单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5541	2024-12-18	Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Reveals HSD3B7 as a Prognostic Biomarker and Potential Therapeutic Target in ccRCC 2024-Dec-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312929 PMID:39684640	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了HSD3B7作为ccRCC的预后生物标志物和潜在治疗靶点	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出HSD3B7作为ccRCC的新型生物标志物，并验证了其在肿瘤进展中的作用	研究主要基于公开数据集，可能存在样本偏倚；功能研究仅限于体外和体内实验，缺乏临床验证	识别与ccRCC进展和预后相关的关键生物标志物，并探索其作为治疗靶点的潜力	ccRCC的肿瘤进展和预后生物标志物	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	基因表达数据	单细胞数据来自公开数据集，批量RNA-seq数据来自TCGA的ccRCC样本
5542	2024-12-18	Targeting Precision in Cancer Immunotherapy: Naturally-Occurring Antigen-Specific TCR Discovery with Single-Cell Sequencing 2024-Nov-30, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16234020 PMID:39682207	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞RNA测序技术发现自然发生的抗原特异性TCR的方法，用于癌症免疫治疗中的TCR-T细胞疗法	本文提出了一种全面分析自然发生的抗原特异性TCR的方法，能够识别超过100种抗原特异性TCR克隆型，显著提高了抗原特异性T细胞的比例	NA	开发一种全面发现和分析自然发生的抗原特异性TCR的方法，用于TCR-T细胞疗法的开发	抗原特异性TCR和TCR-T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	神经网络（ERGO-II）	RNA	外周血中的CD8 T淋巴细胞
5543	2024-12-18	SIGRN: Inferring Gene Regulatory Network with Soft Introspective Variational Autoencoders 2024-Nov-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312741 PMID:39684451	研究论文	本文提出了一种名为SIGRN的软内省对抗基因调控网络无监督推断模型，通过引入对抗机制改进变分自编码器模型，以提高基因调控网络推断的准确性	提出了SIGRN模型，通过引入对抗机制改进变分自编码器，避免了生成低质量数据的问题，并采用“软”内省对抗模式减少额外神经网络和参数的训练	未提及具体局限性	提高基因调控网络推断的准确性	基因调控网络	机器学习	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	变分自编码器 (VAE)	基因数据	未提及具体样本数量
5544	2024-12-18	Machine Learning Integration with Single-Cell Transcriptome Sequencing Datasets Reveals the Impact of Tumor-Associated Neutrophils on the Immune Microenvironment and Immunotherapy Outcomes in Gastric Cancer 2024-Nov-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312715 PMID:39684426	研究论文	本研究通过整合机器学习与单细胞转录组测序数据，揭示了肿瘤相关中性粒细胞在胃癌免疫微环境和免疫治疗结果中的影响	首次通过大规模单细胞RNA测序数据分析，识别出与免疫检查点抑制剂治疗反应相关的肿瘤相关中性粒细胞亚群，并构建了预测患者生存的风险评分模型	研究仅限于胃癌、结直肠癌和肺癌的数据，结果的普适性有待进一步验证	探讨肿瘤相关中性粒细胞在胃癌免疫微环境和免疫治疗结果中的作用	胃癌、结直肠癌和肺癌中的肿瘤相关中性粒细胞及其对免疫检查点抑制剂的反应	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	风险评分模型	转录组数据	超过600,000个细胞
5545	2024-12-18	Decoding Chemotherapy Resistance of Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma at the Single Cell Resolution: A Case Report 2024-Nov-26, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm13237176 PMID:39685635	病例报告	本研究描述了一例对化疗产生抗性的未分化多形性肉瘤（UPS）的单细胞转录组特征	首次描述了对两线化疗产生抗性的UPS的单细胞转录组，展示了肿瘤细胞和肿瘤微环境（TME）亚群中的基因表达，这些可能是个性化癌症治疗的潜在标志物	本研究仅基于单一病例，样本量较小，可能无法代表所有UPS病例	研究对化疗产生抗性的UPS的细胞组成和转录组特征	未分化多形性肉瘤（UPS）的肿瘤细胞和肿瘤微环境（TME）	数字病理学	软组织肉瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1例58岁女性患者的UPS样本
5546	2024-12-18	Flow Cytometry Analyses of Meningioma Immune Cell Composition Using a Short, Optimized Digestion Protocol 2024-Nov-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16233942 PMID:39682129	研究论文	本研究优化了一种快速消化脑膜瘤组织以生成单细胞悬液的协议，并通过流式细胞术分析了浸润的免疫细胞组成	提出了一个优化的短时间消化协议，能够快速生成可行的单细胞悬液，并揭示了脑膜瘤中浸润的抗原呈递细胞和淋巴细胞	研究仅基于两个患者样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性	优化脑膜瘤组织的消化协议，并研究浸润的免疫细胞组成，以探索新的非手术治疗选择	脑膜瘤组织中的浸润免疫细胞	NA	脑膜瘤	流式细胞术	NA	细胞	两个患者样本
5547	2024-12-18	OVsignGenes: A Gene Expression-Based Neural Network Model Estimated Molecular Subtype of High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-Nov-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16233951 PMID:39682139	研究论文	本文开发了一种基于基因表达数据的神经网络模型OVsignGenes，用于预测高级别浆液性卵巢癌的分子亚型	本文首次提出了一个基于深度神经网络的模型OVsignGenes，能够抵抗平台效应，并在测试数据集上表现出高准确性	本文仅基于已有的基因表达数据进行分析，未涉及其他类型的数据或实验验证	开发一种能够准确预测高级别浆液性卵巢癌分子亚型的模型，以支持个性化医疗和靶向治疗的发展	高级别浆液性卵巢癌的分子亚型	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq	神经网络	基因表达数据	535个样本，包括60个单细胞样本
5548	2024-12-18	scPAS: single-cell phenotype-associated subpopulation identifier 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae655 PMID:39681325	研究论文	本文介绍了一种名为scPAS的新型生物信息学工具，用于整合批量数据以识别单细胞数据中与表型相关的细胞亚群	scPAS通过网络正则化的稀疏回归模型量化单细胞数据中每个细胞与表型之间的关联，并通过排列检验估计这些关联的显著性，从而识别与表型相关的细胞亚群	NA	开发一种新的工具来识别单细胞数据中与疾病表型相关的细胞亚群	单细胞数据中的细胞亚群与疾病表型的关联	生物信息学	乳腺癌、卵巢癌、动脉粥样硬化	单细胞测序分析	稀疏回归模型	单细胞数据、空间转录组数据	模拟数据和来自乳腺癌、卵巢癌、动脉粥样硬化的各种单细胞数据集，以及来自多种癌症的空间转录组数据
5549	2024-12-18	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analyses identify an immunotherapy nonresponse-related fibroblast signature in gastric cancer 2024-Nov-01, Anti-cancer drugs IF:1.8Q3 DOI:10.1097/CAD.0000000000001651 PMID:39110142	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出与胃癌免疫治疗无反应相关的成纤维细胞特征	首次构建了与胃癌免疫治疗无反应相关的成纤维细胞基因特征，并验证了其在预测免疫治疗反应中的独立显著风险因素作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏倚和数据异质性	揭示胃癌免疫治疗无反应的潜在因素，并构建预测免疫治疗反应的成纤维细胞相关基因特征	胃癌患者的成纤维细胞及其与免疫治疗反应的关系	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	使用了来自Gene Expression Omnibus数据库和The Cancer Genome Atlas的胃癌免疫治疗数据
5550	2024-12-18	Targeting immune-fibroblast cell communication in heart failure 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08008-5 PMID:39443792	研究论文	本文研究了免疫细胞与成纤维细胞在心力衰竭中的通信机制，并探讨了靶向治疗的可能性	首次揭示了免疫细胞与成纤维细胞在人类心脏疾病中的分子通信机制，并展示了通过靶向炎症信号通路来减少心肌纤维化和改善心脏功能的潜力	研究主要基于体外和体内模型，尚未在临床试验中验证其治疗效果	探讨免疫细胞与成纤维细胞在心力衰竭中的通信机制，并寻找靶向治疗的新方法	健康捐赠者、急性心肌梗死和慢性心力衰竭患者的心脏组织	心血管疾病	心力衰竭	多组学单细胞基因表达、表位定位和染色质可及性分析	NA	基因表达数据	45个健康捐赠者、急性心肌梗死和慢性心力衰竭患者的心脏组织
5551	2024-12-18	Attenuated kidney oxidative metabolism in young adults with type 1 diabetes 2024-Oct-22, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI183984 PMID:39436695	研究论文	研究探讨了1型糖尿病年轻患者肾脏氧化代谢的变化及其与糖尿病肾病发展的关系	首次通过多模态技术（包括PET、MRI、单细胞RNA测序和空间代谢组学）全面评估1型糖尿病患者肾脏氧化代谢的变化，并使用Slingshot算法分析了近端小管细胞的伪时间轨迹	样本量较小，且仅限于年轻成人群体，研究结果的普适性可能有限	探讨1型糖尿病患者肾脏氧化代谢的变化及其与糖尿病肾病发展的关系	1型糖尿病年轻患者和健康对照组的肾脏氧化代谢	NA	糖尿病	PET、MRI、单细胞RNA测序、空间代谢组学	Slingshot算法	图像、基因表达数据、代谢物数据	30名1型糖尿病患者和20名健康对照者
5552	2024-12-18	iMIRACLE: an Iterative Multi-View Graph Neural Network to Model Intercellular Gene Regulation from Spatial Transcriptomic Data 2024-Oct, Proceedings of the ... ACM International Conference on Information & Knowledge Management. ACM International Conference on Information and Knowledge Management DOI:10.1145/3627673.3679574 PMID:39679382	研究论文	本文提出了一种名为iMiracle的迭代多视图图神经网络，用于从空间转录组数据中建模细胞间的基因调控	iMiracle整合了细胞间和细胞内网络，采用迭代学习克服空间转录组数据的稀疏性，并推断细胞特异性的配体-基因调控评分	NA	填补从空间转录组数据中连接细胞间通信与基因调控的空白，提供细胞间调控的生物学见解	细胞间的基因调控	机器学习	NA	图神经网络	图神经网络	空间转录组数据	九个模拟数据集和八个真实数据集
5553	2024-12-18	Integrated single-cell RNA-seq analysis reveals mitochondrial calcium signaling as a modulator of endothelial-to-mesenchymal transition 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp6182 PMID:39121218	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了线粒体钙信号在调控内皮细胞向间充质细胞转化中的作用	首次发现线粒体钙摄取是内皮细胞向间充质细胞转化的关键驱动因素，并验证了线粒体钙单向转运体（MCU）在体内外的调控作用	研究主要基于体外模型和动物模型，尚未在人体内进行广泛验证	探讨内皮细胞向间充质细胞转化的机制及其在心血管疾病中的作用	内皮细胞、间充质细胞、线粒体钙信号	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三个体外内皮细胞向间充质细胞转化模型，胚胎心脏发育和外周动脉疾病模型，以及来自患有严重肢体缺血患者的组织样本
5554	2024-12-18	Single cell regulatory architecture of human pancreatic islets suggests sex differences in β cell function and the pathogenesis of type 2 diabetes 2024-Jul-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4607352/v1 PMID:39011095	研究论文	研究探讨了人类胰腺胰岛中β细胞功能的性别差异及其在2型糖尿病发病机制中的作用	首次结合单细胞RNA测序和单核转座酶可及染色质测序技术，揭示了2型糖尿病患者中β细胞功能的性别差异及其与线粒体功能障碍的关系	研究样本量较小，且仅限于人类胰腺胰岛，可能无法完全代表所有性别差异的影响	探讨2型糖尿病中胰岛素分泌的性别差异机制	人类胰腺胰岛中的β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核转座酶可及染色质测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	52名捐赠者（包括2型糖尿病患者和非糖尿病患者）
5555	2024-12-18	Subpopulations of fibroblasts derived from human iPS cells 2024-06-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06419-8 PMID:38890483	研究论文	本文研究了从人诱导多能干细胞（iPSCs）分化而来的成纤维细胞亚群，并分析了它们在不同器官中的特性	首次通过单细胞RNA测序技术分析了从iPSCs分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞的亚群，揭示了基于发育的成纤维细胞异质性	研究仅限于心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞，未涵盖所有器官的成纤维细胞	探讨成纤维细胞在不同器官中的异质性，为控制纤维化提供治疗策略	从人诱导多能干细胞分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	从人诱导多能干细胞分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞的多个样本
5556	2024-12-18	Integrative analysis of single-cell RNA-seq and gut microbiome metabarcoding data elucidates macrophage dysfunction in mice with DSS-induced ulcerative colitis 2024-06-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06409-w PMID:38879692	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和肠道微生物群的宏条形码数据，揭示了DSS诱导的小鼠溃疡性结肠炎中巨噬细胞功能障碍	本研究首次整合单细胞RNA测序和16s rRNA扩增子测序数据，揭示了巨噬细胞在慢性溃疡性结肠炎中的异质性和炎症反应的分子机制	本研究仅在DSS诱导的小鼠模型中进行，结果的临床相关性需要进一步验证	探讨免疫和代谢变化在溃疡性结肠炎中的具体作用机制	DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型中的结肠细胞和微生物群	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序，16s rRNA扩增子测序	NA	RNA序列，微生物群数据	多个时间点的DSS诱导溃疡性结肠炎小鼠结肠样本
5557	2024-12-18	Single cell regulatory architecture of human pancreatic islets suggests sex differences in β cell function and the pathogenesis of type 2 diabetes 2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.11.589096 PMID:38645001	研究论文	研究探讨了人类胰腺胰岛中单细胞调控结构中的性别差异，特别是β细胞功能和2型糖尿病发病机制中的性别差异	首次通过单细胞RNA测序和单核ATAC测序等技术，揭示了性别在β细胞功能和2型糖尿病发病机制中的差异，特别是性染色体和常染色体基因表达的差异	研究样本量相对较小，且仅限于特定种族和性别的捐赠者，可能限制了结果的普适性	探讨性别差异在人类胰腺胰岛调控和功能中的作用，特别是β细胞功能和2型糖尿病发病机制中的性别差异	人类胰腺胰岛中的β细胞功能和2型糖尿病发病机制	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据	52名捐赠者（包括37名来自人类胰腺分析计划[HPAP]数据集的捐赠者）
5558	2024-12-18	Single cell RNA analysis uncovers the cell differentiation and functionalization for air breathing of frog lung 2024-05-30, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06369-1 PMID:38816547	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了陆生蛙肺发育过程中细胞分化和功能化的机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了蛙肺发育过程中13种细胞类型的分化轨迹和功能化机制，并整合了其他两栖动物和陆生哺乳动物的数据，揭示了四足动物肺进化的保守性和差异性	研究仅限于一种陆生蛙，可能无法完全代表所有两栖动物的肺发育过程	揭示蛙肺发育过程中细胞分化和功能化的机制，并探讨四足动物肺进化的细胞类型演变	陆生蛙（Microhyla fissipes）的肺发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	一种陆生蛙的肺组织样本
5559	2024-12-18	SpatialPrompt: spatially aware scalable and accurate tool for spot deconvolution and domain identification in spatial transcriptomics 2024-05-25, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06349-5 PMID:38796505	研究论文	本文介绍了一种名为SpatialPrompt的空间感知可扩展工具，用于空间转录组学中的点反卷积和域识别	SpatialPrompt整合了基因表达、空间位置和单细胞RNA测序数据作为参考，使用非负岭回归和图神经网络高效捕捉局部微环境信息	NA	开发一种高效且准确的空间转录组学点反卷积和域识别工具	空间转录组学中的点反卷积和域识别	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络	基因表达数据	在50,000个点的鼠海马数据集上进行测试
5560	2024-12-18	Spatially resolved cell atlas of the teleost telencephalon and deep homology of the vertebrate forebrain 2024-05-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06315-1 PMID:38773256	研究论文	本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，生成了Mchenga conophorus慈鲷鱼端脑的空间转录图谱，并将其与两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物的端脑进行比较	揭示了鱼类端脑与四足动物的纹状体、海马和皮层细胞类型之间的显著转录相似性，并支持了硬骨鱼端脑部分外翻的假设	NA	研究脊椎动物前脑的组织和进化	Mchenga conophorus慈鲷鱼的端脑及其与两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物端脑的比较	数字病理学	NA	空间转录组学和单核RNA测序	NA	转录组数据	Mchenga conophorus慈鲷鱼及其他脊椎动物的端脑样本