来自常见临床前模型，如髓母细胞瘤的患者来源同种异体移植模型以及小鼠和大鼠的脊髓损伤模型	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组学	NA	基因表达数据	包括髓母细胞瘤的患者来源同种异体移植模型以及小鼠和大鼠的脊髓损伤模型
5570	2024-12-11	Key Regulatory Elements of the TGFβ-LRRC15 Axis Predict Disease Progression and Immunotherapy Resistance Across Cancer Types 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.22.624939 PMID:39651139	研究论文	本文研究了TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，揭示其在不同癌症类型中预测疾病进展和免疫治疗抵抗的潜力	本文通过结合功能性化合物筛选和单细胞RNA测序，揭示了调控TGFβ增加LRRC15表达的关键基因特征，并验证了这些基因在预测免疫治疗反应中的潜力	本文主要基于细胞模型进行验证，尚未在临床试验中验证其效果	揭示TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，并探索其在个性化免疫治疗中的应用	TGFβ-LRRC15轴的关键调控基因及其在癌症进展和免疫治疗抵抗中的作用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	基因调控网络	基因表达数据	细胞模型
5571	2024-12-11	An estrogen receptor signaling transcriptional program linked to immune evasion in human hormone receptor-positive breast cancer 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.23.619172 PMID:39651157	研究论文	本文研究了雌激素受体信号传导程序与激素受体阳性乳腺癌中免疫逃避的关系	首次定义并研究了与雌激素受体信号传导（ERS）和免疫信号相关的基因模块，揭示了ERS与T细胞浸润减少的潜在机制	研究主要基于批量和单细胞转录组数据，缺乏功能验证实验	探讨雌激素受体信号传导在激素受体阳性乳腺癌中免疫逃避的机制	激素受体阳性乳腺癌组织和细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序，多重免疫荧光	NA	转录组数据，免疫荧光图像	来自多个临床来源的乳腺癌组织和人类细胞系
5572	2024-12-11	Phospholipid Scramblase 1 (PLSCR1) Regulates Interferon-Lambda Receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ Signaling in Influenza A Virus (IAV) Infection 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624469 PMID:39605457	研究论文	研究PLSCR1在流感病毒感染中通过调节IFN-λ信号通路的作用	首次揭示了PLSCR1通过调节IFN-λ受体1（Ifn-λr1）表达和下游ISGs的表达来保护宿主免受流感病毒感染，并通过蛋白-蛋白相互作用调节IFN-λ信号通路	仅在有限的小鼠模型中进行了研究，尚未完全探索PLSCR1在不同组织水平上的作用机制	探讨PLSCR1在流感病毒感染中的抗病毒机制及其对IFN-λ信号通路的调节作用	PLSCR1在流感病毒感染中的作用及其对IFN-λ信号通路的调节	NA	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型，包括Plscr1敲除小鼠和纤毛上皮细胞特异性Plscr1过表达小鼠
5573	2024-12-11	Single-cell analyses reveal that monocyte gene expression profiles influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts 2024-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.12.623270 PMID:39605411	研究论文	研究探讨了单核细胞基因表达特征对急性感染期间开始抗逆转录病毒治疗（ART）的HIV-1潜伏库大小的影响	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了单核细胞活动与HIV-1潜伏库大小之间的关联，并验证了这种关联在不同遗传背景和HIV-1亚型感染的独立队列中的存在	研究仅限于急性感染期间开始ART的个体，且样本量相对较小	探讨宿主基因表达差异是否调节HIV-1潜伏库大小	外周血单核细胞（PBMC）中的单核细胞基因表达	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	14名急性感染期间开始ART的个体和38名不同遗传背景和HIV-1亚型感染的独立队列
5574	2024-12-11	Prenatal p25-activated Cdk5 induces pituitary tumorigenesis through MCM2 phosphorylation-mediated cell proliferation 2024-11, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101054 PMID:39366214	研究论文	研究揭示了产前p25激活的Cdk5通过MCM2磷酸化介导的细胞增殖诱导垂体肿瘤发生	首次揭示了Cdk5和Mcm2在垂体腺瘤肿瘤发生中的新作用，并提供了一种新的中间叶来源的垂体腺瘤小鼠模型	NA	探讨Cdk5在垂体肿瘤发生中的作用及其机制	Cdk5、Mcm2以及中间叶来源的垂体肿瘤	NA	垂体肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型和293T细胞系
5575	2024-12-11	IgG autoantibodies in bullous pemphigoid directly induce a pathogenic MyD88-dependent pro-inflammatory response in keratinocytes 2024-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.616103 PMID:39569141	研究论文	研究探讨了天疱疮（BP）中的IgG自身抗体如何直接诱导角质形成细胞中的病理性MyD88依赖性促炎反应	首次揭示了BP-IgG自身抗体依赖的角质形成细胞反应在天疱疮病理中的作用，并证明了MyD88在BP-IgG诱导的炎症反应中的关键作用	研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，尚未完全阐明这些发现在人类中的直接应用	探讨天疱疮中IgG自身抗体对角质形成细胞的直接影响及其在疾病病理中的作用	天疱疮患者的IgG自身抗体、角质形成细胞、MyD88信号通路	NA	天疱疮	多重免疫分析、bulk RNA测序、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	RNA	包括天疱疮患者和对照组的IgG处理过的原代角质形成细胞，以及患病和对照皮肤样本
5576	2024-12-11	Graph-Regularized Non-Negative Matrix Factorization for Single-Cell Clustering in scRNA-Seq Data 2024-08, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3400050 PMID:38787664	研究论文	本文提出了一种基于图正则化的非负矩阵分解方法（Sc-GNNMF），用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	创新点在于采用图正则化的非负矩阵分解算法（GNNMF），通过拉普拉斯核和p-最近邻图估计细胞间和基因间的稀疏相似性，并使用加权p-最近已知邻居优化单细胞RNA测序数据	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据分析的准确性，揭示细胞异质性的潜在机制	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图正则化非负矩阵分解（GNNMF）	基因表达数据	11个真实单细胞RNA测序数据集
5577	2024-12-11	Holliday junction recognition protein (HJURP) could reflect the clinical outcomes of lung adenocarcinoma patients, and impact the choice of precision therapy 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1475511 PMID:39649097	研究论文	本文研究了HJURP蛋白在肺腺癌患者中的表达及其对临床结果和精准治疗选择的影响	首次揭示了HJURP作为肺腺癌的可靠预后生物标志物，并探讨了其在精准治疗中的潜在作用	研究结果需要在更大规模的队列中进行验证	识别肺腺癌的可靠预后生物标志物和潜在治疗靶点，以改善患者预后	HJURP蛋白在肺腺癌中的表达及其与临床结果、遗传改变、免疫细胞浸润和治疗反应的关系	数字病理学	肺癌	单细胞测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	共1507例肺腺癌患者（TCGA-LUAD: 453例，GSE31210: 226例，GSE68465: 442例，GSE72094: 386例）
5578	2024-12-11	Increased spatial coupling of integrin and collagen IV in the immunoresistant clear cell renal cell carcinoma tumor microenvironment 2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.16.567457 PMID:38014063	研究论文	研究探讨了免疫治疗抵抗的透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境中整合素和IV型胶原蛋白的空间耦合增加	首次使用细胞分辨率的空间转录组学技术，结合空间基因集富集分析和自相关分析，揭示了免疫治疗暴露的肿瘤微环境中整合素和IV型胶原蛋白的高表达耦合	研究样本量较小，仅包括21个患者样本，可能影响结果的普适性	探讨免疫治疗抵抗的透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境中分子机制	透明细胞肾细胞癌肿瘤及其微环境中的整合素和IV型胶原蛋白	数字病理学	肾癌	空间转录组学、空间分子成像、多重免疫荧光	NA	转录组数据、蛋白质组数据	21个患者样本
5579	2024-12-11	Single-cell analysis of human nasal mucosal IgE antibody secreting cells reveals a newly minted phenotype 2023-06, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2023.02.008 PMID:36931600	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻息肉中的IgE抗体分泌细胞，揭示了一种新的表型	本文首次通过单细胞RNA测序揭示了鼻黏膜IgE抗体分泌细胞的新表型，并发现其与IgD和记忆B细胞的发育关系	研究样本量较小，仅包括3名患者，可能影响结果的普遍性	研究过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻黏膜中IgE抗体分泌细胞的表型和功能	过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻息肉中的IgE抗体分泌细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	3名过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉样本
5580	2024-12-11	Pharmacologic targeting of Nedd8-activating enzyme reinvigorates T-cell responses in lymphoid neoplasia 2023-06, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-023-01889-x PMID:37031300	研究论文	本文研究了Nedd8激活酶（NAE）抑制剂pevonedistat在淋巴瘤中的治疗作用，特别是其对CD8 T细胞反应的重新激活	首次展示了NAE抑制剂pevonedistat能够直接作用于CD8 T细胞，增强其细胞毒性和细胞因子表达，并在淋巴瘤模型中延缓肿瘤进展	研究主要集中在体外实验和小鼠模型，尚未在临床试验中验证其效果	探讨NAE抑制剂在淋巴瘤治疗中的潜在作用及其对T细胞反应的影响	CD8 T细胞、淋巴瘤模型、淋巴瘤患者	NA	淋巴瘤	NA	NA	单细胞RNA测序数据	NA