本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
5541 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants
2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2025.110460
PMID:39993695
|
案例研究 | 通过空间转录组技术分析肾移植患者抗体介导排斥反应中肾小球中心的分子特征变化 | 首次使用数字空间分析技术定位肾移植排斥反应中肾小球特异性转录本,揭示天然免疫细胞在肾小球中的空间分布 | 仅基于单个患者的4次活检样本,样本量有限 | 研究急性抗体介导排斥反应中肾小球中心的分子机制 | 肾移植患者的活检组织 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 数字空间分析 | NA | 空间转录组数据 | 来自单个患者的4次肾活检样本(治疗前、治疗中和治疗后) | NA | 空间转录组学 | NA | 数字空间分析技术 |
5542 | 2025-10-06 |
GAEDGRN: reconstruction of gene regulatory networks based on gravity-inspired graph autoencoders
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf232
PMID:40415678
|
研究论文 | 提出基于重力启发图自编码器的新型基因调控网络重建框架GAEDGRN | 通过重力启发图自编码器捕捉基因调控网络中的有向拓扑结构,并设计基因重要性评分方法 | 未明确说明方法在更广泛细胞类型或复杂疾病中的适用性 | 从单细胞RNA测序数据重建高分辨率基因调控网络 | 基因调控网络和基因间的潜在因果关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图自编码器, 图神经网络 | 基因表达数据 | 三种GRN类型的七种细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5543 | 2025-10-06 |
The spatial transcriptome of the late-stage embryonic and postnatal mouse brain reveals spatiotemporal molecular markers
2025-Apr-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-95496-8
PMID:40210990
|
研究论文 | 通过空间转录组分析研究小鼠胚胎晚期和出生后大脑发育过程中的时空分子标记 | 首次将空间转录组分析应用于发育中的胎儿大脑,发现了脉络丛、梨状皮层和丘脑的新分子标记,以及能够确定发育阶段背侧内嗅核的新型分子标记 | 研究主要基于小鼠模型,人类大脑发育可能存在差异;空间转录组数据的计算分析仍需进一步优化 | 研究小鼠大脑发育过程中基因表达的时空调控机制 | 胚胎晚期和出生后小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序,单细胞转录组数据整合 | 数据分析模型 | 空间转录组数据,单细胞转录组数据 | 小鼠大脑发育多个时间点的组织样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
5544 | 2025-10-06 |
Cancer-associated fibroblasts in breast cancer in the single-cell era: Opportunities and challenges
2025-04, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189291
PMID:40024607
|
综述 | 本文探讨了单细胞时代乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的异质性、生物标志物分类及其在肿瘤进展中的作用 | 利用单细胞RNA测序技术系统分析乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的异质性和功能亚群 | NA | 探索乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的亚群分类及其在肿瘤微环境中的功能作用 | 乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5545 | 2025-10-06 |
CAD manipulates tumor intrinsic DHO/UBE4B/NF-κB pathway and fuels macrophage cross-talk, promoting HCC metastasis
2025-Mar-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001304
PMID:40073276
|
研究论文 | 本研究揭示了CAD通过调控DHO/UBE4B/NF-κB通路和巨噬细胞重编程促进肝细胞癌转移的机制 | 首次发现CAD通过调控嘧啶从头合成导致DHO积累,直接结合UBE4B并激活NF-κB通路,同时重编程巨噬细胞为促肿瘤表型 | 样本量相对有限(159例患者),需要更大规模研究验证 | 阐明PVTT形成和HCC转移的机制,寻找临床干预靶点 | 肝细胞癌患者样本(包括37例PVTT患者)和实验模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 多组学分析、代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞RNA测序数据 | 159例HCC患者(包括37例PVTT患者) | NA | 单细胞RNA测序, 代谢组学, 转录组学, 蛋白质基因组学 | NA | NA |
5546 | 2025-10-06 |
The Society for Immunotherapy of Cancer Perspective on Tissue-Based Technologies for Immuno-Oncology Biomarker Discovery and Application
2025-Feb-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2469
PMID:39625818
|
综述 | 癌症免疫治疗学会对组织基技术在免疫肿瘤生物标志物发现与应用中的观点总结 | 整合多重免疫组化、单细胞转录组与空间蛋白质组学等前沿技术,提出生物标志物技术评估框架 | 未涉及具体临床验证数据,主要基于技术原理和现有研究进行展望 | 指导免疫肿瘤生物标志物技术发展方向和临床转化 | 组织基生物标志物检测技术 | 数字病理 | 多种癌症 | 多重免疫组化、免疫荧光、单细胞转录组学、质谱蛋白质组学 | NA | 多组学数据、空间蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学、蛋白质组学成像 | NA | NA |
5547 | 2025-10-06 |
Identification of molecular characteristics in polycystic ovary syndrome using single-cell and transcriptome analysis
2025-01-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-81110-w
PMID:39848950
|
研究论文 | 通过单细胞和转录组分析揭示多囊卵巢综合征的分子特征 | 整合多个数据集进行综合分析,发现PCOS中新的共表达模块和信号通路,并通过伪时间轨迹分析揭示疾病发展轨迹 | NA | 揭示多囊卵巢综合征的分子机制 | 多囊卵巢综合征患者基因表达数据 | 生物信息学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, RT-qPCR | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 来自三个数据集(GSE138518, GSE155489, PRJNA600740) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5548 | 2025-10-06 |
Identification of prognostic biomarkers of sepsis and construction of ceRNA regulatory networks
2025-01-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-78502-3
PMID:39843498
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序识别脓毒症预后生物标志物并构建ceRNA调控网络 | 首次结合RNA测序、单细胞RNA测序和meta分析筛选脓毒症预后相关核心基因,并构建了包含4个circRNA、26个miRNA和2个mRNA的ceRNA调控网络 | 样本量较小(幸存组26例,非幸存组6例),需要在更大样本中验证 | 识别脓毒症预后生物标志物并构建ceRNA调控网络以深入理解脓毒症发病机制 | 脓毒症患者血液样本 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序,单细胞RNA测序,差异表达分析,GO分析,meta分析 | ceRNA调控网络 | RNA测序数据,单细胞RNA测序数据 | 32例脓毒症患者(幸存组26例,非幸存组6例) | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10×Single-cell RNA sequencing |
5549 | 2025-06-14 |
DiabetesOmic: A comprehensive multi-omics diabetes database
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.05.008
PMID:40502930
|
research paper | 介绍了一个名为DiabetesOmic的综合多组学糖尿病数据库,旨在收集和分析五种高通量测序模式的转录调控信息 | 提供了一个全面的多组学数据库,整合了五种高通量测序数据,并手动整理了临床并发症注释 | 数据库目前仅包含487个样本,可能不足以覆盖所有糖尿病亚型和组织类型 | 为糖尿病研究提供分子资源,促进对糖尿病病理和进展的深入研究 | 1型和2型糖尿病患者的多种组织样本 | 生物信息学 | 糖尿病 | ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq, scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 多组学测序数据 | 487个样本,涵盖1型和2型糖尿病患者的多种组织 | NA | NA | NA | NA |
5550 | 2025-06-14 |
Exosomal BMPR2 Macromolecule Facilitates Alveolar Epithelial Cell Repair Through Functional Complex Formation with BMPR1B in Acute Lung Injury
2025, International journal of nanomedicine
IF:6.6Q1
DOI:10.2147/IJN.S519393
PMID:40502982
|
research paper | 该研究揭示了巨噬细胞来源的外泌体通过BMPR2-BMPR1B复合物激活SMAD1信号通路,促进急性肺损伤中肺泡上皮细胞的修复 | 首次发现外泌体BMPR2通过特异性分子识别和信号激活促进肺修复,为急性肺损伤治疗提供了新策略 | 研究主要基于体外和动物模型,尚未进行临床试验验证 | 探究巨噬细胞-上皮细胞互作在急性肺损伤修复中的分子机制 | 巨噬细胞来源的外泌体和肺泡上皮细胞 | 分子生物学 | 急性肺损伤 | 动态光散射、透射电镜、免疫印迹、蛋白质组学、分子对接、单细胞RNA测序、近红外成像 | NA | 蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、成像数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
5551 | 2025-06-14 |
Exploring the role of neutrophils in inflammatory pain hypersensitivity via single-cell transcriptome profiling
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1552993
PMID:40503232
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探索了中性粒细胞在炎症性疼痛超敏反应中的作用及其机制 | 首次使用scRNA-seq技术分析术后和CFA诱导炎症中CD11b+细胞的组成,并发现CXCR2抑制剂NAMO通过抑制中性粒细胞分化成熟缓解疼痛 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体验证 | 探索中性粒细胞在炎症性疼痛中的作用及潜在治疗靶点 | 小鼠术后和CFA诱导的炎症模型中的CD11b+细胞 | 单细胞转录组学 | 炎症性疼痛 | scRNA-seq, 蛋白质组学分析 | 小鼠炎症模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本量,但使用小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
5552 | 2025-06-14 |
Identification of mitophagy-related biomarkers in severe acute pancreatitis: integration of WGCNA, machine learning algorithms and scRNA-seq
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1594085
PMID:40503237
|
研究论文 | 本研究通过整合WGCNA、机器学习算法和scRNA-seq技术,识别了严重急性胰腺炎(SAP)中与线粒体自噬相关的关键基因MAPK14,并初步验证了其在SAP炎症调控中的作用 | 首次将WGCNA、机器学习算法和scRNA-seq技术相结合,系统性地识别SAP中与线粒体自噬相关的关键基因MAPK14,并阐明其通过调控巨噬细胞介导炎症的潜在机制 | 研究主要基于生物信息学分析,动物模型验证尚属初步阶段,需要进一步实验验证MAPK14的具体作用机制 | 探究线粒体自噬在严重急性胰腺炎发病机制中的作用,寻找潜在治疗靶点 | 严重急性胰腺炎患者和小鼠模型 | 生物信息学 | 胰腺炎 | WGCNA, 机器学习算法, scRNA-seq, ssGSEA | 机器学习算法(未指定具体模型) | 基因表达数据 | GSE194331和GSE279876数据集(未明确样本数量),SAP小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
5553 | 2025-10-06 |
A sexually dimorphic hepatic cycle of periportal VLDL generation and subsequent pericentral VLDLR-mediated re-uptake
2024-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52751-2
PMID:39341814
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了肝脏功能在空间和时间上的性别二态性,特别是极低密度脂蛋白的生成与摄取循环 | 首次发现肝脏中存在性别二态性的门静脉周围VLDL生成和中央静脉周围VLDLR介导的再摄取循环 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证相对有限 | 探究性别二态性如何影响肝脏功能的时空逻辑 | 小鼠肝脏和人类肝脏组织 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5554 | 2025-10-06 |
Hypoxia induces ROS-resistant memory upon reoxygenation in vivo promoting metastasis in part via MUC1-C
2024-09-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51995-2
PMID:39341835
|
研究论文 | 本研究揭示缺氧通过诱导MUC1-C上调形成ROS抵抗性记忆,促进乳腺癌转移的机制 | 首次发现缺氧细胞在复氧后仍保持缺氧诱导基因表达,并鉴定MUC1-C在介导ROS抵抗和转移中的关键作用 | 主要基于动物模型和体外实验,临床验证仍需进一步研究 | 探究缺氧诱导肿瘤转移的分子机制 | 乳腺癌细胞、循环肿瘤细胞(CTCs)、患者来源异种移植模型 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学、基因敲除、药物抑制 | NA | 基因表达数据、转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5555 | 2025-10-06 |
Introducing synthetic thermostable RNase inhibitors to single-cell RNA-seq
2024-09-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52717-4
PMID:39333520
|
研究论文 | 本研究在单细胞RNA测序中引入合成热稳定RNase抑制剂,证明其性能优于传统蛋白质类RNase抑制剂 | 首次将合成热稳定RNase抑制剂应用于单细胞RNA测序,可在热循环过程中保持RNase抑制活性 | 未明确说明样本规模和具体实验条件的局限性 | 改进单细胞RNA测序中的RNase抑制方法 | RNase抑制剂在单细胞RNA测序中的应用 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5556 | 2025-10-06 |
The chemokine receptor CXCR3 promotes CD8+ T cell-dependent lung pathology during influenza pathogenesis
2024-01-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj1120
PMID:38170765
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了CXCR3在促进CD8+ T细胞依赖性流感肺部病理中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定出调控CD8+ T细胞毒性反应的独特调控因子,并证明CXCR3阻断可减轻流感相关肺损伤而不影响病毒清除 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探索CD8+ T细胞在流感控制与肺部病理中的双重作用及其特定亚群功能 | 流感感染小鼠肺组织中的CD8+ T细胞 | 免疫学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 流感感染小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5557 | 2025-10-06 |
Comprehensive single-cell analysis demonstrates radiotherapy-induced infiltration of macrophages expressing immunosuppressive genes into tumor in esophageal squamous cell carcinoma
2023-12-15, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh9069
PMID:38091397
|
研究论文 | 通过综合空间和单细胞分析揭示放疗后食管鳞状细胞癌中表达免疫抑制基因的巨噬细胞浸润现象 | 首次采用CODEX多重免疫染色、VISIUM空间转录组和单细胞RNA测序的整合分析方法,系统揭示放疗后肿瘤微环境中免疫细胞的动态变化特征 | 研究样本量有限,需要在更大队列中验证发现 | 探索放疗后肿瘤免疫微环境的动态变化特征,为联合免疫治疗提供新靶点 | 食管鳞状细胞癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组, 多重免疫染色 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫染色图像 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | 10x Visium | VISIUM空间转录组技术 |
5558 | 2025-10-06 |
Opsonization-independent antigen-specific recognition by myeloid phagocytes expressing monoclonal antibodies
2023-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adg1812
PMID:37656789
|
研究论文 | 本研究鉴定了一类新型先天免疫细胞VIREMs,证明其能表达单克隆抗体并执行抗原特异性识别功能 | 首次发现髓系细胞能通过基因重组表达抗体,打破了抗体产生仅限于淋巴细胞的传统认知 | 研究样本量有限,需要进一步验证VIREMs在不同疾病中的功能 | 探索先天免疫细胞中新型抗体表达细胞的功能特性 | 健康人血液中的B-VIREMs细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学, 全基因组表观遗传分析, 活细胞成像 | NA | 单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据, 影像数据 | 健康个体血液样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
5559 | 2025-10-06 |
Reprogramming Müller glia to regenerate ganglion-like cells in adult mouse retina with developmental transcription factors
2022-11-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abq7219
PMID:36417510
|
研究论文 | 本研究通过过表达发育转录因子将成年小鼠视网膜中的Müller胶质细胞重编程为神经节样细胞 | 首次证明通过靶向过表达发育性视网膜神经节细胞转录因子可在成年哺乳动物视网膜中实现特定类型神经元再生 | 研究仅限于小鼠模型,再生细胞的长期功能和整合能力仍需进一步验证 | 探索特定转录因子组合引导Müller胶质细胞向特定视网膜神经元类型再生的能力 | 成年小鼠视网膜Müller胶质细胞 | 神经再生 | 青光眼 | 免疫组织化学,单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,电生理学 | NA | 基因表达数据,染色质可及性数据,电生理数据 | 工程化小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | NA |
5560 | 2025-06-13 |
Loss of Plxdc2 exacerbates microglia-mediated neuroinflammation and ischemic brain injury
2025-Sep, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115302
PMID:40345569
|
研究论文 | 本研究探讨了Plxdc2在调节小胶质细胞活化和缺血性脑损伤中的作用 | 首次揭示了Plxdc2在小胶质细胞稳态维持和缺血性脑损伤中的保护作用,并发现其通过调节NF-κB p65信号和脂质代谢发挥作用 | 研究主要基于动物模型,尚未在人类患者中进行验证 | 探究Plxdc2在小胶质细胞功能和缺血性脑损伤中的作用 | 小胶质细胞和缺血性脑损伤 | 神经科学 | 缺血性脑卒中 | scRNA-seq, 转录组分析, AAV和慢病毒载体技术 | 动物模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |