单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5541	2024-12-09	Metabolism and spatial transcription resolved heterogeneity of glutamine metabolism in cervical carcinoma 2024-Dec-06, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-13275-6 PMID:39639273	研究论文	研究通过AFADESI-MSI和空间转录组技术分析宫颈鳞状细胞癌（CSCC）的代谢和转录特征，揭示了谷氨酰胺代谢的异质性及其与ASCT2表达的关系	首次结合AFADESI-MSI和空间转录组技术，全面分析了CSCC的代谢和转录特征，揭示了谷氨酰胺代谢的异质性及其与ASCT2表达的关系	研究样本量有限，且仅限于CSCC，未来需扩大样本量并验证其他类型癌症中的适用性	探讨宫颈鳞状细胞癌中谷氨酰胺代谢的异质性及其潜在机制	宫颈鳞状细胞癌（CSCC）及其正常组织	数字病理学	宫颈癌	AFADESI-MSI和空间转录组技术	NA	代谢和转录数据	122例宫颈癌和30例宫颈炎
5542	2024-12-09	Computer-aided analysis reveals metallothionein-positive cancer-associated fibroblasts promote angiogenesis in gastric adenocarcinoma 2024-Dec-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01614-9 PMID:39636347	研究论文	研究分析了胃腺癌中的肿瘤微环境，特别是癌症相关成纤维细胞和巨噬细胞的异质性及其在肿瘤血管生成中的作用	首次发现了一种新型金属硫蛋白阳性癌症相关成纤维细胞（mtCAF），其高表达金属硫蛋白1X（MT1X）并分泌血管内皮生长因子A（VEGFA），可能在胃腺癌的血管生成中起重要作用	研究主要基于单细胞测序和空间转录组数据，缺乏体内实验验证	探讨胃腺癌肿瘤微环境的异质性及其在肿瘤血管生成中的作用	胃腺癌中的肿瘤细胞、癌症相关成纤维细胞（CAFs）和巨噬细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序、空间转录组	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据	56个胃腺癌单细胞测序样本
5543	2024-12-09	Parallel measurement of transcriptomes and proteomes from same single cells using nanodroplet splitting 2024-Dec-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54099-z PMID:39638780	研究论文	介绍了一种名为nanoSPLITS的平台，通过纳米液滴分裂技术同时测量单细胞的转录组和蛋白质组	首次实现了通过纳米液滴分裂技术同时测量单细胞的转录组和蛋白质组，提供了全面的基因调控网络、细胞多样性和时间动态的见解	NA	开发一种能够同时测量单细胞转录组和蛋白质组的新技术，以深入理解基因调控网络和细胞多样性	单细胞的转录组和蛋白质组	生物信息学	NA	RNA测序和基于质谱的蛋白质组学	NA	转录组和蛋白质组数据	涉及从人胰腺胰岛分离的初级细胞
5544	2024-12-09	Synaptic connectome of the Drosophila circadian clock 2024-Dec-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54694-0 PMID:39638801	研究论文	本文通过Drosophila FlyWire脑连接组生成果蝇昼夜节律钟的全面连接图	发现了额外的背侧时钟神经元，揭示了新的间接光输入途径和时钟神经元与下游高级脑中心及神经分泌细胞的稀疏单突触连接	NA	研究果蝇昼夜节律网络的连接和功能	果蝇的昼夜节律神经网络	神经科学	NA	单细胞转录组学和受体映射	NA	连接组数据	约240个神经元
5545	2024-12-09	NiCo identifies extrinsic drivers of cell state modulation by niche covariation analysis 2024-Dec-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54973-w PMID:39639035	研究论文	本文介绍了一种名为NiCo的计算框架，用于整合单细胞分辨率的空间转录组学数据与匹配的单细胞RNA测序参考数据，以推断空间微环境对细胞状态的影响	NiCo能够预测新的微环境相互作用，这些相互作用调控细胞状态变化，从而影响组织发育和稳态	NA	理解细胞状态的调节机制，特别是在组织发育、稳态和疾病中的作用	细胞状态的内在和外在驱动因素，特别是微环境对细胞状态的影响	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及小鼠胚胎发育、成年小肠和肝脏的数据
5546	2024-12-09	Engineering regional diversity: A morphogen screen for patterned brain organoids 2024-Dec-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.11.007 PMID:39642861	研究论文	本文介绍了一种结合形态发生素调节剂筛选和单细胞测序的平台，用于增强脑类器官的区域化	本文首次系统性地利用形态发生素信号在干细胞分化中实现神经系统发育的细胞多样性	NA	探索形态发生素在神经系统发育中的作用，并开发一种系统性方法来利用这些信号	脑类器官	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
5547	2024-12-09	Single-cell RNA sequencing combined with proteomics of infected macrophages reveals prothymosin-α as a target for treatment of apical periodontitis 2024-Dec, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.01.018 PMID:38237771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序结合蛋白质组学分析感染的巨噬细胞，揭示了prothymosin-α作为根尖周炎治疗靶点的潜力	本研究首次通过单细胞RNA测序和蛋白质组学结合的方法，揭示了prothymosin-α在根尖周炎中的上调表达及其对炎症反应和破骨细胞分化的调节作用	本研究主要集中在体外和动物模型中的验证，尚未进行临床试验验证其治疗效果	探索根尖周炎组织中单核细胞群体的异质性，寻找缓解根尖周炎的新靶点，并通过蛋白质组学和体内外评估进一步验证	根尖周炎组织中的单核细胞群体和健康对照组织中的单核细胞群体	数字病理学	口腔疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	根尖周炎组织和健康对照组织的单核细胞群体，以及THP-1衍生的感染巨噬细胞
5548	2024-12-09	Early concentrate starter introduction induces rumen epithelial parakeratosis by blocking keratinocyte differentiation with excessive ruminal butyrate accumulation 2024-Dec, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2023.12.016 PMID:38128723	研究论文	研究早期浓缩饲料引入对新生羔羊瘤胃上皮角化不全的影响及其机制	首次通过单细胞RNA测序和代谢组学分析揭示了早期浓缩饲料引入导致瘤胃上皮角化不全的机制，并建立了瘤胃上皮类器官模型	研究仅限于新生羔羊模型，未来需在其他年龄段和物种中验证	阐明早期浓缩饲料引入导致瘤胃上皮角化不全的机制	新生羔羊的瘤胃上皮细胞及其代谢物	NA	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光、定量实时PCR、代谢组学分析	NA	RNA、代谢物	24只14天大的羔羊
5549	2024-12-09	Skin microdialysis detects distinct immunologic patterns in chronic inflammatory skin diseases 2024-Dec, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.06.024 PMID:39142443	研究论文	本文通过皮肤微透析技术检测慢性炎症性皮肤病中的不同免疫模式	首次使用皮肤微透析技术分析慢性炎症性皮肤病的蛋白质组和细胞因子谱，并结合单细胞RNA测序揭示细胞来源	样本量较小，可能影响结果的普遍性	研究慢性炎症性皮肤病的病理生理机制，特别是蛋白质组水平	特应性皮炎、寻常型银屑病和结节性痒疹患者的皮损和非皮损皮肤	NA	皮肤病	皮肤微透析、蛋白质组分析、多重细胞因子分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质、细胞因子、RNA	特应性皮炎6例，寻常型银屑病7例，结节性痒疹6例，健康对照7例
5550	2024-12-09	Single-cell sequencing analysis and bulk-seq identify IGFBP6 and TNFAIP6 as novel differential diagnosis markers for postburn pathological scarring 2024-Dec, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.burns.2024.08.021 PMID:39317554	研究论文	本研究通过单细胞测序和批量测序分析，鉴定了IGFBP6和TNFAIP6作为烧伤后病理性瘢痕的新型鉴别诊断标志物	本研究首次通过单细胞测序技术在细胞水平上揭示了病理性瘢痕的遗传特征，并鉴定了IGFBP6和TNFAIP6作为区分烧伤后瘢痕疙瘩和肥厚性瘢痕的关键基因	本研究仅限于烧伤后瘢痕疙瘩和肥厚性瘢痕的鉴别诊断，未涉及其他类型的病理性瘢痕	旨在通过分子水平上的鉴别诊断标志物，区分烧伤后瘢痕疙瘩和肥厚性瘢痕	烧伤后瘢痕疙瘩和肥厚性瘢痕的分子鉴别诊断标志物	NA	烧伤后病理性瘢痕	单细胞测序	NA	基因表达数据	烧伤后临床样本
5551	2024-12-09	Fhl1, a new spatially specific protein, regulates vein graft neointimal hyperplasia 2024-Dec, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70115 PMID:39639552	研究论文	研究探讨了Fhl1蛋白在静脉移植后新生内膜增生中的作用	首次使用空间转录组学技术分析新生内膜，并生成了特定的新生内膜转录组图谱	NA	研究Fhl1蛋白在静脉移植后新生内膜增生中的作用及其潜在的治疗价值	静脉移植后新生内膜增生	心血管疾病	心血管疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	使用Sprague-Dawley (SD) 大鼠和人类隐静脉样本进行研究
5552	2024-12-09	Single-cell transcriptomic analysis reveals regulative mechanisms of follicular selection and atresia in chicken granulosa cells 2024-Dec, Food research international (Ottawa, Ont.) DOI:10.1016/j.foodres.2024.115368 PMID:39643375	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析鸡卵泡颗粒细胞的转录组，揭示卵泡选择和闭锁的调节机制	首次发现未选择的卵泡中存在具有类固醇生成能力的颗粒细胞Ⅲ型，并首次注释了退化的颗粒细胞，发现其与脂质代谢紊乱显著相关	NA	探讨鸡卵泡选择和闭锁的调节机制	鸡卵泡颗粒细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	五个卵泡阶段的颗粒细胞层
5553	2024-12-09	IFN-γ-induced Th1-Treg polarization in inflamed brains limits exacerbation of experimental autoimmune encephalomyelitis 2024-Nov-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401692121 PMID:39560646	研究论文	研究探讨了IFN-γ在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中诱导Th1-Treg极化的作用	首次揭示了IFN-γ在EAE中诱导Tregs向Th1-Tregs极化的关键作用	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类疾病	探讨IFN-γ在EAE中的作用及其对Tregs极化的影响	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的Tregs和IFN-γ	NA	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
5554	2024-12-09	Establishment of a conditionally reprogrammed primary eccrine sweat gland culture for evaluation of tissue-specific CFTR function 2024-Nov, Journal of cystic fibrosis : official journal of the European Cystic Fibrosis Society IF:5.4Q1 DOI:10.1016/j.jcf.2024.06.013 PMID:38969603	研究论文	本文建立了一种条件重编程的汗腺原代培养技术，用于评估组织特异性CFTR功能	首次报道了条件重编程和单细胞RNA测序在微解剖汗腺中的应用	NA	研究汗腺中的离子转运功能，评估CFTR调节剂的疗效并探索基因型-表型异质性	汗腺和鼻上皮细胞	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自非囊性纤维化皮肤捐赠者的汗腺，以及来自两名囊性纤维化患者的鼻上皮细胞和汗腺
5555	2024-12-09	Definition of regulatory elements and transcription factors controlling porcine immune cell gene expression at single cell resolution using single nucleus ATAC-seq 2024-Nov, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110944 PMID:39326643	研究论文	研究使用单核ATAC测序技术定义了猪免疫细胞基因表达调控元件和转录因子	首次在单细胞分辨率下研究猪外周血单核细胞的染色质开放景观，并识别了调控元件和转录因子	研究仅限于猪的外周血单核细胞，未涵盖其他细胞类型或物种	揭示猪免疫细胞基因表达的顺式调控机制	猪外周血单核细胞的染色质开放景观和转录因子	基因组学	NA	单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因组数据	猪外周血单核细胞
5556	2024-12-09	Methionine restriction reduced growth performance and exacerbated lipid deposition in hybrid grouper (Epinephelus fuscoguttatus ♀ × E. lanceolatus ♂) under high-lipid diets by suppressing the lipid degradation pathways with the single-cell RNA-seq analysis 2024-Nov, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110960 PMID:39536957	研究论文	研究了在高脂饮食下，甲硫氨酸限制对杂交石斑鱼（Epinephelus fuscoguttatus ♀ × ♂ E. lanceolatus）肝脏中脂质沉积的影响	通过单细胞RNA测序分析，揭示了甲硫氨酸限制抑制脂质降解途径，导致脂质沉积增加	NA	探讨甲硫氨酸限制对杂交石斑鱼在高脂饮食下生长性能和脂质沉积的影响	杂交石斑鱼（Epinephelus fuscoguttatus ♀ × ♂ E. lanceolatus）的肝脏	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及九种细胞类型
5557	2024-12-09	Shaoxia: a web-based interactive analysis platform for single cell RNA sequencing data 2024-Apr-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10322-1 PMID:38658838	研究论文	本文介绍了一个名为Shaoxia的基于网络的单细胞RNA测序数据交互分析平台	Shaoxia平台通过高性能计算能力和用户友好的界面，使不具备编程专业知识的实验室研究人员也能进行单细胞RNA测序数据分析	NA	开发一个易于使用的软件，涵盖单细胞RNA测序数据分析的所有方面	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
5558	2024-12-09	Library size confounds biology in spatial transcriptomics data 2024-04-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03241-7 PMID:38637899	研究论文	本文探讨了空间转录组学数据中库大小对生物学解释的影响	首次揭示了库大小与组织结构之间的关联，并指出使用单细胞RNA测序的归一化方法会对空间域识别产生负面影响	仅限于空间转录组学数据，未涵盖其他类型的分子数据	研究空间转录组学数据中的库大小效应及其对分析的影响	空间转录组学数据及其分析方法	单细胞测序	NA	RNA-seq	NA	空间转录组数据	未具体说明样本数量
5559	2024-12-09	The impact of package selection and versioning on single-cell RNA-seq analysis 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.04.588111 PMID:38617255	研究论文	本文详细研究了Seurat和Scanpy在单细胞RNA测序分析中的算法和方法差异	发现了Seurat和Scanpy在输出结果上存在显著差异，这种差异相当于在基准测试中减少5%的读取量或分析20%的细胞群体	本文未提及具体的解决方案或改进措施	探讨不同软件包和版本对单细胞RNA测序分析结果的影响	Seurat和Scanpy软件包及其不同版本	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
5560	2024-12-09	Distribution-Agnostic Deep Learning Enables Accurate Single-Cell Data Recovery and Transcriptional Regulation Interpretation 2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202307280 PMID:38380499	研究论文	本文介绍了一种名为Bis的分布无关深度学习模型，用于准确恢复单细胞基因表达数据并解释转录调控	Bis模型采用最优传输自动编码器，能够捕捉单细胞RNA测序数据的复杂分布，并通过正则化细胞嵌入空间来处理数据稀疏性问题	NA	开发一种能够准确恢复单细胞基因表达数据并解释转录调控的深度学习模型	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自动编码器	基因表达数据	NA